凯瑟硬蜱—中国蜱种新记录

目的基于形态学与分子生物学鉴定方法对我国新发现的疑似硬蜱进行鉴定。方法从新疆亚洲獾和长尾黄鼠体表共采集到硬蜱57只,对其中的8只代表蜱首先进行体视显微镜观察,描绘蜱的形态学特点,随后进行线粒体16S rDNA和cox1基因片段扩增和测序。结果结果显示,采集的硬蜱经形态学观察符合凯瑟硬蜱的形态特点,16S rDNA遗传进化树分析表明8只代表蜱其序列与欧洲凯瑟硬蜱聚为一簇,与六角硬蜱为近源种; cox1基因遗传进化树分析表明我国分布的凯瑟硬蜱较为古老,并且发现来源于亚洲獾和长尾黄鼠凯瑟硬蜱在16S rDNA和cox1基因上不存在宿主差异性。结论新疆凯瑟硬蜱的发现扩大了我国已有蜱种的种类。关注野生动物体表寄生蜱的种类有望进一步在我国发现新的蜱种。     

新疆北疆地区寄生蜱无形体和疏螺旋体分子流行病学调查

为了解新疆北疆地区的家畜主要寄生蜱种的无形体和螺旋体的流行情况。采用聚合酶链反应(PCR)对采自家畜体表的546只成蜱(包括210只亚洲璃眼蜱,209只刻点血蜱,61只草原革蜱,40只边缘革蜱,和26只图兰扇头蜱)进行了无形体和螺旋体的核酸筛检。结果显示,无形体的总阳性率为53.48%(292/546),螺旋体的总阳性率为17.77%(97/546)。此外有15只蜱复合感染了两种病原的核酸。通过测序发现了嗜吞噬细胞无形体,绵羊无形体,伯氏疏螺旋体,伽氏疏螺旋体四种病原核酸,BLAST序列比对分析发现这四种病原核酸存在序列多样性。由此可知,无形体在新疆家畜寄生蜱中呈高流行态势,疏螺旋体呈散在分布,首次从边缘革蜱中检测到绵羊无形体核酸。在新疆等偏远的农村地区控制家畜体表寄生蜱数量以及蜱传病原散播具有紧迫性。     

塔城地区硬蜱种类调查与群落分析

为了明确新疆塔城地区硬蜱的流行情况和群落结构特征,对该地区7个县(市)不同生境动物寄生蜱和地面游离蜱群落组成进行了初步调查。结果显示:在该地区共采获硬蜱6286枚,隶属4属13种,初步确定了塔城地区的主要蜱种为银盾革蜱、草原革蜱、亚洲璃眼蜱指名亚种、亚东璃眼蜱、边缘革蜱。不同生境地区中群落组成有所不同,并有各自的优势种群。7个生境地区的硬蜱群落均存在一定的相关性,只不过相似性的大小有所差异,乌苏市与沙湾县的动物寄生蜱和地面游离蜱的区系相似性皆最高,相似系数分别为0.6364和0.7500;动物寄生蜱相似性最低的为塔城市与和丰县,相似性系数仅为0.1667,而地面游离蜱最低的为塔城市与沙湾县,系数仅为0.1111。同一生境中动物寄生蜱和地面游离蜱群落结构参数的差异则是由于放牧动物的流动造成的。     

江蓠属和龙须菜属5种海藻ITS序列分子系统学分析

测定了江蓠属Gracilaria和龙须菜属Gracilariopsis 5个物种的23个群体的ITS(含5.8S rDNA)序列,并结合GenBank数据库中现有江蓠科Gracilariaceae的16个物种的ITS序列进行分析,在不同分类阶元中探讨了序列变异和和系统进化关系。江蓠科海藻ITS序列长度在893～1 508 bp之间,种间遗传距离在0.041～0.600之间,种内遗传距离在0.000～0.012之间,其种间遗传距离均大于种内遗传距离;ITS系统发育聚类结果显示江蓠科分为两大分支,分别是江蓠属/Hydropuntia分支、龙须菜属/蓠生藻属Gracilariophila分支;江蓠科海藻5.8S序列种内种间变异很小,但存在稳定的属间区分位点,可用于属以上水平的分类鉴定;中国、美国和俄罗斯三地的真江蓠群体的ITS序列存在9个稳定的变异位点,可以将不同地理群体区分开。     

