三种木本植物基因组DNA的提取及纯度检测

木本植物体内含有大量的酚类、多糖等次生代谢物质,严重影响提取其基因组DNA的得率和纯度.本文分别用改进的高盐低pH法、2×CTAB法和SDS法从脱皮榆、酸枣、翅果油树的叶组织中提取基因组DNA,通过琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度法检测所提取基因组DNA的纯度,分别筛选出简便、经济、适合脱皮榆、酸枣、翅果油树基因组DNA提取的方法,为其分子生物学研究及下游操作奠定了基础.结果也表明抗坏血酸、PVP、β-SH等抗氧剂为木本植物基因组DNA提取所必须的.     

不同土壤微生物DNA提取方法比较

用4种土壤微生物DNA提取方法提取了3种类型土壤的微生物总DNA,利用分光光度法测定4种DNA的OD260、OD280,并计算和分析DNA提取物的产率和纯度.研究发现：方法4即改良的DNA提取方法,无论是提取DNA的产率,还是提取DNA的纯度,都较其他3种方法高,说明改良的DNA提取方法能够准确有效地提取3种类型土壤的...     

一种河口沉积物总DNA的高效提取方法

研究主要目的是从河口沉积物中提取高质量DNA,为后期应用分子生物学技术研究河口沉积物微生物功能基因及种群分析等奠定基础。用CTAB-SDS-冻融法,样品预处理-CTAB-SDS-冻融法,样品预处理-CTABSDS-冻融-DNA重沉淀法和土壤总DNA提取试剂盒法提取3种河口沉积物总DNA,通过DNA琼脂糖凝胶电泳、DNA纯度和浓度及16S rDNA的PCR扩增分别对这4种方法进行评价。结果显示,样品预处理-CTABSDS-冻融法-DNA重沉淀所提取的DNA质量最高,可以用于后续的分子生物学研究。     

五种提取草珊瑚叶片总DNA方法的比较研究

运用五种方法提取草珊瑚叶片总DNA。结果证明,加入PVP（聚乙烯吡咯烷酮）的改良CTAB法可以有效地提取产量高、质量高的草珊瑚叶片的总DNA。为草珊瑚及其它草珊瑚属植物的起源、分类、亲缘关系分析及品种特征图谱的建立提供可借鉴的依据。     

麻疯树适生区域土壤DNA提取及多重PCR验证

比较了4种土壤总DNA提取方法应用于四川西昌去南元谋和海南海口三地麻疯树适生区土壤样品的DNA提取效果,发现改进后的方法1和方法4提取效果显著好于方法2和方法3.不仅如此,采用多重PCR扩增方法证明方法1和方法4扩增的真菌DNA产量所占比例增加,说明所得DNA更具有代表性.然而仅有方法4能成功提取海南及云南两地麻疯树适生地区的土壤总DNA,但提取的DNA纯度和产量过低,说明还需进一步进行优化.     

不同方法提取鳗鲡病原茵DNA模板的差异分析

利用吸光值、琼脂糖电泳及PCR差异扩增等指标,对酚一氯仿法、水煮法、碱裂解法3种方法制备的鳗鲡病原菌DNA模板进行了差异分析．结果表明：1）不同方法提取的病原菌模板DNA的浓度、纯度及分子质量大小存在差异,但以这3种方法提取的病原菌DNA为模板,均能成功扩增到细菌16SrD．NA和外膜蛋白的保守序列．其中,酚一氯仿提取的模板DNA浓度较低、纯度较高;水煮法和碱裂解法提取的模板DNA浓度较高、纯度较低．2）电泳显示,3种方法获得的模板DNA扩增出的16SrDNA保守序列条带均一,没有显著差异,但在外膜蛋白保守序列的扩增中却因菌种和模板提取方法的不同而存在差异．     

