多表位-表位疫苗诱导多中和表位特异性的抗HIV-1抗体

针对HIV-1包膜蛋白的中和抗体在体外高度有效地抑制不同病毒株的侵染，但在体内只以很低水平存在，提出多中和表位-表位疫苗作为提高体内中和抗体水平及机体抗病毒变异能力的新战略，两种候选从中和表位-表位疫苗在猴体内能同时诱导出预先确定的多中和表位特异性的抗体，这些抗体能识别表位多肽、gp41多肽、V3loop多肽、rsgp41和gp120上相应的中和表位，此外，3个实验型表位疫苗的组合（另一种形式的多中和表位-表位疫苗）在兔体内也诱导出类似的免疫应答。上述实验结果表明：多中和表位-表位疫苗可能是一种能同时诱导多重抗病毒活性、抗HIV-1感染以及对付病毒变异的新战略。     

基于实验数据集对常用蛋白抗原空间表位预测工具的测评

抗体分子对蛋白抗原的结合主要通过表位区域进行, 而表位区域的氨基酸残基通常形成不连续的、构象的或者空间的表位区域, 而不是抗原表面上的线性连续片段. 已有许多算法可以用来预测构象表位, 并且基于各自的测试集, 各种工具对空间表位的预测都声称取得了杰出的效果. 本文收集了由实验方法确定的空间表位数据并建立了一套独立的测试集. 基于这套测试集, 采用灵敏度、真阳性预测率、成功挑选率和接受者操作特性曲线下面积(AUC)等参数对常用蛋白抗原空间表位预测工具进行了评估, 工具包括SEPPA, CEP, DiscoTope, ElliPro, PEPOP和BEpro等. 测试集评估结果表明, 6种蛋白抗原空间表位预测工具预测性能仍有待提高. 其中, SEPPA预测性能相对较好, 然而计算得到的灵敏度、真阳性预测率、成功挑选率和平均AUC值也并不理想. 评估结果还表明, 预测工具采用的空间表位训练和测试数据集以及预测算法对预测结果的准确性有较大影响. 以上分析结果为改进B细胞蛋白抗原空间表位预测方法和为免疫原性多肽和新型疫苗分子的设计提供新的启示.     

一种病毒蛋白B细胞表位预测方法的建立

病毒蛋白抗原表位的预测对于设计免疫原性多肽、新型疫苗分子及诊断试剂均有帮助.但是,既往的预测方法并不多,且至少存在以下两方面的缺陷:(1)既往方法均基于一般蛋白质的实验结果,因此,到目前为止还没有1种专用于病毒蛋白的表位预测方法;(2)80年代后期以来,多肽固相自动合成技术和Geysen氏pin ELISA技术在免疫学的广泛应用、模拟位     

白色念珠菌热休克蛋白90

综述了近１０年来国际上关于白色念珠菌热休克蛋白９０研究的进展情况，白色念珠菌是一种人和动物的常住型寄生菌，当人体的免疫力下降时，它会侵入深层组织和血液循环系统，引起浅层或系统感染。系统感染危害很大，死亡率高达７０％。热休克蛋白９０是白色念珠菌的一种免疫优势抗原，它作为一种分子伴 念珠菌感染过程中扮演着重要角色。４７ｋｕ多肽是热休克蛋白９０的降解产物，从系统性白色念珠菌感染康复的病人血清中检测到了高     

丙型肝炎病毒多表位抗原在小鼠与家兔中的免疫应答

在丙型肝炎病毒基因组中优选５个具有良好免疫原性的高度保守Ｔ／Ｂ细胞表位，组合成一个ＨＣＶ多表位抗原基因，并与β－并乳糖苷酶基因融合后在Ｅ．ｃｏｌｉ中高效表达了具有ＨＣＶ免疫特异性的ＧＺ－ＰＣＸ抗原。     

利用分子模拟技术筛选HLA-A2限制性CTL表位肽

以肿瘤抗原MAGE-2为例, 运用分子模拟方法对其4个优势候选HLA-A2限制性CTL表位进行初步鉴定, 再通过多肽结合实验对鉴定结果进行验证. 结果表明, 4个候选肽中有3个与HLA-A2分子有较好的亲和力, 进一步进行体外诱导CTL效应实验显示, 3个高亲和力的表位肽可在体外有效诱导特异性CTL效应. 利用计算机辅助鉴定CTL表位, 克服了以往筛选肽要将肽逐一洗脱下来的繁琐实验过程, 并且可直接观测到多肽复合物的结合模式, 该技术在筛选大量优势CTL表位中具有较大的应用价值.     