中华拟德氏吸虫分子系统发生初步研究

对中华拟德氏吸虫核糖体基因进行扩增、克隆和测定,研究其系统发生.测得ITS-2 rDNA和18SrDNA部分序列分别为537 bp和1 819 bp,GenBank上登录号分别为EU082007、EU081899.序列分析表明:中华拟德氏吸虫与寄生于琥珀鱼的5种拟德氏吸虫ITS-2 rDNA序列相似性很低,为49.0%~54.2%,可初步判断中华拟德氏吸虫是拟德氏属的一个独立种;基于18S rDNA序列分别与海水未定名血居吸虫(AY157184)、淡水血居吸虫Plethorchis acanthus(AY222096)的亲缘最近,同源性高达99.4%和95.1%;与旋睾科吸虫Unicaecum sp.(AY604719)及5种裂体吸虫的同源性则分别为92.7%和91.5%~92.5%.可见血居科与旋睾科和裂体科吸虫的亲缘关系密切.     

刺纹车轮虫 18S rDNA 克隆与序列分析

首次对刺纹车轮虫(TrichodinacentrostrigataBasson,VanAs & Paperna, 1983)进行了 18S rDNA 的克隆测序并分析，研究结果显示：刺纹车轮虫是一种具有辐射状中央颗粒的淡水车轮虫，具有相对较高的 GC 含量而位于分子系统树的顶枝，它与海水环境中的车轮虫具有较高的序列相似性及较近的遗传距离从而聚为一枝。研究提示刺纹车轮虫具有较强的宿主适应性，在系统进化中分化较晚并与海水种类具有较近的亲缘关系；此外，车轮虫的同源性与 18S rDNA序列相似性、遗传距离具明显相关性，GC 含量与分子支序树分枝具有明显相关性。
     

新疆准噶尔盆地蜱种调查及DNA条形码应用

目的利用DNA条形码技术对新疆维吾尔自治区准噶尔盆地部分县市的蜱种进行鉴定。方法运用标准形态学鉴定方法对采集的蜱进行初步鉴定,进而用COⅠ基因片段扩增并测序。结果 2017-2018年间4-6月在新疆准噶尔盆地地区的8个县市采集点共采集到4880只蜱虫,隶属3属5种,包括革蜱属的边缘革蜱、森林革蜱和草原革蜱,璃眼蜱属的亚洲璃眼蜱以及硬蜱属的凯瑟硬蜱。基于COⅠ基因部分序列比对结果与形态学结果一致,而且系统进化树证明了序列比对的结果;进化树展现了同一物种的不同属均形成高支持率的单系,种间分支明显。研究表明采集的边缘革蜱、森林革蜱、草原革蜱和亚洲璃眼蜱均属于新疆优势蜱种,而凯瑟硬蜱是首次在新疆境内检测到的蜱种。结论以COⅠ基因作为蜱DNA条形码对蜱种鉴定方面具有一定的可行性。     

两株产人参皂苷糖苷酶酵母菌株的18S rDNA和ITS序列分析

对两株产人参皂苷糖苷酶的酵母菌株进行核糖体18S rDNA和ITS序列克隆测定,获得了长度分别为1 477和1 478 bp的18S rDNA序列和长度分别为791和727 bp的ITS序列,对获得的基因序列进行比对及同源性分析,结果显示,两株酵母菌的18S rDNA序列的相似性达100%,而ITS序列的相似性则为66%,均与NCBI数据库中登录的啤酒酵母的相应序列同源性最高.从GenBank中选取部分不同种属的酵母菌ITS序列,以ITS为对象构建系统发育树,从分子生物学角度确定了两株酵母菌为酵母菌属的不同种类.     

