一株富含类胡萝卜素光合细菌的分离鉴定

从不同生物环境中分离紫色非硫菌,测定其类胡萝卜素含量,筛选出富含类胡萝卜素的菌株.对该菌株的形态学特征、碳氮源利用情况、最适生长pH值及盐度等生物学特征进行研究;利用PCR技术扩增其16S rRNA基因,测序后进行16S rRNA基因序列分析,研究其分类地位.结果:分离自暨南大学明湖底泥的菌株R2,在所分离的8株紫色非硫菌中,类胡萝卜素质量分数最高,为4.83 mg/g(干菌体),该菌株符合红游动菌属(Rhodoplanes)的生物学特性,其最适生长pH为7.0,盐度为0.2%;16S rRNA基因的分子系统学分析表明,该菌株与红游动菌属的Rhodoplanessp.HA17相似性为99.4%.可确定筛选出一株高产类胡萝卜素的菌株,该菌株属于红游动菌属(Rhodoplanes).     

软腐白菜根系土壤中短稳杆菌的分离和鉴定

采用选择性培养基,从软腐白菜根系土壤中分离出产生香气的细菌,通过对菌株进行形态学观察、生理生化试验以及16S rRNA基因序列测定、比对分析和系统发育树构建,对该类群菌株进行初步分类鉴定.结果表明,12株产生烘焙香气细菌的形态学特征及生理生化特性与短稳杆菌(Empedobacter brevis)LMG 4011T(AM177497)一致,16S rRNA基因序列与短稳杆菌基因序列同源性达99.86%,初步鉴定该类菌为短稳杆菌.     

黄土高原沙棘根际氢氧化细菌的分离与种属分布

目的研究陕西黄土高原沙棘(Hippophae rhamnoides)根际氢氧化细菌种属分布。方法利用持续通H2的气体循环培养体系分离纯化细菌。通过TTC(2,3,5-氯化三苯基四氮唑)试验和氧化H2能力测定筛选含有氢化酶的菌株。根据其培养特征、形态特征和生理生化特征进行菌株鉴定。用16S rRNA基因序列分析法对氧化氢能力最强的优势菌株构建系统发育树。结果筛选出6株菌初步确定为氢氧化细菌,并划分为4个属:芽孢杆菌属(Bacillus)、气单胞菌属(Aeromonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)和微球菌属(Micrococcus)。其中菌株FS2的16S rRNA基因序列(Gen-Bank登录号为GU084156)与芽孢杆菌属相似性为99%,在系统发育树上位于同一分支,因此将菌株FS2归为芽孢杆菌属(Bacillus)。结论说明氢氧化细菌在自然界分布广泛,并为分析氢氧化细菌的种群结构特征提供基础材料。     

一株海水细菌的分离鉴定及其脱硫效果的初步验证

从硫化物含量较高的海水养殖池塘深黑色底泥中,分离得到一株硫化物降解菌NG6-3,对其形态、生理生化特征及16S rRNA基因序列进行了研究,并对其脱硫效果进行了初步验证.结果表明,该菌为革兰氏阴性,具极生单鞭毛,发酵葡萄糖产酸不产气,氧化酶阳性,生长需要NaCl,无色素,不发光,在TCBS平板上形成中等大小圆形绿色菌落,对0/129敏感,具有弧菌属的典型特征.结合16S rRNA基因序列分析结果,该菌与多株未命名弧菌同源性达98％.动物安全性实验证实该菌株对水生动物是安全的.该菌对水环境及沉积环境中硫化物具有一定程度的降解作用.     

一株嗜盐古菌DSFD111的分类学鉴定

采用形态学和系统发育分析对一株嗜盐古菌DSFD111进行了分类学鉴定.分离到的DSFD111菌株为革兰氏阴性球菌,不产芽胞,细胞内含类脂粒.最适生长温度为37℃,最适pH为7,最适生长NaCl浓度为4.3mol/L,表明该菌株属于极端嗜盐菌.根据16S rRNA基因序列的系统发育分析,DSFD111菌株归于盐盒菌属(Haloarcula),与最近缘的Haloarcula argentinensis的相似度为99%.     

