两种抗α毒素单链抗体基因的序列分析

应用RT－PCR技术,从两株分泌具有中和活性的抗A型产气荚膜酸菌α毒素单克隆抗体（McAb)的杂交瘤细胞株2E3和1A8中,分别扩增出抗体VH和VL基因,用Linker(Gly4Ser）3基因,将VH和VL基因连接成ScFv基因2E3－ScFv和1A8－ScFv,并将其克隆至pGEM-T载体中,经核苷酸序列分析证实,VH和VL基因以及Linker基因拼接正确,2E3－ScFv基因全长为729bp,经计算机分析,VH和VL基因均为新发现的基因序列,符合功能性重排的鼠抗体可燮区基因特征,2E3－ScFv的VH和VL基因分别属于鼠免疫球蛋白重链Ⅱ（B）和轻链kⅢ家簇;而1A8－ScFv的VH和VL基因分别属于鼠免疫球蛋白重链Ⅱ（A）和轻链кⅥ家簇。     

禽巴氏杆菌抗链霉素耐药基因StrA的克隆及同原性比较

根据巴氏杆菌基因序列设计合成一对引物，以临床分离的动物源性巴氏杆菌抗链霉素耐药菌株为模板，通过PCR技术，扩增出StrA基因350-1153bp序列．PCR产物及表达载体通过粘端连接，将长约804bp的StrA目的基因片段克隆到pGEM—T载体上，构建了克隆载体质粒pGEM—TstrA．StrA基因片段测序结果与文献报道的结果同源性为99．8％．只有一个碱基发生突变，但所编码的氨基酸没有改变．     

抗PAF单链抗体的基因构建及蛋白质3D模建

构建抗PAF单链抗体的基因并通过计算机模建分析几种不同连接类型的单链抗体空间结构差异。采用重叠延伸PCR方法扩增了VH和VL基因,形成抗PAF的VH-Linker-VL(ScFv)基因产物,并经菌落PCR和测序分析鉴定,通过Internet对其3D结构进行了模建与分析,研究结果表明：PCR产物电泳可见一条与目的基因大小一致的片段,经菌落PCR和测序分析鉴定,抗PAF单链抗体的基因构建成功;VH和VL在单链抗体中的顺序对单链抗体3D的空间结构有影响。     

苜蓿花叶病毒复制酶基因的克隆、序列分析及其植物表达载体的构建

以侵染苜蓿的苜蓿花叶病毒中国分离株(Alfalfa mosaic virus Chinese isolate，A1MV—Ch)RNA2为模板，利用人工合成的特异性引物，进行反转录及PCR扩增，分两段分别扩增了复制酶基因的5′端1．32kb和3′端及其非编码区的1．23kb cDNA序列．用限制性内切酶切割PCR产物后，与pUCl9重组，转化大肠杆菌DH5α，筛选重组质粒，用限制性内切酶分析及PCR鉴定，得到分别含有5′端序列和3′端序列的重组质粒。已由上述两种重组质粒构建了含有完整复制酶基因的重组质粒．进行了全序列测定，并与国外报道的A1MV-425株系的相应序列相比较，其复制酶基因编码区核苷酸序列同源性达97．8％，推测的氨基酸序列的同源性达97．6％，3′端非编码区核苷酸序列同源性为98．2％．并将全长复制酶基因与植物表达载体pROKⅡ重组，得植物转化载体pAlMV—FL．     

EL-4荷瘤鼠单链噬菌体抗体库的构建

目的:构建一个EL-4荷瘤鼠的单链噬菌体抗体库,为筛选高特异性和高亲和力的单链抗体做准备.方法:于C57小鼠腋区接种EL-4细胞,待肿瘤长大后,从脾细胞中提取总RNA,RT-PCR技术扩增小鼠抗体重、轻链可变区基因(VH、VL),用Linker奖VH和VL基因连成单链抗体可变区片段(scFv).双酶切后(Not Ⅰ、Sfi Ⅰ)与预备好的pCANTAB5E噬粒载体连接,转化入感受态TG1,构建EL-4荷瘤鼠的单链噬茵体抗体库.随机抽取转化后的20个克隆,用以检测外源DNA的转入情况.结果:PCR扩增出的VH约有340bp和VL约有320bp,scFv的长度约有750bp.转化后的TG1约有1.67×107个茵落,随机挑取20个克隆,双酶切显示五分之一的茵落转化了外源DNA片段,有效库容为3.34×106.结论:成功构建了EL-4荷瘤鼠的单链噬茵体抗体库.     

青鳉DMY基因的克隆及其在性别鉴定中的应用

提取雄性青鳉成鱼基因组DNA为模板,利用特异性引物,聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增获得1 908 bp的特异性条带.经测序证明为DMY基因片段,其核苷酸序列由3个外显子和2个内含子组成,可连续编码150个氨基酸.建立准确而有效的鉴定任意发育阶段青鳉个体雌雄性别基因型的方法,即利用管家基因——肌动蛋白基因PCR扩增条带的有无验证DNA样本提取和PCR扩增的有效性,同时利用雄性DMY基因的PCR扩增条带的有无鉴定青鳉个体的雌雄性别.对随机选取的成鱼和新生鱼卵样本,应用该方法可成功地鉴定出青鳉个体的雌雄性别.     