甲型H1N1流感病毒HA蛋白结构模建与构象表位分析

最近几个月来, 一种新型流感病毒H1N1在全球流行. 本文运用生物信息技术, 从NCBI发布的新型A H1N1流感病毒基因序列出发, 通过同源模建方法构建了HA蛋白三维结构, 利用自主开发的蛋白抗原空间表位预测程序SEPPA预测了HA蛋白潜在空间表位氨基酸, 并与以往流感病毒HA蛋白潜在构象表位进行了比较. 结果发现HA蛋白中58个氨基酸残基具有较强的免疫原性, 大部分在HA蛋白球状头部表面上聚集成簇, 构成空间抗原表位. 与以往流感病毒HA蛋白潜在空间表位相比, 虽然坐落位置相似, 但新的抗原表位在静电势性质上明显不同于以往流感病毒HA蛋白抗原表位.     

氨基酸广义疏水标度(GH-scale)用于HLA-A*0201限制性CTL表位定量预测

将天然氨基酸149个疏水性质经主成分分析得到了一种新氨基酸描述子——氨基酸广义疏水标度（GH—scale）．用GH—scale结合遗传偏最小二乘（GPLS）算法对152个HLA—A＊0201限制性CTL表位进行定量构效关系（QSAR）研究．所建模型拟合及交叉检验复相关系数分别为R^2cum=0．813和Q^2=0．725．研究表明，疏水作用在CTL表位与HLA—A＊0201结合过程中扮演极其重要角色，而锚定残基是该类作用发生最显著的部位．     

新型HLA-A2限制的B, C型HBV特异性CTL表位的筛选及鉴定

乙型肝炎病毒(HBV)特异性CD8+ T细胞(CTL)介导的细胞免疫应答在控制HBV感染和病毒清除中至关重要, 已鉴定的T细胞表位绝大多数都来自A, D基因型的乙肝病毒, 而在我国流行的B, C型病毒表位研究较少. 本研究合成重叠九肽肽库, 通过细胞结合试验和体外重折叠实验系统筛选和鉴定B型和C型HBV核心蛋白表位, 发现一个在60位氨基酸由L变异成V(L60V)而产生的新表位HBcAg60-68. 表位肽能在HLA-A2/K^b转基因小鼠体内激发特异性CTL细胞免疫反应. 检测HLA-A2阳性乙肝患者表位特异性CTL证明该九肽序列为体内自然加工的表位, 这为研究HBV感染中特异性CTL免疫应答提供新的依据.     

EIAV gp90与HIV gp120一个结构基序的相似性

马传染性贫血病病毒(EIAV)与艾滋病病毒(HIV)同属于逆转录病毒科慢病毒属. EIAV和HIV在基因的结构与组成上有很大的相似性. Hotzel提出EIAV gp90的2个可变区及附近氨基酸可能与HIV gp120的V1, V2和连接片层(bridging sheet)采取了相同的结构. 这个区域对应于EIAV gp90的V3和V4区及附近区域. 本文在Hotzel推测的基础之上, 进一步分析比较了这个区域在N-糖基化位点与抗原表位的分布两方面与HIV gp120的相似性. 结果显示, EIAV gp90的V3和V4区及附近区域与HIV gp120的对应区域无论在N-糖基化位点的位置与数目, 还是抗原表位的分布方面都显示了高度的相似性. EIAV gp90的V1,V2及附近区域很有可能采取了与HIV gp120的V1,V2及连接片层相同的结构.     

