太平洋蓝鳍金枪鱼野生群体遗传多样性的初步研究

采用RAPD和微卫星(Simple sequence repeats,SSRs)分子标记技术对太平洋蓝鳍金枪鱼(Thunnus thynnus)野生群体遗传多样性进行了分析.运用18个随机引物进行RAPD分析,共扩增产生96个可统计条带,其中多态性条带32条,多态位点百分率为33.3,Slaannon's遗传多样性指数0.243 0,群体平均杂合度H 0.192 6;在SSRs分析中筛选出10个SSRs引物,多态座位比例为100%,Shannon's遗传多样性指数1.162 2,群体平均杂合度0.648 6.多态微卫星位点的多态信息含量(PIC)为0.357 1～0.818 7.平均0.546 2,分析结果表明太平洋蓝鳍金枪鱼的群体遗传多样性处于较高水平.     

基于RAPD标记的罗布麻野生居群遗传多样性分析

利用RAPD技术对采自我国8个省份的9个罗布麻野生居群进行遗传多样性分析.从80条随机引物中筛选出17条引物,共扩增出157条带,其中多态性带108条.物种水平的多态位点百分率(PPB)为68.79%,Nei’s基因多样性指数H为0.2296,Shannon’s多态性信息指数I为0.3390.居群间的遗传分化系数Gst为0.8841,即11.59%的遗传变异来自于居群内,88.41%的遗传变异来自于居群间,居群间的遗传分化水平远高于居群内.居群间遗传距离与聚类结果显示各居群间的亲缘关系与地理分布不完全相关.针对现有罗布麻的遗传多样性现状,建议加强对现有自然居群的保护.     

24份普通白菜遗传多样性的形态特征和RAPD分析

利用形态特征与RAPD分析技术,分析了国内不同地区的24份普通白菜(Brassica campestris L.ssp.chinensis(L.)Makino var.communis Tsee et Lee.)种质的遗传多样性.结果表明,13个形态学性状的变异系数为12.4%~69.9%,其中叶柄变异最大,子叶变异最小.24份普通白菜材料在形态学聚类的距离5处聚为4类.利用筛选出的15条RAPD引物从24份普通白菜材料中共扩增出113条带,其中多态性条带83条,多态率73.4%,平均每条引物条带7.53条、多态性条带5.53条.RAPD数据聚类在相似系数0.77处,分为8类,与形态聚类间有重叠和细分.以形态聚类4个类别计算的Nei's基因多样性指标H和Shannon信息指数I,均为第Ⅳ大类第Ⅰ大类第Ⅲ大类第Ⅱ大类,第Ⅳ类的H和I分别为0.2395和0.3523.而不同地区则以江淮地区的Nei's基因多样性H和Shannon信息指数I最高,分别为0.2076和0.3098.这些结果与普通白菜种质资源多样性特征以及地区分布相吻合.     

河南刺猬种群的遗传多样性研究

为正确评价刺猬种群间的遗传关系,利用随机扩增多态DNA(RAPD)技术,对河南刺猬种群的遗传多样性进行研究.共扩增出89个位点,片段大小为200～1 650 bp,多态位点百分率(P)为89.89%,Nei's基因多样度(H)为0.328 1±0.172 0,Shannon's多样性信息指数(Ⅰ)为0.484 6±0.229 8,种群间遗传相似度平均为0.806 0,群体间遗传距离平均为0.222 8.结果表明,周口种群与信阳种群之间的遗传关系最近,信阳种群与濮阳种群之间的遗传关系最远,说明地理隔离可能是造成河南刺猬种群遗传差异的主要原因.     

