基于TCGA数据库构建肺腺癌相关免疫基因预后模型

从TCGA公共数据库中下载535个肺腺癌(lung adenocarcinoma, LUAD)肿瘤组织样品及59个正常组织样品及其相配的临床病例资料，提取样本全转录组测序结果.利用wilcox检验对两组样品进行差异表达分析，利用网址https://www.immport.org/下载免疫基因与肺腺癌转录组差异表达基因取交集，提取与肺腺癌相关的差异表达免疫基因.基于差异表达免疫基因，采用单因素和多因素Cox回归分析构建模型，并根据风险评分，将患者分为高风险组和低风险组；采用生存分析(K-M)和受试者工作特征(ROC)曲线分析检验模型预测效能.结果显示，共提取490个与肺腺癌相关的差异表达免疫基因，其中表达上调基因328个，表达下调基因162个，采用Cox单因素回归分析获得53个与生存时间相关的预后免疫基因，多因素Cox回归分析最终得到一个由15个预后免疫基因构建的风险评估模型.ROC曲线结果证实该模型对LUAD患者5 a内生存率的分析准确性较高(AUC=0.721),单因素和多因素Cox独立分析提示risk score(RS)能作为一个独立的预后指标(P<0.001).临床变量相关...     

基于生物信息学分析EDIL3基因在宫颈癌中的表达及临床意义

目的 探讨表皮生长因子样重复序列和盘状蛋白I样结构域3(EDIL3基因)在宫颈癌中表达及其对宫颈癌细胞SiHa、HeLa迁移的作用。方法 运用GEPIA、UALCAN、OncoLnc数据库分析EDIL3基因mRNA在宫颈癌组织中的表达水平、基因启动子甲基化状态和预后的意义；采用免疫组织化学染色、Western blot、qRT-PCR分别检测宫颈癌组织和细胞中EDIL3蛋白及EDIL3基因mRNA表达水平；构建EDIL3-pcDNA3.1过表达质粒，转染分为实验组(转染过表达EDIL3-pcDNA3.1质粒)和对照组NC(转染空质粒),transwell实验检测宫颈癌细胞SiHa、HeLa的迁移。结果 生物信息学数据库分析显示EDIL3基因mRNA在宫颈癌组织中低表达并且存在启动子高甲基化(P<0.05),在宫颈癌不同分期中EDIL3基因的表达无差异(P>0.05),EDIL3高表达与宫颈癌患者不良预后相关(P<0.05);免疫组织化学染色、Western blot、qRT-PCR与数据库分析结果一致，在宫颈癌组织和细胞中EDIL3基因均低表达(P<0.05),...     

IDO1在肺腺癌中的表达与预后分析

在肺腺癌中IDO1及PD-L1的高表达与癌细胞的侵袭性相关,但IDO1与临床分期和预后的关系并未阐明.本研究旨在探讨吲哚胺2,3-双加氧酶1(IDO1)在不同临床分期肺腺癌中的表达情况以及与预后的关系.纳入河北医科大学附属医院邢台市人民医院胸外科自2017年1月1日至2018年12月31开展手术根治的肺癌患者,留取患者外周血和癌及癌旁组织标本,外周血采用ELISA方法检测IDO1含量,癌及癌旁组织标本用荧光实时定量PCR法检测IDO1基因相对扩增倍数,并对手术患者进行随访.肺腺癌患者血液IDO1含量显著高于健康对照组;癌组织中IDO1基因扩增数显著高于癌旁组织,且临床Ⅱ-Ⅲ期基因扩增数显著高于Ⅰ期;截止随访结束时,94例患者中91例存活,3例死亡,疾病稳定77例(81.9%),疾病进展17例(18.1%).IDO1基因高表达组和低表达组的无进展生存期(PFS)分别为36个月和49个月,差异具有统计学意义(P<0.05).IDO1在肺腺癌中表达量与临床分期有关,临床分期越高表达量越高;同时,IDO1表达量高的患者预后较差.     

FAM83A基因及其调控因子对肺腺癌发生和发展机制研究

FAM83家族基因在多种癌症中起致癌作用,本文以FAM83A为家族基因的代表进行研究。FAM83A在多种癌症中起到致癌作用,尤其在肺腺癌中的作用最为显著。本文以TCGA数据库中594条肺腺癌数据为基础,分析FAM83A在肺腺癌中的致癌原理。结果显示FAM83A高表达对肺腺癌的发生有着显著影响。对与FAM83A表达相关的RNA和甲基化位点进行分析,最终得到了4个核心目标lncRNA以及18个与FAM83A表达显著相关的甲基化位点。FAM83A和它共表达基因进行组织和功能富集分析,结果显示FAM83A主要富集在肺部、乳腺和结肠组织以及免疫细胞和非小细胞肺癌相关通路。这些结果表明,FAM83A以及其调控元件共同对肺腺癌的发生和发展产生影响,并可能成为肺腺癌诊断和治疗过程中的一个潜在生物标志物。     

