采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的初步研究

初步探讨了采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的方法.根据已知细菌16S rDNA序列的高度保守区设计引物,利用PCR法扩增16株已鉴定的鳗鲡病原菌的16S rDNA片段,测序分析后,通过Gen-Bank数据库进行同源性检索,并构建相应的系统发育树.结果表明:16株鳗鲡病原菌均扩增到了400 bp左右的基因片段,其中14株菌的16S rDNA片段序列与网上已发表的同属菌株的同源性为100%,其余2株为99%;8株病原菌被鉴定到种,分别属于嗜水气单胞菌和温和气单胞菌,其余8株被鉴定到属,分别属于气单胞菌属、假单胞菌属和肠杆菌属;鉴定结果与生化鉴定结果在属的分类单元上的符合程度高达82%.     

中华鳖病原维氏气单胞菌的分子鉴定及分子分类学研究

气单胞菌是一类人和水产经济动物的严重致病菌,用分子进化手段鉴定一株分离自红脖子病甲鱼病灶部位的菌HBJY01,同时探讨气单胞菌的进化地位.克隆HBJY01的16S rRNA和gyrB基因,鉴定该菌的属种.用16S rRNA和gyrB基因通过构建系统进化树和计算序列两两间遗传距离的方法,探讨气单胞菌的进化地位.HBJY01的16S rRNA和gyrB基因与维氏气单胞菌的相应基因同源性最高,经分子鉴定为维氏气单胞菌.气单胞菌应独立于弧菌科,单独形成一个科,即气单胞菌科(Aeromonadaceae).     

家兔源致病性维罗纳气单胞菌的分离鉴定及药敏试验

四川某兔场家兔爆发以咳嗽、打喷嚏和流鼻液等症状的疾病.为调查其病因,分别无菌采集5只病兔和临床健康兔肺脏分离细菌,对分离出的4株优势菌进行16S rDNA PCR扩增测序分析鉴定,并对分离的细菌进行药敏试验和小鼠致病性试验.结果从发病家兔肺脏分离到4株维罗纳气单胞菌,而从临床外表健康家兔肺脏未分离到该菌;本试验分离的4株维罗纳气单胞菌均对小鼠有致病性,能引起小鼠发病并部分死亡;分离菌对大多数氟喹诺酮类、β-内酰胺类、四环素类药物敏感,对大部分氨基糖苷类药物耐药.试验首次从家兔肺脏中分离到致病性维罗纳气单胞菌,并筛选出敏感药物,为家兔呼吸道疾病的防控提供了参考.     

一株嗜水气单胞菌Aeromonas hydrophila的16S-23S rDNA间区序列分析及应用

根据细菌的16S rDNA 3'端和23S rDNA 5'端的高度保守区设计引物,扩增了一株中华鳖Trionyx sinensis"红板病"病原菌--嗜水气单胞菌的16S-23S rDNA间区,克隆到pGEM-T载体上,测序.用BLAST和DNAstar软件对16S-23S rDNA间区序列以及其内tRNA基因与已发表的嗜水气单胞菌和近缘种的IGSG序列进行比较分析,设计出对嗜水气单胞菌特异的PCR引物,建立了检测嗜水气单胞菌的PCR方法,进行了特异性、灵敏性检测,并用此方法检测了不同的水样.     

丙酸测定与丙酸高产菌的筛选、鉴定

采用表观筛选与丙酸HPLC测定方法,从富含丙酸菌与乳酸菌的奶酪中分离、筛选得到1株高产丙酸的菌株FS1026。对该菌株进行16S rDNA序列分析,构建相关序列进化树,鉴定该菌株为产酸丙酸杆菌(Propionibacterium acidipropionici sp.)     

