贾第虫4种新的box H/ACA snoRNA的鉴定及其进化意义

通过构建特异性的cDNA文库, 发现并鉴定了4种新的贾第虫box H/ACA snoRNA, 分别命名为GLsR22, GLsR23, GLsR24和GLsR25. 生物信息学分析表明, 这些snoRNA均可形成典型的box H/ACA snoRNA“双茎环”二级结构; GLsR24和GLsR25可能分别指导贾第虫23S rRNA上U1753和U2396的假尿嘧啶化修饰, 而GLsR22和GLsR23属于功能未知的“orphan” snoRNA. 新鉴定的box H/ACA snoRNA均位于蛋白质基因间隔区中, 并且都是由单拷贝基因编码的. 与古细菌及其他原生生物中已发现的同类分子相比, 贾第虫box H/ACA snoRNA具有很多独特特征, 提示snoRNA在从原核生物向真核生物进化的过程中可能有不同的进化路线.     

“传统”垃圾填埋场渗滤液中古细菌16S rRNA基因的RFLP分析

"传统"垃圾填埋场渗滤液中古细菌群落的多样性通过不依赖于培养的分析而获得.将渗滤液中古细菌的16S rRNA基因片断(16S rDNA)选择性地扩增出来并用于构建16S rDNA克隆文库.文库内古细菌16S rDNA的遗传变异性通过RFLP分析(限制性内切酶Hha Ⅰ和Hae Ⅲ)而得到.80个随机选出的古细菌rDNA克隆子被划分为29个不同的RFLP型(组),其中最大的5个型共占所有被分析克隆子的53%左右,而其余24个型的丰度均处于相对较低的水平,其中16个型更仅含有1个克隆子.有关结果表明,对克隆16S rDNA片断的RFLP分析是评估复杂厌氧系统中微生物群落多样性的有力工具.     

褶累枝虫16SrRNA基因分析

以缘毛目褶累枝虫为研究材料,探索和建立了适用于较难培养的单细胞原生动物的分子生物学研究方法．并测定了褶累枝虫１６ＳｒＲＮＡ基因３′端１１１５个核苷酸．通过比较分析,从分子水平探讨了累枝虫属与缘毛目其它属之间的亲缘关系,为进一步重构原生动物的系统图提供最基本的资料．     

孑遗动物新疆北鲵的分子特征及其进化生物学研究(Ⅰ)

通过对孑遗两栖动物新疆北鲵（Ｒａｎｏｄｏｎｓｉｂｉｒｉｃｕｓ）核糖体１８ＳＲＮＡ基因全序列的测定与分析,从基因水平揭示北鲵的特征,为进一步探讨孑遗动物的发生及其演化的分子机制研究奠定了基础．首次对新疆北鲵核糖体１８ＳＲＮＡ基因进行报道．     

中国特有植物大血藤的RAPD分析──植物地带性分化的分子差异标准初探

采用随机扩增多态性ＤＮＡ技术对中国特有科特有属植物大血藤（Ｓａｒｇｅｎｔｏｄｏｘａｃｕｎｅａｔａ）进行分析,探讨植物地带性分化的分子差异．从１００个随机引物中筛选出１１个有效的１０碱基对寡聚核糖核苷酸作引物,用于对取自５省区的大血藤植物基因组ＤＮＡ进行ＰＣＲ扩增;用ＵＰＧＭＡ法对各居群间的Ｊａｃａｒｄ相似性系数和遗传距离进行聚类分析．ＲＡＰＤ分析结果表明：分布于各省区（地区）的大血藤居群,尽管其形态特征的变异尺度较为一致,但在分子水平上存在明显差异,这种差异与地理范围的变化相关,表现出一定的地带性分化规律．     

施肥对陆地生态系统土壤动物影响的研究述评

土壤动物是土壤生态系统的重要组成部分,在促进土壤有机质分解、维持土壤肥力方面起着重要作用。笔者研究施肥对土壤动物密度和多样性的影响,以便深入理解施肥对生态系统影响的过程与机制。采用数据整合方法,综合分析了施肥(有机肥、无机肥、有机肥加无机肥和无机肥加秸秆)对土壤动物(蚯蚓、弹尾目、蜱螨目和线虫)密度和多样性的影响。分析认为:①施肥对土壤动物群落结构影响的研究主要集中在农田生态系统,而在森林生态系统中的研究很少; ②不同施肥类型对土壤动物(蚯蚓、弹尾目、蜱螨目和线虫)的密度和多样性有正向、负向或无作用。施用无机肥对土壤动物密度和多样性没有显著影响,施用有机肥增加了蚯蚓、弹尾目密度和土壤动物多样性指数(Shannon-Wiener's index),施用无机肥配施有机肥或者秸秆的影响更为显著。因此,施肥作为农林生态系统重要的管理措施,与单纯施用无机肥相比,施用有机肥更有利于土壤动物的生存,维持土壤生态系统的健康和可持续生产能力。但是,施肥对土壤动物,特别是在森林土壤动物的影响机制方面,还有待深入研究。     

