16S rRNA测序在细菌鉴定中的应用

对分离获得的一株细菌P29,经聚合酶链式反应扩增后测定该菌株的16S rRNA基因序列,由16S rRNA基因序列比较可知,菌株P29与肠杆菌属和泛菌属亲缘关系最为接近,16S rRNA基因相似性达到99%.结合生理生化实验结果综合分析后,将其鉴定为泛菌属的成团泛菌.     

高产5-氨基乙酰丙酸光合细菌株的分离鉴定

从不同生态环境中分离培养出20株光合细菌,进行5-氨基乙酰丙酸(5-ALA)的产量检测,筛选出一株分离自广州市云溪公园池塘底泥的菌株R5,其5-ALA产量最高,达4.92 mg/L.为了确定菌株R5的分类学地位,对该菌株的形态学、碳源利用情况等生理生化特性进行了研究,表明该菌株符合红假单胞菌属的生物学特征;以菌株R5基因组DNA为模板PCR扩增16S rDNA基因,对PCR产物进行了序列测定,将所测得的核酸序列与相关细菌的16S rRNA序列进行比对,并构建进化树进行系统发育分析,发现菌株R5与沼泽红假单胞菌株KUGB306(Rhodop-seudom onas palustrisKUGB306)形成一个类群,序列同源性为99%.故最后确定该高产5-ALA的菌株属于红假单胞菌属(Rhodopseudom onas).     

一株嗜盐古菌DSFD111的分类学鉴定

采用形态学和系统发育分析对一株嗜盐古菌DSFD111进行了分类学鉴定.分离到的DSFD111菌株为革兰氏阴性球菌,不产芽胞,细胞内含类脂粒.最适生长温度为37℃,最适pH为7,最适生长NaCl浓度为4.3mol/L,表明该菌株属于极端嗜盐菌.根据16S rRNA基因序列的系统发育分析,DSFD111菌株归于盐盒菌属(Haloarcula),与最近缘的Haloarcula argentinensis的相似度为99%.     

1株嗜碱克氏菌属菌株的分离及系统发育分析

从埃及盐碱土样分离得到1株革兰氏阳性的兼性嗜碱菌株YIMT0003，不产荚膜和芽孢，不具游动性．生长温度范围为室温(约20℃)到37℃，最适生长温度为28℃，生长的pH值范围为pH5～12。对NaCl的耐受范围为1％～5％，DNA的G C mol％为69．44％．16S rRNA全序列分析的结果表明，该菌株与Kocuria polaris CMS76^T亲缘关系最近，但两者在形态、生理生化特征上有差异。有可能是克氏菌属的一个潜在新种。     

2株嗜碱性放线菌的分离鉴定及特性研究

从新疆巴洲和硕县碱性土壤中分离纯化出2株放线菌菌株XJ-1和XJ-4,对其形态特征、生理生化特性、抗生素产生以及16S rRNA基因序列分析等方面进行了多种特性研究.结果表明.2株放线菌在pH7.0的中性条件下不能生长,在pH12.0的强碱性条件下能够生长,最适生长pH为10.0,属于嗜碱性放线菌.2株放线菌菌株能耐受10%的NaCl,最高耐受温度为45℃.菌株XJ-1产生抗生素,能抑制柑橘绿霉菌、水稻轮纹菌、棉花枯萎菌和小麦赤霉菌的生长.16S rRNA基因同源性分析表明XJ-1属于拟诺卡氏菌属的Nocardiopsis dassonvillei,序列相似性达到了99.9%.而XJ-4与Nocardiopsis. sp. AF-333的序列相似性达到了99.3%,有可能是一新种.     

一株来源于深海热液区嗜热细菌的分离及鉴定

从西南印度洋热液区沉积物样品中分离纯化获得一株中度嗜热产芽孢杆菌,命名为M6.菌株M6为革兰氏阳性菌,短杆状,可成对.菌株M6的生长温度为35～65 ℃(最适生长温度60 ℃),生长pH为6.5～8.5(最适生长pH为7.0～8.0),生长NaCl质量分数为0～4%(最适NaCl质量分数为2%),生长盐度为0～80人工海水(最适盐度为40).16S rRNA基因相似性分析表明,菌株M6属于不产氧芽孢杆菌属(Anoxybacillus),与Anoxybacillus rupiensis菌株同源性最高,达99%;但16S～23S rDNA 间隔区PCR扩增分析表明,该菌与同属菌株有较大差异.通过以上形态学、生理特征以及分子生物学鉴定,认为菌株M6为不产氧芽孢杆菌属的菌株.另外,菌株M6可分泌胞外高温淀粉酶.菌株M6胞内含有内生质粒,其大小约为10 kb,命名为pAB01.     

一株产纤维素酶温泉高温菌的分离鉴定及发酵条件优化

为获得高产高温纤维素酶菌株,从云南元江瓦纳温泉中筛选分离得到一株产纤维素酶的高温菌ZZS-12.该菌在固体培养基上形成白色半透明圆形菌落,边缘圆滑,表面黏稠,经生理生化及16S rRNA序列分析,鉴定为Paenibacillus属的一个新种细菌.该菌最佳碳源、氮源及无机盐分别为麸皮、NaNO3及NaCl.最佳产酶培养时间为60 h,最适温度为45℃,最适pH为7.     