黑籽重楼种内AFLP遗传多样性及遗传分化研究

以四川瓦屋山、峨眉山和彭州3个地区的黑籽重楼原变种居群及峨眉山、彭州2个地区的无瓣黑籽居群为供试材料,用筛选出的4对引物,对5个群体共计74个个体进行AFLP分析,每对AFLP引物扩增出61～78条多态带,共得到235条多态带.黑籽重楼遗传多样性较高,物种水平的多态带百分率PPB为81.88%,Nei'S基因多样性指数H为0.2490.Shannon多样性指数I为0.3867,居群间基因流为1.6870;在变种水平上,黑籽重楼原变种PPB为78.40%,Nei's基因多样性指数H为0.2849,Shannon多样性指数I为0.4237;无瓣黑籽的PPB为63.07%,Shannon多样性指数I为0.3603,Nei'S基因多样性指数H为0.2439.黑籽重楼种下的两个变种间的遗传分化系数Gst为0.0726,遗传分化指数PHIst为13.33%.聚类结果无瓣黑籽重楼和黑籽重楼原变种分别分成两支.总而言之,黑籽重楼物种水平上有丰富的遗传多样性,居群内遗传分化大于居群问,居群间的相似性系数很大,但种下的两个变种间有一定的遗传分化.     

青藏高原东缘克隆植物珠芽蓼的RAPD遗传多样性研究

以青藏高原分布广泛的克隆植物珠芽蓼(Polygonum viviparum)为研究材料,采用RAPD技术分析了珠芽蓼在不同海拔下7个自然种群的遗传多样性.通过贝叶斯法估测了种群的遗传分化程度,同时与其它算法(Nei遗传分化系数GST等)作以比较.13条随机引物共扩增出117条带,多态性位点PPL为84,多态位点比率PPL为71.79%,但种群水平平均多态位点比率仅为32.60%.求出θ B(Hickory)=0.602 3,同种群间基因分化系数GST=0.575 3较为接近,种群间基因分化大于种群内基因分化.AMOVA分析显示,在全部变异中,66.59%的遗传变异存在于种群间,33.41%的遗传变异存在于种群内.用POPGENE 32软件分析表明,珠芽蓼具有较高的遗传多样性,种群总的Nei's基因多样性为0.289 1,总的Shannon信息多样性指数为0.420 7,但各种群内遗传多样性水平则较低.种群内平均Nei's基因多样性为0.122 7,平均Shannon信息指数为0.180 4;基因流Nm=0.369 1,种群的基因交流很少.UPGMA聚类分析结果显示,7个种群中P1和P2先聚类,P5、P6, P4、P7分别聚在一起,最后与P3合为一支.相关性结果表明,遗传距离与海拔梯度、地理距离均相关不显著.     

紫茉莉不同花色植株遗传变异的ISSR分析

采用简单序列重复区间扩增ISSR分子标记技术对分布于四川省成都市的紫茉莉(Mirabilis jalapaL.)3种不同花色群体进行了遗传变异分析.从100条引物筛选出5条引物进行PCR扩增,共扩增出67条清晰条带,其中62条条带具多态性.紫茉莉的等位多态性位点百分数(PPB)为92.54%,观测等位基因数(Na)为1.9254,有效等位基因数(Ne)为1.2354,Nei的基因多样性指数(H)为0.1562,Shannon指数(I)为0.2633.3种花色的遗传一致度在0.9054~0.9620之间,遗传距离在0.0388~0.0994之间,其中白色与黄色的遗传距离最小(0.0388),表现出最近的亲缘关系,黄色与紫色的遗传距离稍大(0.0994),亲缘关系稍远.紫茉莉的遗传变异主要存在于群体内,不同花色群体间的基因流(Nm)为1.279.     

唐鱼野生与养殖群体遗传多样性的随机扩增多态DNA(RAPD)分析

应用随机扩增DNA多态性(RAPD)技术对唐鱼野生与养殖群体的遗传多样性进行了分析。从40个10BP引物中选取15个用于群体遗传多样性分析,共检测出93个位点,其中46个(49.46%)呈多态;两群体的多态位点比例分别为43.01%和41.94%;用香农指数量化的遗传多样性指数,野生群体(0.23)略高于养殖群体(0.20),平均遗传多样性指数为0.22,群体内和群体间的遗传变异比例分别为85%和15%;群体的遗传相似度高达0.96,彼此间的遗传距离仅为0.04。研究表明,唐鱼目前的种质资源状况令人堪忧,恢复唐鱼有效种群大小、丰富物种遗传多样性是资源保护的基础。     

