与m6A修饰和免疫基因相关的长链非编码RNA在前列腺癌中的作用

前列腺癌是男性癌症死亡的第二大原因，前列腺癌患者五年生存率仅为30%。m6A修饰和长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)在前列腺癌的预后中起着非常重要的作用。因此，研究m6A与lncRNA之间的关系对改善前列腺癌患者的预后生存将有所帮助。本文研究了与m6A相关的lncRNA和与免疫基因相关的lncRNA,通过LASSO分析构建了基于六个lncRNA基因的预后模型，将前列腺癌样本分为高、低风险组，KM生存分析显示高风险组患者预后较差。通过单因素和多因素分析发现该模型可能是预测前列腺癌患者的独立因素。通过突变数据分析发现肿瘤突变负荷与该模型存在密切联系；免疫浸润分析得出高、低风险组中免疫细胞浸润存在差异；GO和KEGG分析结果发现m6A修饰主要富集在肌肉收缩、离子通道活性上。这些研究结论有望提高前列腺癌患者的预后生存率。     

基于TCGA数据库构建肺腺癌相关免疫基因预后模型

从TCGA公共数据库中下载535个肺腺癌(lung adenocarcinoma, LUAD)肿瘤组织样品及59个正常组织样品及其相配的临床病例资料，提取样本全转录组测序结果.利用wilcox检验对两组样品进行差异表达分析，利用网址https://www.immport.org/下载免疫基因与肺腺癌转录组差异表达基因取交集，提取与肺腺癌相关的差异表达免疫基因.基于差异表达免疫基因，采用单因素和多因素Cox回归分析构建模型，并根据风险评分，将患者分为高风险组和低风险组；采用生存分析(K-M)和受试者工作特征(ROC)曲线分析检验模型预测效能.结果显示，共提取490个与肺腺癌相关的差异表达免疫基因，其中表达上调基因328个，表达下调基因162个，采用Cox单因素回归分析获得53个与生存时间相关的预后免疫基因，多因素Cox回归分析最终得到一个由15个预后免疫基因构建的风险评估模型.ROC曲线结果证实该模型对LUAD患者5 a内生存率的分析准确性较高(AUC=0.721),单因素和多因素Cox独立分析提示risk score(RS)能作为一个独立的预后指标(P<0.001).临床变量相关...     

免疫基因和代谢基因在胃癌患者预后分析中的比较研究

胃癌是1种预后效果较差且预后分析涉及许多因素的恶性肿瘤,其中免疫基因和代谢基因都与胃癌的预后密切相关.首先利用LASSO回归构建预后风险评分模型,经过一系列的图表对比研究后发现利用免疫基因能更好的分析胃癌患者的生存状况,有较高的准确性(AUC=0.799).另外,通过寻找ROC曲线中的最佳截断值(cutoff=-0.01),更好地将胃癌患者分为高危组和低危组.生存曲线显示,胃癌低危组患者的生存率高于高危组患者,两组患者间生存时间有显著性差异(P=00.05).同时随着风险值增长,患者的生存时间逐渐减短,死亡的患者也逐渐增多.     

湿性体质对乙型肝炎慢加急性肝衰竭患者短期预后的影响

目的:探讨湿性体质对乙型肝炎慢加急性肝衰竭患者短期预后的影响.方法:选择2009年1月至2019年12月在中国人民解放军东部战区总医院就诊的乙型肝炎慢加急性肝衰竭(HBV-ACLF)患者作为研究对象,收集其入院时的中医体质类型(痰湿质及湿热质归为湿性体质类型),以及实验室指标.根据随访终点患者的生存状态,将研究对象分为生存组和死亡组.采用Kaplan-Meier曲线分析湿性体质及其他类型体质患者30 d及60 d的累积生存率,采用多元Cox回归模型分析湿性体质及肝衰竭分期、并发症等风险因素对HBV-ACLF患者30 d及60 d生存情况的影响.结果:共纳入分析400例HBV-ACLF患者,其中生存组318例,死亡组82例.与生存组比较,死亡组患者在年龄、总胆红素、白细胞计数、谷丙转氨酶、谷草转氨酶、肌酐、血氨、空腹血糖、乙肝病毒DNA、凝血酶原活动度、乙肝e抗原阳性率及体质类型等方面,具有统计学差异(P0.05).以"其他体质"类型作为参照,多元Cox回归模型结果显示,30 d死亡风险因素中,湿性体质HR=1.58(95%CI[0.73,3.38],P=0.244),提示湿性体质与30 d死亡风险无显著相关性.60 d死亡风险因素中,湿性体质HR=1.97(95%CI[1.11,3.52],P=0.021),提示湿性体质与60 d死亡具有显著相关性.结论:湿性体质可能是乙型肝炎慢加急性肝衰竭患者短期预后的独立危险因素.     