一株分离自艾丁湖土壤的嗜盐古菌新种的研究

为了研究分析新疆盐湖嗜盐古菌资源,从艾丁湖中分离筛选出一批嗜盐古菌,对其进行了形态特征,生理生化特性研究和分子鉴定。发现其中1株菌（D -20）的生理生化特性和产淀粉酶特性比较突出,经不同温度,不同pH,不同温度下的研究以及16S rDNA 序列的系统发育学研究表明：该菌株为革兰氏染色阴性菌,最适生长温度为37℃,最适生长pH8.0,最适盐浓度15％,能产过氧化氢酶、尿酶,淀粉酶,硝酸盐还原为阳性,不产 H2S ,对青霉素,氯四环素,红霉素,新霉素具有抗性,能利用赖氨酸,蛋氨酸,精氨酸,以果糖,蔗糖和核糖作为碳源。经分子鉴定该菌是 Natrinema属的新成员,定名为 Natrinema aidingensis D -20,Gene Bank登录号为 AY298734。菌株保藏号为12．657。     

1株革兰氏阴性细菌菌株YIM31327^T的分离和鉴定

从云南森林土壤样品中分离到1株革兰氏阴性细菌YIM31327^T．通过对其进行的包括形态、生理生化特性、细胞壁化学组份以及16S rDNA序列等多相分类研究，确定其为杜擀氏菌属的1个新种，我们将其命名为黑紫杜擀氏菌(Duganella violaceinigra sp.nov．)．菌株YIM31327^T的最适生长温度为28～30℃，最适生长pH为7．0，细胞短杆状、无孢子形成、有鞭毛、可运动。     

孔雀石绿脱色菌的分离鉴定及降解特性研究

文章从印染厂污水处理系统的活性污泥中筛选分离3株对孔雀石绿有脱色能力的菌株,编号分别为MG-2、MG-6和MG-7.根据其形态学特征以及16S rDNA序列分析,初步鉴定为肠杆菌属(Enterobactersp.)和埃希氏菌属(Escherichia sp.).3株菌的最适脱色条件为:pH=7.0,温度为30℃,厌氧和兼氧.在最适脱色条件下,3株菌对质量浓度为60 mg/L的孔雀石绿脱色率都在94％以上,其中菌株MG-2所需脱色时间最短,菌株MG-6次之,菌株MG-7脱色时间最长;3株菌对盐度有一定的耐适性,属于耐盐菌;3株菌的脱色都是因为胞外酶的作用.     

反硝化菌株GW1的筛选及特性研究

研究利用反硝化培养基,从实验室厌氧反硝化颗粒污泥中分离、筛选出1株反硝化优势菌株GW1,通过16SrDNA序列分析对其初步鉴定,并研究了温度、pH值、碳源、碳氮比和硝酸盐氮质量浓度对菌株GW1反硝化特性的影响。研究结果表明,菌株GW1的16SrDNA基因序列与Paracoccus versutus有最大相似性,达到99.9%,Genebank登录序列号为GU111570;分离菌株呈革兰氏阳性;最佳反硝化条件:丁二酸钠为碳源,温度为35～40℃,pH值为7.0～8.0,建议工程应用碳氮比为3∶1(质量比)。该菌株特性的研究为解决反硝化速率过慢问题提供了技术支持。     

沼泽红假单孢菌的分离鉴定研究

N菌株是从太原杨家堡污水处理厂污泥中分离获得,纯培养物经形态学、细胞超微结构,生理生化、DNA G+C mol％含量等特征的分析鉴定,以伯杰系统细菌学手册第一版第三卷为根据,确定该菌株为沼泽红假单孢菌。并且根据紫色非硫细菌类群的特点,对其主要分类学特征进行了讨论。     

Isolation and Identification of Phosphate-accumulating Strain PAO3-1 and Its Phosphorus Removal Characteristics

A phosphate-accumulating bacteria strain PAO3-1 was isolated from biological phosphorus removal sludge supplied with sodium acetate as carbon source under stable performance. This strain has good enhanced biological phosphorus removal effect on normal activated sludge system. Phosphorus removal ratio was raised form 44%with no added strain to more than 82% with strain strengthening biological phosphorus removal. It is identified to be AlcaUgenes sp. according to its morphology,biochemical characteristics and 16S rDNA sequence analysis. The cell of strain PAO3-1 is straight bacilli form, 0.4×1.1 μm, no flagellum, gram negative and special aerobiotic. The optimal temperature and pH for growth are 32℃-37℃ and 5.5-9.5, respectively. The shape of slant clone is feathery. The phosphate situation, which was 76. 5% higher than that in non-starving situation. Its phosphate release rate of log course in anaerobic phase and in culture without phosphorus was lower than that in log course.     