青海茶卡盐湖嗜盐碱芽胞杆菌资源分析

采用3种不同的培养基,通过可培养法,从青海茶卡盐湖样品中共分离获得110株嗜盐碱芽胞杆菌.基于16S rRNA基因序列相似性鉴定及系统发育分析,得出这些菌株为芽胞杆菌10个属的41个种,它们与最近匹配模式菌株的16S rRNA基因序列相似性在96%~100%之间,以芽胞杆菌属为优势菌,共计25种83株;存在6个潜在新种.3种酶筛实验结果表明,87%的嗜盐碱芽胞杆菌菌株具有产酶能力,产蛋白酶70株,产纤维素酶81株,产木聚糖酶50株.青海茶卡盐湖中的芽胞杆菌种类丰富多样且能产多种酶,并且潜藏着新的微生物物种,研究结果可为嗜盐碱芽胞杆菌资源开发提供理论基础.     

华东师范大学在校生皮肤上葡萄球菌类型及其抗药性分析

实验采集了华东师范大学在校学生皮肤表面的细菌样品,通过Baird Parker培养基选择性分离葡萄球菌属菌株.对分离到的菌株进行染色体DNA的提取,并扩增16S rRNA基因;通过16S rRNA基因序列分析菌株类型及菌株之间的系统发育关系;最后利用纸片琼脂扩散法(K-B法)检测葡萄球菌菌株对10种常见的抗生素敏感性并进行分析.结果分离得到了共31株葡萄球菌菌株,然后对各菌株的16S rRNA基因序列进行系统发育关系分析,将其分为6个不同的葡萄球菌种.通过对抗生素敏感性分析显示,31株菌中对10种抗生素检测没有完全敏感的菌株,其中氨苄青霉素、阿莫西林和恩诺沙星3种抗生素抗菌效果都比较低,抗性率分别为91％,91％和72％;阿米卡星的抗葡萄球菌效果最好,在31株菌株中只有3株菌株对阿米卡星具有抗性.上述结果显示,不管是维族人群还是汉族人群,皮肤表面都存在大量葡萄球菌,而维族人群中存在的数量高于汉族人群,但在菌株类型上并没有显著差异.存在于健康人体表面的葡萄球菌对常见10种抗生素具有较高的抗性,阿米卡星对葡萄球菌的敏感性最好.     

云台山白云岩表层土可培养细菌多样性

运用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析贵州云台山白云岩表层土可培养细菌的多样性.稀释涂布平板分离共获得131株细菌,限制性内切酶HhaⅠ和HaeⅢ对扩增的16S rRNA基因片段进行酶切分型,根据ARDRA酶切图谱划分为40个操作分类单元.16S rRNA基因序列测定和系统发育分析结果显示,这些菌株隶属于包括厚壁菌门(Firmicutes,64.89%)、β-变形菌纲(β-Proterbacteria,3.82%)、γ-变形菌纲(γ-Proterbacteria,17.56%)、放线细菌门(Actinobacteria,11.45%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,3.82%)等5大类群,共13个属.优势菌群为芽胞杆菌属(Bacillus,53.44%),亚优势菌群为寡养单胞菌属(Stenotrophomonas,9.16%)、假单胞菌属(Pseudomonas,8.40%)和微小杆菌属(Exiguobacterium,8.40%).15.00%的有效序列与GeneBank已知序列相似性小于等于97%,可能为潜在新类群.研究表明,云台山白云岩喀斯特地区不仅含有较为丰富的细菌物种多样性,且潜藏着许多新的微生物资源.     

一株拮抗姜瘟青枯劳尔氏菌的泛菌的分离及鉴定

从生姜田土中分离到一株对姜瘟青枯劳尔氏菌(Ralstonia solanacarum)有强拮抗作用的泛菌菌株Q6，对该菌株进行了形态特征、培养特征、生理生化特征的鉴定及16S rDNA 序列的分析.以16S rDNA序列为基础构建了包括12 株相关种属细菌在内的系统发育树，其中与11个泛菌属的菌株的16S rDNA序列的同源性为95.54%～99%.     