甜瓜多聚半乳糖醛酸酶基因cDNA的克隆和序列分析

以甜瓜品种河套蜜瓜成熟果实mRNA为模板，经反转录合成和PCR扩增得到编码多聚半乳糖醛酸酶(Polygalacturonase，PG)基因全长cDNA，将其克隆于pUC19质粒中获得重组质粒pCMPG．此cDNA长1183bp，包括一个393个氨基酸残基组成的开放阅读框架，与已报道的甜瓜PG基因cDNA核苷酸序列比较同源性为99．3％，相应的氨基酸的同源性为98．5％．     

Chi-linker-Glu融合基因双价植物表达载体的构建及其相关鉴定

将木霉几丁质酶基因Chi和β-1,3-葡聚糖酶基因Glu通过8个中性氨基酸连接起来,形成Chi-linker-Glu融合基因．其中编码区基因长2376bp,共编码792个氨基酸和一个终止子．将该融合基因克隆到中间载体pAHC25中,然后将整个ubi-chi-linker-glu-nos表达盒插入用ubi-bar-nos表达盒代替CaMV35S-gus-nos的高效植物表达载体pBI121中,构建了双价抗真菌基因的重组质粒pBIb-CG,并通过根癌农杆菌介导,采用叶盘法转化烟草．PCR扩增和PCR-Southern分析证明已将Chi-linker-Glu融合基因整合到烟草基因组中．     

蒺藜状苜蓿尿卟啉原Ⅲ甲基转移酶基因MtSUMT1的克隆及分析

利用RT—PCR的方法克隆了蒺藜状苜蓿尿卟啉原Ⅲ甲基转移酶基因MtSUMT1，（GenBank登录号：EF520735），经核苷酸序列测定分析，发现该基因的完整阅读框共1086bp，推测其编码361个氨基酸，由核苷酸推导出的氨基酸序列比对发现该蛋白与UPM1（Arabidopsis thaliana）、ZmSUMT1（Zea mays）的一致性分别高达70％和63％．对其编码的蛋白序列进行了结构域和功能预测．用半定量PCR方法检测不同组织，发现该基因是普遍表达的．     

河套蜜瓜ACC氧化酶基因cDNA部分片段的克隆和序列分析

以河套蜜瓜(Cucumis melo L．ev Hetao)成熟果实为材料，用硫氰酸胍法提取总RNA，以oligo(dT)15为引物，反转录合成cDNA，利用一对甜瓜ACC氧化酶(1-aminocyclopropane-1-earboxylate oxidase，ACO)基因cDNA的特异性引物进行聚合酶链式反应(PCR)扩增。获得了预期大小的cDNA片段．将此片段克隆于pUCl9质粒中，进行DNA序列分析．序列分析结果表明该片段为545bp，编码甜瓜ACO的第126至第306个氨基酸．该河套蜜瓜ACO基因cDNA序列与Andes甜瓜、Cantaloup charentais甜瓜和哈密瓜的相应序列进行比较，其核苷酸序列与Andes甜瓜的同源性为99．4％；与Cantaloup charentais甜瓜和哈密瓜的同源性均为99．6％。与其对应的氨基酸序列的同源性均为99．4％．     

赤红球菌JDM312株环己酮单加氧酶基因的克隆和序列分析

应用PCR从赤红球菌JDM312株基因组DNA中扩增出chnB基因序列,构建pUC18-chnB重组质粒,转化大肠杆菌DH5α,并对插入片段进行测序,用Clustal X和Mega 3.1软件对测定DNA序列进行相似性和系统发育分析.结果显示：扩增得到的chnB基因大小为1 623 bp,编码由542个氨基酸残基构成的...     

PRV广东株gE基因去信号肽片段的克隆与序列测定

根据伪狂犬病病毒（PRV）Rice株gE基因的序列设计并合成了1对引物,以我国PRV地方毒株广东株的基因组DNA为模板,通过PCR方法获得了一大小约1.6kb的DNA片段,并将其克隆到pMD18-T载体上进行测序,序列测定结果显示,该片段长1665bp,编码555个氨基酸,与PRV Rice株gE基因的核苷酸序列同源性为97.7%,氨基酸序列同源性为95.9%。     

溶藻弧菌HY9901鞭毛蛋白flaC基因的克隆和序列分析及真核表达质粒的构建

参照GenBank上登录的副溶血弧菌鞭毛蛋白flaC基因序列设计引物,PCR扩增溶藻弧菌HY9901株的flaC全长基因,序列分析结果显示该基因为1 155 bp,编码384个氨基酸.与GenBank中其他弧菌的同源基因序列比对显示,溶藻弧菌flaC基因与副溶血弧菌flaC基因的同源性最高(87%).将该基因定向克隆到真核表达质粒pcDNA3.1(+)中,获得带溶藻弧菌鞭毛蛋白flaC基因的真核表达重组质粒pcDNA-flaC,为其DNA疫苗的进一步研究奠定了基础.     

