双重PCR法快速检测欧鳗鲡嗜水气单胞菌

采用已知的嗜水气单胞菌编码溶血素(Hemolysin)和外膜蛋白(Ompts)的基因序列为目的基因,依据其保守序列设计两对相应引物,用双重PCR方法检测了32株从发病欧鳗鲡分离的细菌,将检测结果与试剂盒快速生化鉴定结果进行比较.以嗜水气单胞菌为阳性对照,以大肠杆菌、枯草芽胞杆菌、铜绿假单胞菌、鳗弧菌、溶壁微球菌、金黄色葡萄球菌为阴性对照检测了嗜水气单胞菌溶血素与外膜蛋白基因的特异性.结果表明:被检测的32株欧鳗鲡致病菌中,检测到的4株既有溶血素基因又有外膜蛋白基因的细菌,其生化鉴定结果全部为嗜水气单胞菌,而仅具有外膜蛋白基因的13株细菌中只有5株生化鉴定结果为嗜水气单胞菌.证明双重PCR法可用于快速检测部分嗜水气单胞菌.     

嗜水气单胞菌的分离培养及鉴定

从患腹水病褐牙鲆体内分离致病菌,通过生理生化鉴定方法对该菌进行了鉴定.根据Genbank 上报道的嗜水气单胞菌标准株的16s rDNA序列以及致病性嗜水气单胞菌所含有的气溶素(aer)基因没汁了2对引物,对所分离到的2株疑似菌以及3株标准株进行PCR扩增,均能够扩增出目的条带,经测序后,该菌的16s rDNA的序列、aer序列与标准株同源性分别达到99.8%和95%,与常规细菌鉴定方法所得结果一致,证明该菌为嗜水气单胞菌.     

鳜属3个物种的遗传多样性分析

本研究在实验室已有的转录组结果的基础上,从测序结果中随机选出部分微卫星位点进行多态性研究,并利用其中25个具有多态性的SSR(simple sequence repeat)位点,对3个鳜属物种斑鳜、翘嘴鳜和大眼鳜进行遗传多样性研究,分析其遗传结构和亲缘关系.实验结果显示,在3个野生物种中共检测到324个等位基因;每对引物检测到的等位基因数为3~23个;平均等位基因数为12.96个.其中共有21个位点属高度多态位点,其平均观测杂合度为0.523 4,平均期望杂合度是0.794 4,平均多态信息含量为0.701 0,这表明3个物种在各检测位点中具有较好的多态性.对数据进行F-检测,25个微卫星位点的Fst值为0.040 0~0.634 0,平均Fst值是0.200 0,说明3个鳜属群体间的分化程度存在差异,在部分位点处,分化程度较高.斑鳜和大眼鳜间Nei氏遗传距离最大,为1.773 4;翘嘴鳜和大眼鳜的遗传距离最小,为0.371 4.根据遗传距离进行的UPMEGA法聚类分析显示翘嘴鳜和大眼鳜聚为一支,斑鳜独自为一支.     

嗜水气单胞菌与其拮抗菌R-15的生长曲线研究

嗜水气单胞菌的拮抗菌R-15经鉴定为粘质沙雷氏(Serratia marcescens Bizic).研究嗜水气单胞菌及其拮抗菌的生长曲线以及R-15菌与嗜水气单胞菌混合培养的生长曲线,分析拮抗菌R-15培养时间与其产拮抗活性物的关系,并对发酵液中拮抗活性物作初步分离.结果表明,拮抗菌R-15液体培养在20 h时菌体数量达最高,抑菌作用在36 h时最强;当两种菌混合培养至24 h后,嗜水气单胞菌数量从4.5×1017/mL开始快速下降至62 h的2.6×107/mL,而拮抗菌R-15仍维持较高水平.拮抗活性物质初步确定不是蛋白类物质.     