黄河三角洲柽柳群体遗传多样性RAPD分析

采用随机扩增多态DNA(RAPD)分子标记技术,分析了黄河三角洲主要优势树种之一柽柳(Tamarix chinensis)3个天然群体的遗传多样性及遗传分化。结果表明:26条随机引物扩增出105个可分析位点,多态位点百分比40.07%,Nei的基因多样度(h)为0.4061,Shannon多样性指数(I)为0.5917,基因分化系数(Gst)为0.0507,基因流值为9.3564。分子方差分析(AMOVA)表明,在总遗传变异中,群体间遗传变异占7.17%,群体内占92.83%。说明柽柳物种内存在较高的遗传多样性,群体的遗传变异主要存在于群体内,群体间基因交流频繁,遗传距离与地理距离具有显著相关性。     

鱇浪白鱼野生与养殖群体遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR(inter-simple sequence repeat)标记对鱇浪白鱼野生与养殖群体的遗传多样性和遗传结构进行分析.从40条引物中筛选出了13条用于扩增,共检测到97个位点,其中多态性位点72个.鱇浪白鱼野生群体的遗传多样性(PPB=62.89%;H=0.2490;I=0.3636)高于养殖群体的遗传多样性(PPB=58.76%;H=0.2267;I=0.3314).结果表明,鱇浪白鱼总体遗传多样性水平较高.基于Neis遗传多样性分析得出的野生与养殖群体间的遗传分化系数Gst=0.0826,分子变异分析(AMOVA)结果显示Fst=0.0796,2种方法揭示的鱇浪白鱼群体间的遗传分化的趋势基本一致,表明约8%遗传变异存在于群体间,遗传变异大多存在于群体内.UPMGA聚类树中,野生与养殖群体大多各自相聚,再相互混杂,群体间的基因流Nm(5.55)比较高,说明野生群体和养殖群体间有一定程度的遗传分化,但没有达到种群遗传分化的水平,在遗传上有一定的交流空间.     

葡萄的随机扩增多态性DNA研究

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)对11个样品进行了研究．这11个品种包含1个欧美杂交种，一个中国野生种(Vitis．piasezkii Var．pagnucii)，9个欧亚种(Vitis．vinifera L)．选择了多态性好的7个10碱基寡聚糖核苷酸作为随机扩增的引物，在琼脂糖凝胶电泳上产生了76条带，其中63条具有多态性．各引物产生的条带从6到13不等，平均为10．86条／模板，其中9条具有多态性，表明葡萄基因的多态性十分丰富．通过遗传相似性分析表明11个葡萄基因的Nei氏相似性系数分布为0．1027-1．1787，平均相似系数为0．459．通过非加权算术平均数聚类法，获得了11个葡萄品种之间的遗传关系树图，欧亚种群，东亚种群和欧美杂种在遗传关系树图上被成功地聚为3组．本实验发现欧亚种和欧美杂种亲缘关系较近，而和中国野生种亲缘关系远．在欧亚种中，520A和S04的遗传距离最近，其次是井川1010和美人指，最大的遗传距离发生在桑无核和其他欧亚种之间．     

桂花品种的ISSR-PCR分析

利用ISSR—PCR方法对桂花的54个品种进行了基因组多态性分析,从70个ISSR引物中筛选出13个多态性引物用于正式扩增,共扩增出90条DNA片段,其中多态性DNA带79条,占总扩增片段的87.8％,平均每个引物扩增的DNA带的数目为6.92条。依据扩增结果,应用RAPD Distans软件进行Nei相似性系数和遗传距离计算,利用UPGMA法构建聚类树状图。结果表明:ISSR分析中产生了一些品种特有的指纹图谱,因此ISSR技术在桂花品种和品种群(品系)的鉴定和阐明遗传关系中有很大的应用潜力。利用DNA扩增结果进行聚类分析,把供试桂花的54个品种分为7个大类,并对品种进行了处理及种下品种群的遗传关系进行了探讨。     

