会仙湿地底泥可培养微生物

利用平板涂布法分离会仙湿地底泥可培养原核微生物,共获得65个分离株,基于细菌16S rRNA基因序列的相似性和系统聚类分析显示,它们分属4个门,12个属,24个种,包括厚壁菌门的芽孢杆菌属Bacillus、类芽孢杆菌属Paenibacillus、Fictibacillus属、Lysinibacillus属和肠球菌属Enterococcus;放线菌门的链霉菌属Streptomyces和红球菌属Rhodococcus;变形菌门的假单胞菌属Pseudomonas、寡养单胞菌属Stenotrophomonas、泛菌属Pantoea、代尔夫特菌属Delftia以及拟杆菌门的金黄杆菌属Chryseobacterium。分离株中芽孢杆菌属的菌株占53.85%,为优势菌群,其在有机物含量高的条件下会大量繁殖,与湿地富营养化特征相吻合;分离的微生物中含10株4种条件致病性菌,占分离株的15.38%,有机砷耐受菌株30株12种,占46.15%,表明该生态环境已被人为活动严重影响。此外,还分离获得对农药五氯硝基苯(PCNB)耐受性在300 mg/L以上的菌株1株,它们的出现与当地农药与化肥的滥用有着直接关系。     

西沙野生诺尼内生细菌群落多样性初步研究

采用构建16S rDNA克隆文库方法,首次对我国海南永兴岛西沙野生诺尼果内生细菌的群落结构和多样性进行初步研究.首次采用Mothur软件对诺尼果内生细菌克隆文库数据进行分析,构建Mothur软件数据分析平台.构建的西沙野生诺尼果内生细菌16S rDNA克隆文库中,93个克隆分属于12个不同可操作分类单元(operational taxonomic units,OTU),序列比对结果表明大部分克隆与已知细菌16S rDNA序列相似性较高.分别属于变形菌门(Proteobacteria)的Alpha、Beta、Gamma亚群,放线菌门(Actinobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes).水库杆菌属(Piscinibacter sp.)细菌为野生诺尼果内生细菌优势菌群.优势菌属分别为水库杆菌属(Piscinibacter sp.)为80.65%,蛋白胨菌属(Peptoniphilus sp.)和链球菌属(Streptococcus sp.)均为3.23%,甲基杆菌属(Methylobacterium sp.)为2.15%.研究结果表明西沙野生诺尼果中存在较为丰富的内生细菌资源,将为进一步研究奠定理论基础.     

重楼根内生细菌的多样性分析及促生菌的筛选

采集湖北地区代表性重楼种植园的重楼植株,并从0.1 g根中分离获得115株内生细菌. 16S rDNA序列分析结果表明,这些内生细菌归属于3个门、5个纲、7个目、11个科和12个属.其中,短食单胞菌属(Stenotrophomonas)为优势菌属(33.9%),而肠杆菌属(Enterobacteriaceae)、潘多拉菌属(Pandoraea)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、短杆菌属(Brevibacterium)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、拟杆菌属(Bacteroides)、波氏菌属(Bosea)为劣势属.进一步通过与小麦幼苗共培养,筛选到4株促生菌,包括克雷伯氏菌属菌株HBR11019、假单胞菌属菌株HBR11015和HBR11017、芽孢杆菌属菌株HBR31040.其中HBR11019菌株的促生作用最强,与其共培养的小麦幼苗的株高、根长、鲜重、侧根数目分别是对照的2.6倍、2.1倍、5.7倍和1.0倍.本研究为深入分析不同产区重楼内生菌的差异以及利用促生菌改良重楼种植技术的研究奠定了基础.     

