NT3的酵母双杂交诱饵载体的构建和初步鉴定

构建和转化神经营养素3(neurotrophin 3,NT3)的酵母诱饵重组质粒,为通过酵母双杂交研究NT3的功能及作用机制奠定基础。用PCR扩增NT3基因cDNA中编码完整开放读框的基因片段;将该基因片段与pLexA载体定向重组;用酶切和测序鉴定重组质粒;将核苷酸序列正确的重组质粒转化入EGY48[p8op LacZ]酵母菌株。结果成功构建pLexA NT3重组质粒。转化有重组质粒和pLexA空载体的二种EGY48[p8op LacZ]酵母都能在SD Gal Raf His Ura培养基中长成白色菌落(同时,转化pLexA pos阳性对照质粒的酵母菌在相同条件下长成蓝色菌落),但都不能在SD His Leu Ura培养基中生长,在SD His Ura液中培养16h后,OD600均值均为0.8±0.1。这表明,重组质粒表达的融合蛋白没有激活LEU2和lacZ酵母报告基因表达的活性,也没有酵母毒性作用。因此,构建的诱饵重组质粒可以用于下一阶段的人胎脑cDNA文库筛选。     

酵母双杂交系统筛选与HCMV pUL23蛋白相互作用的蛋白质

将UL23基因的ORF序列克隆到酵母表达载体pGBKT7构建诱饵质粒pGBKT7-UL23,用酵母双杂交技术筛选人胚肾cDNA文库中与人巨细胞病毒pUL23相互作用的宿主蛋白分子,再通过回复酵母双杂交再次确认两者之间的相互作用.结果表明:酵母双杂交,回复酵母双杂交试验证明宿主蛋白分子elF3e(eukaryotic trans-lation initiation factor 3,subunit E interacting protein)能够与人巨细胞病毒UL23蛋白相互作用.宿主蛋白分子elF3e能够与人巨细胞病毒UL23蛋白相互作用,这为进一步研究pUL23蛋白在HCMV生活周期中的作用机制提供依据.     

利用酵母双杂交系统筛选甘蓝型油菜ATP6的相互作用蛋白质

通过酵母双杂交系统,以ATP6作为诱饵蛋白筛选与ATP6有相互作用的蛋白质.通过筛选和鉴定,获得了5个与ATP6有相互作用的蛋白质.其中一个与拟南芥中内质网膜上的蛋白转运复合体中的α亚基（Sec61α）有很高的相似性.通过TAIL PCR和设计简并引物扩增初步得到了甘蓝型油菜Sec61α全长基因组序列和cDNA序列.并利用生物信息学分析手段对甘蓝型油菜Sec61α进行了比对和分析,推测该蛋白质可能参与了花粉的发育过程.     

视网膜母细胞瘤结合蛋白4基因酵母双杂交诱饵载体的构建

视网膜母细胞瘤结合蛋白4(RBBP4)是WD-40蛋白家族的成员之一,其在组蛋白乙酰化、细胞周期进展及肿瘤干细胞的分化等方面具有重要功能,研究与RBBP4互作的新蛋白质和认识RBBP4在疾病包括肿瘤的发生发展过程中的分子机制有重要意义。通过RT-PCR扩增获得了RBBP4基因的CDS序列,经双酶切后与pGBKT7酵母诱饵载体连接构建了pGBKT7-RBBP4载体,再通过双酶切鉴定和测序验证,结果表明此酵母双杂交诱饵载体被成功构建,为后续利用酵母双杂交技术筛选与RBBP4蛋白相互作用的新蛋白提供了参考。     

ABA受体RCAR1/PYL9相互作用蛋白质的筛选及初步研究

使用拟南芥作为模型,采用酵母双杂交系统筛选出和ABA受体RCAR1/PYL9有相互作用的蛋白质,以更深入的研究RCAR1/PYL9的功能.首先利用反转录PCR方法获得拟南芥的cDNA,然后通过酵母双杂交系统,用拟南芥RCAR1/PYL9作为诱饵蛋白对拟南芥cDNA文库进行筛选,并获得多个阳性克隆.对该菌落进行进一步的鉴定得到与RCAR1/PYL9具有相互作用的蛋白质,这对进一步研究RCAR1/PYL9及其相互作用蛋白质在ABA信号转导途径中的作用及地位奠定了基础.     

GFP报告因子结合流式细胞术的蛋白-蛋白相互作用单细菌水平分析

在基于腺苷酸环化酶功能重构的细菌双杂交(BACTH)系统中引入lac启动子控制的gfp基因作为蛋白质相互作用的报告基因,采用实验室自行研制的超高灵敏流式检测装置(HSFCM)建立了一种单细菌水平的、简单、快速、高通量的蛋白-蛋白相互作用分析方法.将分别携带有相互作用蛋白对编码基因和gfp报告基因的质粒共转化至报告菌株,利用HSFCM对单个细菌的散射光和荧光同时进行检测.结果表明蛋白-蛋白相互作用激活了gfp报告基因的表达,并存在双稳态现象:即一部分细菌的gfp报告基因被激活,细菌荧光信号强度明显高于阴性对照组,而另一部分细菌的gfp报告基因未被激活,细菌荧光信号分布与阴性对照组重叠.利用HSFCM在单细菌水平对荧光信号强度和表达GFP报告因子的细菌比例进行分析,能有效地区分表达GFP报告因子的阳性菌和报告基因未被激活表达的阴性菌,揭示了细菌个体蛋白的异质性表达.这将为相互作用蛋白对的检测及筛选提供一种快速的分析方法.     