南极深海底泥中产Ectoine中度嗜盐菌NJS-2的分离筛选及其性质研究

从南极深海底泥中分离到一株中度嗜盐菌NJS-2,经过16S rDNA(已提交GenBank,其登录号为DQ789389)序列分析、形态学和生理生化特征分析,该菌株初步鉴定为色盐杆菌属(Chromohalobacter).以其16S rDNA序列相似性为基础构建了包括8种相关种属在内的系统发育树.同源性分析表明,NJS-2与Chromohalobacter salexigens 的16S rDNA相似性达到99%以上,应归属于色盐杆菌属,命名该菌株为Chromohalobacter sp.NJS-2.研究了菌株NJS-2的相容性溶质四氢嘧啶(Ectoine)的累积及累积条件.研究发现,30℃条件下,在含2 mol/L NaCl的培养基中培养48 h,可最大诱导生成Ectoine 300 mg/L.反复渗透性休克试验表明:NJS-2在低渗条件下能够快速将细胞内的Ectoine分泌到细胞外,而在高渗环境中能够较快地重新合成.     

一株短小芽孢杆菌的16S rDNA基因序列分析

从黄颡鱼中分离得到一株优势菌BP-1,经过形态观察、生理生化试验和16S rDNA基因序列分析,表明该菌为发酵型,能运动,革兰氏阳性杆菌.获得的16S rDNA基因序列长度为1478 bp,Gen Bank数据库中登录号为KP299290.该序列与GenBank数据库中多条短小芽孢杆菌16S rDNA基因序列相似性高达99%,系统进化树上与短小芽孢杆菌亲缘关系最近,从而判定菌株BP-1为短小芽孢杆菌.这为短小芽孢杆菌的鉴定和分类提供科学依据.     

冰期天文理论的演变

冰期天文理论是运用地球轨道偏心率、地轴倾角和地转轴进动的3种参数的变化幅度与周期来解释上新世——第四纪期间冰期——间冰期交替变化的一种理论．该理论1842年由Adhemar提出, 经过Croll发展到Milankovitch最终完成,经历了整100年的时间。上世纪60年代开始,深海、黄土、冰芯等大量的地质记录都揭示出３种周期变化,从而证实冰期天文理论的正确性,同时也对冰期天文理论带来了一些概念上的修正．但是,Berger计算的天文曲线至少从6 Ma以来展示同一规律的变化,然而地质记录却显示清晰的分段响应模式:41 kyr的地轴倾角周期在5.3～1.4 Ma期间一直是记录曲线的主要特征;北半球冰川作用只是在2.7 Ma BP才开始大规模出现;0.8 Ma开始100 Ka周期转变为主要周期,称之为中更新世转型（MPT）．还有:11阶段和全新世是2个偏心率很低的时期,但记录中却是冰期——间冰期振幅最大的时期,即大的间冰期为何出现于低偏心时期;由间冰期进入冰期比由冰期进入间冰期时来的快,意味大冰盖建造需要很长的时间,而消融则比较迅速．这些都是冰期天文理论本身不能解释的问题,正在由地球响应系统的研究来探索答案．     

5种新分离细菌的分子鉴定及分类

测定和比较了５种新分离细菌的１６ＳｒＤＮＡ序列,并对其进行分子鉴定和分类．结果表明：Ｆ５７７１和Ａ５６０８为棒杆菌属（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）的２个新种;ＬＣＤＣ８９０５５是１种放线菌,与Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓｐｙｏｇｅｎｅｓ遗传距离较近;而ＬＣＤＣ８７０８０和ＣＤＣｇｒｏｕｐＡＮＦ１ｌｉｋｅ则分别为Ａｎｅｕｉ和Ｔｕｒｉｃｅｌａｏｔｉｔｉｄｉｓ菌的不同菌株．     