鲫鱼养殖池塘底泥菌群结构及常见可培养菌分析

为了研究江苏地区鲫鱼养殖池塘底泥细菌菌群结构与多样性,通过高通量测序技术对2017年8-10月间采集的江苏省不同区域养殖池塘底泥中所有细菌的16S rRNA V3-V4基因进行扩增测定,分析了底泥菌群结构特征;并通过平板计数法和选择培养基法检测池塘底泥中细菌总数和主要常见菌。结果表明,49个样品高通量测序共获得有效序列2152956条,可归为17735个分类操作单元(OTUs);物种注释结果显示,鲫鱼养殖池塘底泥中具有较高的菌群多样性,检测到的细菌归属于29个门类,所有池塘底泥都具有主要门类为变形菌门、绿弯菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、水生古细菌门、酸杆菌门、放线菌门、硝化螺旋菌门、螺旋菌门、芽单胞菌门、蓝细菌门、浮霉菌门、疣微菌门等。在属的水平上主要以硫杆菌属,乳酸球菌属,硫氧化菌,甲烷菌,地杆菌属,假单胞菌属,厌氧粘杆菌属,甲烷绳菌属,芽孢杆菌属等为主;所有池塘底泥共有菌主要有乳酸球菌属,甲烷菌,盐单胞菌,芽孢杆菌,红杆菌属,链球菌属,肉杆菌属,微小杆菌属,土芽孢杆菌属等。通过细菌培养发现,池塘底泥中常见益生菌如乳酸菌、芽孢菌具有较高的比例。可见鲫鱼养殖池塘底泥菌群结构及组成具有多样性,不同养殖池塘中共有的细菌可作为益生菌开发的参考菌株。     

赣南脐橙柑橘黄龙病株内生细菌群落多样性研究

柑橘黄龙病发病组织除病原菌韧皮杆菌外,还可能有影响黄龙病菌生长的伴生细菌。利用LB培养基和橙汁培养基对黄龙病株脐橙叶片的内生细菌进行分离培养,通过16S r DNA高通量测序技术对未培养和培养后的内生细菌进行分类鉴定以及菌群结构比较分析。结果表明,未处理叶片中Anderseniella属占90%以上,LB培养基中的优势菌属是肠杆菌属(Enterobacter),而在橙汁培养基中培养后,肠杆菌属和短小杆菌属(Curtobacterium)是优势菌属。3个样本中共有的菌属有11个,且未培养样本中有12个特有菌属。脐橙黄龙病叶片内生菌经培养后,菌群结构会发生明显变化,且不同培养基对菌群结构影响较大。研究结果对于黄龙病菌伴生菌的筛选具有一定的参考价值。     

不同成熟期杨梅果实微生物的多样性

以不同发育期的杨梅果实(黑炭)为实验材料,测定了杨梅果实在成熟及劣变过程中有关果实品质相关指标的变化规律;并利用变性梯度凝胶电泳分离菌群的技术,研究了杨梅果实从发育早期至成熟腐烂发霉期间微生物菌群的变化规律.结果显示:杨梅果实软化及劣变迅速;发育早期无可培养微生物侵染,当果实发育至转色期时才检测到微生物菌群;通过基因序列测序结果分析发现,杨梅果实发育过程中存在18种优势菌,细菌6种、真菌12种,其中荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens)、甲基杆菌属(Methylobacterium)、掷孢酵母属(Sporobolomyces)、出芽短梗霉菌(Aureobasidium pullulans)和曲霉属(Aspergillus)一直存在至果实成熟时期.研究发现,杨梅果实的腐烂发霉主要由伯克氏菌属(Burkholderia)、魏斯氏菌(Weissella cibaria)、腐皮壳属(Diaporthe)和黑曲霉(Aspergillus niger)的快速繁殖引起.     

俄罗斯卡尔梅克共和国传统奶酪中细菌多样性研究

俄罗斯传统奶酪生产历史悠久、工艺独特,其中蕴含着丰富的微生物。本研究采用454焦磷酸测序技术对俄罗斯卡尔梅克共和国的6份传统奶酪进行分析。结果表明,6份样品共鉴定出7个细菌门、50个细菌属。优势菌门为硬壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),优势菌属以乳球菌属(Lactococcus)和链球菌属(Streptococcus)为主,但R5号样品的优势菌属为柠檬酸杆菌属(Citrobacter)和不动杆菌属(Acinetobacter)。个别样品中检测到了含量较低的有害微生物如漫游球菌属(Vagococcus)和克雷伯氏菌属(Klebsiella)等。通过主坐标分析发现,采自同一地区的R1-R4号样品在菌群结构上较为接近,因此初步判断地理区域因素可能是影响传统奶酪中细菌构成的重要因素。     

