基于位点特异性打分矩阵的卷积神经网络预测SARS-CoV-2核衣壳蛋白的蛋白质二级结构

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)有4种关键的结构蛋白,而核衣壳蛋白就是其中的1种.本实验从公开数据库NCBI上选取的SARS-CoV-2核衣壳蛋白质序列数据,分析SARS-CoV-2核衣壳蛋白与SARS-CoV核衣壳蛋白的序列相似性,对SARS-CoV-2核衣壳蛋白的理化性质和疏水性进行分析;在此基础上提出基于位点特异性打分矩阵的卷积神经网络,预测SARS-CoV-2核衣壳蛋白的8类蛋白质二级结构.研究结果表明,核衣壳蛋白的二级结构主要为无规卷曲,此结果可为抗病毒药物的研发与新型冠状病毒肺炎的诊断提供参考.     

自发光转录激活子样效应因子的功能分析

目的:对转录激活子样效应因子(TALE)蛋白进行特异性标记.方法:通过分子生物学技术,在TALE蛋白的C-端融合了一种具有优异光学性能的萤光素酶.结果:融合蛋白不仅可对目的 DNA进行特异性识别,还可产生萤光素酶的特征光谱.结论:萤光素酶的融合不影响TALE蛋白的正常功能,其光谱信息有望成为分析TALE蛋白与DNA相互作用的特异性检测信号.     

枯草芽孢杆菌XF-1的碳水化合物活性酶类(CAZymes)蛋白预测与遗传关系分析

枯草芽孢杆菌XF-1对多种植物病原菌具有较好的抑制作用,是农业生产上非常重要的生防菌之一.碳水化合物活性酶类蛋白(CAZymes)作为植物病原真菌、细菌中重要的蛋白,在其生长和发育过程中发挥着重要作用.基于前期获得的枯草芽孢杆菌XF-1中104个分泌蛋白基本序列信息,利用CAT预测程序对该菌中的CAZymes蛋白进行预测分析,明确其含有CAZymes蛋白的数量是58个,上述蛋白可以分为主要类别和复合类别两大类,前者包括26个GHs、21个CBMs以及2个CEs、3个PLs、2个GTs;后者则包括4个复合蛋白类型GH/CBM.该研究有效地实现了枯草芽孢杆菌XF-1中CAZymes的预测,为进一步开展其功能研究打下坚实的理论基础.     

一种基于荧光检测的GST-pull down改进方法的建立及对Atsttrin-TNFR2相互作用的分析

创建一种基于荧光检测的GST-pull down改进方法,用于蛋白质间相互作用分析.利用已确定具有相互作用的Atsttrin和TNFR2蛋白对作为实验对象,分别构建GST-Atsttrin和TNFR2-EYFP融合蛋白的原核和真核表达体系.将纯化的GST-Atsttrin与TNFR2-EYFP蛋白孵育后,经离心收集复合物,通过酶标仪检测其荧光值,从而分析Atsttrin和TNFR2间的相互作用.通过荧光值的检测成功分析了Atsttrin和TNFR2间的相互作用,荧光值的检测可代替传统方法中的Western blot分析,从而简化GST-pull down分析步骤、降低操作难度、并可对缺乏特异性抗体的靶蛋白进行有效地分析.     

试论生命的定义

 从微观生物大分子和宏观整体相结合的观点出发，给出了生命的一个定义，这就是：生命是个内禀（外兼信息交流）调控的蛋白质核酸等自组织有机整体。     

Curcin和curcin C与腺嘌呤互作位点的比较分析

麻疯树核糖体失活蛋白curcin和curcin C均具有抗肿瘤活性，但后者的活性水平显著高于前者，为了探索造成这一差异的结构基础，本文采用在线的同源建模预测软件SWISSMODEL，对两种麻疯树核糖体失活蛋白curcin、curcin C的三维结构模型进行预测，采用SYBYL对预测模型进行能量最小化优化，采用PROCHECK、VERIFY 3D和ERRAT软件对优化前后的模型进行质量评估，随后采用AutoDock软件将预测的模型与腺嘌呤进行分子对接分析.结果显示，两种蛋白采用与Ricin A类似的方式与腺嘌呤相互作用，但在相互作用的氨基酸残基种类、数量以及形成的氢键和疏水相互作用上还是存在差异，其中，curcin C与腺嘌呤具有最强的结合能力，curcin则最低.     

芜菁皱缩病毒P38蛋白的原核表达及抗血清的制备

从感染芜菁皱缩病毒(TCV)的拟南芥中提取总RNA,通过反转录PCR(RT-PCR)扩增得到TCV的外壳蛋白基因P38.在目的基因ORF框两边引入酶切位点BamHⅠ和SacⅠ,并连接到表达载体pET30-a上,导入大肠杆菌BL21(DE3)中,37℃经0.5mM/L IPTG诱导6h后获得了分子量约为48kD的融合蛋白.经Ni-NTA纯化目的蛋白,注射大白兔制备抗血清.Western blot结果表明制备好的抗血清能成功检测感染TCV的拟南芥.     

NaCl胁迫下不同抗性野生大豆体内Na~+,K~+,Cl~-浓度比较分析

选取盐敏感型辉南野生大豆和耐盐型通榆野生大豆植物为材料,在5片复叶时期进行了10d的NaCl胁迫处理,测定了根、茎、叶中Na+,K+,Cl-的浓度,以探讨NaCl胁迫下野生大豆体内离子平衡的特点.结果表明:盐敏感型和耐盐型野生大豆植物在NaCl胁迫下,体内Na+和Cl-含量随胁迫浓度增加呈上升趋势,K+含量呈下降趋势.高盐胁迫下,除根部的K+外,其余各部位的Na+,K+,Cl-含量均表现为耐盐型野生大豆低于盐敏感型野生大豆.实验结果证明,通榆野生大豆具有颉颃盐逆境的生理特征和较好的适应性.     

基于OFFGEL预分离二维液质联用技术在大鼠海马膜蛋白中的应用

以大鼠海马膜组分为研究对象,以等电聚焦OFFGEL为研究手段,结合反相液相色谱质谱联用技术,考察对酶切肽段的分离富集性能,同时结合DAVID分析工具对分离富集得到的酸性蛋白质进行的GO分析.结果表明,海马膜组分的酶切肽段经过OFFGEL分离后,得到24个不同馏分,每个馏分经过纳流液相色谱-质谱检测,发现有77% 的肽段专属于一个馏分,在酸性范围内的肽段等电点偏差较小,可以达到良好的聚焦效果;酸性蛋白的GO分析结果显示,质膜和物质的跨膜运输所占比例最大.OFFGEL作为一种预分离手段,可以应用于生物样品的大规模蛋白鉴定,在进一步蛋白质层面的生物功能研究中表现出良好的应用前景.     

固定化风味蛋白酶水解法生产高水解度大豆肽

采用固定化风味蛋白酶水解大豆蛋白生产大豆肽,以降低生产成本,同时提高水解度。通过单因素实验和响应面法对固定化风味蛋白酶法生产大豆肽的条件进行优化。结果表明,固定化风味蛋白酶法生产大豆肽的优化水解条件是65℃、pH值8.0、加酶量50g/L,酶解7h,水解度可达17.72%。固定化风味蛋白酶重复使用7次,相对酶活力仍高达79.1%。交联壳聚糖法制备的固定化风味蛋白酶具有良好的稳定性,可以重复多次使用,用于生产高水解度大豆肽是可行的,有利于降低生产成本。