新疆石河子-沙湾地区博尔通古牧场硬蜱形态学和16S rDNA序列分析研究

为了掌握新疆石河子-沙湾地区博尔通古牧场畜牧体表寄生硬蜱的分布情况及物种多样性,对该地区12个调查点的寄生蜱类进行考察,采用形态学分类及16S rDNA序列进行遗传进化分析的方法对采集的323只羊和228只牛寄生硬蜱进行研究,从中选取26只硬蜱进行线粒体16S rDNA序列扩增、测序,并与34种GenBank参考序列进行遗传进化分析。结果显示:该地区共鉴定出2科3属7个种的硬蜱。其中2种硬蜱与边缘革蜱(Z97879)16S rDNA序列同源性分别为98.2%和96.8%,遗传距离为0.021和0.026;1种硬蜱与森林革蜱(JF979379)、草原革蜱(JF979375)16S rDNA序列的同源性为95%和96.3%,遗传距离为0.039和0.042;3种硬蜱基因序列与亚洲璃眼蜱(JF979380)16S rDNA的同源性为98.3%~99.8%,遗传距离为0.003~0.017;且获得的1种硬蜱,与刻点血蜱(Z97880)同源性完全相同。结论:首次应用形态学和16S rDNA序列分析报道了新疆石河子-沙湾地区博尔通古牧场牛、羊体表寄生的硬蜱种类,16S rDNA测序分析表明该地区硬蜱与GenBank报道的国际硬蜱有一定差异性,与国内其它省份分离的硬蜱16S rDNA序列亦不完全相同,具有区域差异性。     

新疆准噶尔盆地蜱种调查及DNA条形码应用

目的利用DNA条形码技术对新疆维吾尔自治区准噶尔盆地部分县市的蜱种进行鉴定。方法运用标准形态学鉴定方法对采集的蜱进行初步鉴定,进而用COⅠ基因片段扩增并测序。结果 2017-2018年间4-6月在新疆准噶尔盆地地区的8个县市采集点共采集到4880只蜱虫,隶属3属5种,包括革蜱属的边缘革蜱、森林革蜱和草原革蜱,璃眼蜱属的亚洲璃眼蜱以及硬蜱属的凯瑟硬蜱。基于COⅠ基因部分序列比对结果与形态学结果一致,而且系统进化树证明了序列比对的结果;进化树展现了同一物种的不同属均形成高支持率的单系,种间分支明显。研究表明采集的边缘革蜱、森林革蜱、草原革蜱和亚洲璃眼蜱均属于新疆优势蜱种,而凯瑟硬蜱是首次在新疆境内检测到的蜱种。结论以COⅠ基因作为蜱DNA条形码对蜱种鉴定方面具有一定的可行性。     

新疆策勒县喜马拉雅旱獭无形体和埃立克体病原的筛查与鉴定

目的对新疆策勒县捕获的喜马拉雅旱獭进行无形体和埃立克体分子检测。方法用线粒体细胞色素氧化酶Cytb和形态学对捕获的52只旱獭进行鉴定;基于16S rDNA和MSP4基因片段分别对旱獭的心、肝、脾、肺、肾、小肠和大肠进行埃立克体和无形体基因检测,PCR阳性产物进行测序和遗传进化分析。结果捕获的52只旱獭均为喜马拉雅旱獭;旱獭心脏无形体基因检测的阳性率最高,为7.69%(4/52),测序分析均为嗜吞噬细胞无形体,遗传进化发现该无形体与野生动物马鹿、棕熊、野猪和人来源的嗜吞噬细胞无形体聚为一支;从1只旱獭的肝、肺脏、小肠均检测到埃立克体,测序和遗传进化分析表明:该埃立克体为未定名种,与中国新疆亚洲璃眼蜱中的Ehrlichia sp.Hyalomma asiaticum(KJ410254)的同源性为100%,与其聚于同一支。结论喜马拉雅旱獭经分子检测得到嗜吞噬细胞无形体和未定名种埃立克体核酸,加强喜马拉雅旱獭虫媒传染性病原的检测对于实验模式动物的优化选择具有重要意义。     