红壤中微生物总DNA的分离与纯化

采用2种不同的土壤DNA直接提取方法,提取了4种不同类型红壤的微生物总DNA,并对提取的DNA用Sephadex G-200离心层析法进行了纯化.结果表明:2种方法都可以从红壤中提取到分子量大于10kb的DNA的片段,不同提取方法获得的DNA的产量存在较大差异.方法二用冻融进行预处理再结合SDS和溶菌酶的化学裂解方法,是效果较好的DNA抽提方法.其提取DNA产量高,重复性好,适合于土壤少量样品的DNA提取.Sephadex G-200离心层析法能较好地去除土壤中的有机物杂质,DNA溶液由原来的黄褐色变得澄清透明,且不会使提取的DNA断裂或损失,是一种较好的土壤微生物总DNA纯化方法.     

红壤中微生物总DNA的分离与纯化

采用2种不同的土壤DNA直接提取方法,提取了4种不同类型红壤的微生物总DNA,并对提取的DNA用Sephadex G-200离心层析法进行了纯化。结果表明:2种方法都可以从红壤中提取到分子量大于10kb的DNA的片段,不同提取方法获得的DNA的产量存在较大差异。方法二用冻融进行预处理再结合SDS和溶菌酶的化学裂解方法,是效果较好的DNA抽提方法。其提取DNA产量高,重复性好,适合于土壤少量样品的DNA提取。Sephadex G-200离心层析法能较好地去除土壤中的有机物杂质,DNA溶液由原来的黄褐色变得澄清透明,且不会使提取的DNA断裂或损失,是一种较好的土壤微生物总DNA纯化方法。     

土壤微生物DNA提取方法的研究

目的 研究土壤微生物DNA的提取方法.方法 选用3种常见有效的土壤微生物DNA提取方法与本实验设计的土壤微生物DNA提取方法对麦田土壤微生物DNA进行提取比较.结果 4种方法均能从麦田土壤中提取到片段长度大于22kb的DNA片段,不同方法提取的DNA浓度有一定的差异.提取得到的总DNA不需要纯化就可以用于PCR扩增,使用细菌16S rDNA的通用引物可以扩增得到相应的片段.结论 该法操作简便、提取快速、DNA纯度和得率较高.     

一种改良的水稻总DNA提取方法

在植物DNA提取“SDS法”基础上,提出了一种改良的DNA提取方法,称“剪切法”.采用“剪切法”、“液氮法”和“钢珠法”3种方法提取水稻幼叶总DNA并进行了电泳分析和PCR检测,同时首次选择了以幼穗为提取材料,用“剪切法”分别提取水稻幼穗、幼叶和老叶的总DNA并进行比较,结果表明:“剪切法”是一种简易、经济、高质的DNA提取方法,对于以F2极端分离群体作为基因定位群体,取幼穗为提取水稻总DNA的材料是一种经济便捷的途径.     

西双版纳主要林型冠层球蛛多样性比较

为比较西双版纳热带地区不同林型冠层蜘蛛多样性的差异,2007年7-8月,采用冠层喷雾法收集冠层蜘蛛,并以冠层球蛛科蜘蛛为代表进行多样性分析,并以球蛛的种类和数量分布为属性进行典范对应分析（CCA）和聚类分析,探讨不同类型植被与冠层蜘蛛多样性的关系.选择西双版纳勐仑镇5种主要林型（热带季节雨林、石灰山季节雨林、山地常绿阔叶林、人工纯林和橡胶林）为研究样地,每种林型设置4个样方,共计20个样方.共采集成熟球蛛标本944头121种,其中热带季节雨林66种,石灰山季节雨林63种,山地常绿阔叶林48种,人工纯林39种,橡胶林27种.研究结果表明,不同林型冠层球蛛物种数量随植被受干扰程度的增加而减少,而个体密度、多样性指数和丰富度指数随着植被群落结构的简化和人为干扰的加强而呈现出先升高再降低的趋势,说明森林简单化和严重的人为干扰会降低冠层蜘蛛的物种多样性.因此,我国热带地区橡胶林的快速增长将阻碍冠层蜘蛛物种扩散与基因交流,增加物种局部灭绝的风险,对生物多样性造成威胁.而适当增加橡胶林的植被群落结构（如：橡胶林种植茶树）,保留地表植被,减少人为干扰,对保持冠层蜘蛛多样性具有重要意义.     