胃癌患者术前BMI及血脂水平在评估预后及个体化医疗中的意义

为了探讨胃癌患者术前体质指数(BMI),甘油三酯(TG),总胆固醇(TC),高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)水平与临床特征及生存预后的关系,本研究收集本院病理科121例胃癌患者的临床资料并随访80个月。经统计学分析临床病理特征与BMI、甘油三酯等指标两两之间相关性采用Spearman等级相关分析;生存曲线和生存期描述采用Kaplan-Meier法;胃癌单因素及多因素危险因素分析采用Cox比例风险回归模型。结果显示:(1)BMI分别与肿瘤浸润深度(T)和临床分期(TNM)呈负相关,TG水平与肿瘤浸润深度(T)呈负相关;(2)与BMI正常及以上体重患者比较,低体重患者预后最差(P0.001),术前TG水平较低者预后比较高者差(P=0.005);(3)Cox分析结果表明,BMI(hazard ratio,HR=0.462,P=0.021)和细胞分化(HR=3.733,P=0.008)分别是预测胃癌患者生存预后的独立因素。由此可知,术前BMI指数和TG水平与癌浸润深度和/或远处转移、临床TNM分期呈负相关并影响胃癌患者生存预后。     

构建M1型巨噬细胞相关lncRNA签名预测肿瘤免疫微环境（英文）

长链非编码RNA(lncRNA)被认为是肿瘤微环境和肿瘤免疫微环境中至关重要的分子。巨噬细胞作为免疫系统的重要成员，与M1型巨噬细胞功能相关的lncRNA依然需要进一步的探讨。本文基于肿瘤微环境中M1型巨噬细胞浸润程度高和低的队列样本的转录组差异构建了lncRNA签名。该lncRNA签名包含7个lncRNA∶LINC01494,ZDHHC20-IT1,LINC01450,LINC00871,EVX1-AS,KIF25-AS和AADACL2-AS1。这些lncRNA均在M1巨噬细胞缺乏型病人样本中高表达，表明它们在抑制巨噬细胞浸润和极化为M1亚型过程中的潜在作用，进而导致免疫排斥型的肿瘤微环境，而这已被证明与不良预后密切相关。该lncRNA签名不仅预测了不理想的临床预后，也与抗原处理和递呈障碍所导致的免疫抑制性环境相关。此外，我们也评估了该lncRNA签名在免疫检查点抑制疗法中的预测价值，这进一步丰富和增强了lncRNA在预测免疫治疗响应情况的价值。     

硒蛋白硫氧还蛋白还原酶2(TXNRD2)在肿瘤组织中的表达及其对生存预后的影响

目的:以硒蛋白硫氧还蛋白还原酶2基因(TXNRD2)为研究靶点，探讨TXNRD2与肿瘤微环境中的免疫细胞及免疫浸润的相关性，旨在揭示TXNRD2对人类恶性肿瘤发生和发展的影响，为肿瘤的免疫治疗和预后预测提供新的靶点。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库，基因型-组织表达(GTEx)数据库，癌症细胞系百科全书(CCLE)和人类蛋白质图集等采集数据，描述33种肿瘤中TXNRD2的表达、预后、免疫微环境、免疫新抗原、肿瘤突变负担(TMB)和微卫星不稳定性(MSI)。采用Kaplan-Meier Plotter分析TXNRD2在肿瘤中的差异生存曲线。采用单因素和多因素COX回归分析皮肤黑色素瘤(SKCM)和脑下级脑胶质瘤(LGG)的总体生存率(OS)的影响因素，采用多因素回归和Nomogram列线图建立SKCM、LGG预测评分模型。结果:TXNRD2在多种肿瘤中普遍高表达，且其可以预测多种肿瘤患者的生存率。同时，TXNRD2表达水平与肿瘤免疫浸润、肿瘤微环境和免疫肿瘤抗原明显相关。单因素COX回归分析显示，TXNRD2、年龄、种族和pTNM-stage是SKCM患者的总生存期的危险因素，T...     