飞蝗五个自然种群的遗传分化研究

采用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术检测飞蝗Locusta migratoria（Linnaeus）2个亚种5个种群的遗传多样性，11个随机引物扩增共产生了163条带，其中多态性片段为156条．Shannon信息指数和Nei’S指数对RAPD数据的分析表明：东亚飞蝗Locusta migratoria manilensis（Meyen）不同种群存在较高的遗传多样性；同时，东亚飞蝗种群间出现一定程度的遗传分化，遗传分化系数分别为36．09％和33．85％．用UPGMA对Nei’S遗传距离作聚类分析，结果表明：东亚飞蝗不同种群的亲缘关系较近，而它们与亚洲飞蝗Locusta migratoria migratoria（Linnaeus）关系较远．由Nei’S遗传一致度和遗传距离可以看出，东亚飞蝗不同种群间的遗传距离均小于东亚飞蝗与亚洲飞蝗之间的遗传距离．由Mantel软件检验得出地理距离和遗传距离的相关性系数r〈0．7，表明这5个种群亲缘关系的远近与地理距离无相关性．同时，还结合等位酶种群遗传结构研究结果综合分析了上述东亚飞蝗4种群的遗传多样性及其分化，表明RAPD可检测出更高水平的遗传多样性．     

短枝木麻黄地理种源遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD分子标记对35个短枝木麻黄（Casuarina equise fifolia）种源的遗传多样性和亲缘关系进行了分析．15个随机引物共扩增了出201条DNA带．其中148条为多态性带，占73．63％．平均每个引物扩增出9．9条多态性带．种源的Shannon’s多样性指数为0．4354，Nei’s基因多样度为0．2884，表明短枝木麻黄种源的遗传多样性水平较高．35个种源彼此的遗传距离在0．0884～0．7539之间，平均0．4045．经过UPGMA聚类分析将35个种源划分为A、B、C、D、E、F6个类群。其中A群5个种源，B群17个种源，C群4个种源．D群2个种源，E群1个种源．F群6个种源．     

狭边大叶藓(Rhodobryum ontariense)遗传多样性的ISSR分析

狭边大叶藓[Rhodobryum ontariense(Kindb.)Paris]为真藓科大叶藓属植物,具有治疗心血管疾病的功效。本研究选用ISSR分子标记对分布于河北、河南、四川和陕西四省的9个狭边大叶藓自然居群的遗传多样性进行研究,目的在于揭示狭边大叶藓居群的遗传结构和遗传多样性水平,为其保护和合理开发利用提供科学依据。用8个ISSR引物对9个居群共58个样品进行扩增,共获得47条清晰的扩增位点。POPGENE分析表明,狭边大叶藓居群遗传多样性水平较低(多态性位点比率为37.75%,Nei’s基因多样性为0.153 0,Shannon’信息指数为0.222 8,遗传分化指数Gst为0.299 7,居群间的基因流为1.168 2)。AMOVA分析表明,大多数遗传变异(84.07%)存在于居群内,15.93%的遗传变异存在于居群间(Φst=0.159 3)。UPGMA聚类分析表明,狭边大叶藓居群遗传距离和地理距离没有相关性(r=0.404 95,p=0.979 1)。     

子午岭中国沙棘亚居群的遗传多样性研究

应用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法对子午岭中国沙棘3个亚居群在小地理范围内的遗传变异进行了研究．结果表明，在居群水平上，子午岭中国沙棘居群存在比较丰富的遗传多样性，多态位点百分率为58．88％，Nei‘s基因多样性h=0．1744，Shunnon‘s多态性信息指数I=0．2687．子午岭中国沙棘居群的遗传变异主要存在于亚居群内，亚居群间的遗传变异占总遗传变异的24．03％(Gst=0．2403)，AMOVA的结果也表明，有18．80％的遗传变异存在于亚居群之间．这一结果符合中国沙棘风媒、异交的繁育系统特点，但亚居群间的基因分化系数仍要高于异交、风媒植物居群间遗传分化的平均值(Gst=0．1930）．该地中国沙棘亚居群间较高的遗传分化与其生活环境和限制的基因流有关．     