斜带石斑鱼、赤点石斑鱼RAPD和线粒体Cyt b基因序列变异分析

斜带石斑鱼和赤点石斑鱼为具有重要经济价值的海水鱼类。对这两种石斑鱼进行了随机扩增多态DNA(RAPD)和线粒体细胞色素b(Cyt b)基因序列变异分析。计算多态位点百分率、基因多样性和香农信息指数等遗传参数,以此评估种内遗传变异水平;通过统计变异位点、平均核苷酸差异数、核苷酸多样性以及种间平均每位点核苷酸替代数进行基因序列变异分析,并构建UPGMA系统树。结果表明:斜带石斑鱼的遗传多样性水平高于赤点石斑鱼,这可能与它们在种内特定遗传结构、分布范围大小、自然资源状况的差异有关;斜带石斑鱼和赤点石斑鱼之间检测到的种特异RAPD条带以及基因序列的变异,可作为种间分子鉴定标记。     

The entropy characters of point mutation

The biological diversity, which depends on the genetic material DNA, is the foundation for a species to survive and evolve. The entropy is the best measurement of biological diversity. Based on the single-parameter and the two-parameter models, here we established some differential equations about the point mutation of a DNA sequence with finite length, as well as some functions describing the processes of the variation in quantities of 4 kinds of bases （A, T, G and C） in the DNA sequence. At the molecular level, we discussed the entropy characteristics of point mutation. The results proved that a species maintained its entropy and evolved in the direction of the increasing biological diversity. In order to testify the theoretical results, we did a series of computer simulations of random point mutation in Matlab environment. The results were well consistent with the theoretical researches.     

DNA条形码技术的应用与分析

DNA条形码技术(DNA Barcoding)是一种通过使用短的标准DNA片段来快速、准确的识别与鉴定物种的技术.这几年一直是物种分类和生物多样方面研究的热点,遗传多样性作为生物多样性研究的核心问题,目前DNA条形码也开始广泛应用于生物的遗传多样性研究.本文简单概述了DNA条形码技术的发展状况、原理、标准基因片段,着重阐述了其在生物分类学和遗传多样性等中的应用,以及其所存在的局限性,并展望了其应用前景和意义.     

东安紫水国家湿地公园植物多样性评价

采用林分结构调查和线路踏查法,对湖南省东安紫水国家湿地公园植物多样性进行了调查,在层次分析法的基础上选取了物种丰富度、生态系统多样性、特有及稀有种和外来物种入侵4项指标,构建了植物多样性评价体系.同时调查统计了东安紫水湿地公园的植物组成、优势科属.结果表明:湖南省东安紫水国家湿地公园生态系统类型多样化且稳定性高,植物资源丰富;维管束植物有195科676属1100种,其中蕨类植物有31科56属92种,裸子植物有7科13属16种,被子植物有157科607属992种;被子植物是东安紫水湿地公园植物的重要组成部分,优势类群主要为禾亚科、菊科、蝶形花科、蔷薇科;植物多样性指数得分为76.92分.     

孔庄煤矿Ⅱ5采区底板奥灰水综合探测技术应用

孔庄矿Ⅱ5采区两条下山施工中突遇落差约170m的断层组,使得主采煤层7煤距奥灰不足80m。通过采用瞬变电磁法、并行网络电法、反射共偏移地震法和矿井震波超前探测法等综合物探方法探测115采区两条下山距奥灰顶界的距离以及底板水的赋存情况,为安全掘进提供了准确地质依据。最终采区设计方案根据探测结果进行了调整。     