应用酵母双杂交系统筛选与NAP1相互作用的蛋白质

用NAP1作为"诱饵"蛋白,通过酵母双杂交系统筛选人淋巴细胞cDNA文库,鉴定阳性克隆;再利用酵母双杂交和免疫共沉淀验证相互作用. 结果表明,通过酵母双杂交系统筛选人淋巴细胞cDNA文库,阳性克隆的鉴定,发现了与NAP1的相互作用蛋白质―蛋白酶体α亚基3(PSMA3). 免疫共沉淀(Co-IP)结果证实外源表达的NAP1蛋白和PSMA3蛋白在293T细胞中有特异性的相互作用. NAP1作为FDC分泌的一种多肽,与PSMA3有特异性的相互作用,这种相互作用如何实现对蛋白酶体降解靶蛋白的活性调节,其作用机理有待深入研究.     

利用酵母双杂交筛选与谷氨酰tRNA合成酶相互作用的蛋白质的初步研究

使用拟南芥作为模型,采用筛选出和谷氨酰tRNA合成酶有相互作用的蛋白质的方法研究谷氨酰tRNA合成酶在植物中可能具有的未知功能.首先利用反转录PCR方法获得拟南芥的cDNA,然后通过酵母双杂交系统,用拟南芥的谷氨酰tRNA合成酶作为诱饵对拟南芥cDNA文库进行筛选,并获得多个阳性菌落.对该菌落进行进一步的鉴定得到和谷氨酰tRNA合成酶具有相互作用的蛋白质,这对进一步研究谷氨酰tRNA合成酶及其相互作用蛋白质参与的生命活动奠定基础.     

酵母双杂交筛选PMEPA1互作蛋白

采用酵母双杂交技术筛选与前列腺跨膜蛋白PMEPA1相互作用的蛋白质,构建了pGBKT7-PMEPA1诱饵质粒,获得与PMEPA1互作蛋白,GST pull-down实验确定2种蛋白间的相互作用.构建了诱饵载体转化酵母菌Y2HGold,对酵母宿主无毒性、无自激活活性.得到阳性克隆Dynactin6,GST pull-down实验证实PMEPA1与Dynactin6蛋白间相互作用.推测蛋白Dynactin6可能参与调控PMEPA1在细胞的运输.     

酵母双杂交系统的研究进展

酵母双杂交系统自创建以来,已成为研究蛋白质相互作用的重要手段,揭示了大量未知蛋白质之间的相互作用。随着该系统的广泛应用,近年来又发展了三杂交系统、单杂交系统、逆向双杂交系统、SOS富集系统等。酵母双杂交及其衍生系统已经成功地运用于蛋白质之间,蛋白质与DNA、RNA、配体之间相互作用的研究。     

miR164a及其靶基因PeNAC1相互作用研究

miRNA参与了生物体重要的基因表达调控过程,其中miR164通过对标靶NAC(NAM/ATAF/CUC)基因家族的精细调控,在植物激素信号传导、生长发育以及胁迫应答中起着重要作用。为了验证杨树中miR164a和其预测靶基因PeNAC1间是否也存在这一相互作用,笔者采用PCR技术克隆了毛果杨(Populus trichocarpa)miR164a的前体序列Ptc-MIR164a,并通过RNA fold(http://rna.tbi.univie.ac.at/)在线软件对其进行了miRNA二级结构分析。结果表明:该序列能形成典型的二级茎环结构,预示其在细胞内能被加工为成熟的miR164a。进一步借鉴动物细胞miRNA研究中荧光素酶报告基因法,利用高效的杨树原生质体瞬时表达体系,验证了Ptc-MIR164a对其预测靶基因PeNAC1的标靶作用; 同时,也建立了一种比较简单、直观的植物miRNA靶标基因的鉴定方法。     

The Plasmodium protein network diverges from those of other eukaryotes

Plasmodium falciparum is the pathogen responsible for over 90% of human deaths from malaria. Therefore, it has been the focus of a considerable research initiative, involving the complete DNA sequencing of the genome, large-scale expression analyses, and protein characterization of its life-cycle stages. The Plasmodium genome sequence is relatively distant from those of most other eukaryotes, with more than 60% of the 5,334 encoded proteins lacking any notable sequence similarity to other organisms. To systematically elucidate functional relationships among these proteins, a large two-hybrid study has recently mapped a network of 2,846 interactions involving 1,312 proteins within Plasmodium. This network adds to a growing collection of available interaction maps for a number of different organisms, and raises questions about whether the divergence of Plasmodium at the sequence level is reflected in the configuration of its protein network. Here we examine the degree of conservation between the Plasmodium protein network and those of model organisms. Although we find 29 highly connected protein complexes specific to the network of the pathogen, we find very little conservation with complexes observed in other organisms (three in yeast, none in the others). Overall, the patterns of protein interaction in Plasmodium, like its genome sequence, set it apart from other species.     