一株富含类胡萝卜素光合细菌的分离鉴定

从不同生物环境中分离紫色非硫菌,测定其类胡萝卜素含量,筛选出富含类胡萝卜素的菌株.对该菌株的形态学特征、碳氮源利用情况、最适生长pH值及盐度等生物学特征进行研究;利用PCR技术扩增其16S rRNA基因,测序后进行16S rRNA基因序列分析,研究其分类地位.结果:分离自暨南大学明湖底泥的菌株R2,在所分离的8株紫色非硫菌中,类胡萝卜素质量分数最高,为4.83 mg/g(干菌体),该菌株符合红游动菌属(Rhodoplanes)的生物学特性,其最适生长pH为7.0,盐度为0.2%;16S rRNA基因的分子系统学分析表明,该菌株与红游动菌属的Rhodoplanessp.HA17相似性为99.4%.可确定筛选出一株高产类胡萝卜素的菌株,该菌株属于红游动菌属(Rhodoplanes).     

Hierarchical recognition on the taxonomy of <Emphasis Type="Italic">Nitzschia closterium</Emphasis> f. minutissima

Nitzschia closterium f. minutissima, a marine eukaryotic unicellular diatom, originally classified as Bacillariophyta/Bacillariophyceae/Bacillariales/Bacillariaceae/Nitzschia, is one of the most important feed sources in mariculture. In this study, its morphological features were examined under DIC Microscopy （differential interference contrast microscope）; its pigments and fatty acids composition were analyzed by using High Performance Liquid Chromatography （HPLC） and gas chromatography （GC）; the complete Actin cDNA, part 18S rDNA, complete ITS1 and ITS2 sequences, part 28S rDNA sequences, and a putatively encoding A5 fatty acid desaturase gene were cloned respectively and further functioned in transgenic yeast. The sequence alignments were separately conducted using the related sequences from Nitzschia closterium f. minutissima, Cylindrotheca closterium （Bacillariophyta/Baci- Ilariales/Bacillariaceae/Cylindrotheca） and Phaeodactylum tricornutum （Naviculales） with ClustalX 1.83. No distinct difference was discovered between N. closterium f. minutissima and P. tricornutum in both biochemical and molecular level. Their identity was more than 99.6% among 18S rDNA, 5.8S rDNA and actin-gene sequences, and is up to 98.6% even among ITS1 and ITS2 sequences. Their △5 desaturase similarity was 99.4%. However, the lower similarity was disclosured between N. closterium f. minutissima and Cylindrotheca closterium, which shared less than 40% identity in the ITS1 and ITS2 sequences. So, N. closterium f. minutissima should not be placed in Bacillariales, Bacillariaceae, Nitzschia, but in Naviculales, Phaeodactylaceae, Phaeodactylum, and it was actually a strain of P. tricornutum.     