新疆北疆地区寄生蜱无形体和疏螺旋体分子流行病学调查

为了解新疆北疆地区的家畜主要寄生蜱种的无形体和螺旋体的流行情况。采用聚合酶链反应(PCR)对采自家畜体表的546只成蜱(包括210只亚洲璃眼蜱,209只刻点血蜱,61只草原革蜱,40只边缘革蜱,和26只图兰扇头蜱)进行了无形体和螺旋体的核酸筛检。结果显示,无形体的总阳性率为53.48%(292/546),螺旋体的总阳性率为17.77%(97/546)。此外有15只蜱复合感染了两种病原的核酸。通过测序发现了嗜吞噬细胞无形体,绵羊无形体,伯氏疏螺旋体,伽氏疏螺旋体四种病原核酸,BLAST序列比对分析发现这四种病原核酸存在序列多样性。由此可知,无形体在新疆家畜寄生蜱中呈高流行态势,疏螺旋体呈散在分布,首次从边缘革蜱中检测到绵羊无形体核酸。在新疆等偏远的农村地区控制家畜体表寄生蜱数量以及蜱传病原散播具有紧迫性。     

新疆石河子地区鸡皮刺螨形态学鉴定及其cox1基因比对分析

为了确定新疆石河子地区流行的鸡螨虫的种类,采集本地区蛋鸡和斗鸡流行的螨样进行形态学观察鉴定,同时克隆并分析其线粒体DNA细胞色素C氧化酶亚基1(cox1)基因,并与Gen Bank登录的鸡皮刺螨参考序列对比分析同源性并构建系统进化树。初步形态学鉴定结果显示:该虫体呈长椭圆形,后部略宽,螯枝细而长;背面有1块背板,前部较宽,后缘平直;胸板拱桥形,宽大于长,板上刚毛2对;肛板圆三角形,肛孔位于肛板后部;雄螨的胸殖板和腹肛板相接形成全腹板,具有鸡皮刺螨的形态特征。分子生物学鉴定发现,本研究螨虫株cox1基因与法国和意大利鸡源鸡皮刺螨cox1基因序列同源性达99%,证实石河子地区流行的鸡螨虫为鸡皮刺螨,该螨虫与法国和意大利鸡源鸡皮刺螨具有较近的亲缘关系。     

5种沙漠微藻的分离鉴定及其18S rDNA保守区片段差异分析

为了研究古尔班通古特沙漠中微藻的种类,采用96孔板有限稀释法,从该沙漠采集的沙样中分离出5种不同的微藻,并通过形态学特征初步鉴定为绿藻门。根据GenBank中绿藻门不同科属藻类的18S核糖体RNA基因(18S rDNA)保守区设计18S特异性引物,分别对5种微藻的基因组进行PCR扩增18S rDNA片段,经克隆测序、blast n比对、系统发育树构建及遗传距离值分析,将5种微藻初步鉴定到属。结果表明:从该沙漠分离得到的5个微藻物种分别来自绿藻门不同的科属,其中一个物种极可能为新物种。     

基于18S rDNA、rbcL和atpB序列的轮藻科植物的系统发育研究

为找到适宜用于轮藻科植物系统发育研究的分子片段,对本研究所选轮藻进行18S rDNA、rbcL、atpB及18S rDNA-rbcL-atpB三基因联合序列的多样性分析,并通过构建系统进化树的方法,开展系统发育研究.结果表明,18S rDNA序列较适宜用于研究轮藻科下两个族和各属间的分类问题,但进一步对属内轮藻进行分类需要借助变异程度更高的序列;rbcL、atpB序列变异程度高于18S rDNA序列,但两者不适宜单独用于轮藻科植物的系统发育研究;三基因联合序列的种间、种内遗传距离有一定差异,种间遗传距离(0.002～0.097)大于种内遗传距离(0～0.001),且所得进化树的拓扑结构与传统形态学分类结构一致,属内轮藻分类不再混乱,进化树呈现良好的拓扑结构.综上所述,18S rDNA-rbcL-atpB三基因联合分析后可将形态近似的轮藻分开,解决本研究选取的轮藻科植物的分类问题.     

