16S rRNA测序在细菌鉴定中的应用

对分离获得的一株细菌P29,经聚合酶链式反应扩增后测定该菌株的16S rRNA基因序列,由16S rRNA基因序列比较可知,菌株P29与肠杆菌属和泛菌属亲缘关系最为接近,16S rRNA基因相似性达到99%.结合生理生化实验结果综合分析后,将其鉴定为泛菌属的成团泛菌.     

青海茶卡盐湖嗜盐碱芽胞杆菌资源分析

采用3种不同的培养基,通过可培养法,从青海茶卡盐湖样品中共分离获得110株嗜盐碱芽胞杆菌.基于16S rRNA基因序列相似性鉴定及系统发育分析,得出这些菌株为芽胞杆菌10个属的41个种,它们与最近匹配模式菌株的16S rRNA基因序列相似性在96%~100%之间,以芽胞杆菌属为优势菌,共计25种83株;存在6个潜在新种.3种酶筛实验结果表明,87%的嗜盐碱芽胞杆菌菌株具有产酶能力,产蛋白酶70株,产纤维素酶81株,产木聚糖酶50株.青海茶卡盐湖中的芽胞杆菌种类丰富多样且能产多种酶,并且潜藏着新的微生物物种,研究结果可为嗜盐碱芽胞杆菌资源开发提供理论基础.     

多种微塑料降解菌的分离及效能研究

从垃圾填埋场渗滤液中分离筛选塑料降解菌并对3种微塑料的生物降解特性进行了研究.以聚乙烯、聚丙烯和聚苯乙烯3种微塑料为唯一碳源,筛选潜在降解菌,采用形态观察、透射电镜观察以及16S rRNA基因序列分析对菌株进行鉴定,通过测定生物量、重量损失、培养液pH以及FTIR-ATR和SEM分析了3种微塑料的生物降解特性.根据16S rRNA基因序列鉴定,分离的3株为Bacillus sp.,Microbacterium sp.,Chryseobacterium sp..对3种菌株的混合培养物进行了50 d的生物降解实验,结果显示,PE、PP、PS三种微塑料的重量损失分别为8.7％、6.3％和12.5％且pH显著下降;FTIR-ATR显示出现了新的官能团;SEM观察发现微塑料表面出现侵蚀.     

一株耐高温纤维素降解菌的分离筛选及鉴定

为了分离筛选耐高温的纤维素高效降解菌,从鸡粪蘑菇渣高温堆肥中取样,采用滤纸富集培养基进行富集培养、刚果红纤维素培养基进行分离纯化培养、滤纸条培养基和刚果红纤维素培养基进行初筛培养、液体发酵测定纤维素酶活法进行复筛培养,利用形态特征观察、生理生化特征检测和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析法进行初步鉴定,结果分离筛选到1株耐高温纤维素降解菌XD-3.该菌株在50 ℃生长良好、羧甲基纤维素酶(CMCase)活力达6.14±0.37 U/mL.综合形态特征、生理生化特性、基于16S rRNA基因序列的系统发育分析,菌株XD-3初步鉴定为解淀粉芽孢杆菌（Bacillus amyloliquefaciens）.     

德夯嗜盐耐盐菌抗菌活性筛选和系统发育

以8个敏感菌株作为指示菌,采用琼脂扩散法,对分离自湖南省德夯峡谷(28°15′~28°43′ N,109°30′~109°45′ E)普通非盐环境土壤样品中的294株嗜盐及耐盐细菌进行抗菌活性筛选,并对其中具有较强抗菌活性的菌株进行基于16S rRNA基因序列的系统发育分析.受试菌株中有109株的发酵产物具有抗菌活性（阳性率37.1%）,其中5个菌株具有较强抗菌活性（JSM 102030,JSM 102052,JSM 102054,JSM 102066,JSM 102082）.基于16S rRNA基因序列的系统发育分析表明,这5个菌株分别属于细菌域(Eubacteria)的3个门(Actinobacteria,Firmicutes,Proteobacteria)中的3个科(Bacillaceae,Halomonadaceae,Nocardiopsaceae)的4个属,菌株JSM 102030属于Halobacillus属,与该属已知种Halobacillus trueperi DSM 10404T的系统发育关系最为密切（序列相似性为99.1%）,JSM 102052和JSM 102054属于Halomonas属,与Halomonas alkaliphila 18bAGT的系统发育关系最为密切(序列相似性为98.3%),JSM 102066属于Nocardiopsis属,与其系统发育关系最为密切的是Nocardiopsis prasina DSM43845T (序列相似性为99.3%),JSM 102082与Oceanobacillus属的Oceanobacillus kimchii X50T以99.6%的16S rRNA基因序列相似性聚在一起.研究结果表明,分离自湖南省德夯峡谷普通非盐环境土样的嗜盐及耐盐细菌中存在较高比例的抗菌活性菌株,且这些细菌具有较为丰富的系统发育多样性.     