基于低氧-免疫DNA甲基化标记在肺腺癌预后中的开发

为了探究缺氧和免疫联合分析DNA甲基化位点在肺癌预后中的作用，提高肺癌免疫治疗的有效性，本研究基于甲基化和转录组二维数据，构建了一个用于预后评估的风险评分模型．从TCGA数据库中下载了247个与缺氧、免疫状态相关的去冗余肺癌样本作为训练集．然后对低缺氧-强免疫状态的样本、高缺氧-弱免疫状态的样本进行了差异基因表达、甲基化位点和临床生存率分析．生存曲线分析显示，低缺氧状态-强免疫状态组中的肺腺癌患者的1、3、5年生存率均优于高缺氧状态-弱免疫状态组（log-rank检验，P<0.05、P<0.001、P<0.001）．使用LASSO回归构建的多基因预后模型包含9个甲基化位点，在肺腺癌测试数据集和验证数据集中均显示出良好的预后预测能力（AUC=0.83,0.80,0.82）．这9个甲基化位点分别分布在PEBP4、FLI1、HLA-DMB、MYO1F、ABCC2、AKNA、ETS1、CCR7和TXNRD1基因上．此外，我们从5年生存曲线中发现，在低缺氧-强免疫状态组中高表达的PEBP4、CCR7、FLI1、AKNA、HLA-DMB、MYO1F和低表达的ABCC2基因也可作为...     

癌基因AVIL在肝癌中的表达及其预后分析

为探究Advillin(AVIL)基因在肝细胞癌(HCC)中的表达水平及其与患者临床特征、预后的关系,回顾性收集76例肝细胞癌患者的癌及配对癌旁组织,利用免疫组化法对AVIL蛋白表达水平进行检测;采用χ~2检验分析AVIL表达差异与患者临床特征的关系,运用Kaplan-Meier进行生存分析,并通过Cox单因素及多因素探索影响患者生存预后的相关因素。结果表明:AVIL在肝细胞癌组织中高表达(P0.01),其表达水平与BCLC分期及Edmondson分级有关(P0.05);AVIL高表达患者的生存时间显著低于低表达患者(P0.05);Cox单因素法提示AVIL表达水平、BCLC分期、肿瘤大小、有无癌栓、有无多灶性、甲胎蛋白(AFP)表达水平、谷草转氨酶(AST)表达水平、γ-谷氨酰转肽酶(γ-GT)表达水平、有无肝外转移与肝细胞癌患者预后相关(P0.05);然而Cox多因素法提示AVIL表达水平并不是预测肝细胞癌患者预后的一个独立因素(P0.05)。综上可知,AVIL基因在HCC中高表达并与BCLC分期及Edmondson分级有关,其高表达提示肿瘤恶性程度高、预后不良,但AVIL不作为影响肝癌预后的独立因素,研究结果为寻找肝细胞癌诊断及判断预后的分子标志物提供了新的方向。     

中性粒细胞与淋巴细胞比值对急性主动脉夹层患者 预后的预测价值

目的:探讨中性粒细胞与淋巴细胞比值(NLR)对急性主动脉夹层(AAD)患者短期和长期死亡风险的预测价值.方法:回顾性分析141例AAD患者的临床资料,分组:①依据随访2周结果将患者分为死亡组(n=41)及存活组(n=100);②依据NLR 4分位数将患者分为NLR4.33(Q1组,n=35),4.33≤NLR7.26(Q2组,n=35),7.26≤NLR11.78(Q3组,n=36),NLR≥11.78(Q4组,n=35).结果:短期内死亡组NLR显著高于存活组,死亡组NLR=9.67(6.81,13.07)、存活组NLR=6.18(3.63,11.10),死亡组的NLR水平比存活组的更高(P0.05).KM生存曲线显示,Q4组的短期和长期死亡风险均明显高于其他3组.多因素Cox比例风险回归模型显示,与Q1组比较, Q4组增加短期死亡风险28倍,HR 28.403,95%CI 3.392(237.865),增加长期死亡风险3倍,HR 3.396,95%CI 1.596(7.228),有统计学差异(P0.05).结论:入院NLR≥11.78可明显增加AAD患者的短期和长期死亡风险,NLR愈高,预后愈差.     