用酵母双杂交检测BAR与PDZ结构域的相互作用

用酵母双杂交系统探索P ICK 1分子中BAR结构域与PDZ结构域的相互作用.分别构建了pGAD-PDZ和pGBK-BAR重组子,共转入酵母细胞后,涂布于SD(L eu-,T rp-,H is-)固体平板培养基,经滤纸复印和显色反应,在8 h内观察到只有pGAD-PDZ/pGBK-BAR的表达产物呈阳性,而其它对照pGADT 7/pGBKT 7、pGAD-PDZ/pGBKT 7和pGADT 7/pGBK-BAR均呈阴性反应,说明BAR与PDZ结构域具有相互作用.     

卡波氏肉瘤相关疱疹病毒ORF50结合蛋白的筛选

应用酵母双杂交系统,以包含RTA氮端530个氨基酸的片段插入载体pGBKT7作为诱铒,在人脾脏cDNA文库中,筛选得到4个阳性AD/文库质粒,并用酵母双杂交实验验证了阳性AD/文库质粒与RTA的相互作用.将阳性AD/文库质粒测序并对测序结果做BLAST分析,发现它们分别是:TLE2、RBP-Jk、ZNF-12和WHSC1.     

Identification of AtSM34, a novel tonoplast intrinsic protein-interacting polypeptide expressed in response to osmotic stress in germinating seedlings

Aquaporins are implicated in a wide variety of plant physiological processes, although the mechanisms involved in their regulation are not fully understood. To gain further insight into the regulatory factors involved in this process, we used a yeast two-hybrid system to screen for potential binding partners to the Arabidopsis tonoplast intrinsic protein (TIP) AtTIP1;1. This was the first protein identified to be associated with high water permeability in vacuolar membranes from Arabidopsis thaliana. Using ...     

人白细胞介素24蛋白酵母双杂交诱饵载体的构建及其自激活检测

构建人白细胞介素24蛋白酵母双杂交诱饵栽体,并检测其自激活作用.采用PCR技术特异性扩增人白细胞介素24基因IL-24,将其克隆入酵母双杂交诱饵质粒pGBKT7中,通过PCR扩增、限制性酶切鉴定及序列测定,获得质粒pGBKT7-IL-24.采用PEG/LiAc法将其转入酵母AH109中,经表型筛选检测其自激活作用,同时...     

The protein-protein interaction map of Helicobacter pylori

With the availability of complete DNA sequences for many prokaryotic and eukaryotic genomes, and soon for the human genome itself, it is important to develop reliable proteome-wide approaches for a better understanding of protein function. As elementary constituents of cellular protein complexes and pathways, protein-protein interactions are key determinants of protein function. Here we have built a large-scale protein-protein interaction map of the human gastric pathogen Helicobacter pylori. We have used a high-throughput strategy of the yeast two-hybrid assay to screen 261 H. pylori proteins against a highly complex library of genome-encoded polypeptides. Over 1,200 interactions were identified between H. pylori proteins, connecting 46.6% of the proteome. The determination of a reliability score for every single protein-protein interaction and the identification of the actual interacting domains permitted the assignment of unannotated proteins to biological pathways.     

重组慢病毒介导的NMD途径因子UPF1和SMG1可诱导干扰细胞株的构建

无义介导的mRNA降解途径是一个比较完善的异常mRNA的降解机制,结合在外显子拼接复合体上的多种蛋白决定NMD途径对异常转录物的识别和降解的启动,其中UPF1和SMG1发挥主要功能.UPF1是一个RNA解旋酶和RNA依赖的ATP酶;而SMG1具有磷脂酰肌醇激酶活性,负责UPF1的磷酸化.本研究构建了含有UPF1和SMG-1基因发夹结构的诱导开关基因表达干扰质粒.利用慢病毒介导转化哺乳动物细胞HEK293T细胞得到重组病毒,经鉴定后感染细胞AD_293,目的基因在细胞中得以高效表达.通过继代培养和单克隆化,得到强力霉素诱导干扰UPF1和SMG-1表达的稳定细胞株.     

PheAB基因在棒状杆菌染色体上的整合

改造大肠杆菌质粒ｐＬＣＸ３１,切除其中的ｘｙｌＥ基因得到大肠杆菌质粒ｐＪＬ０１．将源于大肠杆菌分枝酸变位酶－预苯酸脱水酶基因２．３ｋｂ ＢａｍＨＩ片段克隆到大肠杆菌质粒ｐＪＬ０１中启动子Ｐ３２的下降,构建成质粒ｐＪＬ０２。再在ｐＪＬ０２的ＨｉｎｄⅢ位点接入棒状杆菌染色体的ＨｉｎｄⅢ消化的随机片段,构建成带不同棒状杆菌染色体片段而不带棒状杆菌自主复制顺序的棒状杆菌整合质粒ｐＪＬ０３。