秦巴山区三尖杉根际土壤放线菌的分离、筛选及活性菌株的鉴定

采用选择性分离方法从秦巴山区三尖杉植物根际土样中分离得到放线菌35株,以白色念珠菌(Candida albicans)、大肠杆菌(Escherichia coli)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、沙门氏杆菌(Salmonella typhl)为靶标菌,采用滤纸片扩散法研究三尖杉根际土壤放线菌发酵液的抑菌活性。结果表明,16株放线菌表现出至少对一种靶标菌有抗性,占总分离菌株的45.7%,其中,菌株CF003对所有靶标菌均具有活性;经形态学和16S rRNA基因序列鉴定,这16株放线菌分属于链霉菌属(Streptomyces)和小单孢菌属(Micromonospora)。     

软腐白菜根系土壤中短稳杆菌的分离和鉴定

采用选择性培养基,从软腐白菜根系土壤中分离出产生香气的细菌,通过对菌株进行形态学观察、生理生化试验以及16S rRNA基因序列测定、比对分析和系统发育树构建,对该类群菌株进行初步分类鉴定.结果表明,12株产生烘焙香气细菌的形态学特征及生理生化特性与短稳杆菌(Empedobacter brevis)LMG 4011T(AM177497)一致,16S rRNA基因序列与短稳杆菌基因序列同源性达99.86%,初步鉴定该类菌为短稳杆菌.     

一株嗜盐古菌DSFD111的分类学鉴定

采用形态学和系统发育分析对一株嗜盐古菌DSFD111进行了分类学鉴定.分离到的DSFD111菌株为革兰氏阴性球菌,不产芽胞,细胞内含类脂粒.最适生长温度为37℃,最适pH为7,最适生长NaCl浓度为4.3mol/L,表明该菌株属于极端嗜盐菌.根据16S rRNA基因序列的系统发育分析,DSFD111菌株归于盐盒菌属(Haloarcula),与最近缘的Haloarcula argentinensis的相似度为99%.     

一株(鱼免)鱼溃疡致病菌的分离及鉴定

该研究从宁波市象山港(鱼免)鱼养殖区患病(鱼免)鱼肾脏中分离到1株优势菌Mm041,人工回感试验确定该菌株为致病菌株,测定其对(鱼免)鱼的半致死量为3.0×106 CFU.通过形态学观察、生理生化特征鉴定,并结合细菌16S rRNA基因序列同源性和系统发育分析,确定Mm041为美人鱼发光杆菌.药敏试验结果表明,该菌株对...     

牦牛源产细菌素的乳酸菌的筛选鉴定

为筛选优良的产细菌素乳酸菌,用含0.5%碳酸钙的MRS固体培养基从19份牦牛粪便样本中分离出91株乳酸菌,进一步采用牛津杯法筛选产细菌素的乳酸菌,并结合16S rRNA序列扩增测序鉴定该批乳酸菌.结果表明:在排除有机酸、过氧化氢等抑菌因素后,从91株乳酸菌中筛选到9株对大肠杆菌ATCC25922和金葡球菌ATCC25923有明显抑制作用的乳酸菌菌株,该9株菌株对蛋白酶敏感,初步认定为产细菌素乳酸菌;经16S rRNA序列扩增测序鉴定该9株菌分别为海氏肠球菌,屎肠球菌,蒙氏肠球菌株和植物乳杆菌,其对常见抗生素不耐药,可作为益生菌的候选菌株.     