CADM1基因甲基化与宫颈鳞癌及癌前病变的相关性研究

探讨CADM1 基因甲基化与宫颈鳞癌及癌前病变发生的相关性.采用MassARRY EpiTYPER DNA甲基化分析技术定量分析宫颈鳞癌(n=49)、CIN2/3(n=47)、CIN1(n=28)、正常对照组(n=24)中CADM1 基因启动子区15个CpG位点的甲基化状态.宫颈鳞癌组CADM1基因启动子区CpG_1、CpG_ 8、CpG_11、 CpG_15位点甲基化率高于CIN2/3、CIN1及正常对照组,差异有统计学意义(P<0.05),CIN2/3、CIN1及正常对照组间甲基化率差异没有统计学意义(P>0.05).CADM1基因CpG_ 8、CpG_11、 CpG_15甲基化率与HPV16感染呈正相关.CADM1基因特异性位点CpG_1、CpG_ 8、CpG_11、 CpG_15的甲基化可能促进了宫颈鳞癌的发生、发展,其中CpG_ 8、CpG_11、 CpG_15的甲基化可能与HPV永生化到致瘤型表型的转化有关.CADM1基因特异性CpG位点甲基化状态的改变可能导致基因转录表达沉默,是宫颈鳞癌发生发展的促进因素.     

铁死亡相关lncRNA在神经胶质瘤的预后价值分析

通过分析癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas，TCGA)数据库的神经胶质瘤患者的转录组数据与临床数据，应用基因共表达法、单因素Cox回归法筛选与预后有关的铁死亡相关长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)，根据LASSO Cox回归分析与筛选出的lncRNA在样本中的表达情况，将样本分为高、低风险两组，通过单因素及多因素独立预后分析、受试者工作特征曲线(Receiver Operating Characteristic Curve，ROC Curve)、Kaplan-Meier生存曲线、风险曲线、基因富集分析(Gene Set Enrichment Analysis，GSEA)等方法评估铁死亡相关lncRNA在神经胶质瘤预后中的价值及临床意义，通过TIMER、CIBERSORT、CIBERSORT-ABS等方法分析免疫浸润情况，进一步对免疫功能、免疫检查点以及N6-甲基腺苷(m⁶A)甲基化差异进行分析。结果获得预后相关的铁死亡相关lncRNA共14个。单因素及多因素独立预后分析、ROC曲线结果表明,铁死亡相关lncRNA可作为独立的预后因子。Kaplan-Meier生存曲线与风险曲线表明，高风险组的生存时间更短。GSEA结果显示，高风险组中同种异体移植排斥、DNA复制、错配修复等显著活跃，而低风险组长程增强效应、磷脂酰肌醇信号系统显著活跃等，此外，基于不同方法高、低风险组的免疫浸润情况也有所差异，高风险组的大部分免疫检查点表达显著高于低风险组，m⁶A相关基因的表达在高、低风险组中也具有显著性差异。本研究表明，铁死亡相关lncRNA与神经胶质瘤患者的生存密切相关，可作为神经胶质瘤预后新的生物标志物和潜在的治疗靶点。     

C57小鼠胸腺和睾丸中roPer1基因启动子区CpGs甲基化分析

利用实时定量PCR方法检测胸腺和睾丸组织中roPer1基因表达时相特点,采用亚硫氢酸修饰法对两种组织两个时间点该基因2个启动子区域5个E-boxCpGs甲基化情况进行研究．结果显示：C57BL／6J小鼠胸腺和睾丸组织中mnrl基因表达没有显著波动性,roPer1基因启动子区CpGs呈低甲基化状态（〈10％）．两种组织中E3和E4甲基化频率存在显著差异（P〈0．01）．在睾丸中,不同时间点E3和E4甲基化频率有显著变化（P〈0．01）．说明在睾丸中,roPer1启动子E-box3的甲基化状态能够随时间波动．但在胸腺和睾丸中,甲基化并不是roPer1基因调节的主要方式．     

甲状腺乳头状癌RASSF1A启动子异常甲基化的检测

为了研究甲状腺乳头状癌组织中RASSF1A基因启动子区甲基化状态,探讨其甲基化与临床参数之间的关系,运用甲基化特异性PCR(MSP)技术,对51例甲状腺乳头状癌组织及10例正常甲状腺组织中RASSF1A基因的甲基化状况进行分析。结果表明:甲状腺乳头状癌组织中RASSF1A基因甲基化率为68.6%(35/51),而正常甲状腺组织中未检测到该基因的甲基化,两者之间的差异有统计学意义(P<0.05);RASSF1A基因甲基化与患者年龄、性别无相关性与肿瘤的浸润和转移有相关性,差异有统计学意义(P<0.05)。因此,RASSF1A基因甲基化是甲状腺乳头状癌组织中常见的分子生物学事件,在腺癌的发生发展过程中发挥重要作用。     

