通过L-乳酸脱氢酶1的上下游DNA序列鉴定Lactobacillus sp.DMDL 9010

从发酵蔬菜中分离到乳杆菌DMDL 9010,将此菌与LCR 719、LB 1.83、ST 1.204和LP 8140等4株乳酸菌用于MRS培养基体系中亚硝酸盐的降解,作用24h后发现,DMDL 9010的降解效果最好并具有显著性(P≤0.001).利用16S rDNA将鉴别的范围缩小到植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)或戊糖乳杆菌(Lactobacillus pentosus),生理生化实验将DMDL 9010鉴定为戊糖乳杆菌.但在后续的PCR中无法得到戊糖乳杆菌的特异性条带.通过分析两种菌的基因组序列,发现它们都具有编码L-乳酸脱氢酶1的同源DNA序列(ldhL1),序列相似度达到90%.同时这段同源序列上下游片段序列相似度较低,其序列的差异可以作为鉴别依据.对DMDL 9010的L-乳酸脱氢酶1基因上下游900bp左右的DNA片段进行PCR扩增并测序,利用生物信息学分析方法进行序列比对分析,DMDL9010被鉴定为植物乳杆菌.     

牦牛源产细菌素的乳酸菌的筛选鉴定

为筛选优良的产细菌素乳酸菌,用含0.5%碳酸钙的MRS固体培养基从19份牦牛粪便样本中分离出91株乳酸菌,进一步采用牛津杯法筛选产细菌素的乳酸菌,并结合16S rRNA序列扩增测序鉴定该批乳酸菌.结果表明:在排除有机酸、过氧化氢等抑菌因素后,从91株乳酸菌中筛选到9株对大肠杆菌ATCC25922和金葡球菌ATCC25923有明显抑制作用的乳酸菌菌株,该9株菌株对蛋白酶敏感,初步认定为产细菌素乳酸菌;经16S rRNA序列扩增测序鉴定该9株菌分别为海氏肠球菌,屎肠球菌,蒙氏肠球菌株和植物乳杆菌,其对常见抗生素不耐药,可作为益生菌的候选菌株.     

藏绵羊肠道乳酸菌的分离鉴定及系统进化分析

为解藏绵羊肠道乳酸菌的菌群组成及其基本生物学特征,无菌采集12头健康藏绵羊新鲜粪便,分离培养及纯化乳酸菌株,并通过16S rDNA序列扩增和测序进行分子鉴定.结果显示:从12个样本中共分离纯化出19株乳酸单菌,分属于7个属,其中鹑鸡肠球菌、海氏肠球菌、粪肠球菌及植物乳杆菌所占分离比例较多.该结果为进一步了解藏绵羊肠道乳酸菌的菌群种类及藏绵羊益生菌制剂的开发提供了基础.     

深海沉积物样品中古菌的16S rDNA分析

利用多管采样器,在太平洋西经177°42'20",北纬10°35'06"的位置上,从水深5774 m的海底获得深海沉积物样本,现场提取DNA进行保存.以此DNA为模板,利用古菌16S rDNA特异引物扩增出样品中古菌的16S rDNA,将扩增所得的16S rDNA进行克隆,建立了该样品中古菌的16S rDNA文库.对16S rDNA扩增片段进行了RFLP分析和序列分析,结果表明这些古菌在系统进化树上的位置靠近,属于Crenarchaeota中的Ⅰ类海洋古菌类群.     

丙酸测定与丙酸高产菌的筛选、鉴定

采用表观筛选与丙酸HPLC测定方法,从富含丙酸菌与乳酸菌的奶酪中分离、筛选得到1株高产丙酸的菌株FS1026。对该菌株进行16S rDNA序列分析,构建相关序列进化树,鉴定该菌株为产酸丙酸杆菌(Propionibacterium acidipropionici sp.)     