滇重楼根可培养内生细菌多样性分析及促生菌筛选

为了探究滇重楼根的内生细菌的多样性以及筛选促生菌株,从云南丽江采集5年生滇重楼,并从0.1 g根中分离获得228株内生细菌. 16S rDNA序列分析结果表明,这些内生细菌归属到4个门,5个纲,7个目,11个科,13个属,其中假单胞菌属(40.35%)和芽孢杆菌属(22.37%)为优势属.之后,通过与小麦幼苗的共培养,筛选获得10株具有促进生长作用的菌株. YNR32016菌株对小麦幼苗的株高的促进作用最强,与对照相比增长了72.43%;YNR32041菌株对小麦幼苗的根长的促进作用最强,与对照相比增长了602.51%; YNR32046菌株对小麦幼苗的茎粗的促进作用最强,与对照相比增长了26.87%.结果为深入分析滇重楼不同组织内生菌的多样性以及开发促生菌资源奠定了基础.     

PCR-DGGE法分析不同酒曲中细菌多样性

目的:研究不同酒曲中细菌的多样性.方法:利用DNA提取试剂盒,分别提取6种酒曲的总DNA,利用细菌16S rRNA gene V3区通用引物,采用变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denatured gradient gelelectrophoresis, PCR-DGGE)方法,进行不同酒曲中细菌多样性的分析.结果:6种酒曲中共分离出12属的细菌,分别为:湖南韶山的酒曲中主要是Weissella,Streptophyta,Bacillus,Pantoea,Okibacterium这5个属的菌株,湖南湘潭酒曲中主要含有Weissella,Pediococcus,Lactococcus,Sphingomonas,Streptophyta,Pantoea这6属的菌株,湖南祁东酒曲中主要含有Weissella,Pediococcus,Bacillus,Klebsiella,Pantoea 5属的菌株,福建福州酒曲含有Weissella,Pediococcus,Pantoea,Pediococcus,Sphingomonas,Streptophyta 6属的菌株,浙江丽水酒曲含有Weissella,Pantoea,Pediococcus,Klebsiella,Enterobacter,Rhizobium,Sphingomonas,Thauera 8属的菌株,浙江兰溪酒曲含有Weissella,Streptophyta,Pantoea 3属的菌株.结论:这说明不同地区的酒曲中的细菌的种类有所不同,同时也说明酒曲中Weissella属的菌是发酵的常见菌群.     

基于传统分离和高通量测序的健康和患锈腐病西洋参根际土壤微生物群落分析

探究健康和患锈腐病西洋参根际土壤微生物的群落多样性和可培养菌株分离，以期为西洋参锈腐病发生机制及防控提供参考。利用传统分离技术和高通量测序技术分析健康和患锈腐病西洋参的根际土壤，探究其微生物的群落组成及多样性变化。经由传统分离技术合计得到24株细菌和25株真菌，优势菌属包括假单胞菌属(Pseudomonas)、芽孢杆菌属(Bacillus)和青霉菌属(Penicillium)。高通量测序结果显示，健康和锈腐病土壤中细菌群落均以蓝细菌门(Cyanobacteria)和变形门(Proteobacteria)为主；患锈腐病组有所降低的为蓝细菌门(Cyanobacteria)、软壁菌门(Tenericutes)和变形菌门(Proteobacteria),大幅上调的为拟杆菌门(Bacteroidetes)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)与厚壁菌门(Firmicutes)。健康和锈腐病土壤内所含的真菌群落以子囊菌门(Ascomycota)为主，被锈腐病感染后有所上调的为担子菌亚门(Basidiomycota)、子囊菌门(Ascomycota)与被孢...     

魔芋内生细菌抗软腐病菌株筛选

通过组织分离法从魔芋块茎中分离得到内生细菌,用牛津杯法皿内测试内生细菌对魔芋软腐病菌的拮抗作用,以筛选拮抗软腐病菌能力强的菌株。结果显示从魔芋块茎中分离得到35株内生细菌,35株内生细菌对魔芋软腐病菌均有不同程度的拮抗活性,不同菌株间拮抗活性存在显著差异。初筛中,对软腐病菌相对抑制率(RIR)达到50%以上的内生细菌有17株,100%的有11株。复筛中RIR为100%的内生细菌有8株,其中7株胞外产物的RIR超过了150%。     