2株嗜碱性放线菌的分离鉴定及特性研究

从新疆巴洲和硕县碱性土壤中分离纯化出2株放线菌菌株XJ-1和XJ-4,对其形态特征、生理生化特性、抗生素产生以及16S rRNA基因序列分析等方面进行了多种特性研究.结果表明.2株放线菌在pH7.0的中性条件下不能生长,在pH12.0的强碱性条件下能够生长,最适生长pH为10.0,属于嗜碱性放线菌.2株放线菌菌株能耐受10%的NaCl,最高耐受温度为45℃.菌株XJ-1产生抗生素,能抑制柑橘绿霉菌、水稻轮纹菌、棉花枯萎菌和小麦赤霉菌的生长.16S rRNA基因同源性分析表明XJ-1属于拟诺卡氏菌属的Nocardiopsis dassonvillei,序列相似性达到了99.9%.而XJ-4与Nocardiopsis. sp. AF-333的序列相似性达到了99.3%,有可能是一新种.     

产微球茎菌琼胶酶基因的克隆及生物信息学分析

以琼脂为唯一碳源的培养基分离出一株产琼胶酶的海洋菌株AG1,16S rRNA基因序列分析显示,该菌株为产微球茎菌（Microbulbifer sp.）。以菌株AG1的基因组为模板,使用琼胶酶特异性引物进行PCR扩增,将扩增产物克隆至pMD18-T载体后进行测序。结果显示,克隆基因的大小为1302 bp,预测编码含有433个氨基酸残基的蛋白质。对该蛋白质进行生物信息学分析,结果表明,该蛋白质序列与来自耐热微泡菌（Microbulbifer thermotolerans）的琼胶酶氨基酸序列相似性为100%,预测本研究克隆的基因编码琼胶酶。该琼胶酶的理论分子质量大小为48.2 ku,理论等电点为5.42。采用同源建模法建立Microbulbifer sp.AG1琼胶酶的三维结构,富含β-折叠。     

桃杏果实内生细菌多样性分析及软腐病原菌的分离与验证

为了解桃和杏采后果实内生细菌群落组成,并对潜在病原细菌进行筛选与验证,为其贮藏保鲜、软腐病害防治等相关研究奠定基础,利用高通量测序技术,对新疆地产油桃和库车小白杏采后果实内生细菌群落组成进行分析;同时,利用微生物传统分离培养,采用16S rDNA序列分析对潜在病原细菌进行分子鉴定,并利用离体接种法和再分离法,对相关菌株的致病能力进行验证。研究结果表明,油桃和库车小白杏内生细菌共包括128个操作分类单元,涉及9个门117个属,其中变形杆菌门(Proteobacteria)为绝对优势菌门,其次为厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes);在属水平上,油桃以泛菌属(Pantoea)、芽孢杆菌属(Bacillus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、拟杆菌属(Bacteroides)等菌属为优势菌群;库车小白杏以葡糖杆菌属(Gluconobacter)、泛菌属(Pantoea)、克里斯滕森菌(Christensenella)、普氏菌属(Prevotella)等菌属为优势菌群。通过分离筛选获得了1株潜在采后致腐病原细菌XAAS-P1,经分子鉴定初步确定其归属于泛菌属(Pantoea)。XAAS-P1对采后油桃和库车小白杏均具有较强的致腐能力,并呈现出与自然软腐一致的病状。接种4d后,XAAS-P1致腐率可达100%,与阴性对照组相比,接种组样品的软腐现象提前了1d。对接种组病灶中的微生物进行再分离、鉴定,结果显示,菌株XAAS-P1是病灶组织中的绝对优势菌群,证明了菌株XAAS-P1是导致采后油桃和库车小白杏软腐变质的主要病原细菌。研究表明,桃和杏果实中存在丰富多样的内生细菌,其内生泛菌XAAS-P1可导致采后油桃和库车小白杏的软腐变质。     

一种用于Web服务合成过程建模的不确定性事件代数方法

 Web服务合成是目前的研究热点之一,是Web服务架构中的重要组成部分.Web服务合成过程模型用以描述Web服务合成中各服务组件应该满足的语义约束信息,是自动服务发现及合成的基础.以事件代数作为支撑理论,旨在为Web服务合成过程建模提供一种支持语义表示及推理的形式化方法.针对Web服务合成的特点及合成过程本身具有的不确定性,首先基于统计学习的思想对传统事件代数进行不确定性扩展,给出Web服务不确定事件代数(WSUEA)的定义、操作及语义,进而对服务合成中的顺序、分支及并行等基本情形分别给出其WSUEA表达式、以及相应的概率计算方法.实验验证了所提出方法的有效性.     

假单胞菌ND6菌株水杨酸羟化酶基因(nahG)的核苷酸序列分析和酶鉴定

水杨酸羟化酶是细菌萘降解途径中的关键酶，它能催化水杨酸脱羟和羟化，生成儿茶酚．假单胞菌(Pseudomonas)DN6菌株的萘降解基因位于102kb的质粒pND6-1上，以pUC18质粒为载体，制备了含有1～3kb pND6-1 DNA随机片段的基因库，通过DNA测序和DNA序列同源性分析，从基因库中筛选出含有水杨酸羟化酶基因nahG的克隆．nahG基因的大小为1305bp，编码的水杨酸羟化酶(NahG)由434个氨基酸组成，与Pseudomonas putida NCIB 9816-4菌株的水杨酸羟化酶基因相比，核苷酸序列的同源性为100％，与其它10种细菌的水杨酸羟化酶基因相比，核苷酸序列的同源性为32％～99％．酶学实验表明，ND6菌株的水杨酸羟化酶具有广泛的底物特异性，它不仅能代谢水杨酸，还能代谢多种水杨酸的衍生物，如乙酰水杨酸、黄基水杨酸、3-甲基水杨酸、5-甲基水杨酸和5-氯水杨酸等．     

热带盐场域近海及潮间带沉积物可培养细菌遗传多样性

为了研究热带盐场域近海及潮间带沉积物可培养细菌遗传多样性,从海南莺歌海盐场域近海及潮间带沉积物中分离可培养细菌,通过16S rDNA序列比对,分析菌株遗传多样性.结果表明,9株分离自近海沉积物的细菌菌株均属于Bacil-lus;8株分离自潮间带沉积物细菌菌株分为5个属,分别为Acinetobacter、Massilia、Pseudomonas、Pantoea、Paenibacillus;系统发育树结果表明,分离自近海沉积物的菌株YGHWSB2、YGHWSB3、YGHWSB4、YGHWSB5、YGHWSB6、YGHWSB10、YGHWSB21与B.amyloliquefaciens聚为一支,而菌株YGHWSB13、YGHWSB30与B.altitudinis、B.aerophilus、B.stratosphericus、B.xiamenensis聚为一支;分离自潮间带沉积物的菌株聚类较分散,YGHISB1、YGHISB2、YGHISB3、YGHISB4与A.johnsonii聚类;而其他4株菌株YGHISB5、YGHISB6、YGHISB7、YGHISB8分别与4个属的菌株M.haematophila、P.psychrotolerans、P.eucrina、P.peoriae亲缘关系较近.这些结果展现了分离自潮间带沉积物可培养细菌存在丰富的遗传多样性.可见莺歌海近海沉积物中可培养细菌资源分类地位单一,而潮间带沉积物由于所处环境变化多样,可培养细菌资源多样性丰富.     

石油降解菌株的筛选、初步鉴定及其特性

从含油污水中分离得到5株能高效降解石油的微生物菌株(P1、P2、P3、P4、P5). 根据形态学观察和生理生化实验对菌株进行鉴定,P1为节杆菌属(Arthrobacter sp.),P2为邻单胞菌属(Plesiomonas sp.),P3为假单胞菌属(pseudomonas sp.),P4为芽孢杆菌属(Bacillus sp.),P5为黄单胞菌属(Xanthomonas sp.). 对这5株菌的特性进行了研究,结果表明, P1、P2、P3、P4、P5在水样pH分别为9、7、8、8、8时,出现最大降解率,在10 g/L原油培养基中培养7 d分别能降解50.20%、55.59%、61.90%、55.66%和55.95%的原油. 接种量、盐度、通氧量、温度、油质量浓度、营养盐对石油的降解率有较大的影响. 通过对残油组分的GC-MS分析,确定各菌对C7～C17的直链烃有较好的降解效果.     