术前乳酸脱氢酶/白蛋白比值在进展期胃癌中的预后分析

为研究术前血清乳酸脱氢酶/白蛋白比值(lactate dehydrogenase albumin ratio,LAR)与进展期胃癌(advanced gastric cancer,AGC)生存期之间的关系。通过收集2014年1月1日～2017年12月30日在徐州医科大学附属医院接受手术治疗的进展期胃癌患者743例,采用单因素及Cox多因素分析研究了LAR与进展期胃癌总生存(overall survival,OS)和无进展生存(progress free survival,PFS)之间的相关性。结果表明单因素分析发现高LAR组患者的OS及PFS均较低LAR组缩短(P 0. 05),Cox多因素分析发现高LAR(P 0. 05)、T4期(P 0. 05)是进展期胃癌患者OS的独立影响因素,而高LAR(P 0. 05)、T4期(P 0. 05)、年龄60岁(P 0. 05)是进展期胃癌患者PFS的独立影响因素。可见术前LAR是进展期胃癌的独立危险因素,在临床上可用来增加预后判断精确性,进一步指导治疗。     

基于条件关联互补基因的乳腺癌预后分析

为了提高乳腺癌患者的生存率,改善病人的临床治疗效果,从分子机制上研究了乳腺癌的致病基因。首先对113个正常组织和1 109个癌症组织的表达量进行差异分析,然后对差异表达的基因采用条件联合分析方式对互补基因进行分组,并用逐步Cox回归挑选出一组基因拟合预后模型。研究结果显示:VWCE,SPDYC,CRYBG3,DEFB1,SEL1L2,NMNAT2 6个基因对患者生存率是有害的,AMZ1,GJB2,CXCL2,ALDOC 4个基因对患者生存率是有利的,最终确定10个基因的预后模型能够显著地将样本分为高风险组和低风险组,并且对乳腺癌患者5年和10年的生存率进行了预测,依赖时间的AUC值均可达0.7以上。所提方法能够利用基因与基因之间的关联性,很好地对高维数据进行降维,消除基因与基因之间的共线性问题,10个基因的预后模型可以对患者的临床预测提供帮助。     

肺肉瘤样癌脑转移的高危因素及预后分析

本研究旨在探索肺肉瘤样癌临床特征与脑转移之间的关系，建立预测肺肉瘤样癌脑转移发生风险的预测模型，并分析肺肉瘤样癌脑转移的预后。研究纳入监测、流行病学和最终结果（SEER）数据库中816例肺肉瘤样癌患者，收集其临床特征与预后数据。根据是否出现脑转移将患者分为两组，组间比较采用卡方检验或Fisher精确检验。采用单因素和多因素Logistic回归分析脑转移发生的高危因素，并构建预测列线图，使用C指数、校正曲线和决策曲线分析（DCA）来衡量列线图的检验效能。采用单因素和多因素COX回归进行肺肉瘤样癌脑转移患者的预后分析。结果表明：年龄 (OR 2.815，95%CI：1.776-4.462，P<0.001)、是否接受根治性手术 (OR 0.085，95%CI：0.040-0.180，P<0.001)为肺肉瘤样癌患者发生脑转移的独立预测因素。基于此构建了肺肉瘤样癌脑转移的概率预测列线图，C指数为0.768（95%CI为0.682-0.854），DCA显示净收益率高，模型临床效能较好。脑转移患者的预后影响因素方面，研究发现在脑转移基础上合并肺内转移的患者相较于合并其他部位转移的患者OS(HR 1.757，95%CI：1.049-2.944，P=0.032)和CSS(HR 1.849，95%CI：1.100-3.108，P=0.020)明显更差。结论：年龄及是否接受根治性手术是肺肉瘤样癌脑转移的独立预测因素，基于此构建了肺肉样癌脑转移的预测模型。在肺肉瘤样癌脑转移患者中，合并肺转移相较于合并其他部位转移预后更差。     

影响肝细胞癌术后早期复发的相关因素Cox模型分析

目的探讨影响肝细胞癌术后早期复发的相关因素,为术后综合治疗及判断预后提供依据。方法回顾性分析195例实施肝癌根治性切除术,且术后病理诊断证实为肝细胞癌的病例的临床病理资料,对18项潜在的可能影响肝细胞癌术后早期复发的临床病理因素进行统计学分析。结果全组术后早期复发82例（42．05％）。早期复发组的1、2、3年的累积生存率分别为55．9％、22．5％和13．3％,对照组相应的累积生存率分别为100％、95．3％和77．7％,两组生存曲线的差异有统计学意义（χ^2=134．825,P〈0．001）。Cox模型多因素分析结果显示：术前白蛋白浓度、术前碱性磷酸酶浓度、肿瘤病灶数目和手术中输血量是影响肝细胞癌术后早期复发的有统计学意义的因素。结论根治性切除术后容易复发是肝细胞癌的生物学特性之一,肝细胞癌术后早期复发取决于多种因素的共同作用,术前碱性磷酸酶浓度、肿瘤病灶数目、手术中输血量是影响肝细胞癌术后早期复发的独立危险因素。     