发酵食品中降胆固醇乳酸菌的筛选及生物学特性研究

本实验利用4种培养基,从5种发酵食品样品中分离到473株乳酸菌,其中H2O2酶反应阴性的有96株.从中筛选出了11株对胆固醇有较好降解能力的菌株,并对其生长特性,生化特性等进行了研究.根据菌落、细胞形态、生理生化特性试验,初步确定菌株ML03为果糖乳杆菌;MR12、MR13、AC01和AC15为类布氏乳杆菌;M R25为米酒乳杆菌;SC12和SC13为植物乳杆菌;HC12和HC17为干酪乳杆菌;而菌株ML21为乳杆菌属.11株乳酸菌的胆固醇的降解率都大于40％,其中类布氏乳杆菌MR12、AC01和植物乳杆菌SC12的胆固醇降解率超过了50％.     

新疆酸奶子中乳酸菌多样性分析

从15份采自新疆伊犁牧民家庭传统方法制作的酸奶子中分离出71株乳酸菌,并进行了生理生化表型特征鉴定。对其中的28株菌测定了16S rRNA基因全序列,构建系统发生树,结合生理生化结果,鉴定结果为,该酸奶子中乳酸菌涉及5个属、11个种及亚种,有些菌株对生长温度适应性较强。乳杆菌为新疆酸奶子中的优势菌属,以瑞士乳杆菌(Lb. helveticus)为最优势。     

高产5-氨基乙酰丙酸光合细菌株的分离鉴定

从不同生态环境中分离培养出20株光合细菌,进行5-氨基乙酰丙酸(5-ALA)的产量检测,筛选出一株分离自广州市云溪公园池塘底泥的菌株R5,其5-ALA产量最高,达4.92 mg/L.为了确定菌株R5的分类学地位,对该菌株的形态学、碳源利用情况等生理生化特性进行了研究,表明该菌株符合红假单胞菌属的生物学特征;以菌株R5基因组DNA为模板PCR扩增16S rDNA基因,对PCR产物进行了序列测定,将所测得的核酸序列与相关细菌的16S rRNA序列进行比对,并构建进化树进行系统发育分析,发现菌株R5与沼泽红假单胞菌株KUGB306(Rhodop-seudom onas palustrisKUGB306)形成一个类群,序列同源性为99%.故最后确定该高产5-ALA的菌株属于红假单胞菌属(Rhodopseudom onas).     

利用16S-23S rDNA间隔区快速鉴定猪链球菌和马链球菌兽疫亚种

利用16S-23S rDNA间隔区(ISR)长度和序列的多态性,结合16S rDNA和23S rDNA的保守性,分别在16S rDNA末端和23S rDNA前端保守区设计上下游引物,进行PCR扩增.结果为21株猪链球菌均扩增出长度约为1200bp的片段,8株马链球菌兽疫亚种均扩出约1300 bp的片段,其他属菌株和阴性...     

甲胺磷农药降解菌的筛选鉴定及其降解效能研究

分别从黄冈棉田、荆州农田、沙市农药厂等长期受有机磷农药污染的不同环境土壤取样,通过富集培养,筛选分离到10株甲胺磷(MAP)降解菌.测定了各菌株的降解效能.选取降解效果较好的HS-A32菌株进行了初步研究.提取该菌总DNA进行16S rDNA PCR扩增、测序,BLAST检索及序列分析表明,HS-A32菌与不动杆菌的同源性为98%.结合生理生化实验结果,初步确定HS-A32菌为不动杆菌属(Acinetobacter).通过薄层色谱(TLC)及高效液相色谱(HPLC)对MAP降解进行了定性和定量分析.结果表明,该菌能以MAP作为唯一的碳源和氮源生长.接种该菌于500 mg/L的MAP无机盐液体培养基中,35℃、120 r/min振荡培养3 d,对甲胺磷降解率可达86%,是一株甲胺磷高效降解菌.     