古尔班通古特沙漠南缘蜱类区系分布及其与相关疾病关系

初步调查了古尔班通古特沙漠南缘3种不同生境条件下蜱的种群组成及区系分布,采用人工小时布旗法收集蜱,11个不同考察点,共获蜱2152只,计4属8种.结果表明,以古尔班通古特南缘为主的沙漠区,优势种群为残缘璃眼蜱(Hyalomma detritum)(34.67%)、盾糙璃眼蜱( Hyalomma scupense)(26.20%);以奎屯、石河子等地为主的垦区,优势种群为残缘璃眼蜱(Hyalomma detritum)(28.15%)、银盾革蜱(Dermacentor niveus)(26.20%);以天山山麓北坡为主的山地森林草原区,优势种群为全沟硬蜱(Ixodes persulcatus)(100%).其中以沙生植物构成的固定和半固定沙漠区蜱密度指数最高(111.75只/人工小时).同时,采用动物体摘采法,首次在绵羊和刺猬体表分别发现了盾糙璃眼蜱和短垫血蜱.另外,列出这些主要蜱种与人类疾病间的关系.此调查结果可为准噶尔盆地的蜱类组成与分布及其与疾病间的关系的研究提供依据.     

中华鳖病原维氏气单胞菌的分子鉴定及分子分类学研究

气单胞菌是一类人和水产经济动物的严重致病菌,用分子进化手段鉴定一株分离自红脖子病甲鱼病灶部位的菌HBJY01,同时探讨气单胞菌的进化地位.克隆HBJY01的16S rRNA和gyrB基因,鉴定该菌的属种.用16S rRNA和gyrB基因通过构建系统进化树和计算序列两两间遗传距离的方法,探讨气单胞菌的进化地位.HBJY01的16S rRNA和gyrB基因与维氏气单胞菌的相应基因同源性最高,经分子鉴定为维氏气单胞菌.气单胞菌应独立于弧菌科,单独形成一个科,即气单胞菌科(Aeromonadaceae).     

种植转 Bt 水稻对固氮细菌多样性和固氮酶铁蛋白基因 nifH 的水平转移的影响

通过对具有不同种植年限和不同种植强度的转 Bt 基因水稻与非转 Bt 基因水稻土壤中的细菌以及固氮细菌群 落结构进行研究,发现转 Bt 水稻的种植可能会影响土壤中微生物群落的多样性,但是这种影响的可能只是暂时的,通过对测量种植水稻的芽长实验也得出相似的结论． 另外,根据 16S rDNA 基因构建的系统发育进化树揭示了本实验分离的固氮细菌的遗传多样性,发现实验土壤中的固氮细菌主要分为放线菌门(Actinobacteria) ( 92% ) 和 α － 变形菌门( α-Pro-teobacteria) 两大     

1株脂肪酶产生菌的筛选鉴定及其脂肪酶基因的克隆表达

从武汉市郊蓖麻地土壤中分离到1株产脂肪酶菌株,结合形态观察和生理生化鉴定,扩增16S rDNA并测序,运用Blast比对构建了进化树,发现该菌与粘质沙雷氏菌(Serratia marcescens)的同源性高达99％,初步鉴定该菌属于沙雷氏菌属(Serratia),命名为Serratia sp.HS-L5.克隆了脂肪酶...     

新疆维吾尔族宫颈鳞癌组织人乳头瘤病毒16型E6、E7基因变异分析

为探讨新疆维吾尔族宫颈鳞癌组织人乳头瘤病毒16型(HPV16)E6、E7基因序列的变异分布情况。采用43例维吾尔族妇女宫颈鳞癌组织中提取DNA作为模板,PCR扩增E6和E7全长基因,PCR产物直接测序。以欧洲标准株为原型,进行序列分析,并对HPV16 E6、E7进行进化树分析。结果显示,测序结果分析共发现6个突变位点(4个错义突变,2个无义突变),其中有34例E6基因350位核苷酸发生突变(T350G),突变频率为79.1%,对应氨基酸改变为Leucine→valine(L83V);6例E6基因295位核苷酸发生突变(T295G),突变频率为(14.0%),相应氨基酸改变为aspartic→glutamic(D64E),值得注意的是,这6例HPV16 E6基因T295G突变均伴随着E6基因T350G突变。E7基因仅在1例样本647位点发生常见的核苷酸A→G突变(A647G),且伴随着E6基因178位点T→G突变(T178G)。进化树分析表明,8例为HPV16欧洲型(Ep),34例为欧洲变异型(E),仅1例为亚洲型(As),没有发现非洲株(Af)和亚洲美洲株(AA)。由此可知:(1)新疆维吾尔族妇女主要以感染HPV16欧洲型(E)为主;(2)E6基因T295G-T350G共突变为特点的HPV16病毒,可能做为新疆维吾尔族妇女特有的HPV16欧洲型新疆株还需要进一步确认。     