伊朗伊斯法罕地区的步甲科（鞘翅目）记述

步行虫（鞘翅目：步甲科）作为强劲的捕食者,对农业害虫和森林害虫的生态学控制起着举足轻重的作用.本文研究了伊朗中部伊斯法罕地区的有益步行虫,共收集确定了42个种与亚种,来自7个亚科Broscinae、Carabinae、Cicindelinae、Harpalinae、Nebriinae和Pterostichinae.这其中有6种是伊朗区系的新记录种,分别是〖WTBX〗Cephalota 〖WTBZ〗(〖WTBX〗Taenidia〖WTBZ〗) 〖WTBX〗circumdata cappadocica 〖WTBZ〗Franzen,〖WTBX〗Lophyridia concolor concolor 〖WTBZ〗Dejean,〖WTBX〗Lophyridia littoralis mandli 〖WTBZ〗Mandl,〖WTBX〗Ophonus 〖WTBZ〗(s.str.) 〖WTBX〗cribricollis 〖WTBZ〗(Dejean),〖WTBX〗Pachycarus 〖WTBZ〗(〖WTBX〗Paramystropterus〖WTBZ〗)〖WTBX〗 bravipennis 〖WTBZ〗Chaudoir和 〖WTBX〗Cymindis 〖WTBZ〗(s.str.) 〖WTBX〗scapularis 〖WTBZ〗Schaum.     

REGγ,p53,NOTCH1和BRAF在甲状腺癌中的表达及其临床意义

旨在探讨REGγ,p53,NOTCH1和BRAF在乳头状甲状腺癌中的表达及其与临床病理因素的相关性.应用Realtime-PCR及免疫组织化学方法检测REGγ,p53,NOTCH1和BRAF在乳头状甲状腺癌组织中的表达,分析REGγ与p53,NOTCH1,BRAF之间的关系及其与临床病理因素的相关性.REGγ在乳头状甲状腺癌组织中表达明显增高,且其阳性率为87.5％(35/40).REGγ表达与患者年龄、淋巴结转移情况有关(P=0.015 1＜0.05),与患者性别无显著性相关(P=0.742＞0.05);REGγ表达与p53,NOTCH1和BRAF表达呈正相关(P=0.023 3＜0.05).REGγ阳性表达可作为乳头状甲状腺癌发生、发展的生物学指标,联合p53、NOTCH1和BRAF检测可以为临床诊治及预后判断提供参考.     

贵州草海冬季鸟类群落特征

2010年12月～2011年1月采用样线法对贵州草海自然保护区内的鸟类进行了调查.根据植被特征划分出农田、蔬菜地、草甸、浅水区、深水区和树林6个鸟类群落,共记录到鸟类88 种,隶属13目33科.其中,国家Ⅰ、Ⅱ级重点保护鸟类分别有1种和6种.鸟类群落总体密度(D)、α多样性指数(H')、优势度(C)和均匀度指数(J)分别为:12.14只·hm-2、2.98、0.91和0.67;6个鸟类群落的物种数、D、H '、C和J值分别为:27～35种、3.93～33.76只·hm-2、1.61～2.78、0.41～0.91、0.48～0.79.β多样性分析表明:Jaccard相似性系数(Cj)最高的是浅水区—深水区,为0.667,最低的是深水区—树林,为0.016;Bray-Curtis指数(CN)最高的是树林—蔬菜地,为0.006 8,最低的是浅水区—深水区,为0.001 4.人口增长和城市化发展导致草海鸟类栖息地丧失、人为干扰影响鸟类多样性、提倡建立生态补偿机制.     