藏鸡源乳酸菌的筛选鉴定及IBV N基因的表达研究

从藏鸡(海拔3000米藏区、自然放养、未使用过抗生素)肠道内筛选乳杆菌, 经16s rDNA和生理生化试验鉴定为植物乳杆菌.通过耐酸耐胆汁试验和肠道黏附试验测试, 表明其具有良好的耐酸耐胆汁能力和肠道黏附能力.为使外源质粒顺利转化入乳杆菌, 进行电场强度的优化, 再按照优化后的电场强度, 将禽冠状病毒pSIP409 N重组质粒电转化入该株乳杆菌, 进行双酶切和PCR鉴定.将经鉴定成功转入的重组乳杆菌, 用诱导肽SppIP诱导表达, 再进行SDS PAGE检测外源蛋白的表达.结果表明N蛋白能够顺利表达. 上述试验证明该株植物乳杆菌具有作为乳酸菌活载体疫苗的潜力.     

海南黑山羊瘤胃液乳酸菌的筛选鉴定及其应用

以海南黑山羊瘤胃液和王草为研究对象,从其胃液中筛选乳酸菌,并将其应用到黑山羊草料的青贮中,经形态学观察和乳酸定性试验,对菌株进行了初步鉴定;此后,在利用16S rDNA基因进行测序分析后,有3株代表性菌株被鉴定到种的水平,其中,HBG11与耐久肠球菌的同源性最高,HBG46与植物乳杆菌的同源性最高,HBG86与干酪乳杆菌的同源性最高.选择1株生长旺盛且产酸速度快的乳酸菌,将其用于王草的青贮发酵,同时设置5组不同处理,以此来测定各组乳酸菌的生长状况以及青贮饲料的品质.结果表明:第V组青贮的效果最好,pH值迅速下降,且好氧细菌的数量很快得到了有效控制,最终pH值为3.83,显著低于对照组(P0.05);青贮50 d后,第V组王草的营养成分与第I组王草的营养成分差异显著(P0.05),HBG46菌株对王草青贮饲料的有氧稳定性有一定的促进作用.     

一株高产抗菌活性物质链霉菌的初步分类鉴定

对一株土壤中筛选出的可以产抗菌活性物质的链霉菌进行了研究，测定了该菌的抗菌谱，发现该菌株对多种植物病原性真菌及细菌有拮抗作用，但对植物病原性真菌的抑制效果低于植物病原性细菌.通过形态特征、培养特征、生理生化特性及抑菌谱等系列比较，发现该链霉菌菌株与链霉菌属的黑胡桃链霉菌(Streptomyces nogalater)的特征基本相符；通过16S?rDNA序列比对，发现该菌株16S?rDNA与黑胡桃链霉菌的16S?rDNA同源性达99％.根据多项分类原则和系统进化树的构建分析，将该菌株暂归入黑胡桃链霉菌类.     

乳酸乳球菌nisin抗性基因的克隆及作为筛选标记的研究

在添加500U/mL nisin和溴甲酚紫的GM17选择性培养基上,分离到5株nisin抗性菌株。根据形态观察,生理生化特性和16S rDNA基因序列比对被鉴定为乳酸乳球菌。根据已报道nisin抗性基因设计引物,分别以这5株菌的染色体和质粒DNA为模板进行PCR扩增,结果从1株抗性菌株的染色体上得到目的基因产物。通过序列测定和同源性比对,证明为nisin抗性基因（nsr）。将nsr基因克隆到乳酸菌-大肠杆菌穿梭质粒pTRKH2上,重组质粒命名为pT-nsr。pT-nsr电转化乳酸乳球菌MG1614,获得的重组菌MG1614/pT-nsr在含有500U/mL nisin的培养基中生长情况良好。这表明nsr基因赋予宿主菌抗nisin特性,并且与红霉素抗性功能相同,因此nsr基因可以作为筛选标记用于食品级载体的构建。     