Goniurosaurus indet.的有效性及中国睑虎属(Squamata: Sauria: Eublepharidae)种间的亲缘关系

为了解我国睑虎属Goniurosaurus (Squamata: Sauria: Eublepharidae)种间的亲缘关系以及广东新纪录的睑虎属未定种Goniurosaurus indet.的有效性, 我们对睑虎属10个种的线粒体DNA基因片段进行比较和遗传变异分析. 获得12S rRNA (385 bp)和16S rRNA (477 bp)总长度为862 bp的联合序列, 共有核苷酸变异位点388个, 简约信息位点269个. 选取大壁虎Gekko gecko为外类群, 采用贝叶斯演绎法(BI)、最大似然法(ML)、最大简约法(MP)、邻接法(NJ)对两个基因联合序列的分析均显示相同结果, 即广东睑虎属未定种Goniurosaurus indet.与英德睑虎G. yingdeensis以及凭祥睑虎G .luii与蛛纹睑虎G. araneus两两种间的亲缘关系分别较近; 且分布区相邻的Goniurosaurus indet.与G. yingdeensis之间的遗传分化(遗传距离=0.044-0.046)相似于分类地位已经明确的G .luii与G. araneus种间的遗传差异(遗传距离=0.051). 结合前人的形态学研究结果, 我们认为Goniurosaurus indet.和G. yingdeensis之间已发生显著的遗传差异, 前者可能为睑虎属新种. 同时, 系统发育分析表明海南睑虎G. hainanensis与睑虎属其它物种之间的遗传分化较大, 系统发育地位最为特殊. 系统发育分析进一步表明具4条背部横纹是祖征, 具5条背部横纹为衍征. 我们的研究补充了睑虎科的基础资料, 为该属的系统发育研究和物种保护提供了一定的理论依据. 本文首次提出宽阔的河流可能是造成睑虎种群分化和新种形成的重要地理屏障. 这一“河流隔离”观点对全球睑虎属物种的亲缘地理分布格局的解释具有重要的理论意义.     

海洋细菌的分子鉴定分类

从南海海底沉积物中分离到一批细菌,克隆了其中产抗菌活性物且培养形态多变的细菌ＺＳ１１０的１６ＳｒＤＮＡ,通过和比较１６ＳｒＤＮＡ的部分序列,对ＺＳ１１０进行了分子鉴定,结果表明它是一株适应了海洋环境的芽孢杆菌属的枯草芽孢杆菌种。     

螺旋状专性化能自养铁氧化细菌ML-04菌株的分子鉴定

对1株螺旋状专性化能自养铁氧化细菌ML-04的16S rDNA基因PCR扩增产物进行了序列分析，并以16Sr DNA序列同源性为基础构建系统发育树，结果表明，ML-04菌株与氧化亚铁钩端螺旋菌(Leptospirillum ferrooxidans)具有较大的差异性，而与嗜铁钩端螺旋菌(Leptospirillum ferriphilum)的相似度达99．7％以上，属于同一类群．     

上海地区不同植物根际荧光假单胞菌多样性

荧光假单胞菌是一种常见的植物根际促生细菌,有开发作为生物农药的潜质．以分离自上海周边地区12种植物根际的104株荧光假单胞菌为研究对象,进行了表型分类,并采用16S—rDNARFLP和REP—PCR技术,系统地研究了荧光假单胞菌的遗传多样性．结果表明：16S—rDNARFLP酶切图谱聚类分析在85％相似性水平上,可将供试菌株划分为9群;REP—PCR指纹图谱聚类分析在76％相似性水平上,可将供试菌株划分为26群,说明上海地区的荧光假单胞菌具有丰富的遗传多样性;聚类分析结果还显示出菌株间亲缘关系与其分离地和所在植物具有相关性,表明环境条件对荧光假单胞菌的发育和遗传分化有重要影响．     

海洋沉积物中特有细菌类群的初步探讨

通过构建16S rRNA基因文库对中国南沙南海区沉积物中细菌多样性进行分析,并将获得16S rRNA基因序列与国际基因数据库GenBank进行相似性比较及聚类分析,结果发现来自海洋沉积物的未能培养的微生物往往组成一簇,并与现已获培养并鉴定的微生物自然分开,这一表象表明,海洋沉积物中存在特有的微生物属种。     

5S及16S rDNA序列PCR扩增用于环境军团菌检测

军团菌病（Ｌｅｇｉｏｎｎａｉｒｅｓ’ｄｉｓｅａｓｅ）是一种严重的空气传播疾病,在世界各地都常有报道,是由军团菌（Ｌｅｇｉｏｎｅｌａ）引起,该菌迄今已鉴定出了４４个种,其中１８种具致病性,最常见的导致严重病症的种有嗜肺军团菌（Ｌ．ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ...