斑马鱼血清样淀粉A基因在病毒感染中的表达分析

利用生物信息学技术对模式生物斑马鱼(Danio rerio)血清样淀粉A(serum amyloid A,SAA)蛋白与其他物种进行序列比对发现:SAA蛋白序列具有极高的同源性,SAA的进化趋势和物种进化趋势基本一致.实时荧光定量PCR结果显示:斑马鱼SAA对虹彩病毒(ISKNV)、脂多糖(LPS)和聚肌胞苷酸Poly(I:C)均表现出典型的急性应答蛋白特性,表达量均呈现先急剧升高,后迅速下降恢复到正常水平的模式,暗示其在先天性免疫应答中具有重要作用.     

nestin启动子驱动微管蛋白-EGFP载体的构建及其在神经干细胞中的应用

目的:构建巢蛋白nestin启动子驱动的微管蛋白表达载体,并在斑马鱼及大鼠神经干细胞中正确表达,为实现神经干细胞/神经前体细胞中微管骨架的动态观察和研究提供工具.方法:设计引物扩增斑马鱼基因组DNA中nestin基因上游启动子-952 bp片段并克隆测序;通过PCR获得斑马鱼EGFP-α-Tubulin融合蛋白序列,构...     

斑马鱼Ngly1的生物学特性及克隆表达研究

为研究斑马鱼ngly1基因的功能,我们利用序列比对、同源建模和系统发育分析,发现斑马鱼Ngly1蛋白与其哺乳动物同源物在进化上高度保守,并且其三级结构与小鼠Ngly1十分相似。通过基因克隆获得了斑马鱼ngly1基因的全长cDNA,转染HEK293T细胞后观察到分子量约98kD的GFP-Ngly1融合蛋白。通过荧光定量PCR技术对斑马鱼胚胎发育和不同组织中ngly1的表达量进行分析,结果显示斑马鱼ngly1 mRNA在胚胎发育的全过程中都可以检测到,包括二细胞期,24 h,48 h和72 h,并且在胚胎发育第5天时达到高峰。在成鱼中,相比于其他组织,ngly1在卵巢和睾丸中高表达,在肝脏中低表达。     

斑马鱼Pax3a结构域过表达对瓦登伯革氏症候群疾病影响

目的:探究斑马鱼PAX3直系同源基因Pax3a的结构域在多种组织细胞中的复杂功能.进一步了解哺乳类肌肉间质先祖细胞标志基因PAX3在胚胎发育、组织再生和肿瘤发生过程中发挥的重要作用.方法:构建斑马鱼Pax3a 4个保守结构域编码的过表达质粒,包括p-Paired box domain 3(PD3)、p-Homeobox domain (HD)、p-G protein-pathway-suppressor domain (GPD)和p-Paired box domain 7 (PD7),使用蛋白免疫印迹,细胞免疫荧光和实时荧光定量PCR方法验证体内外mRNA和蛋白水平表达,并进行体内胚胎显微注射和体外转染细胞.结果:胚胎发育变异表型的统计分析结果显示:每个结构域会引起斑马鱼胚胎产生较高比例的特异瓦登伯革综合征表型,比如白斑症、内眦外移、瞳孔变大等症状.在细胞学水平显示,每个结构域过表达对细胞迁移有不同影响.结论:Pax3a每个结构域有各自的作用通路,其功能增溢与PAX3基因突变均可产生瓦登伯革氏症候群.     

斑马鱼Nfatc3基因多克隆抗体的制备及检测

为了在斑马鱼模型中更深入地研究Nfatc3蛋白在心脏发育中的功能，采用PCR技术扩增斑马鱼Nfatc3基因的部分编码区并插入pET-28a表达载体中，之后将重组质粒转入大肠杆菌（E.coli）通过IPTG诱导表达His-Nfatc3融合蛋白，对该融合蛋白采用Ni-IDA凝胶柱层析纯化后，免疫新西兰兔制备了多克隆抗体，并用western blotting对抗体进行分析.结果表明获得了高效价的特异性兔抗Nfatc3多克隆抗体.这为Nfatc3功能的进一步研究奠定了基础.     

腺苷二磷酸诱导斑马鱼血小板聚集的初步研究

腺苷二磷酸（adenosine diphosphate,ADP）是有效的血小板激活剂。本文研究了腺苷二磷酸对斑马鱼存活率、血小板聚集和血栓相关基因血管性血友病因子（Von Willebrand Factor,vWF）的影响。结果显示,30μmol／L-1 mmol/L ADP对Sdpr（days post fertilization）斑马鱼存活率的抑制作用呈剂量和时间依赖性。利用血小板标记荧光的转基因斑马鱼,我们发现ADP也能诱导斑马鱼血小板聚集。反转录PCR（RT-PCR）结果显示vWF在斑马鱼血小板聚集过程中表达上调。说明ADP是研究斑马鱼血小板聚集机制的有利工具。     

伽马辐照对斑马鱼胚胎谷胱甘肽还原酶活性及基因表达的影响

谷胱甘肽还原酶(GR)是一种重要的抗氧化酶,其在生物体的抗氧化系统中起着关键作用.为了研究伽马辐照对斑马鱼胚胎GR活性及基因表达的影响,本实验用不同的辐照剂量(0.01、0.05、0.1、0.5和1 Gy)分别对三个发育时期(原肠胚期、体节期和咽囊期)的斑马鱼胚胎进行了辐照处理.分析了各组GR的活性,并采用荧光实时定量PCR技术(qRT-PCR)检测了GR基因的表达水平.结果显示,伽马辐照以剂量依赖的方式调整了斑马鱼胚胎GR的活性及GR基因的表达.随着辐照剂量的增加,GR活性及其mRNA的相对表达量呈现先升高后回落的趋势.这表明,GR是一种可以对伽马辐照作出早期预警的生物标志物.斑马鱼胚胎可以通过上调GR基因的表达,来增加GR的合成,从而提高对伽马射线的防御能力.但是,这种反应和调整是有限度的.咽囊期胚胎比其它两个时期的胚胎对伽马射线的防御能力更强.     

新基因SNC 66在大肠癌组织中的表达研究

为探讨大肠癌相关新基因SNC66在大肠癌中的表达以及该基因与大肠癌发生的相互关系，分别采用常规RT—PCR和组织原位RT—PCR方法，以β-actin为对照，对SNC66在大肠癌组织和正常大肠粘膜中的表达情况作了配对研究。结果显示，SNC66在大肠癌组织中的表达显著低于其在大肠粘膜中的表达；粘膜组织中，SNC66只在上皮细胞和淋巴细胞中有表达，在其他细胞中未见表达，研究表明SNC66可能是一个新的大肠癌抑癌基因，SNC66基因表达水平的降低可能与大肠癌的发生和发展有关。     

斑马鱼Cyclin C的cDNA克隆及其在发育过程中的表达

细胞周期蛋白C(cyclin C)与细胞周期依赖性蛋白激酶cdk8结合,通过磷酸化RNA 聚合酶 II 和 TFIIH调控转录.在脊椎动物胚胎发育过程中有关细胞周期蛋白C合子型转录激活机制尚知甚少.本研究克隆了斑马鱼细胞周期蛋白C基因,并用Northern杂交和整体原位杂交技术检测其在胚胎发育过程中的表达状态.结果显示,斑马鱼细胞周期蛋白C高度保守,与人细胞周期蛋白C有88％的蛋白序列同源;斑马鱼细胞周期蛋白C在母型期开始表达,其表达伴随中囊胚转换时期的合子型转录激活以及整个胚胎发育过程.     