Tencel纤维粘弹塑性的模型

在分析二元件、三元件、四元件和六元件粘弹性模型的基础上 ,以六元件模型为基础建立了 Tencel纤维的松弛曲线回归方程 ,验证了六元件及多元件模型与实测结果的一致性     

基于数字签名的IKE主模式认证机制的分析与改进

通过对基于数字签名的IKE主模式认证机制的分析 ,指出了协议中存在的对协议发起方身份保护的安全问题 ,这一问题同样存在于IKEv2的数字签名认证中 .文中对这一问题给出了协议的改进方案 ,并分析说明 ,改进的方案可有效地保护协议发起方的身份信息     

Diversity and high nitrogenase activity of endophytic diazotrophs isolated from Oryza rufipogon Griff.

Diversity and nitrogenase activity of endophytic diazotrophs colonized in the wild rice Oryza rufipogon Griff grown in Boluo, Huilai County in Guangdong Province and Lingshui County in Hainan Province were studied. Thirty-seven isolates obtained from Oryza rufipogon were identified as putative endophytic nitrogen-fixing bacteria by ARA （acetylene reduction assay） test and further confirmed by PCR amplification of nifH gene fragments. All obtained strains have ARA activity and the same sized nifH gene fragments. Above the similarity level of 80%, the obtained isolates were assigned as Group Ⅰ to Ⅷ by the clustering of IS-PCR fingerprints. The SDS-PAGE whole-cell protein patterns were similar to those of IS-PCR fingerprints. Components and contents of fatty acid methyl esters （FAMEs） were used to differentiate the representative strains （Ls13, Ls8, BL1, BL12, HL6, Ls4） from Group Ⅰ to Group Ⅵ. The six representative strains showed significant difference in contents and components of cellular fatty acid methyl ester. 16S rDNA sequencing analysis showed that strains of Group Ⅰ to Ⅶ were located in Enterobacteraceae （y-proteobacteria）. Strains of Group Ⅰ and Group Ⅱ were closely related to Klebsiella sp.; Strain Ls8 of Group Ⅱ was a little far away from the genus of Pantoea （homology level 96% with Pantoea agglomerans）, which may represent a new species or genus in Enterobacteraceae; Strains of Groups Ⅳ and Ⅴ belonged to different Enterobacter sp.; Strain Ls4 and Ls 9 representing Group Ⅵ were close to Citrobacter amalonaticus with 98% sequence similarity; Strain Ls15 of Group Ⅶ showed 98% sequence identity with Pantoea sp.; Strains of Group Ⅷ were assigned to the genus Ideonella （β-proteobacteria）. Based on the above results, endophytic diazotrophs isolated from O. rufipogon showed great diversity and some diazotrophs showed high nitrogenase activity with 42.52 μmol/mL. h C2H4. Inoculation to rice tests indicated that the isolated endophytic diazotrophs significantly promoted the rice growth.     

南海海洋细菌 Pseudomonas sp.产生的一种抗肿瘤蓝色素

Pseudomonas sp.是从大亚湾表面海水分离到的一株新的海洋细菌,在改变培养条件之后,能产生不同的次级代谢产物.从该菌培养液的脂溶性部分分离得到一种蓝色素Blue-1, 它的结构通过NMR, 2D-NMR, FABMS,元素分析得到确定,与从陆生菌 Chromobacterium violaceum(Bacillus violaceus) 中分离得到紫色杆菌素 (violacein)的结构一致.抗肿瘤活性试验结果表明,Blue-1对肿瘤细胞生长有很强的抑制作用,对MCG803的IC50为4.6 μg/mL,对BEL-7402的IC50为6.8 μg/mL.