TiO2膜的光敏化及其灭菌活性研究

以叶绿素为敏化剂对采用Sol-Gel法制备的TiO2膜进行表面修饰，利用XRD，AFM，UV－Vis光谱对催化剂进行表征，并在可见光照射下进行杀灭白菜软腐病病原菌的活性研究，实验结果表明，叶绿素敏化的TiO2膜在可见光区有较强的光谱响应，并且在437及674nm处有明显的吸收峰。可见光照射1h该敏化膜对白菜软腐病病原菌的致死率接近100％。     

牛大力内生细菌的多样性及其促生特性研究

为研究牛大力Callerya speciose内生细菌多样性组成及其促生特性,从经表面消毒处理的牛大力根茎组织中分离内生细菌,采用16SrDNA序列分析法对内生细菌的多样性进行系统发育分析,并以固氮、溶磷性、产铁载体、产IAA能力等为指标,对内生细菌进行促生特性检测。从牛大力根和茎中共分离到59株内生细菌,包括16属20种,芽孢杆菌属是牛大力的优势菌群;在20种分离菌株中,分别有11,17,7株具有潜在的固氮、溶磷性、产铁载体能力,有13株菌可以合成IAA。其中RH17-2、RH17-5、GR2-1 3株菌同时具备固氮、溶磷性、产铁载体、产IAA 4种促生特性。从牛大力中分离得到的内生细菌具有丰富的物种多样性和促生特性,在未来的农业生产上具有潜在的应用价值。     

秋茄和木榄耐盐内生细菌筛选及鉴定

为了改良和利用盐碱地,以秋茄(Ｋａｎｄｅｌｉａ ｏｂｏｖａｔａ)和木榄(Ｂｒｕｇｕｉｅｒａ ｇｙｍｎｏｒｈｉｚａ)为原材料,对耐盐内生细菌进行分离 并鉴定。 结果表明:从 ２ 种植物的根、茎、叶中初步分离出耐盐的内生细菌 ９６ 株,均为革兰氏阳性菌;提取各菌株的 ＤＮＡ 并扩 增其 １６Ｓ ｒＤＮＡ 序列,以 ＨｉｎｆⅠ、ＨａｅⅢ、ＭｓｐⅠ和 ＴａｑⅠ４ 种酶进行酶切,并统计遗传型,选取不同组合类型的代表菌株进行 １６Ｓ ｒＤＮＡ序列测定,通过 ＢＬＡＳＴ 比对分析并利用 ＭＥＧＡ 软件建立发育树等分子鉴定手段初步推断,所分离的内生细菌分别 为越南芽孢杆菌(Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｖｉｅｔｎａｍｅｎｓｉｓ)、阿耶波多氏芽孢杆菌(Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｒｙａｂｈａｔｔａｉ)、芽孢杆菌属(Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ.)、白翎芽孢杆菌 (Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｂａｅｋｒｙｕｎｇｅｎｓｉｓ)和巴氏葡萄球菌(Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉ);对这 ５ 种菌的脱氨酶活性进行测定,越南芽孢杆菌的值最高。     

一株茶树内生放线菌的分离鉴定及抗菌活性测定

从茶树内生真菌芒果球座菌(Guignardia mangiferae)的菌落表面分离获得1株放线菌菌株BF-01,通过形态学观察和16S rDNA序列分析及抗菌活性测定,初步鉴定该菌株为卡伍尔链霉菌(Streptomycescavourensis).对其代谢产物进行了抑菌活性的初步研究,发现该菌发酵产物对除1株木霉外的7株茶树内生真菌及6株植物病原真菌均表现出不同程度的抑制作用.其发酵液氯仿萃取物对供试的5种病原细菌、1种白假丝酵母菌有较明显的抑制作用,对2种植物病原真菌的孢子萌发也有较强的抑制作用,表明菌株BF-01及其代谢产物具有广谱的抑菌活性.     