白凤菜醇提物对斑马鱼酒精性脂肪肝损伤的修复

以斑马鱼为实验材料,研究白凤菜醇提物对斑马鱼酒精性脂肪肝损伤的修复作用.实验结果表明,白凤菜醇提物对斑马鱼慢性酒精性脂肪肝具有防治作用.白凤菜醇提物能抑制成鱼酒精肝损伤血清中ALT和AST的升高,抑制肝组织中MDA的升高,提高肝组织中SOD活性水平;能够有效减轻肝脏的炎性病理;能够升高斑马鱼幼鱼组织匀浆液中的AST和ALT含量,抑制肝组织中MDA的升高,提高肝组织中SOD活性水平,幼鱼整体肝脏脂肪明显减少.     

一条新的人类组氨酰tRNA合成酶类似物全长cDNA的克隆及表达谱分析

从人胎脑文库中克隆到一条长为 12 19bp的cDNA ,它编码 2 3.4ku的肽链 .该肽链与葡萄球菌组氨酰tRNA合成酶N端同源 5 8% .利用humangenomicblast可将其定位于 2 0p11.Northern杂交显示胎脑中有一约1.5kb的单一条带 .基因芯片杂交分析表明 ,其在肺癌和前列腺癌组织中表达较高 .绿荧光蛋白亚细胞定位技术显示该蛋白存在于COS7细胞的细胞质中     

应用梭状芽孢杆菌口服疫苗载体表达HIV p24蛋白的研究

应用一种不产毒的梭状芽孢杆菌（Clostridium perfringens,C.P.）作为口服疫苗载体表达HIVp24蛋白。用PCR扩增HIVp24基因,酶切后插入到含有C.P.序列的pJRC200质粒的CPEORF中,将重组的cp24质粒转化无致病作用的ATCC3624菌株。使HIVp24基因在C.P.形成芽孢时大量表达。结果应用SDS_PAGE和West Blot分析HIVp24在重组C.P.繁殖体和芽孢中的表达情况,发现HIVp24蛋白在C.P.芽孢体中大量表达,而在C.P.繁殖体中却没有表达。证明在体外构建了含有HIVp24基因的重组pJRC200质粒,成功地表达了HIVp24蛋白并得到了HIVp24的高表达ATCC3624菌株。为成功研究C.P.作为一种口服HIV疫苗载体奠定了基础。     

随机DNA序列中ORF的分布

研究了组分约束下的随机 DNA序列中 ORF数目、ORF的长度与随机序列总长度和GC含量之间的关系 .结果表明 ,ORF数目的对数与 ORF的长度之间存在很好的线性关系 ;ORF的最大长度随序列长度的增加而变长 ,ORF的总数与序列长度成正比 ;ORF的总数目随着 GC含量的增加明显减少 ;随着 GC含量的增加 ,长度较短的 ORF数目相对减少 ,长度较长的 ORF数目相对增加 ;随着序列长度的增加 ,长度较短的 ORF相对增多 .     

人血清淀粉样蛋白A的原核表达及抑菌研究

人血清淀粉样蛋白A1(Serum amyloid A1 protein,SAA1)是由肝脏分泌的一种急性时相反应蛋白,在炎症、创伤或感染后在血浆中迅速上升.利用实验室前期构建的SAA1蛋白表达载体p ET28a-SAA1-β,原核表达重组人血清淀粉样蛋白A1的β亚基,纯化获得高纯度的SAA1-β蛋白.同时,将表达的SAA1-β蛋白与白色念珠菌SC5314共培养,检测其对SC5314生长状态的影响.结果显示,在蛋白浓度为0、2、20、200 mg/L时,菌落平均个数分别为423、385、262和217个,抑菌率分别是0%、8.98%、38.06%和48.70%,表明SAA1-β蛋白浓度在200 mg/L范围内,对白色念珠菌SC5314有较好的抑制作用,且抑制作用与蛋白浓度呈正相关.     