成对鲫游泳行为与标准代谢率的关系

【目的】考察成对鲫(Carassius auratus)幼鱼的游泳行为与标准代谢率(Standard metabolic rate,SMR)的关系。【方法】在(25±0.5)℃条件下测定60尾鲫幼鱼的SMR并筛选出20尾高SMR个体和20尾低SMR个体,再将1尾高SMR和1尾低SMR个体进行随机组对,在行为观察装置中分别测定单尾鱼(两水箱中间有隔板)和成对鱼(两水箱中间无隔板,可见对方)在危险区域和安全区域的运动时间及频率、进入食物环1倍体长范围频率以及高SMR个体与低SMR个体相互追随的时间。测定工作进行两次,分别称为测定Ⅰ和测定Ⅱ。【结果】1)成对实验鱼之间的好斗频率与SMR个体差异不相关,不论是低SMR个体追随高SMR个体,还是高SMR个体追随低SMR个体,追随时间也均与SMR个体差异不相关。2)在实验水箱中间有隔板条件下,实验鱼不仅在安全区域的停留时间比明显高于在危险区域的停留时间比,而且静止时间比明显大于运动时间比,但取走隔板后实验鱼在两区域的停留时间比无明显差异,并且运动时间比大于静止时间比。3)不论中间有无隔板,单尾鱼于测定Ⅰ时在危险区域停留时间比、安全区域停留时间比、运动时间比及进入1倍体长范围食物环频率均与在测定Ⅱ时获得的对应指标呈正相关关系;除进入1倍体长范围食物环频率外,单尾鱼在中间有隔板的游泳行为特征数据与中间无隔板的游泳行为特征数据均呈正相关关系。【结论】SMR可能不是成对鲫幼鱼游泳行为中领导者的重要特质,但两者的视觉信息交流可改变两者的游泳行为特征,并且鲫幼鱼在不同实验条件下的游泳行为特征保持较高的重复性。     

成对鲫游泳行为与标准代谢率的关系

【目的】考察成对鲫(Carassius auratus)幼鱼的游泳行为与标准代谢率(Standard metabolic rate,SMR)的关系。【方法】在(25±0.5)℃条件下测定60尾鲫幼鱼的SMR并筛选出20尾高SMR个体和20尾低SMR个体,再将1尾高SMR和1尾低SMR个体进行随机组对,在行为观察装置中分别测定单尾鱼(两水箱中间有隔板)和成对鱼(两水箱中间无隔板,可见对方)在危险区域和安全区域的运动时间及频率、进入食物环1倍体长范围频率以及高SMR个体与低SMR个体相互追随的时间。测定工作进行两次,分别称为测定Ⅰ和测定Ⅱ。【结果】1)成对实验鱼之间的好斗频率与SMR个体差异不相关,不论是低SMR个体追随高SMR个体,还是高SMR个体追随低SMR个体,追随时间也均与SMR个体差异不相关。2)在实验水箱中间有隔板条件下,实验鱼不仅在安全区域的停留时间比明显高于在危险区域的停留时间比,而且静止时间比明显大于运动时间比,但取走隔板后实验鱼在两区域的停留时间比无明显差异,并且运动时间比大于静止时间比。3)不论中间有无隔板,单尾鱼于测定Ⅰ时在危险区域停留时间比、安全区域停留时间比、运动时间比及进入1倍体长范围食物环频率均与在测定Ⅱ时获得的对应指标呈正相关关系;除进入1倍体长范围食物环频率外,单尾鱼在中间有隔板的游泳行为特征数据与中间无隔板的游泳行为特征数据均呈正相关关系。【结论】SMR可能不是成对鲫幼鱼游泳行为中领导者的重要特质,但两者的视觉信息交流可改变两者的游泳行为特征,并且鲫幼鱼在不同实验条件下的游泳行为特征保持较高的重复性。
     

23种新的水稻boxC/D snoRNA的鉴定及功能分析

构建了一个水稻核内小分子RNA的cDNA文库, 经初步筛选获得30种boxC/D snoRNA. 与目前已鉴定的水稻snoRNA序列相比较, 除了U14等7种snoRNA 之外, 其余23种均为首次在水稻中发现. 在23种新的水稻boxC/D snoRNA中, 11种只存在于水稻中, 其余12种中, 6种为植物特有, 6种在酵母、动物和拟南芥中存在同源分子. 17种snoRNA指导了水稻5.8S, 18S和25S rRNA中24个2′-O-核糖甲基化修饰核苷, 其中19个靶位点的修饰已被证实. 6种新的水稻snoRNA不具有与rRNA互补的反义序列, 是一类新的snoRNA. 研究结果表明, 通过构建核内小分子RNA的cDNA文库可以有效地分离和鉴定水稻中新的snoRNA. 这些新发现的snoRNA对于阐明植物snoRNA基因组织和表达以及rRNA中2′-O-核糖甲基化修饰位点的产生机制具有重要意义.     

snoSeeker:扫描人类基因组中向导和孤儿snoRNA的计算机程序包

核仁小分子RNA(small nucleolar RNA,snoR-NA)是真核生物细胞核内的一大类非编码RNA。按其结构和功能特点,除了MRP RNA,目前已知的sn-oRNA可分为两大类:box C/D和box H/ACA。除了少数snoRNA在rRNA前体的剪切加工和转录后修饰过程中起到重要的作用,大部分snoRNA都是通过反义互补行使功能。box C/D snoRNA指导rRNA或snRNA特定位点的2’-O-甲基化修饰,而box H/ACAsnoRNA指导rRNA或snRNA上的假尿嘧啶化修饰。根据snoRNA是否与rRNAs或snRNAs反义互补,也可将它们分为向导snoRNAs(guide snoRNA)和孤儿snoRNAs(orph…