番茄属(Lycopersicon)RAPD标记遗传分析

用26条随机引物（10bp)对番茄属9个种的43份材料进行了RAPD分析，共检测到199个位点（稳定的带），平均每条引物检测到7．65个位点；其中多态位点为146个，占总扩增位点数的73．37％；依此将番茄属43份材料划分为4个类群；供试材料间平均遗传距离介于0．041－0．452之间。     

鳗鲡肠道中嗜水气单胞菌的拮抗菌筛选

从鳗鲡肠道中分离到643株细菌,用点种法筛选出65株病原性嗜水气单胞菌的拮抗菌,研究拮抗效果最好的14株拮抗菌的抗菌谱和生长曲线及其与病原性嗜水气单胞菌的共凝集作用.研究结果显示:NAC琼脂培养基筛选的2株拮抗菌(Na 3-38和Nb 3-15)对7株指示菌均有较强的拮抗作用,Aa 3-22和Mb 3-7对7株指示菌中的5株有拮抗效果;除Na 3-38和Nb 3-15以外,其余12株的生长系数均大于嗜水气单胞菌;11株拮抗菌(Na 3-38、Nb 3-15、Ab 2-55、Ab 2-77、Ab 1-3、Aa 3-22、Aa 3-67、Mb 1-4、Mb 2-10、Mb 3-7和Mb 3-27)和嗜水气单胞菌的共凝集率大于10%.这表明:Aa 3-22和Mb 3-7在抗菌谱和生长曲线及其与病原性嗜水气单胞菌的共凝集作用等方面都适合作为益生菌.     

皱纹盘鲍杂交群体与自然种群遗传差异的研究

利用RAPD技术对皱纹盘鲍自然种群和杂交养殖群体进行了遗传差异分析,共检测到173个位点．在自然种群和杂交群体之间及两个杂交群体之间都存在差异,并得到一些群体的特异性片段．利用PopGen32软件计算了各个群体的多态位点比例、平均遗传杂合度、Shannon多态性指数和群体问的遗传距离．结果表明,杂交群体的遗传多样性高于自然群体,从遗传多样性角度揭示了皱纹盘鲍杂种优势的存在．     

采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的初步研究

初步探讨了采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的方法.根据已知细菌16S rDNA序列的高度保守区设计引物,利用PCR法扩增16株已鉴定的鳗鲡病原菌的16S rDNA片段,测序分析后,通过Gen-Bank数据库进行同源性检索,并构建相应的系统发育树.结果表明:16株鳗鲡病原菌均扩增到了400 bp左右的基因片段,其中14株菌的16S rDNA片段序列与网上已发表的同属菌株的同源性为100%,其余2株为99%;8株病原菌被鉴定到种,分别属于嗜水气单胞菌和温和气单胞菌,其余8株被鉴定到属,分别属于气单胞菌属、假单胞菌属和肠杆菌属;鉴定结果与生化鉴定结果在属的分类单元上的符合程度高达82%.     

嗜水气单胞菌蛋白质组分子解剖图谱的初步建立

采用蛋白质组学技术,建立了嗜水气单胞菌PPD(134/91)在稳定期的蛋白质组分子解剖图谱.将嗜水气单胞菌接种于LB培养基28℃培养18h,取菌总蛋白进行2 DPAGE.从2 DPAGE图谱中随机选取124个蛋白质点进行肽质量指纹图谱鉴定,检索发现其中10个确定为数据库中收录的嗜水气单胞菌的基因或蛋白,其比例约为1/12.实验结果对嗜水气单胞菌菌株之间的比较研究和功能蛋白质组研究具有重要参考价值.     

嗜水气单胞菌毒力与毒力基因分布的相关性

采用PCR扩增的方法对9株鱼源嗜水气单胞菌AEROM ONAS HYDROPHILA中的气溶素基因(AERA)、溶血素基因(HLYA)和丝氨酸蛋白酶基因(AHPA)进行了扩增。结果表明,6/9的A.HYDROPHILA中存在AERA基因,8/9的A.HYDROPHILA中存在HLYA基因,而在7/9的A.HYDROPHILA中检测到AHPA基因。通过比较基因检测的结果与嗜水气单胞菌对鲫鱼的致病性,发现AHPA阴性菌株是无毒株,强毒株都呈AERA HLYA AHPA 基因型。AERA HLYA AHPA 基因型是致病性嗜水气单胞菌主要的基因型。本研究首次发现AHPA阳性的嗜水气单胞菌皆为毒力菌株,并且发现AERA和AHPA基因存在相关性,探讨了嗜水气单胞菌致病性与毒力基因分布的关系。     

黄河三角洲柽柳群体遗传多样性RAPD分析

采用随机扩增多态DNA(RAPD)分子标记技术,分析了黄河三角洲主要优势树种之一柽柳(Tamarix chinensis)3个天然群体的遗传多样性及遗传分化。结果表明:26条随机引物扩增出105个可分析位点,多态位点百分比40.07%,Nei的基因多样度(h)为0.4061,Shannon多样性指数(I)为0.5917,基因分化系数(Gst)为0.0507,基因流值为9.3564。分子方差分析(AMOVA)表明,在总遗传变异中,群体间遗传变异占7.17%,群体内占92.83%。说明柽柳物种内存在较高的遗传多样性,群体的遗传变异主要存在于群体内,群体间基因交流频繁,遗传距离与地理距离具有显著相关性。     

丁鱼岁遗传多样性的随机扩增多态性DNA分析

利用RAPD分子标记技术对15个丁鱼岁养殖个体的遗传多样性进行分析.选用20个随机引物对其基因组DNA进行PCR扩增,有16个引物可以扩增出稳定且清晰的条带,其中S103、S104和S105为多态引物.16个引物共扩增出65个DNA位点,片段大小在200~3 000 bp之间,其中多态性位点6个,多态位点比例为9.23%.个体间遗传距离在0~0.067 4之间,平均遗传距离为0.028 6.结果显示,丁鱼岁养殖群体的遗传多样性水平较低.     

20个红花品种资源的ISSR分析

目的:利用ISSR标记技术分析国内20个主要红花品种遗传多样性,为红花种质资源选育提供参考资料.方法:选用ISSR分子标记法对不同地理区域的20个红花品种基因组DNA进行PCR扩增.结果:20个ISSR引物共产生382条扩增带,其中多态性带366条,多态性条带比例为95.42%.10个品种间的遗传相似系数分布在0.615 2~0.790 6之间,说明不同红花品种间遗传多样性较为丰富.聚类分析结果表明,利用ISSR技术可将来自不同地区的20个红花品种分为5个主要类群.其中,杞县刺红花单独为一类群.其余四个类群均未表现出品种遗传多样性与地理分布的相关性.     

墨西哥落羽杉无性系RAPD指纹图谱的构建

利用随机多态扩增DNA(RAPD)分子标记对53个墨西哥落羽杉无性系的研究表明:31个随机引物共扩增出了241条谱带,其中118条谱带在无性系间呈现多态性,多态位点占48.96%;用POPGENE软件对无性系进行遗传分析,得出无性系间的遗传距离为0.271~0.537,说明无性系间的遗传差异相对较大。通过聚类分析将53个优良无性系分为两大类,同时利用RAPD分子标记构建了53个无性系的指纹图谱,可对墨西哥落羽杉优良无性系进行区分和鉴定。     

双棘黄姑鱼人工繁育群体遗传多样性的RAPD分析

采用22个随机引物对双棘黄姑鱼人工繁育群体的遗传多样性水平进行随机扩增多态DNA（RAPD）分析，共检测出248个位点，其中有104个多态位点，平均多态位点百分率P为41．9％；其个体间的平均遗传距离L为0．0657，平均相似系数S为0．9343，Shannon遗传多样性指数H0为0．2829．通过与其他一些鱼类的RAPD研究结果进行对比，对双棘黄姑鱼人工繁育群体的遗传多样性水平进行了分析评估,文中同时就人工繁育及鱼类种质资源的可持续利用问题进行了初步讨论．     