基于16S rDNA序列和RFLP分析的病鳗分离菌株鉴定

结合16S rDNA基因序列和限制性片段长度多态性(RFLP)的分析方法,通过与GenBank库中已递交的细菌16S rDNA基因序列进行同源性比较,对分离自发病鳗鲡(欧洲鳗鲡,日本鳗鲡和美洲鳗鲡)的30株细菌进行初步鉴定和分类.结果表明,这些细菌可大致分为气单胞菌属(Aeromonas sp.)、假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、邻单胞菌属(Plesiomonas sp.)、克雷伯氏菌属(Klebsiella sp.)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter sp.)、不动杆菌属(Acinetobacter sp.)和肠杆菌属(Enterobacter sp.)等7个菌属.分析认为,部分分离菌株可能是引起鳗鲡病害的疑似致病性菌株.     

一株牛源副乳房链球菌的分离鉴定与药敏试验

从河北省滦南县某奶牛养殖场奶牛临床型乳房炎乳汁中分离到1株细菌,对其进行常规形态学观察、生化鉴定、16S rDNA基因序列测定、动物致病性试验及药敏试验。结果显示,分离菌株的生化鉴定结果与副乳房链球菌相符;分离菌株的16S rDNA基因序列与副乳房链球菌的同源性为96.2%;在系统发育进化树上分离菌株与副乳房链球菌自然聚为一簇;分离菌株对小白鼠具有一定的致病性,将其命名为Spu QHD-1;分离菌株Spu QHD-1对替米考星、复方新诺明、卡那霉素等耐药;对环丙沙星、氟苯尼考、阿莫西林等敏感。     

灰黄霉素高产变株与出发菌株18S rRNA基因序列的比较分析

根据真菌18S rDNA的保守序列设计引物,对灰黄霉素高产突变菌Penicillium griseofulvum F208与出发菌株Penicillium griseofulvum 3.5190的18S rRNA进行克隆测序及对比分析,并登录GenBank(序列号为EF608151和EF607282).依据18S rDNA建立的系统进化树表明突变株F208与出发菌株3.5190的遗传距离较远,而与Penicillium urticae亲缘关系最近.出发菌株3.5190与Penicillium commune亲缘关系最近.18SrDNA作为分子标记可有效地鉴别灰黄霉素产生菌(Penicillium griseofulvum)高产与低产菌株.     

一株抗马铃薯晚疫病菌的粘细菌鉴定及其活性分析

本文采用大肠杆菌诱导的方法,从内蒙古呼和浩特市采集的土壤中分离到一株细菌(Xt-2)。通过子实体和菌落形态学的初步观察、生理生化特征和16S rDNA分子鉴定,该菌株具有与橙色粘球菌相似的形态及生理生化特征,且其16S rDNA序列与橙色粘球菌的16S rDNA序列具有99%的同源性,说明该菌株为橙色粘球菌。抗菌活性表明菌株Xt-2具有明显的抗马铃薯晚疫病菌活性,且活性物质主要存在于菌株的胞外代谢产物中。活性物质不是蛋白质,对紫外的耐受性比较好,但对高温、过酸或过碱的环境比较敏感。本研究为菌株Xt-2抗马铃薯晚疫病活性物质的提取、分离及鉴定奠定了基础,也为内蒙古地区粘细菌的深入研究及抗马铃薯晚疫病新药研发奠定了一定的基础。     

免疫防治在鳖养殖中的应用

从病鳖分离得到四株致病菌菌株,经鉴定为嗜水气单胞菌（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｈｙｄｒｏｐｈｉｌａ）,豚鼠气单胞菌（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｃａｖｉａｅ）,温和气单胞菌（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｏｂｒｉｏ）．药敏试验结果：氟嗪酸、环丙沙星、新霉素对四菌株有较强抑菌作用。制备四联菌苗对鳖进行免疫接种,可产生较好的防治结果,卵黄抗体治疗病鳖,治愈率为３７．１％。     

一株产抗菌物质链霉菌的筛选及鉴定

从土壤中分离到一株对棉花黄萎病菌(Verticillium dahliae)有较强拮抗作用的链霉菌菌株HCCB10124,研究其拮抗性表明,对10种常见的病原真菌和部分细菌有拮抗作用,但对植物病原性真菌的抑制效果高于细菌.其形态特征、培养特性、生理生化特性、细胞壁组分与链霉菌属中的白网链霉菌(Streptomyces albireticuli)相同,16S rDNA序列的同源性达99%.根据多项分类原则和系统进化树的构建分析,将该菌株初步归属于白网链霉菌.     