一株抗马铃薯晚疫病菌的粘细菌鉴定及其活性分析

本文采用大肠杆菌诱导的方法,从内蒙古呼和浩特市采集的土壤中分离到一株细菌(Xt-2)。通过子实体和菌落形态学的初步观察、生理生化特征和16S rDNA分子鉴定,该菌株具有与橙色粘球菌相似的形态及生理生化特征,且其16S rDNA序列与橙色粘球菌的16S rDNA序列具有99%的同源性,说明该菌株为橙色粘球菌。抗菌活性表明菌株Xt-2具有明显的抗马铃薯晚疫病菌活性,且活性物质主要存在于菌株的胞外代谢产物中。活性物质不是蛋白质,对紫外的耐受性比较好,但对高温、过酸或过碱的环境比较敏感。本研究为菌株Xt-2抗马铃薯晚疫病活性物质的提取、分离及鉴定奠定了基础,也为内蒙古地区粘细菌的深入研究及抗马铃薯晚疫病新药研发奠定了一定的基础。     

南极深海底泥中产Ectoine中度嗜盐菌NJS-2的分离筛选及其性质研究

从南极深海底泥中分离到一株中度嗜盐菌NJS-2,经过16S rDNA(已提交GenBank,其登录号为DQ789389)序列分析、形态学和生理生化特征分析,该菌株初步鉴定为色盐杆菌属(Chromohalobacter).以其16S rDNA序列相似性为基础构建了包括8种相关种属在内的系统发育树.同源性分析表明,NJS-2与Chromohalobacter salexigens 的16S rDNA相似性达到99%以上,应归属于色盐杆菌属,命名该菌株为Chromohalobacter sp.NJS-2.研究了菌株NJS-2的相容性溶质四氢嘧啶(Ectoine)的累积及累积条件.研究发现,30℃条件下,在含2 mol/L NaCl的培养基中培养48 h,可最大诱导生成Ectoine 300 mg/L.反复渗透性休克试验表明:NJS-2在低渗条件下能够快速将细胞内的Ectoine分泌到细胞外,而在高渗环境中能够较快地重新合成.     

中国南海南沙海区沉积物中细菌16SrDNA多样性的初步研究

通过构建并分析中国南海南沙海区沉积物中细菌16S rRNA基因文库,对其遗传多样性进行了研究.发现沉积物中细菌16S rRNA基因主要来自变形细菌(Proteobacteria)的δ-,γ-,α-亚族和浮霉状菌目(Planctomycetales)等类群,所获的16S rRNA基因的序列与GenBank中已知的细菌16S rDNA序列差异较大,这一结果表明在中国南沙海区沉积物中存在丰富的微生物多样性,并潜藏着特有的微生物资源.     

哈利特角形虫宿主新纪录及两个地理株系的比较

[目的]研究哈利特角形虫(Ceratomyxa hallettae)在不同地理分布和宿主种类下的遗传分化.[方法]基于哈利特角形虫的形态学、18S rDNA的分子特征、系统发育、宿主、地理分布等特征对哈利特角形虫中国株系与澳大利亚株系间的遗传分化进行研究.[结果]褐蓝子鱼(Siganus fuscescens)为哈利特角形虫的新宿主;形态学分析显示哈利特角形虫两株系在形态量度上差异较小;分子特征分析显示两株系18S rDNA序列之间存在7个变异位点,且两者相似度为99.60％,遗传距离为0.003 8;系统发育分析表明,哈利特角形虫中国株系聚于海洋角形虫进化支,且与澳大利亚株系形成姐妹群关系.[结论]宿主种类差异与长期的地理隔离可能是造成哈利特角形虫中国株系与澳大利亚株系在分子(18S rDNA)和形态上发生分化的主要原因.综合角形虫的系统发育、地理分布、宿主类群等信息可知,哈利特角形虫的原始宿主可能为单斑裸颊鲷(Lethrinus harak),而褐蓝子鱼应为该寄生虫经历了宿主转移事件而获得的新宿主.     

