短小芽孢杆菌木聚糖酶的同源建模及分子动力学模拟

克隆并测序来源于短小芽孢杆菌的木聚糖酶基因,测定其编码产物的理化件质并鉴定其表达产物为常温酶蛋白.利用同源建模构建出具有较高精度的三级结构模型,并进行优化和评估.利用分子动力学模拟木聚糖酶基因对热不稳定的分子机制,了解影响该酶热稳定性的因素,寻找对热不稳定性的区域.通过与嗜热木聚糖酶比较发现,两者在3个区域的分子动力学...     

使用伪氨基酸组成和BP神经网络预测类弹性蛋白多肽的相变温度

根据获得的16条ELP序列及相变温度的数据,利用伪氨基酸组成方法提取其序列特征值.将伪氨基酸组成中的相关系数部分作为类弹性蛋白的特征向量,从类弹性蛋白序列出发,利用最小中位方差回归,找出与其序列相关系数的最佳阶数.运用均匀设计法,分别对支持向量机与BP神经网络参数进行优化.结果表明:BP神经网络获得的预测模型最佳,相变...     

关于广东海洋大学人才培养模式的思考

人才培养模式改革势在必行。广东海洋大学构建了科学、合理的人才培养模式。目前该校人才培养模式进行了以社会需求为主线,全校性的自上而下的宏观改革;根据各专业自身的特点和规律,专业性人才培养模式及途径的改革,以实现提高人才培养的质量和人才的竞争力的目标。     

乙醇脱氢酶底物分子对接的优化

通过分子对接的方法,探寻乙醇脱氢酶催化底物脱氢时酶与底物分子的特定位点间存在作用力及其与底物亲和力之间的相关性.研究结果表明:影响乙醇脱氢酶催化底物与酶相互作用的主要因素并非是分子量或者分子间氢键的键能,而是分子间总的作用力及分子间形成氢键的个数,其相关系数可达0.63;辅酶及金属离子对酶与底物结合的抑制常数及结合位点具有十分显著的影响.     

G/11木聚糖酶最适pH值的预测及其与氨基酸位置的关系

把木聚糖酶全序列均分为N端,中间端(I端)及C端3个部分,并分别以全序列及分段氨基酸的组成作为模型输入值.通过主成分分析(PCA)方法探讨全序列及分段氨基酸组成和最适pH值的相关性,运用均匀设计法分别优化支持向量机和BP神经网络运行参数.研究结果表明:支持向量机获得的预测模型优于神经网络,其中RBF支持向量机是最佳的模型.主成分分析结果显示:I端主成分跟最适pH值相关性最高;相关系数R绝对值为0.68,得到的结果与支持向量机结果一致.     

采用BP算法的多层感知机模型的蛋白识别

采用误差反传(BP)算法的多层感知机模型,对嗜热蛋白和常温蛋白进行模式识别.通过增加训练数据及多种检验方法检验模型稳定性及泛化能力,探讨蛋白分子大小对识别效果影响.结果表明,当动态参数为0.2,学习速率为0.5,隐含层节点数为11时,该模型在自一致性检验、交叉验证和独立样本测试3种检验方法中的识别精度分别为91.5%,88.2%和92.1%,其表现优于一些常见的模式识别算法,且具有良好的稳定性及泛化能力.此外,对于较大的或者中等大小蛋白质分子,其识别的精度都较高;而对于较小的蛋白分子,其识别效果较差.     

我国沉积盆地火山岩油气地质与勘探

我国沉积盆地内发育石炭—二叠系、侏罗—白垩系和古近—新近系3套火山岩,火山岩与有效烃源岩近源组合匹配最有利,远源组合需断层或不整合面沟通,生烃中心控制油气分布;以火山熔岩、火山角砾岩和风化壳岩溶型储层为主;中国东部断陷盆地火山岩油气藏以近源组合为主,沿断陷高部位爆发相火山岩储层发育,斜坡部位喷溢相火山岩大面积分布,主要形成岩性、构造—岩性油气藏;中西部发育两种成藏组合,沿不整合面分布的风化淋滤型大型地层油气藏最有利。     

以响应面法优化短小芽孢杆菌木聚糖酶产酶条件

应用响应面分析对短小芽孢杆菌木聚糖酶的产酶条件进行优化,得到碳源、氮源及培养时间3种因素交互影响的回归方程.从该方程得到理论最佳产酶条件:培养时间为24h,麸皮、玉米粉、蛋白胨和NH4Cl的质量浓度分别为10,5,5,10g.L-1.在优化条件下,实际最高产酶量为12.1mkat.L-1,与理论最高产酶量12.0mkat.L-1接近,比初始酶活提高12.2倍.     

塔里木盆地克拉通区油气藏形成主控因素与油气分布

塔里木盆地克拉通区位于盆地腹部, 主要发育寒武系海相烃源岩, 其次是中、上奥陶统海相和石炭-二叠系海陆过渡相烃源岩. 烃源岩分区、分期成熟, 形成不同时期的多个供烃中心. 克拉通区经历了多期构造运动, 形成多个古隆起. 不同时期有效供烃中心与古隆起相匹配是控制油气藏形成与分布的最主要因素, 古隆起具有多期油气充注历史, 并经历了多期调整甚至破坏, 有效供烃中心周围的古隆起及其斜坡区最有利于油气聚集, 油气相态与供烃中心演化历史有关. 海西晚期是塔里木盆地克拉通区最广泛的成藏时期, 毗邻烃源岩、保存条件良好的原生油气藏是勘探的最有利目标; 区域盖层之下、断裂带周围、不整合面上和下油气最富集; 石炭系砂岩、奥陶系风化壳岩溶、内幕碳酸盐岩储层是油气聚集的主要层段; 石炭系、志留系砂岩尖灭油气藏、碳酸盐岩缝洞型岩性油气藏是进一步勘探的主要对象.     

敏捷气热菌密码子及AUG侧翼序列保守性分析

比较敏捷气热菌和大肠杆菌等9种编码GC含量．以及各异生物的密码子使用情况．结果表明，与敏捷气热菌编码区GC含量比较接近的果蝇．在密码子使用上与之相差最小．它们在分类学上分别属于不同的域，与敏捷气热菌同属古菌．但GC含量相差较大的强烈炽热球菌．则相差较大．说明编码区GC含量对密码子使用偏好．比生物分类学(系统发育)地位更重要．碱基A．C在高、低表达基因中出现的概率差别较大．尤其在-1，-3，-4和7位点；碱基A，C在调控翻译起始效率中的作用．可能大于碱基G，U。因为碱基G，U在高表达和低表达基因中．其出现的概率差别不大．高表达和低表达基因起始密码子侧翼序列中．某些位点保守性存在差异．其中高表达基因-1位和-3全可能与其高表达特性有关．