列线图预测中国老年人2型糖尿病患病风险

为了建立国内老年人2型糖尿病（type 2 diabetes mellitus, T2DM）患病风险的预测模型并加以验证。基于中国一个健康筛查项目的数据库，纳入了24,804名基线检查时无T2DM的老年人，随访时间为3年和5年。以7:3的比例分成训练集和验证集，单变量和多变量Cox回归分析用于确定独立危险因素，构建列线图预测中国老年人T2DM的3年和5年的发病率。C指数、校准图、临床决策曲线（Decision Curve Analysis, DCA)用于评估列线图在验证集中的准确性。最终发现年龄、空腹血糖（Fasting Plasma Glucose, FPG）、体重指数 (body mass index, BMI)、收缩压（systolic blood pressure, SBP）、甘油三酯(triglyceride, TG)、谷丙转氨酶（Alanine aminotransferase, ALT）和尿素氮（urea nitrogen, UN）是T2DM的独立危险因素，并将其纳入列线图。在训练集和验证集中，C指数分别为0.8278 （95% CI：0.8125-0.8432）和0.8414（95% CI：0.8195-0.8632）。校准图表明，估计概率与实际观测率之间具有良好的一致性。DCA表明，按照此列线图对高危人群早期干预，可以获得净获益。通过该模型，早期识别高危人群有助于及时干预，降低T2DM的发病率。     

长链非编码RNA21905在有丝分裂期中的功能研究

长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)是一类长度超过200 nt,并不编码蛋白质的RNA分子。近年来关于lncRNA的研究逐渐成为热点,但绝大部分lncRNA的功能仍不清楚。本实验室前期Arraystar lncRNA芯片分析发现lncRNA21905在有丝分裂期的表达量显著高于细胞分裂间期,提示该lncRNA在有丝分裂期中可能有一定功能。研究通过siRNA干扰技术,在肿瘤细胞中敲低lncRNA21905,发现敲低该lncRNA可导致肿瘤细胞有丝分裂期的明显阻滞。此外,TANRIC数据库分析表明,lncRNA21905高表达的肾透明细胞癌患者预后较差。综上所述,研究表明lncRNA21905在肿瘤细胞有丝分裂期中发挥了重要调控作用,这可能为进一步揭示其参与肾透明细胞癌预后提供理论基础。     

P53和MDM2蛋白表达对肝细胞肝癌预后判断的意义

目的 :研究肝细胞肝癌中突变型P5 3和MDM2蛋白的表达对临床预后判断的意义。方法 :应用免疫组织化学方法 ,检测 72例原发性肝细胞肝癌手术切除标本突变型P5 3、MDM2蛋白的表达 ;与临床病理学指标和术后生存期进行分析比较。结果 :突变型P5 3蛋白阳性 2 8例(38 89% ) ,MDM2蛋白阳性 2 3例 (31 94 % ) ,二者阳性表达有相关性 (r =0 2 4 8,P <0 0 5 )。突变型P5 3、MDM2蛋白阳性表达病例生存率明显低于突变型P5 3、MDM2蛋白阴性表达病例 (P <0 0 1)。突变型P5 3和MDM2蛋白表达均阳性病例 13例 (18 0 6 % ) ,中位生存期的生存率最低。单因素及多因素分析显示 ,突变型P5 3蛋白表达、MDM2蛋白表达、肿瘤大小与中位生存期的生存率有关 ,MDM2是统计学上最有意义的独立预后指标 (P <0 0 0 0 1)。结论 :应用免疫组织化学方法检测突变型P5 3和MDM2蛋白的表达可作为原发性肝细胞肝癌预后判断的指标。     

LncRNA SIL沉默促进A549细胞增殖和迁移

研究了lncRNA SIL与肺纤维化中肺泡上皮细胞的增殖和迁移之间的关系.设计小干扰RNA沉默内源性lncRNA SIL的表达,通过RT-PCR、MTT、Western blot、细胞损伤修复实验及Transwell实验研究沉默后细胞的增殖和迁移变化.MTT结果显示:沉默lncRNA SIL后细胞的增殖能力与对照组相比显著增加,细胞增殖相关蛋白PCNA和Ki67的表达量也显著增加.细胞损伤修复实验和Transwell实验结果都显示,沉默lncRNA SIL后细胞的迁移能力与对照组相比显著增加.上述结果说明lncRNA SIL沉默后能够促进肺泡上皮细胞A549的增殖和迁移,lncRNA SIL很可能是潜在的肺纤维化的抑制因子.