一株高产抗菌活性物质链霉菌的初步分类鉴定

对一株土壤中筛选出的可以产抗菌活性物质的链霉菌进行了研究，测定了该菌的抗菌谱，发现该菌株对多种植物病原性真菌及细菌有拮抗作用，但对植物病原性真菌的抑制效果低于植物病原性细菌.通过形态特征、培养特征、生理生化特性及抑菌谱等系列比较，发现该链霉菌菌株与链霉菌属的黑胡桃链霉菌(Streptomyces nogalater)的特征基本相符；通过16S?rDNA序列比对，发现该菌株16S?rDNA与黑胡桃链霉菌的16S?rDNA同源性达99％.根据多项分类原则和系统进化树的构建分析，将该菌株暂归入黑胡桃链霉菌类.     

秋茄和木榄耐盐内生细菌筛选及鉴定

为了改良和利用盐碱地,以秋茄(Ｋａｎｄｅｌｉａ ｏｂｏｖａｔａ)和木榄(Ｂｒｕｇｕｉｅｒａ ｇｙｍｎｏｒｈｉｚａ)为原材料,对耐盐内生细菌进行分离 并鉴定。 结果表明:从 ２ 种植物的根、茎、叶中初步分离出耐盐的内生细菌 ９６ 株,均为革兰氏阳性菌;提取各菌株的 ＤＮＡ 并扩 增其 １６Ｓ ｒＤＮＡ 序列,以 ＨｉｎｆⅠ、ＨａｅⅢ、ＭｓｐⅠ和 ＴａｑⅠ４ 种酶进行酶切,并统计遗传型,选取不同组合类型的代表菌株进行 １６Ｓ ｒＤＮＡ序列测定,通过 ＢＬＡＳＴ 比对分析并利用 ＭＥＧＡ 软件建立发育树等分子鉴定手段初步推断,所分离的内生细菌分别 为越南芽孢杆菌(Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｉｅｔｎａｍｅｎｓｉｓ)、阿耶波多氏芽孢杆菌(Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｒｙａｂｈａｔｔａｉ)、芽孢杆菌属(Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ.)、白翎芽孢杆菌 (Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｂａｅｋｒｙｕｎｇｅｎｓｉｓ)和巴氏葡萄球菌(Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉ);对这 ５ 种菌的脱氨酶活性进行测定,越南芽孢杆菌的值最高。     

Isolation and Characterization of a New Subspecies of Aeromonas salmonicida （ Aeromonas salmonicida subsp, flounderacida subsp. nov. ） from Stone Flounder（ Kareius bicoloratus L. ）

Biological properties were studied to appropriate pathogenic bacteria which were isolated from diseased (or dead) stone flounder (Kareius bicoloratus L. ) which expressed bacterial septicaemia, including morphological characteristics, colony characteristics, physiological and biochemical characteristics and serum homology of isolates, the results showed that the isolates belonged to a new subspecies of A. salmonicida. In addition, the representative strains have been re-checked and detected the mol% G C ratio of the DNA by China Center for Type Culture Collection (CCTCC), the examined strains were also regarded as a new subspecies of A. salmonicida, and designated as Aeromonas salmonicida subsp, flounderac/da subsp, nov. by its isolated fish (Kareius bicoloratus ). Molecular identification of analysis of the nucleotide sequence of the 16S rRNA gene were applied, the results showed high similarity (99%) with the 16S rRNA gene of Aeromonas salmonicida from GenBank database. Cluster analysis of phylogenetic tree revealed that the representative strain formed separately bootstrap-supported cluster.     

