Isolation and cloning of a novel cDNALDB1 encoding human LIM domain binding protein

Primers for screening cDNA library have been designed according to EST AA453734 which is corresponding to the mouse LIM domain binding protein Ldbl. Arrayed human fetal brain cDNA library has been screened by PCR and routine hybridization method. A 2398 bp-cD-NA clone has been obtained. The cDNA encodes a 347 amino acids protein highly homologous to the mouse Ldbl,Xenopus Xldbl andDrosophila Chip. It also contains an LIM binding domain and a nuclear localization signal. It has been namedLDB1 ( LIM domain binding protein 1), GenBank accession number is AF052389. Northern blot showed a 2.4 kb band, and the expression amounts ofLDBI in heart, brain and lung were considerably higher than those in other tissues.     

Cloning and identification of a novel binding protein of CD2 cytoplasmic domain

In order to understand why CD2 has a dual action of transduction of activation or apoptosis signals in T cells under different experimental conditions, we employed a yeast two-hybrid system to look for a binding protein of the cytoplasmic domain of CD2 which may be involved in this issue. A human T cell cDNA library was screened by a cDNA encoding the cytoplasmic domain of CD2 (Thr211-Gln336). The specificity of protein-protein interaction was verified by co-immunoprecipitation. The binding protein obtained, designated CD2cBP, was found to be homologous tov-fos transformation effector protein (Fte-1). As Fte-1 plays a role in cell transformation, growth, protein synthesis and protein-import into mitochondria, this result suggests that CD2cBP may be putatively involved in CD2-mediated signaling.     

人Rab蛋白cDNA的克隆和表达

从人胎脑cDNA文库中克隆到一种新的Rab cDNA,全长920bp,以编码213个氨基酸残基,该蛋白预测的分子质量为24567u,等电点7．34,经同源比较,该cDNA与GenBank数据库中登录号为X14964的Rab蛋白有83％的相似性和76％的相同性,将该cDNA克隆到经改造的PBV220表达质粒,转化DH5a菌株诱导表达出该蛋白,取24种不同组织的总cDNA各100ng,用该基因序列设计引物作PCR,结果在胎肝组织中检测到有明显条带,表明该Rab基因相对在胎肝有高表达。     

人类ADAM家族成员ADAM23a的克隆

应用与ADAM家族成员高度同源，来自人胎脑的EST（espressed sequence tag)为探针，从人22周胎脑cDNA文库中分离到3．0kb长的cDNA片段，除了C末端缺少91nt外，与ADAM23同源性达100％，编码的蛋白未能形成明显的跨膜区，定名为ADAM23a，在检测中发现，该基因与ADAM23的C末端相同位置的氨基酸序列中，分析其金属蛋白酶功能域(metalloproteinase domain)，不含有结合Zn的活性位点，去整联蛋白功能域（Disintegrin domain)与ADAM部分成员具有同源性，在人16种组织的Northern blot检测，ADAM23a仅在心脏和脑中表达，由于2种cDNA从不同发育时期的胎脑及脑中分离得到，有可能是在发育过程中受到了调节，可能通过去整联蛋白功能域与脑和心脏中的整联蛋白（integrin)相互作用。     

人类磷酸泛酰巯基乙胺结合蛋白新基因的分离和鉴定

在对AD293和HEK293进行差减杂交以探索两者在吸附和凋亡特性上的差异时,从AD293的高表达文库中分离得到一段新的cDNA片段.从人类胎脑文库克隆得到该基因,全长2 745 bp,编码的蛋白含518个氨基酸,被预测为磷酸泛酰巯基乙胺结合蛋白.该基因在染色体上定位于2p22.3,包含8个外显子.该cDNA编码的蛋白序列含有一个凋亡抑制蛋白5结构域,外皮蛋白重复片段和铜结合辛肽重复片段.RT-PCR分析显示该基因在人类正常组织和癌组织中广泛表达,但在癌组织中表达量相对较低,提示其可能对细胞凋亡有抑制作用.该基因在进化过程中高度保守.     