逐步预测和统计学筛选人H_5N_1毒株神经氨酸酶蛋白B细胞表位

为了预测和筛选人禽流感H5N1毒株神经氨酸酶(NA)蛋白的B细胞表位,检测了人禽流感H5N1毒株NA基因核苷酸序列.采用Kyte-Doolittle的亲水性方案、Emini方案和Jameson-Wolf抗原指数方案,辅以对NA蛋白的二级结构中的柔性区域的分析,并用SPSS13.0进行聚类和相关分析,建立了一种统计学筛选程序,预测了H5N1病毒NA蛋白的B细胞表位,并对毒株GD-01-06的NA蛋白变异进行了分析.预测结果通过吴氏抗原指数和SWISS-MODEL软件进行评价.结果发现,预测并筛选最有可能的B细胞表位位于NA蛋白N端第120～137,81～84,408～415,273～282,429～432,356～368,46～55,146～155,341～350,198～209肽段,提示它们是B细胞表位的优势区段;含有糖基化位点NGT126～128的120～137肽段为首选的NA蛋白抗原表位;H5N1毒株NA蛋白第53位(Ⅰ)位点缺失,这有助于增加毒株GD-01-06的NA蛋白表面柔性,而且抗原表位扩大(VEP46～48→VEPISNTNFL46～55).采用SWISS-MODEL软件建立的N1蛋白模型有助于...     

真空表在发动机检修中的应用

介绍了利用真空表检测发动机真空度的机理、检测方法和检测故障范围,并论述了真空表在汽车发动机检修中的广泛应用,提高了发动机检修效率,降低了维修成本。     

油价疯涨

开着心爱的坐骑在山野丛林、草原沙漠中崎岖前行，时不时斜眼看一下油表的刻度，终于一声惨叫：“没油啦!”看着加油站油表的数字不断往上蹿，心也随着狂跳不止，觉得油管里面哗哗流的不是油，而是你辛苦挣来的银子。 这是一个油价动荡的年代，油价的节节攀升令人闻风丧胆，惟独一些开车已到炉火纯青境界的老手，在点滴中节省着，才得以安享太平。[编者按]     

用有孔虫检索沉积环境——长江三角洲一例

一、前言 近年来,作者对长江三角洲地区有孔虫群的分布与形成机制进行了研究,初步查明了有孔虫群与三角洲沉积环境之间的关系。据此,并在总结前人已有大量工作的基础上,尝试编写一套长江三角洲地区沉积环境的有孔虫检索表。 在列表之前,需作二点说明:     

真空表在发动机检修中的应用

介绍了利用真空表检测发动机真空度的机理、检测方法和检测故障范围,并论述了真空表在汽车发动机拴修中的广泛应用,提高了发动机检修效率,降低了维修成本.     

末次间冰期以来北大西洋深层海温与青藏高原气温的千年尺度位相关系及其演变

采用代用资料研究了北大西洋深层海温和青藏高原气温自末次间冰期以来在千年尺度上的位相关系及其变化.通过对比分析和小波交叉谱分析表明,自末次间冰期以来二者同位相和反位相关系交替出现,同位相的持续时间相对较短,而反位相的持续时间较长,并且二者同位相和反位相关系的转换在间冰期比在冰期频繁,北大西洋深层海温与青藏高原气温的位相关系大体被北大西洋气温(格陵兰冰芯氧同位素)与青藏高原气温所验证.此外,北大西洋海表温度可能是北大西洋深层海温在千年尺度上影响青藏高原气温的一个重要因子.     

末次间冰期以来北大西洋深层海温与青藏高原气温的千年尺度位相关系及其演变简

采用代用资料研究了北大西洋深层海温和青藏高原气温自末次间冰期以来在千年尺度上的位相关系及其变化. 通过对比分析和小波交叉谱分析表明,自末次间冰期以来二者同位相和反位相关系交替出现,同位相的持续时间相对较短,而反位相的持续时间较长,并且二者同位相和反位相关系的转换在间冰期比在冰期频繁,北大西洋深层海温与青藏高原气温的位相关系大体被北大西洋气温(格陵兰冰芯氧同位素)与青藏高原气温所验证. 此外,北大西洋海表温度可能是北大西洋深层海温在千年尺度上影响青藏高原气温的一个重要因子.