红树林土壤环境DNA提取和纯化方法比较

探讨适合红树林土壤环境DNA的提取及纯化方法,筛选出可以提取到高质量且物种覆盖度广的环境DNA的方法。本研究通过多种方法提取和纯化红树林土壤环境DNA,并进行物种覆盖度(细菌、真菌、底栖无脊椎动物、植物、线虫)的比较评估。用6种方法提取红树林潮间带林下土壤环境DNA,并使用2种方法对DNA进行纯化;用不同物种类群的通用引物进行PCR扩增,评估各种方法提取和纯化的环境DNA的物种覆盖度。结果显示,不同方法提取DNA的效率有一定的差异,但2种方法纯化前后DNA的质量并没有显著差异;5种试剂盒方法提取的DNA均可以有效扩增出细菌和无脊椎动物的DNA;DNeasy PowerSoil试剂盒提取的DNA扩增植物引物结果最佳;来自不同区域红树林土壤的DNA在扩增真菌对应引物时差异较大;2种试剂盒直接提取的DNA可以有效扩增出线虫的DNA。本研究为今后基于环境DNA技术研究红树林生物多样性工作的顺利开展提供科学依据,奠定了一定的基础。     

蓝鳍金枪鱼和黄鳍金枪鱼遗传多样性的AFLP分析

利用选择性扩增片断长度多态性分子标记技术(Amplified fragment length polymorphism,AFLP),分析了采自日本九州海域蓝鳍金枪鱼(Thunnus thynnus)和台湾海域黄鳍金枪鱼(Thunnus albacares)野生群体的遗传多样性水平.结果表明:9 对选择性引物在 2 种金枪鱼中共扩增出675个位点(100～750 bp),其中蓝鳍金枪鱼和黄鳍金枪鱼多态位点分别为388个和368个.蓝鳍金枪鱼和黄鳍金枪鱼的多态位点比例、Shannon 遗传多样性指数分别为57.48%和54.52%,0.330 1和0.301 8.AMOVA分子方差分析显示:种间遗传分化中,83.79%的遗传变异由种间贡献,而16.21%的变异分布于种内个体之间.同其他鱼类比较,2 种金枪鱼显示了较为丰富的遗传多样性水平,其种质资源处于较好的水平.研究结果将为我国蓝鳍金枪鱼和黄鳍金枪鱼的资源保护与合理利用提供重要的理论依据.     

濒危植物小叶兜兰(Paphiopedilum barbigerum)微环境特点

茂兰国家级自然保护区有很丰富的兰花资源,小叶兜兰(Paphiopedilum barbigerumTang et Wang)生于海拔800~1 500m的石灰岩山丘荫蔽多石之地或岩隙中,被列入IUCN物种红色名录,属于IUCN濒危物种等级濒危(EN)。利用Li-6400便携式光合作用系统获得了小叶兜兰的光合反应日变化规律,分析植株和周围环境中微量的土壤,以及周围石灰岩的矿物质成分,得出结论,钙耐受和干旱耐受是茂兰国家级自然保护区作为小叶兜兰原生地最显著的特点。周围环境的高温,湿润的空气,高钙的土壤环境在全世界范围比较少见,这些特点是很多喜钙兰花在茂兰分布的主要原因。     

刀额新对虾和日本囊对虾细胞核DNA含量的测定与比较

以刀额新对虾(Metapenaeus ensis)、日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)的血淋巴为材料,以小鸡血细胞核DNA含量(2.50 pg/2c)为参照样,使用Partec PA-I型倍性分析仪并结合外标定法,分别测定了刀额新对虾与日本囊对虾细胞的DNA含量.结果表明,这两种虾的细胞DNA含量分别为小鸡血细胞的1.77倍和1.95倍,换算成绝对含量分别为4.340 pg/2c和4.878 pg/2c.本文讨论了刀额新对虾与日本囊对虾以形态学为特征的分类系统与细胞DNA含量之间的关系,并推测在系统演化上日本囊对虾应比刀额新对虾更为高等.