崇明东滩芦苇光合特征对模拟增温的响应

采用开顶式生长室(Open-top chambers,OTC)模拟未来气候变暖的方法,研究崇明东滩湿地植物芦苇(Phragmites australis)快速生长期光合特征对模拟增温的响应,并探究其响应机制.结果表明:增温使芦苇的净光合速(Pn)、蒸腾速率(Tr)和气孔导度(Gs)分别降低了11.9％、22.5％和21.7％,但是对胞间CO2浓度(Ci)和水分利用效率(WUE)没有明显影响;此外,非线性拟合芦苇叶片光合响应曲线的结果显示,两种处理下芦苇的光合响应曲线均表现为先迅速增加后渐平缓的趋势,OTC内芦苇的光合响应曲线始终位于对照的下方;同时,增温显著地降低了芦苇的表观量子效率(AQY)和光饱和点(LSP),分别降低了12.1％和22.0％;而芦苇的暗呼吸速率(Rd)和光补偿点(LCP)却显著增加,分别为16.5％和14.9％,但对最大净光合速率(Pmax)无明显影响.增温条件下,芦苇的叶氮含量(Nmass)显著减少,比叶重(LMA)显著增加,但光合氮素利用效率(PNUE)未产生显著的变化.另外,相关性分析的结果显示:LMA与Pmax、PNUE呈现出显著的负相关,与Nmass呈现极显著的负相关.Nmass与PNUE之间呈现极显著正相关,二者均与Pmax显著正相关,其中Nmass与Pmax的相关性则达到了极显著的水平.总之,模拟增温效应对芦苇的光合特征产生了显著的影响.     

上海地区气传花粉的监测

于2009年10月开始,进行为期一年的花粉采样.共设6个采样点,采用Cour风标式花粉收集器,对气传花粉的含量、种类和飘散规律进行了监测.共鉴定气传花粉5324164粒,隶属32科27属种.其中普陀区监测点气传花粉总数最高,其次分别是松江区、闸北区、浦东新区、徐汇区和宝山区.松江区花粉种数最多,为48种;徐汇最少,为37种.主要气传花粉为葎草、悬铃木属、松科、杉科、禾本科、榆属、蒿属和柳属等.春季3～4月和秋季9月为气传花粉散布高峰.最后,讨论了植被分布对本次监测的影响,不同域区气传花粉种类及散布规律比较,采样方法的影响,气传花粉与过敏捷性病病的联系等问题.     

实现人源FGF-21高效可溶性表达的两种策略

采用分子伴侣协助蛋白表达的方法及乳糖自诱导的策略,实现人源FGF-21在大肠杆菌中的高效可溶性表达.结果显示,在分子伴侣Tig的协同表达下,融合蛋白TrxA-FGF-21可溶性达到92.4%.采用乳糖自诱导策略,融合蛋白TrxA-FGF-21表达量达到17.4%左右,菌体〖WTBX〗OD〖WTBZ〗600达到12.4,可溶性TrxA-FGF-21相对产量是IPTG诱导发酵条件的5.5倍.该方法制备的重组FGF-21在C57BL/6小鼠体内具有降低血糖的生物学活性,甘油三酯水平与对照组相比也表现极显著差异(〖WTBX〗P〖WTBZ〗<0.01).     

增加投喂频率改善彭泽鲫对饲料糖的利用

用分别含20%（低）、40%（高）葡萄糖和糊精的4种等氮（粗蛋白为35.5%）、等能(16.8 kJ·g-1)饲料饲养平均尾重为3.7±0.3 g彭泽鲫16周,投饲率为4%左右,研究投喂频率分别为每天2次和每天6次时鲫鱼对糖利用性的差异.结果显示,鲫鱼的增重率、饲料效率和蛋白质效率都随投喂频率增加而显著提高 (〖WTBX〗P〖WTBZ〗<0.001).投喂频率为每天2次时,增重率表现为高糖组显著低于低糖组 (〖WTBX〗P〖WTBZ〗=0.003),葡萄糖组显著低于糊精组(〖WTBX〗P〖WTBZ〗=0.003),蛋白质沉积率表现为糊精组显著高于葡萄糖组(〖WTBX〗P〖WTBZ〗<0.05);投喂频率为每天6次时,增重率无显著差异,糖源和糖水平对蛋白质沉积率的影响均无显著差异.脂肪和能量沉积率也有相似的趋势,且高糖组脂肪沉积率接近或大于100%,提示有大量糖类转化为体脂.投喂频率增加,体脂含量显著增加 (〖WTBX〗P〖WTBZ〗<0.001).投喂频率为每天6次时,高葡萄糖组体脂含量显著低于其它各组.鱼体粗蛋白、粗灰分及水分含量受饲料糖种类、水平及投喂频率的影响不明显.高糖组糖化血红蛋白含量显著高于低糖组(〖WTBX〗P〖WTBZ〗<0.001),血浆甘油三酯及胆固醇各组无显著差异.上述结果提示增加投喂频率显著改善鲫鱼对饲料糖的利用,其原因可能与削弱或消除代谢通量迁移有关.     