检疫性杂草假高粱及其近似种SSR分子标记的遗传多样性

利用SSR标记对8个假高粱及其近似种样品的遗传多样性进行研究,结果发现:(1)在11对SSR引物中,有5对扩增出多态性,这5对引物共检测到25个多态性位点,每对引物平均能检测到5个多态性位点;(2)根据Nei’s遗传距离分析的聚类树显示:这8个高粱属物种共可分为2个类群,7个亚类群;假高粱和黑高粱、拟高粱和明福1号间的亲缘关系极近;(3)SSR结果揭示出所测8个群体的Gst为0.0864,说明本文研究的Sorghum属8个物种的群体遗传分化程度属于中度。     

桂花品种的ISSR-PCR分析

<正>利用ISSR—PCR方法对桂花的54个品种进行了基因组多态性分析,从70个ISSR引物中筛选出13个多态性引物用于正式扩增,共扩增出90条DNA片段,其中多态性DNA带79条,占总扩增片段的87.8％,平均每个引物扩增的DNA带的数目为6.92条。依据扩增结果,应用RAPD Distans软件进行Nei相似性系数和遗传距离计算,利用UPGMA法构建聚类树状图。结果表明:ISSR分析中产生了一些品种特有的指纹图谱,因此ISSR技术在桂花品种和品种群(品系)的鉴定和阐明遗传关系中有很大的应用潜力。利用DNA扩增结果进行聚类分析,把供试桂花的54个品种分为7个大类,并对品种进行了处理及种下品种群的遗传关系进行了探讨。     

基于ISSR数据探讨节茎曲柄藓(Campylopus umbellatus(Arn.) Paris)遗传多样性和居群遗传结构

选用简单序列重复区间扩增多态性(ISSR)分子标记,对分布于浙江清凉峰国家级自然保护区顺溪坞和凉源、浙江台州临海天台山、浙江舟山嵊泗列岛、江苏苏州天平山、广西上思十万大山、台湾宜兰县马告生态公园和云南西双版纳纳板河流域国家自然保护区8个自然居群的40份节茎曲柄藓(Campylopus umbellatus(Arn.) Par.)的遗传多样性进行了研究.应用筛选出的12条引物,共扩增出172条清晰、重复性高的条带.使用POPGENE 3.2分析发现:其中158条条带的多态性位点百分率(PPB)为91.86%,根井正利基因多样性指数(H)为0.292 2,香农-维纳多样性指数(I)为0.445 9,说明节茎曲柄藓居群遗传多样性水平较高.8个居群的遗传分化系数(G_(st))为0.634 6,居群间的基因流(N_m)为0.287 9,63.33%的遗传变异存在于居群间,36.67%的遗传变异存在于居群内,说明节茎曲柄藓居群间的遗传分化明显.基于ISSR数据的聚类分析表明:以遗传距离65为分组阈值,8个居群可被分为6组,节茎曲柄藓居群间的遗传分化主要由地理因素造成,居群内的遗传分化可能与生境的异质性有关.     

棉花种质资源多样性的ISSR聚类分析及主成分分析

利用ISSR分子标记对48份棉花种质资源的亲缘关系及遗传多样性进行分析,结果显示,筛选出的10个ISSR引物扩增出的112条带中,多态性条带占101条,为总条带的90.18%.每个引物均可扩增4～21个多态性位点,平均10.10个,引物平均多样性信息指数(PIC)和多态性谱带百分率(PPB)分别为0.76和87.88%.利用NT-SYSpc 2.1统计分析软件中的UPMGA法对48份棉花种质资源构建亲缘关系树状图,在遗传相似性系数(GS)为0.66水平上可将所有参试材料聚成两大类,且与主成分分析(PCA)结果基本吻合.ISSR标记揭示出这48份棉花种质资源遗传多样性较小,遗传基础比较狭窄.