抗汞菌株的筛选、鉴定及其特性研究

随着现代化工业的发展,环境中的汞污染量日益增加,严重影响人类生活质量,并威胁到人类健康,如何清除环境中的汞污染已成为一个世界性的热点与难题.从长期汞污染地区分离到一株菌株(YH16),其表现了对氯化汞极高的抗性(达到120 mg/L),通过16S rDNA鉴定为溶解肠杆菌,命名为Enterobacter dissolvens sp.YH16.研究发现,该菌株有较宽的生长温度(25～45℃)和pH范围(7～9.5),其中生长的最适温度为30℃,最佳pH值为8.0,在最适条件下能稳定处理培养基中的汞,24 h去汞效率达70%以上.该菌株在解决因无机汞引起的环境污染问题上,具有良好的应用前景.     

一株富含类胡萝卜素光合细菌的分离鉴定

从不同生物环境中分离紫色非硫菌,测定其类胡萝卜素含量,筛选出富含类胡萝卜素的菌株.对该菌株的形态学特征、碳氮源利用情况、最适生长pH值及盐度等生物学特征进行研究;利用PCR技术扩增其16S rRNA基因,测序后进行16S rRNA基因序列分析,研究其分类地位.结果:分离自暨南大学明湖底泥的菌株R2,在所分离的8株紫色非硫菌中,类胡萝卜素质量分数最高,为4.83 mg/g(干菌体),该菌株符合红游动菌属(Rhodoplanes)的生物学特性,其最适生长pH为7.0,盐度为0.2%;16S rRNA基因的分子系统学分析表明,该菌株与红游动菌属的Rhodoplanessp.HA17相似性为99.4%.可确定筛选出一株高产类胡萝卜素的菌株,该菌株属于红游动菌属(Rhodoplanes).     

降解柴油的耐盐酵母菌的鉴定及性质研究

从胜利油田被石油污染的土壤中分离到一株能降解柴油的酵母菌YH—41。根据形态学特征、生理生化特征和分子生物学方法对其进行了鉴定。利用紫外分光光度法测定了该菌对柴油的降解率。通过单因素试验及正交试验确定了该菌对柴油的最适降解条件为pH6、温度30℃、通气量(锥形瓶容积)500 mL、接种量(OD600)3 mL。克隆了该菌的18S rDNA序列并进行测序,以18S rDNA序列同源性为基础构建了相关属种的系统发育树。结果表明YH—41与假丝酵母属(Candida)的奥默毕赤酵母(Pichia ohmen)的单倍体极接近。经优化菌体对柴油的降解率达到46.8%。经GC-MS分析可知,该菌种对柴油有很好的降解能力。     

螺旋状专性化能自养铁氧化细菌ML-04菌株的分子鉴定

对1株螺旋状专性化能自养铁氧化细菌ML-04的16S rDNA基因PCR扩增产物进行了序列分析，并以16Sr DNA序列同源性为基础构建系统发育树，结果表明，ML-04菌株与氧化亚铁钩端螺旋菌(Leptospirillum ferrooxidans)具有较大的差异性，而与嗜铁钩端螺旋菌(Leptospirillum ferriphilum)的相似度达99．7％以上，属于同一类群．     

一株好氧反硝化菌的特征及系统进化分析

从土壤中分离出一株好氧反硝化菌，命名为菌株HN．分离菌株呈革兰氏染色阳性，为球状或杆状，菌落颜色显橙红色．该菌株以硝酸钠为氮源时，进行好氧反硝化作用．能以乙酰胺为唯一碳源和氮源进行生长．它的部分长度16SrDNA序列分析表明，分离菌株HN与Rhodococcus ruber的16SrDNA序列具有99％相似性．实验采用PHYLIP程序对该菌株与报道菌进行系统发育进化分析。     

生物表面活性剂菌株的筛选及发酵条件初步优化

从海南大学（儋州校区）职工食堂排污地采集的土样中分离到一株产生生物表面活性剂的菌株,命名为S423．采用16SrDNA系统发育学分析确定该菌株属于Klebsiella属．通过定性分析、薄层层析色谱（TLC）和红外分光光度法（IR）分析,活性物质初步鉴定为糖脂;通过正交实验初步优化该菌株的发酵条件;通过菌株S423发酵液优化前后的比较,发现优化培养基中发酵产生的表面活性剂活性高于基础培养基发酵产生的,排油圈直径增大3cm．