基于零水印和可逆水印的矢量地图多重水印算法

为实现对高保真矢量地图的版权保护,提出了一种基于零水印和可逆水印的矢量地图多重水印算法.该算法根据网格密度和属性熵值对矢量地图结点进行空间聚类,选取各集簇的密度中心点嵌入零水印,相对距离特征点嵌入可逆水印.其中,水印信息进行Arnold置乱以保障其安全性;零水印采用改进的零比特动态扩展方法,只对特征点的〖WTBX〗x〖WTBZ〗或〖WTBX〗y〖WTBZ〗坐标嵌入水印,在减少所需特征点数量的同时,提高对精度约减攻击的抵抗能力;可逆水印采用改进的差值扩展和平移算法,对不同差值区间的结点采用不同的水印嵌入方法,以提高水印容量,并通过〖WTBX〗x〖WTBZ〗或〖WTBX〗y〖WTBZ〗坐标独立嵌入水印信息,以降低水印对地图精度的影响.实验结果表明,基于零水印和可逆水印的多重水印方案能够较好地解决矢量地图精度和水印鲁棒性之间的矛盾,相对于单值水印算法具有更高的抗攻击能力,适用于矢量地图在高保真场合下的版权保护.     

上海人工林林下木本植物更新格局及其影响因素

以上海市中心城区和外环绿带人工林为对象,于2007—2009年采用法瑞学派调查法和每木调查法相结合,共计调查典型样地908个,测定记录林下更新层木本植物的种类、数量、盖度及其生境特征,分析更新层物种组成及出现频率、不同群落类型及结构特征,并探讨影响其多样性格局的主要限制因子.结果表明:①人工林样地更新层木本植物丰富度普遍高于林木层,针阔混交林和常绿落叶阔叶混交林更新层多样性较最高,乔—灌—草结构和乔—草结构更新层物种多样性高于灌—草结构;②林下更新层共出现木本植物101种,占林木层总种数的65.1%,其中常绿树种33种,落叶树种68种,出现频率≥1%的有36种,生活型以落叶阔叶乔木为主,乡土物种占75%,女贞(Ligustrum lucidum)和香樟(Cinnamomum camphora)出现频率最高,分别为58.6%和53.7%;③种源、种子散布方式、光照强度、土壤湿度和草本层盖度等生境因子是人工林林下自然更新的主要限制因素.     

海南优势海草营养元素的含量及其影响因素研究

研究了海南新村港、黎安港、文昌和琼海（潭门）等地的优势海草种类海菖蒲(〖WTBX〗Enhalus acoroides〖WTBZ〗)、海神草(〖WTBX〗Cymodocea rotundata〖WTBZ〗)及泰来藻(〖WTBX〗Thalassia hemperichil〖WTBZ〗)中氮、磷及铁的含量和影响因素.研究结果表明,海南潮间带海草对养分的吸收与海水营养水平及沉积物氮、磷、有机碳、铁有关.相对于氮,海草叶片磷含量受海水和沉积物的影响更明显.海水磷、沉积物有机碳和铁均能促进海草组织对磷的吸收.海草叶片的氮磷比为新村港（21.73）>黎安（14.25）>文昌（9.53）≈潭门（10.29）,与海水中溶解性总氮和溶解性无机磷的比值呈线性正相关,说明海水的富营养化影响了海草叶片的氮磷平衡.