PCR技术在环境监测中的应用态势

PCR技术是一种选择性体外扩增DNA或RNA片段的方法,其反应原理与细胞内的DNA复制相似。由于PCR本身具有的简便、快速、灵敏、特异性强等优点,使其广泛应用于水体、土壤、大气等环境监测领域,大大提高了监测水平。     

基于进化信息和支持向量机的酶蛋白亚家族预测

提出一种使用PSI—BLAST得到的位置特异性打分矩阵中蕴含的进化信息作为酶蛋白的特征表示,结合支持向量机方法对酶蛋白的亚家族类别进行预测的方法．对包含16类亚家族的2640条氧化还原酶数据集进行jacknife测试,总的预测精度达到92．12％,高于目前的任何其他预测方法．实验结果表明,进化信息是酶蛋白序列的有效表示,将其与支持向量机结合能够实现对酶蛋白亚家族的高精度预测．     

废水处理功能菌株FA-2的实时荧光定量PCR检测

FA-2是油脂化工废水处理系统中分离到的降解脂肪酸和脂肪胺的功能菌.本研究以大肠杆菌为参照菌,基于荧光定量PCR技术,建立了检测FA-2相对含量的荧光定量PCR方法.根据FA-2已知特异序列GENE2和大肠杆菌16 s rRNA基因序列GENE1分别设计合成特异引物和Tagman探针,采用实时荧光定量PCR技术分别检测各样本FA-2和E.coli 16 s rRNA基因的相对拷贝数,获得了FA-2及大肠杆菌的标准曲线.并比较这两种基因剂量之比例和混和的菌数比例之间的关系.结果表明混合菌液中FA-2的含量与CtGENE2与CtGENE1的差值ΔCt呈线性关系,由此可以推算出模板DNA的数量及对应的细菌数量.荧光定量检测结果与直接计数结果基本一致.该方法的建立,为进一步在废水处理系统中应用FQ-CR检测功能菌的含量打下基础.     

一种快捷可靠的大肠杆菌重组质粒筛选方法

针对如何大规模地筛选大肠杆菌重组子,将质粒快检和菌落PCR两种方法巧妙地融合,建立一种新的高效快捷的重组质粒筛选方法.该方法不需接种抽取质粒,在转化子长出当天即可筛选到重组质粒.大规模基因克隆表明该方法能够快速、准确地筛选出阳性克隆.     

巴彦淖尔地区汉坦病毒的分子流行病学调查

目的：对巴彦淖尔地区进行汉坦病毒的分子流行病学调查．方法：采用间接免疫荧光法（IFA）对在野外捕获的鼠肺样品进行初筛,用逆转录-聚合酶链式反应（RT—PCR）扩增IFA阳性标本中汉坦病毒的S基因片段,以S基因片段（620—999nt）的核苷酸序列构建系统发生树并进行分子进化分析．结果：捕获的200只中有褐家鼠141只（70．5％）,黑线仓鼠40只（20．0％）,小家鼠19只（9．5％）;IFA检出6份阳性标本,均来自褐家鼠,其S基因均为S1亚型．结论：巴彦淖尔地区褐家鼠携带S1亚型汉坦病毒．     

南方鲇促生长激素释放激素基因的部分cDNA克隆及序列分析

促生长激素释放激素（GHRH）是一种重要的内分泌激素,主要功能是调节脑垂体分泌生长激素（OH）．实验旨在克隆分析南方鲇GHRH基因的cDNA序列．从南方鲇的脑组织中提取总RNA并反转录成cDNA,再根据已知GHRH基因的保守区域序列设计引物,通过反转录聚合酶链式反应（RT—PCR）实验,获得了一条334bp的片段并进行了测序,序列信息分析表明,该序列与沟鲇的GHRH基因同源,相似性达99％．根据同源性检索结果推测该序列编码110个氨基酸,并基于该编码序列分析了南方鲇GHRH的功能结构域以及南方鲇同其他物种的遗传发生关系,     

禽流感病毒H9亚型特异性抗原捕捉ELISA检测方法的研究

 采用禽流感病毒多克隆抗体及H9亚型特异性单克隆抗体,研究建立H9亚型特异性抗原捕捉ELISA检测方法,用于检测H9亚型禽流感病毒.优化了反应条件,确定了包被抗体、检测抗体及酶结合物的最佳工作浓度,对该方法的敏感性、特异性、重复性及稳定性分析,并与RT-PCR方法比较.通过使用该方法对野外样品进行检测.结果表明该方法敏感、特异,具有良好的重复性和稳定性,可用于检测临床样品、鸡胚培养物及细胞培养物中的H9亚型禽流感病毒.     

禽流感病毒型及亚型特异性免疫酶染色技术的研究

 在获得禽流感病毒型及亚型特异性单克隆抗体的基础上,研究建立型及亚型特异性免疫酶染色技术,用于检测或鉴定禽流感病毒．优化反应条件,确定单克隆抗体及辣根过氧化物酶标记二抗的最佳工作浓度,进行敏感性、特异性、重复性及稳定性分析,并与病毒分离鉴定比较．结果表明该方法敏感、特异,具有良好的重复性和稳定性,可用于检测临床组织样品、鸡胚及细胞培养物中的禽流感病毒．     

四纹豆象小分子量热激蛋白基因的鉴定与表达分析

本研究利用生物信息学方法对NCBI数据库中四纹豆象(Callosobruchus maculatus)全部热激蛋白进行分析,从中鉴定出一种中央区具有典型α-晶体蛋白质结构域的小分子量热激蛋白基因,shsp27(Gen Bank编号FK669241.1)。采用实时荧光定量PCR(RT-q PCR)检测了四纹豆象4龄幼虫经不同温度(4、15、30、37℃以及4℃低温处理24 h后回复30℃)胁迫处理24 h后,shsp27 m RNA的相对表达量。分析结果表明,在4龄四纹豆象幼虫中,低温(4、15℃)与高温(37℃)胁迫处理后shsp27的相对表达量相对于对照组(30℃恒温培养组)均有上调响应,但对高温胁迫的响应程度略强,低温回复处理组的相对表达量也略高于对照组,但上升不显著,初步认为shsp27基因表达与四纹豆象耐寒热的适应性无直接相关性。     

JAK2基因单倍型46/1对中国人群骨髓增殖性肿瘤易感性的影响

从91例骨髓增殖性肿瘤(MPNs)患者及1 028例健康志愿者(均为中国人)外周血中提取基因组DNA,应用等位基因特异性PCR(ASP)技术,检测作为蛋白质酪氨酸激酶JAK2单倍型46/1标签的rs12343867和rs10974944位点的基因型,并结合临床资料,应用SNPstats软件进行统计学分析.实验结果表明:MPNs患者JAK2单倍型46/1出现的几率明显高于健康志愿者(P0.000 1);MPNs患者的JAK2单倍型46/1更易在JAK2V617F突变阳性MPNs患者(n=70)中出现(P0.000 1);具有JAK2单倍型46/1的中国人群患MPNs的风险增加显著,该结果与测试欧美人群的结果一致.