转座子Tn917的DNA序列计算机分析

通过计算机分析转座子Ｔｎ９１７的全序列，详细阐述了其物理图谱、结构功能及其转录调节机制．Ｔｎ９１７的５个ＯＲＦｓ排列在同一条ＤＮＡ链上，且阅读方向都从左至右．ＯＲＦ１－３起始点的左侧翼排列有启动子序列和Ｓｈｉｎｅ－Ｄａｌｇａｒｎｏ序列．ＯＲＦ５（编码转座酶）和ＯＲＦ４（编码拆分酶）的转录方向是一致的，翻译也紧密偶联在一起．在ＯＲＦ３和ＯＲＦ４之间存在１个ｒｅｓ位点，与Ｔｎ３中的ｒｅｓ位点基本同源．翻译衰减的功能与ｒＲＮＡ甲基化酶（由ＯＲＦ２编码的、ｅｒｍ基因的产物）诱导有关，在这个结构基因的左侧翼有２００ｂｐ的前导区域编码一个具调控功能的３６个氨基酸组成的多肽（由ＯＲＦ１编码）．     

微注射人TCP10L基因对斑马鱼形态的影响

利用模式生物斑马鱼,通过微注射的方法,研究了人肝脏特异性转录因子TCP10L对斑马鱼早期胚胎发育的影响.结果显示:人TCP10L基因对斑马鱼胚胎发育有一定的毒性.表现为早期的脊索发育异常,个体严重畸形;当血液循环出现后,表现为血流延缓和围心腔水肿等症状.该项研究表明:人肝脏特异性转录因子TCP10L在斑马鱼胚胎中的过表达会引起显著的形态异常和心血管障碍,并且这种影响与其是否在斑马鱼肝内的特异表达有关,为进一步探明该转录因子在人肝脏内发挥的功能奠定了基础.     

人类Neuritin cDNA的克隆和表达

从人胎脑cDNA文库筛选出一条1618bp的cDNA。此cDNA含有一个426bp的最大开放阅读框,编码一个142个氨基酸的蛋白质,预测分子质量为15.3ku。与目前数据库中序列比较,该cDNA与鼠neuritin基因同源性达98％。多组织Northern blot分析显示neuritin在脑组织高度表达。neuritin cDNA的读框片段正确插入到pQE40表达载体中,获得了预期的表达产物,并初步得到了其纯化蛋白。     

短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus)糖基转移酶基因的克隆、序列分析及表达

为获得具有催化活性的糖基转移酶纯酶,本研究以短小芽孢杆菌基因组DNA为模板,利用简并PCR技术扩增到基因(GT-A)全长序列.该序列全长1 287bp、编码423个氨基酸,分子量约为49.2KD.经序列分析,该基因属于糖基转移酶基因.根据GT-A基因开放阅读框序列设计引物,构建了原核表达重组质粒GTA-pet28a,并在大肠杆菌BL21(DE3)中成功诱导出了一个约50kD的融合蛋白.纯化后测定其糖基转移酶活性,与37℃相比,80℃的反应温度其活性能提高3.4倍左右.研究结果表明,该酶是一种具有应用潜力的嗜高温糖基转移酶.     

SAA7111A芯片在视频图像处理FPGA设计中的应用

信息化产业的迅速发展促使视频图像处理技术广泛应用于各种领域,Philips公司生产的增强型视频输入处理芯片SAA7111A在图像处理前端实现了AD转换和解码的功能,该文介绍了该芯片的功能,并给出利用该芯片实现视频图像处理功能的FPGA板的软硬件设计方法。     

酵母全基因组新的ORF结构的预测

提出了一个预测DNA序列中无内含子的开阅读框架（ORF）的理论方法－终止密码预测法；用酵母全基因组中已知的6260个基因进行检验，预测成功率为99．9％；发现酵母基因编码区和已知的DRF的起始密码子总是位于长距离不出现终止密码的位置序列上游紧邻最后一个终止密码子的ATG；在酵母全基因组DNA中发现了新的长度不小于90个氨基酸的ORF结构2244个。