全自动免疫组化筛查ALK基因融合非小细胞肺癌及其病理特征

目的探讨全自动免疫组化筛查间变性淋巴瘤激酶(ALK)基因融合非小细胞肺癌的临床特点及病理特征.方法选取经病理检查确诊的554例非小细胞肺癌组织,采用Ventana抗ALK试剂和全自动免疫组化(IHC)染色检测ALK状态,分析ALK基因融合非小细胞肺癌的临床特点和病理特征.结果本次研究的554例非小细胞肺癌患者组织中,共筛选出34例ALK阳性,占6.14%;年龄60岁的非小细胞肺癌患者ALK阳性率8.69%,明显高于年龄≥60岁的3.62%,差异具有显著统计学意义(P0.01);男性患者ALK阳性率6.71%高于女性5.21%,但差异无统计学意义(P0.05).组织形态学方面,34例ALK阳性非小细胞肺癌中28例为肺腺癌,6例为非肺腺癌.16例实体型为主腺癌合并黏液产生,7例腺泡型为主腺癌,1例为乳头型为主腺癌,4例为浸润性黏液腺癌,4例为鳞状细胞癌.EGFR基因突变检测显示:仅有1例合并该基因突变,其余均为野生型.9例IHC阳性样本,9例ALK基因融合非小细胞肺癌,9例IHC阴性样本经荧光原位杂交技术检测和RT-PCR检测均为阴性结果,6例IHC染色可能为阳性,经荧光原位杂交技术检测均显示为ALK融合阴性.结论 ALK基因融合肺癌是非小细胞肺癌一新的分子亚型,具有独特的临床表现和病理形态;Ventana抗ALK试剂和IHC染色是检测ALK阳性非小细胞肺癌首选方法,对提高该类型肺癌的检出率及个体化治疗具有重要意义.     

敏捷气热菌密码子及AUG侧翼序列保守性分析

比较敏捷气热菌和大肠杆菌等9种编码GC含量．以及各异生物的密码子使用情况．结果表明，与敏捷气热菌编码区GC含量比较接近的果蝇．在密码子使用上与之相差最小．它们在分类学上分别属于不同的域，与敏捷气热菌同属古菌．但GC含量相差较大的强烈炽热球菌．则相差较大．说明编码区GC含量对密码子使用偏好．比生物分类学(系统发育)地位更重要．碱基A．C在高、低表达基因中出现的概率差别较大．尤其在-1，-3，-4和7位点；碱基A，C在调控翻译起始效率中的作用．可能大于碱基G，U。因为碱基G，U在高表达和低表达基因中．其出现的概率差别不大．高表达和低表达基因起始密码子侧翼序列中．某些位点保守性存在差异．其中高表达基因-1位和-3全可能与其高表达特性有关．     

MMP-2、MMP-9及其抑制剂在肺癌中的表达与临床意义

目的探讨肺癌组织中MMP2、MMP9及其抑制剂的表达与肺癌的生长、转移等临床特征及预后的关系.方法采用免疫组织化学法SP法检测45例肺癌组织中MMP2、MMP9及其抑制剂的表达,观察它们与肺癌的生长、TMN分期的关系.结果MMP2、MMP9、TIMP1和TIMP2在45例肺癌组织中的阳性表达率分别为57.78%(26/45)、37.78%(17/45)、35.56%(16/45)及51.11%(23/45);它们的表达与肺癌的原发灶范围、淋巴结转移、远处转移、TNM分期及平均生存时间有统计学意义(P<0.05).结论MMP2、MMP9及其抑制剂的表达与肺癌的TNM分期及平均生存时间关系密切,它们在组织中的高表达是判断肺癌预后的独立因素.     

Somatic mutations affect key pathways in lung adenocarcinoma

Determining the genetic basis of cancer requires comprehensive analyses of large collections of histopathologically well-classified primary tumours. Here we report the results of a collaborative study to discover somatic mutations in 188 human lung adenocarcinomas. DNA sequencing of 623 genes with known or potential relationships to cancer revealed more than 1,000 somatic mutations across the samples. Our analysis identified 26 genes that are mutated at significantly high frequencies and thus are probably involved in carcinogenesis. The frequently mutated genes include tyrosine kinases, among them the EGFR homologue ERBB4; multiple ephrin receptor genes, notably EPHA3; vascular endothelial growth factor receptor KDR; and NTRK genes. These data provide evidence of somatic mutations in primary lung adenocarcinoma for several tumour suppressor genes involved in other cancers--including NF1, APC, RB1 and ATM--and for sequence changes in PTPRD as well as the frequently deleted gene LRP1B. The observed mutational profiles correlate with clinical features, smoking status and DNA repair defects. These results are reinforced by data integration including single nucleotide polymorphism array and gene expression array. Our findings shed further light on several important signalling pathways involved in lung adenocarcinoma, and suggest new molecular targets for treatment.     