解淀粉芽孢杆菌BI_2的鉴定及其对黄曲霉的抑制作用

菌株BI2是从青贮玉米秸秆饲料中分离得到的一株革兰氏阳性芽孢杆菌.经16S rDNA序列分析,发现该菌株与解淀粉芽孢杆菌Bacillus amyloliquefaciens(NC_009725)的相似性达到99.6%;进一步结合Biolog及生理生化分析,将该菌株鉴定为解淀粉芽孢杆菌.以番茄叶霉病菌、黄瓜枯萎病菌等12种植物病原菌及部分霉菌、酵母、食品乳酸菌和人类致病细菌为指示菌进行抑菌实验.结果表明:BI2主要抑制丝状真菌,而对细菌无拮抗作用;BI2菌株生长36 h的上清液能明显抑制黄曲霉孢子萌发及其菌丝生长,抑制率分别达到67.4%和74.8%;而且该上清液经120℃高温处理20 min后对黄曲霉的抑制效果基本没有影响.     

产氢菌的16S -23S rDNA间隔区的长度变异性分析

生物制氢细菌Rennanqilyf3的16S rRNA gene(rDNA)-23S rDNA间隔区碱基序列被测定，利用PCR扩增间隔区DNA，间隔区碱基序列存在长度多态现象．用这一长度多态现象进行产氢发酵细菌的辨认和识别，产氢发酵细菌Rennanqilyf3的16S rRNA gene(rDNA)-23S rDNA间隔区的PCR产品从1270到398bp，共有5个序列，碱基数目分别为1270、398、638、437和436bp。     

滇南森林土样中的Actinobacteria的分离、快速鉴别及初步鉴定

Actinobacteria是一类极具开发潜力的微生物资源，Actinobacteria的23S rRNA既有高度的保守性，又有较好的可变性，体外PCR扩增Actinobacteria的23S rDNA的稳定插入片段可有效地对放线细菌进行识别．本研究中结合了16S rDNA部分序列分析对其中9株Actinobacteria菌株进行了初步鉴定，随后又对菌株YIMT0056进行了多相分类学研究，最终确定该菌株是红球菌属的一个新种，我们将其命名为云南红球菌。     

一株短小芽孢杆菌的16S rDNA基因序列分析

从黄颡鱼中分离得到一株优势菌BP-1,经过形态观察、生理生化试验和16S rDNA基因序列分析,表明该菌为发酵型,能运动,革兰氏阳性杆菌.获得的16S rDNA基因序列长度为1478 bp,Gen Bank数据库中登录号为KP299290.该序列与GenBank数据库中多条短小芽孢杆菌16S rDNA基因序列相似性高达99%,系统进化树上与短小芽孢杆菌亲缘关系最近,从而判定菌株BP-1为短小芽孢杆菌.这为短小芽孢杆菌的鉴定和分类提供科学依据.     

具抑菌活性的乳酸菌的筛选

采用筛选培养基从泡菜中筛选乳酸菌株,并对其进行生化鉴定．以大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、沙门氏菌为指示菌,采用抑菌圈法测定所筛菌株的抑菌活性．生化鉴定结果显示,筛选的3株乳酸菌分别为嗜热链球菌、植物乳杆菌及鼠李唐乳杆菌,但仅植物乳杆菌对金黄色葡萄球菌有抑菌作用,抑菌效果为发酵液〉上清液〉菌悬液．成功获得了1株对金黄色葡萄球菌有抑菌作用的植物乳杆菌,该植物乳杆菌中起抑菌作用的主要是发酵液中的胞外代谢产物．     

潮间带菌株CZⅣ-1068的鉴定及抑菌活性研究

CZⅣ-1068是从舟山长峙岛潮间带海泥中分离到的一株细菌,最适NaCl浓度范围为1%～3.5%,经琼脂扩散法抗菌模型筛选表明对大肠杆菌、副溶血性弧菌、枯草芽孢杆菌、金黄色葡萄球菌、藤黄微球菌和白假丝酵母有拮抗作用。利用形态学观察、生理生化反应对菌株进行了初步研究,并利用PCR的方法扩增了CZⅣ-1068的16S rDNA,然后进行核苷酸序列测定分析,结果表明CZⅣ-1068与Bacillus sp.82344(AF227848)相似性高达100%,初步确定为腊状芽孢杆菌的一种。