hASB-8相互作用蛋白的初步研究

hASB-8基因是对肿瘤细胞生长具有明显抑制作用的人类新基因．其编码蛋白属于人ASB蛋白家族中的一个成员,与小鼠中的ASB-8蛋白同源性达96％．保守结构域分析显示hASB-8在N端包含4个Ankyrin repeats,在C端包含了一个SOCS box．利用酵母双杂交技术,筛选了人的胎盘(Placenta)cDNA文库,获得了与KASB-8相互作用的2个蛋白,Elongin C和CDK4 binding protein;并在二倍体酵母体内进行了验证．这些试验提示hASB-8蛋白可能介导肿瘤细胞中靶蛋白和泛素复合体之间的相互作用,并与肿瘤细胞靶蛋白转录调节有关．     

RBM13 cDNA的克隆及其表达谱分析

从人胎脑cDNA文库中克隆到一条长3479bp的cDNA,它含一个长903bp的开放阅读框架,拟编码一个300个氨基酸的蛋白质,其分子质量为35397u,等电点为5．35,与酵母MAK16蛋白的同源性为41％,该编码蛋白有一个双侧核定位信号motif和一个RNA结合motif,将这一新cDNA序列推导的蛋白命名为RNA结合基序蛋白13（RBM13）,基因定名为RBM13,用RBM13基因的cDNA探针进行Northern杂交,检测到3．6kb和2．2kb二种长度的转录本。在心脏,骨骼肌,肾脏和肝脏中有较高表达。     

一个新C2H2型锌指蛋白的功能的初步研究

通过筛选人18周胎脑cDNA文库,得到一条编码332AA的全长新基因,生物信息学研究表明,该蛋白质序列有2个C2H2型锌指结构,其中1个锌指结构有RNA－binding蛋白特异锌指的特征,虽然同源比较发现与多种蛋白质精氨酸N端转甲基酶（protein arginine N-methyltransferase) 有一定的同源性,但新锌指蛋白不含转甲基酶的活性功能区域,属功能未知的基因,利用芯片研究功能未知基因的表达是一种较好的手段,通过代谢增强剂PMA（phorbol myristae acetate)刺激培养的血管内皮细胞,观察细胞受激活后新锌指蛋白基因的表达变化,结果表明新基因表达量提高了11倍以上,证实新基因属内皮细胞的极早期应答基因（Immediate early response gene,ERG)。     

脑表达的X连锁基因的克隆、染色体定位和初步功能研究

通过筛选人18周胎脑cDNA文库,得到一条与Bexl和Bex2在高度同源性的基因,经HUGO／GDB人类基因命名委员会的同意命名为BEX1,Northern杂交发现该基因在脑和胰腺中高表达,在心脏,胎盘,肝脏和肾脏中有较低表达,而在脑和骨骼肌中没有表达,用斯坦福大学G3辐射杂交系将BEX1定位于Xq22上的Marker DXS990和DXS 1059之间,以BEX1作为杂交探针小对小鼠的原位杂交中发现BEX1的小鼠同源基因在小鼠的生精小管中有表达,而在间质组织中没有表达,在成年小鼠（出生10周）中BEX1同源基因在生精小管的外周细胞中表达,在中层细胞（包括次级精母细胞和精子细胞）和内层细胞（主要由精子组成）中没有表达,而在6周的处于青春期的小鼠中,BEX1的同源基因在整个生精小管中都有表达,但外层细胞的表达比中层和内层细胞的表达要高得多,而在3周的幼年小鼠中,BEX1的同源基因仅有微量表达,所以BEX1在小鼠中的同源基因在青春期表达上升,生精小管成熟后表达维持在一定的水平,这提示BEX1基因可能参与精子发生及生精小管发育的过程。     