具抗肿瘤活性中度嗜盐菌YIM 80186的分离和系统发育分析

 从青海盐碱土壤样品中分离到1株中度嗜盐放线菌YIM 80186,该菌株的代谢产物具有很强的抗肿瘤和抗菌活性.菌株YIM 80186在添加20~100 g/L NaCl的培养基上生长良好,而在未添加NaCl的多数培养基上生长微弱.最高能耐受200 g/L NaCl.气生菌丝和基内菌丝丰富,白色至黄白色.气生菌丝产生直的或弯曲的孢子链,基内菌丝发育良好,断裂.生长pH范围6.0~10.0,最适pH 7.5~8.0.通过对其进行的包括形态、生理生化特性、细胞化学以及基于16S RNA基因序列的系统发育分析等方面的多相分类研究,该菌株具有拟诺卡氏属的典型特征,初步鉴定其为拟诺卡氏菌属的1个潜在新种.     

降解苯并[a]芘的Bacillus pumilus strain Bap 9菌株的分离、鉴定与降解特性

从长期受烧烤影响的土壤中,分离筛选出一株能利用苯并[a]芘作为唯一碳源和能源的高效降解菌Bap9,通过16S rRNA基因序列分析和部分生理生化特征分析,鉴定为Bacillus pumilus.摇瓶试验结果表明,菌株Bap9能在20d内将40mg/L的苯并[a]芘降解27.3%.通过对OD600和苯并[a]芘残留浓度的检测分析,考察了pH值、接种量和装液量对菌株生长和降解性能的影响.结果表明,菌株在pH值为6.0—9.0的条件下均能生长并能降解苯并[a]芘,降解的最适pH值为8.0,最佳接种量为5%,最佳装液量为10ml/50ml.     

1株海洋石油降解菌的筛选鉴定及其固定化研究

从受石油污染的海洋沉积物中分离得到1株能以柴油为唯一碳源生长的菌株LHOD-2,通过形态特征、生理生化及16SrDNA序列分析,初步鉴定菌株LHOD-2属于埃氏假交替单胞菌(Pseudoalteromonas espejiana).利用聚氨酯泡沫为载体制备固定化菌,并对其降解特性进行考察.实验结果表明,菌株LHOD-2的最佳生长降解条件为温度25~30℃,pH 7.0~8.0,盐度(体积分数)3%~3.5%,转速150r/min.在最佳条件下,LHOD-2对800mg/L柴油在120h内的降解率达到85%(质量分数).聚氨酯泡沫载体具有大孔网状结构,利于菌株生长和传质,固定化菌降解柴油的速率明显高于游离菌.     

一株广谱抗菌活性菌株的鉴定及生物学特性研究

从湛江湖光岩世界地质公园的火山岩石中分离到一株具有广谱抗菌活性的菌株,命名为菌株HGY25,该菌株对多种食品致病菌均有较强的抑制作用。通过形态学观察、生理生化指标测定、16S rDNA碱基序列测定和同源性分析,鉴定该菌株为枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis。对菌株部分生物学特性研究表明:其生长的最适pH值为7.0,最适生长温度为37℃。     

光合细菌的色素分析及蛋白质测定研究

光合细菌含有丰富的营养成分和生物活性物质,对其色素及蛋白质含量的分析,为其在食品领域应用奠定基础.研究采用平板画线法与液体培养法从某养殖池塘底泥中分离、纯化出5株光合细菌,进行了形态观察及菌种16S rDNA鉴定.采用Varian Cary 50紫外光谱分析仪进行色素分析与蛋白质的测定,并对类胡萝卜素稳定性进行了分析.结果表明分离纯化的光合细菌革兰氏反应为阴性,菌落为棕红色,光照厌氧和黑暗好氧条件下均可生长.16S rDNA基因的分子系统学分析表明,菌株与GenBank中的沼泽红假单胞菌菌株的同源性为99%,初步确定筛选出的菌株为沼泽红假单胞菌(Rhodopseudomonas palustris).菌株含有的色素主要是类胡萝卜素和细菌叶绿素a,类胡萝卜素在低温或低光照条件下,具有一定的稳定性,但在高温、加热时间过长或太阳光直射时色素迅速分解褪色.此外,菌株的蛋白质含量相对较高,是一种优质的蛋白源.光合细菌富含类胡萝卜素,并且可以作为一种高效的蛋白源,在食品及其他行业上的应用前景十分广阔.     

1株具抑制一氧化氮合成酶活性放线菌菌株的分离和鉴定

 从云南河口采集的土壤中分离到1株稀有放线菌YIM30243^T.该菌株具有很强的抑制一氧化氮(NO)合成酶活性.通过对其进行的包括形态、生理生化特性、细胞壁化学组分以及16SrDNA序列等方面的多相分类研究,确定其为诺卡氏菌属的1个新种,我们将其命名为白色诺卡氏菌(Nocardiaalba sp.nov.).该菌株在大多数培养基上生长良好,气生菌丝呈黄白色至粉红白色,基内菌丝黄白至黄褐色.气生菌丝、基内菌丝均呈不规则断裂.