粉尘螨Der f14基因克隆与分子特征的分析

从纯培养的粉尘螨中,根据本课题组前期合成的尘螨基因序列,将扩增的Der f14分别克隆到pUC57载体中,经扩增后用SmaI双酶切将目的片段连接到 pET-28a表达载体上得到重组质粒pET28a- Der f14.在线软件ExPaSy,NCBI网站对测序结果进行分析.分析结果表明:获得的目的基因Der f14 cDNA全长为5 013 bp.编码蛋白由1 666个氨基酸组成.粉尘螨Der f14与屋尘螨序列比对同源性达95;,信号肽序列存在1～18个氨基酸,二级结构是由a螺旋(35.83;)﹑延伸链(17.17;)﹑无规则区(47;)组成.目的蛋白是一种卵黄蛋白原.     

大肠杆菌硫氧还蛋白thioredoxin基因的克隆及表达

以大肠杆菌XL1blue为模板，通过PCR技术扩增大肠杆菌硫氧还蛋白基因，并将目的基因分别连接到克隆载体pUC18和表达载体pTrcHisC上，构建重组质粒．重组质粒pTrcHisC-TRX在大肠杆菌中高效表达，最后利用固定化金属螫合亲和层析技术(IMAC)获得较纯的目的蛋白，为进一步研究硫氧还蛋白的功能及其应用提供了条件．     

中国白兔IL-6基因的分子克隆及其表达研究

运用RT-PCR技术对用ConA刺激的中国白兔外周血淋巴细胞(PMBCr)进行了扩增,将纯化后的PCR产物克隆入pMD18-T中进行核苷酸序列测定.结果中国白兔IL-6基因全长726 bp,编码242个氨基酸,其中前26个氨基酸残基构成信号肽序列.与不同物种IL-6基因相比,核苷酸和推导的氨基酸序列有一定的差异.在推导的中国白兔IL-6氨基酸序列中,在108-110位存在1个潜在的N-联糖基化位点,同时存在9个Cys残基.将pTIL-6双酶切,回收目的基因片段克隆到大肠杆菌表达载体pET28a中构建了重组质粒pETIL-6,转化大肠杆菌BL21(DE3),并用IPTG进行了诱导.结果重组菌菌体裂解物经SDS-PAGE电泳可检测到相对分子量为29.5kDa的重组目的蛋白.经凝胶薄层扫描,目的蛋白表达量可占菌体蛋白的16.2%.     

EDSV六邻体蛋白基因克隆与原核表达载体构建

应用降落PCR技术扩增出减蛋综合征病毒六邻体蛋白基因并将其克隆至pMDT-18载体上,经酶切、PCR鉴定及测序结果表明插入的片段为目的基因,全长2．733kb,共编码910个氨基酸。切下该目的基因定向克隆至pET-28a质粒构建了六邻体蛋白基因原核表达载体pET28a-hexon,经各种酶切、PCR鉴定及进一步测序后证明六邻体蛋白基因片段所插入的位置、大小、核苷酸序列和阅读框架正确无误,从而为下一步的表达及进一步阐明EDSV六邻体蛋白基因结构与功能的关系和减蛋综合征基因工程苗的研究奠定了良好基础。     

Geobacillus sp.POT5 α-淀粉酶基因的克隆及表达

从高温环境土壤中分离到1株能在75℃生长并产生α-淀粉酶的菌株(POT5),扩增了其16Sr DNA核苷酸序列,序列分析表明该菌属于Geobacillus属.根据该属全基因序列测定数据中推定的α-淀粉酶基因,利用PCR方法从G.sp.POT5基因组中扩增得到该菌α-淀粉酶基因(amyP).序列分析表明该基因全长1.545 kb、G+C含量51.33%,编码514个氨基酸.构建重组表达质粒pET22b(+)-amyP,转化Escherichia coliBL21系统,表达产物经SDS-PAGE分析、活性染色及淀粉酶活力分析,表明amyP基因得到了表达,且产物具有生物学活性.     

含内蛋白子融合表达载体的构建与人神经营养因子-3的初步表达

为了构建一个含蛋白质剪接元件的表达载体 ,将 3.38kb的 p Ex Sec 的多克隆位点 (Eco R /Bam H )处插入一个含多个酶切位点的 49bp寡聚核苷酸。然后将 p MYB12 9中 intein- CBD基因片段移插入上述经改造的p Ex Sec I中 ,构建成含内蛋白子的表达载体 p Ex IC。根据人神经营养因子 - 3(h NT- 3)的已知 DNA序列 ,设计含 NdeI/Xho I酶切位点的引物 ,用 PCR法从人全血总 DNA中扩增 h NT- 3,再插入 p Ex IC载体中 ,构建成 p Ex IC- h NT- 3重组质粒。经转化后 ,工程菌 E.coli BL 2 1(DE3) /p Ex IC- h NT- 3在 L B培养基中获得融合表达 ,根据 intein的自剪切原理 ,在还原剂 DTT作用下 ,初步获得了约 14k D的 h NT- 3目的蛋白。