转录因子E2F—1的DNA结合结构域与GST的融合表达和纯化

通过聚合酶链式反应方法扩增转录因子Ｅ２Ｆ－１中ＤＮＡ结合结构域的基因片段,并将其克隆到ｐＧＥＸ－２Ｔ表达载体中,转化ＢＬ２１菌株．经ＩＰＴＧ诱导,目的蛋白在大肠杆菌中得到高效表达,其表达量达１５％．经ＧＳＴ－Ａｇａｒｏｓｅ亲合层析,目的蛋白得到了高度纯化．经胶迁移率改变实验（ｇｅｌｓｈｉｆｔｍｏｂｉｌｉｔｙａｓａｙ）证明目的蛋白具有与腺病毒Ｅ２启动子ＤＮＡ片段结合的能力．     

Cloning of a novel gene encoding human thioredoxin-like protein

mRNA differential display (DDRT-PCR) has been used to analyze different human fetal brain tissues of different developmental stages (13- and 33-week). According to the sequence of one EST obtained in this assay, a pair of primers have been designed to screen the arrayed human fetal brain cDNA library. A1 .2-kb cDNA clone has been found. This cDNA consists of an 867 bp open reading frame, a 132 bp 5' untranslated sequence and a 209 bp 3' untranslated sequence with a typical polyadenylation signal. The coding region predicts a protein of 289 amino acids. Its N-terminal of 105 residues is highly homologous to human thioredoxin, while no homology has been found in the databases with its C-terminal of 184 residues. Its N-terminal region also contains the conserved active site sequence CGPC (Cys-Gly-Pro-Cys) of thioredoxin. It was named human Thioredoxin-like gene (hTRXL).     

锌指结构基因HKR1在脑胶质瘤中的表达分析

从人胎脑cDNA文库中筛选到2612nt的锌指蛋白HKR1克隆,C端含有10个C2H2锌指结构,N端含有2个KRAB区域,基因芯片的原位杂交检测显示,HKR1基因表达在脑胶质瘤中明显升高,提示该基因可能是一条潜在的肿瘤相关基因。     

用酵母双杂合系统筛选与人血小板生成素受体c-Mpl相互作用的蛋白质的初报

血小板生成素（ｔｈｒｏｍ ｂｏｐｏｉｅｔｉｎ, ＴＰＯ）是调节血小板生成最主要的细胞因子,其生物学效应由其受体ｃ－Ｍｐｌ介导．利用酵母双杂合系统（ｔｗ ｏ－ｈｙｂｒｉｄ ｓｙｓｔｅｍ ）筛选与ｃ－Ｍｐｌ相互作用的蛋白质因子,以Ｇａｌ４ ＢＤ融合ｃ－Ｍｐｌ膜内部分ｃＤＮＡ 的ｐＡＳＭＭ 为靶蛋白质粒,筛选了人胎盘ｃＤＮＡ 文库,分离到人波形纤维蛋白（ｖｉｍ ｅｎｔｉｎ）的部分编码序列,首次检测到波形纤维蛋白与ＴＰＯ 受体之间的相互作用,这提示细胞骨架蛋白可能在ＴＰＯ 的信号转导过程中起着重要的作用     

拟穴青蟹PDI保守区域的克隆与序列分析

蛋白二硫键异构酶(PDI)是真核生物重要的多功能蛋白,其基因结构在虾蟹类尚未报道.从拟穴青蟹Scylla pa-ramamosain(Estampador,1949)脑组织中分离纯化总RNA,经逆转录得到cDNA第一条链,并以之为模板利用RACE(rapid-amplification of cDNA ends)技术,扩增出一条950 bp的cDNA.将所得cDNA克隆到质粒载体pTZ57R/T,转化大肠杆菌DH5α细胞并对筛选的阳性克隆测序.通过与目前数据库中序列的比较,在此cDNA编码蛋白中发现其中101个氨基酸与其他物种已知蛋白二硫键异构酶(PDI)中的PDI_a_PDI_a'_C保守区域相似率在64%～79%之间.确定此cDNA编码拟穴青蟹PDI_a_PDI_a'_C保守区域.