室内饲养松墨天牛幼虫不同肠段细菌的群落结构及功能分析

【目的】了解室内饲养松墨天牛(Monochamus alternatus)幼虫前、中、后肠段细菌的群落结构,比较不同肠段之间菌群多样性和优势菌群的差异,为揭示肠道细菌在松墨天牛获取营养、克服寄主植物化学防御的机理提供参考。【方法】分别提取室内饲养的松墨天牛4龄幼虫前、中、后肠各3组样本(每组5个前肠、5个中肠、5个后肠)的肠道DNA。利用Illumina HiSeq技术对松墨天牛幼虫肠道细菌的16S rDNA V3-V4区序列进行文库构建和高通量测序。原始序列使用Trimmomatic软件和FLASH软件分别进行质控和拼接。利用USEARCH软件对序列进行操作分类单元(OTUs)聚类,统计OTUs数量并绘制Venn图。在门和属分类水平上统计各样本的群落组成及物种丰度情况。通过Alpha多样性和Beta多样性分析反映不同样本的菌群多样性和相似性。采用PICRUSt软件预测松墨天牛幼虫肠道细菌映射到KEGG数据库上的功能,探究不同肠段细菌群落发挥的潜在功能。【结果】共获得643 404条高质量序列,在97% 相似度下将其聚类为1 614个操作分类单元(OTUs),共注释到35门、63纲、137目、250科、554属和844种。前肠OTUs最少,后肠OTUs最多,每个肠段的OTUs组成上既有相似性,也存在差异性。变形菌门(Proteobacteria)为3个肠段中最优势门;葡糖杆菌属(Gluconobacter)为前肠中最优势属,沙雷氏菌属(Serratia)为中肠的最优势属,葡糖杆菌属和沙雷氏菌属同为后肠的最优势属。Alpha多样性显示中、后肠群落多样性更丰富;Beta多样性分析表明,3个肠段的细菌群落组成存在差异,但中肠与后肠的群落组成较相近。功能预测表明,整个肠道菌群中代谢功能丰度最高,其中以糖类代谢和氨基酸代谢为主,这些功能集中在中、后肠。【结论】本实验中菌群功能是基于PICRUSt软件预测的结果,松墨天牛幼虫室内种群的前、中、后肠的细菌群落结构及不同肠段细菌的潜在功能存在差异,是由于不同肠段内的理化性质差异及其在消化中发挥的不同功能所致。肠道细菌与松墨天牛幼虫形成一个共生功能体,菌群在协助幼虫代谢物质、获取营养以及克服寄主植物化学防御方面发挥着重要作用。     

海南南繁基地玉米茎腐病病原菌的分离及鉴定

为明确海南地区南繁基地玉米茎腐病的病原,从玉米发病组织中分离病原菌,并进行了纯化培养、革兰氏染色、病原菌回接等试验,得到了2株对玉米有较强致病力的菌株,分别命名为JF02与JF04.随后通过PCR反应扩增了所分离的玉米茎腐病病原菌JF02与JF04的16S rRNA序列,并测序,序列分析表明,所分离的玉米茎腐病病原菌序列相同,属同一病原菌,且为狄克氏菌.该病原菌的分离和鉴定为玉米细菌性茎腐病的防治和抗性品种选育提供了一定的理论参考.     

黑臭河道底泥细菌群落结构对人工曝气响应的DGGE分析

采用基于16S rDNA的PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)图谱并通过条带割胶回收DNA进行序列分析,初步探讨了不同曝气条件下黑臭河道底泥中细菌群落结构多样性及其变化,同时用冗余分析(RDA)研究了环境因子与细菌群落结构之间的关系.结果表明,人工曝气对黑臭河道底泥细菌群落结构产生明显的影响,并且随不同曝气强度底泥细菌群落多样性呈现不同的变化,其中当曝气扰动雷诺数(Re)为1810,溶解氧(DO)为7.35时,细菌优势群落多样性最高;序列比对分析推测适度的曝气有利于促进碳、氮、硫循环相关细菌的生长,其中以变形菌门为主导;冗余分析显示DO和Re对细菌群落结构影响显著.     

基于16S rDNA序列和RFLP分析的病鳗分离菌株鉴定

结合16S rDNA基因序列和限制性片段长度多态性(RFLP)的分析方法,通过与GenBank库中已递交的细菌16S rDNA基因序列进行同源性比较,对分离自发病鳗鲡(欧洲鳗鲡,日本鳗鲡和美洲鳗鲡)的30株细菌进行初步鉴定和分类.结果表明,这些细菌可大致分为气单胞菌属(Aeromonas sp.)、假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、邻单胞菌属(Plesiomonas sp.)、克雷伯氏菌属(Klebsiella sp.)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter sp.)、不动杆菌属(Acinetobacter sp.)和肠杆菌属(Enterobacter sp.)等7个菌属.分析认为,部分分离菌株可能是引起鳗鲡病害的疑似致病性菌株.