鲫鱼肠道温和气单胞菌的分离鉴定及药敏试验

从鲫鱼肠道分离纯化获得一株细菌,编号为XA-2,对其进行形态观察,并对理化特性、16S rDNA克隆测序及系统发育进化树构建等研究．结果表明,XA-2菌株为革兰氏阴性短杆菌,可发酵葡萄糖产气;进一步采用 PCR方法克隆16S rDNA序列,测得长度为1508 bp ;对系统发育进化树分析,发现XA-2菌株与温和气单胞菌（Aero-monas sobria）模式菌株NCIMB 12065的亲缘关系最近,同源性达99.73％,从而鉴定XA-2菌株为温和气单胞菌．采用27种抗生素进行药敏试验,结果显示该菌株对头孢噻吩、头孢噻肟、头孢克肟、头孢哌酮、新霉素、诺氟沙星、复方新诺明等药物敏感,对先锋霉素Ⅳ、阿莫西林、庆大霉素、卡那霉素、红霉素等药物不敏感．     

溶藻细菌MT22的形态学观察和分子鉴定

结合形态学和16S rRNA 基因测序的方法,对一株溶藻细菌 M T22进行菌种鉴定．结果显示, M T22菌体呈杆状,革兰氏染色阳性,产芽孢．在LB平板培养基上,菌落呈白色、圆形．16S rRNA 基因序列分析表明,与解淀粉芽孢杆菌（Bacillus amyloliquefaciens）的序列同源性达99％．     

一株高温菌所产酶的功能分析与菌株分类鉴定

从长白山温泉中分离出一株可产生淀粉降解酶的高温菌(CW₂)， 用薄层层析法分析鉴定酶促淀粉降解的产物， 发现CW₂所产生的淀粉降解酶系胞外酶， 可催化淀粉降解产生异麦芽低聚糖(主要包括异麦芽糖、 异麦芽三糖和潘糖). 用PCR法扩增其16S rDNA， 测定其序列（873 bp）， 与GeneBank中已知菌的16S rDNA序列对 比， 该菌株与模式菌株Bacillus licheniformis ATCC 14580，Bacillus licheniformis  DSM 13,Bacillus subtilis strain JM4的16S rDNA序列同源性最高， 只分别相差9,9,13个碱基， 序列相似性分别为98.97％,98.97％,98.51％. 用Neighbor joining方法构建CW₂进化树， 并用Bootstraping法对其评估， 结果表明， CW₂与Bacillus licheniformis， Bacillus sonorensiss形成Bacillus属中的亲缘关系最近的一个进化种群.     

一株抗马铃薯晚疫病菌的黏细菌鉴定及其活性分析

采用大肠杆菌诱导的方法,从内蒙古呼和浩特市采集的土壤中分离到一株细菌(Xt—2)。通过子实体和菌落形态学的初步观察、生理生化特征和16S rDNA分子鉴定,该菌株具有与橙色黏球菌相似的形态及生理生化特征,且其16S rDNA序列与橙色黏球菌的16S rDNA序列具有99%的同源性,说明该菌株为橙色黏球菌。抗菌活性表明菌株Xt—2具有明显的抗马铃薯晚疫病菌活性,且活性物质主要存在于菌株的胞外代谢产物中。活性物质不是蛋白质,对紫外的耐受性比较好,但对高温、过酸或过碱的环境比较敏感。本研究为菌株Xt—2抗马铃薯晚疫病活性物质的提取、分离及鉴定奠定了基础,也为内蒙古地区黏细菌的深入研究及抗马铃薯晚疫病新药研发奠定了一定的基础。