人非小细胞肺癌rasP^21和CD44的表达及意义

用免疫组化ＬＳＡＢ法检测４６例非小细胞肺癌ｒａｓＰ２１和ＣＤ４４的表达。结果：ｒａｓＰ２１的阳性率鳞癌为５９％,腺癌６３％;ＣＤ４４的阳性率鳞癌为４１％,腺癌６３％。统计学分析证明：不同临床分期的ｒａｓＰ２１表达强度有显著性差异（Ｐ＜００１）;有淋巴结转移与无淋巴结转移的ＣＤ４４表达程度有显著性差异（鳞癌Ｐ＜００１,腺癌Ｐ＜００２５）;ｒａｓＰ２１与ＣＤ４４表达强度两者无相关性（Ｐ＜００５）。结论：ｒａｓＰ２１的表达与预后不良有关,ＣＤ４４的表达与淋巴结转移有关。     

HSP70在肺癌组织中表达水平的研究

采用免疫组织化学ＳＡＢＣ法检测３９例肺部组织中ＨＳＰ７０的表达。结果显示：ＨＳＰ７０在高度分化的肺鳞癌和肺腺癌细胞中的阳性表达率与癌旁正常肺组织之间具有高度显著性差异（Ｐ〈０．０１）,ＨＳＰ７０的表达在高分化的肺鳞癌与肺腺癌之间则无显著性差异（Ｐ〉０．０５）,在低分化的肺鳞癌和肺腺癌组织中,ＨＳＰ７０呈阴性反应,ＨＳＰ７０在肺癌组织中表达水平的高低与肺癌细胞的分化程度密切相关,而与肺癌的组织学类型     

Involvement of chemokine receptors in breast cancer metastasis

Breast cancer is characterized by a distinct metastatic pattern involving the regional lymph nodes, bone marrow, lung and liver. Tumour cell migration and metastasis share many similarities with leukocyte trafficking, which is critically regulated by chemokines and their receptors. Here we report that the chemokine receptors CXCR4 and CCR7 are highly expressed in human breast cancer cells, malignant breast tumours and metastases. Their respective ligands CXCL12/SDF-1alpha and CCL21/6Ckine exhibit peak levels of expression in organs representing the first destinations of breast cancer metastasis. In breast cancer cells, signalling through CXCR4 or CCR7 mediates actin polymerization and pseudopodia formation, and subsequently induces chemotactic and invasive responses. In vivo, neutralizing the interactions of CXCL12/CXCR4 significantly impairs metastasis of breast cancer cells to regional lymph nodes and lung. Malignant melanoma, which has a similar metastatic pattern as breast cancer but also a high incidence of skin metastases, shows high expression levels of CCR10 in addition to CXCR4 and CCR7. Our findings indicate that chemokines and their receptors have a critical role in determining the metastatic destination of tumour cells.     

一种基于基因组甲基化探针的肺腺癌诊断模型

由于肺腺癌早期病征不够明显,传统的检测方法难以达到早期临床诊断的要求.目前,基于甲基化分子标记进行癌症的早期诊断则展现出很好的发展前景.本研究在训练集中筛选出在肺腺癌与正常样本中甲基化差异度最大的10个甲基化探针,并基于此构建广义线性诊断模型,同时引入Lasso方法进行模型的变量选择.最终得到由4个探针(分别对应于基因TRIM58、HOXA9、HOXB4、PRAC)作为变量的诊断模型,并提供了合理的分类阈值区间.在3个测试集使用该模型都表现出很好的诊断效果,ROC曲线的AUC均在0.99以上.     

基于条件关联互补基因的乳腺癌预后分析

为了提高乳腺癌患者的生存率,改善病人的临床治疗效果,从分子机制上研究了乳腺癌的致病基因。首先对113个正常组织和1 109个癌症组织的表达量进行差异分析,然后对差异表达的基因采用条件联合分析方式对互补基因进行分组,并用逐步Cox回归挑选出一组基因拟合预后模型。研究结果显示:VWCE,SPDYC,CRYBG3,DEFB1,SEL1L2,NMNAT2 6个基因对患者生存率是有害的,AMZ1,GJB2,CXCL2,ALDOC 4个基因对患者生存率是有利的,最终确定10个基因的预后模型能够显著地将样本分为高风险组和低风险组,并且对乳腺癌患者5年和10年的生存率进行了预测,依赖时间的AUC值均可达0.7以上。所提方法能够利用基因与基因之间的关联性,很好地对高维数据进行降维,消除基因与基因之间的共线性问题,10个基因的预后模型可以对患者的临床预测提供帮助。