应用RAPD鉴定红菇组织分离菌株的探索试验

用组织分离技术从野生红菇（Ｒｕｓｓｕｌａ ｓｐ．）子实体中中分离得３个菌株。用随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）对红菇子实体和分离菌株的ＤＮＡ多样性进行分析,以确定３个分离菌株与子实体之间的亲缘关系。实验使用１６个随机引物检测４０多个位点,计算它们之间的相似性。实验结果表明３个分离菌株和红菇子实体之间的ＤＮＡ相似性非常高,红菇子实体和对照菌株「凤尾菇（Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ ｓａｊｏｒ－ｃａｊｕ）和金针     

滩羊体大品系遗传标记的研究

采用RAPD(Rondom Amplified Polymorphic DNA)技术,利用混合基因池(DNA pool)法,对滩羊体大品系、普通品系进行了DNA多态性分析,从100种具有10个碱基的随机引物中,筛选出84种引物在滩羊群体基因组中共扩增出358条带,其中22种引物的扩增产物表现为多态(占22％),且扩增出32条有差异的条带,占总带数的8.94％;62种引物的扩增产物表现为单态(占62％)。滩羊体大品系的特异性条带有5条,而普通品系的特异性条带有7条,这些特异标记可以用来鉴定滩羊的两个品系;滩羊体大品系与普通品系间的遗传距离为0.136±0.087,表明两品系之间的亲缘关系很近。     

基于RAPD技术的红花品种遗传多样性分析

利用RAPD分子标记技术分析了国内11个省的20个红花品种间的遗传多样性.从筛选出的20个引物中,共扩增出209个位点,其中多态性位点178个,平均多态性比率为85.17%.采用成对算术平均数的非加权成组配对法(UPMGA)对Nei’s的一致度进行的聚类分析结果表明川红花和陕红花的遗传距离最近(0.206 5),太空1号和虞城红花的遗传距离最远(0.571 6).在遗传距离为0.38处将20个红花品种分为4个类群.其中云红3号、亳州红花、延津红花、延津大红袍、南阳红花、卢氏草红花、义县红花、白沙1号、太空1号、杞县刺红花聚为一类,该类群中大多数为河南道地红花品种,说明红花不同品种之间的遗传多样性可能与地理分布存在一定相关性.     

唐鱼野生与养殖群体遗传多样性的随机扩增多态DNA(RAPD)分析

应用随机扩增DNA多态性(RAPD)技术对唐鱼野生与养殖群体的遗传多样性进行了分析。从40个10BP引物中选取15个用于群体遗传多样性分析,共检测出93个位点,其中46个(49.46%)呈多态;两群体的多态位点比例分别为43.01%和41.94%;用香农指数量化的遗传多样性指数,野生群体(0.23)略高于养殖群体(0.20),平均遗传多样性指数为0.22,群体内和群体间的遗传变异比例分别为85%和15%;群体的遗传相似度高达0.96,彼此间的遗传距离仅为0.04。研究表明,唐鱼目前的种质资源状况令人堪忧,恢复唐鱼有效种群大小、丰富物种遗传多样性是资源保护的基础。     

1731-1900年期间凉水国家自然保护区红松遗传多样性变化的RAPD分析

应用RAPD技术对凉水国家自然保护区的天然红松(Pinus koraiensis)种群的遗传多样性变化和遗传分化进行了分析．共选择77个年龄在100～270年间的红松个体，连续分4龄级．筛选出11个随机引物共检测到71个位点，其中55个多态位点，多态位点比率为77．46％．利用POPGENE分析软件计算了该年龄段凉水地区红松遗传多样性指数，分析了遗传多样性在龄级间变化．研究结果表明，凉水保护区内的红松遗传多样性在1731-1900年的时间段内没有太大的波动；龄级间遗传多样性分化不明显；红松遗传多样性主要存在于龄级内．对照这一时期环境变化，对红松的遗传多样性演化与环境变化关系进行了讨论。