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铁死亡相关lncRNA在神经胶质瘤的预后价值分析
引用本文:陈伟鸿,吴琪琪,周越菡.铁死亡相关lncRNA在神经胶质瘤的预后价值分析[J].广西科学,2022,29(2):323-333.
作者姓名:陈伟鸿  吴琪琪  周越菡
作者单位:桂林医学院药学院,广西桂林 541199
基金项目:国家自然科学基金项目(81660031,81360090)资助。
摘    要:通过分析癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库的神经胶质瘤患者的转录组数据与临床数据,应用基因共表达法、单因素Cox回归法筛选与预后有关的铁死亡相关长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),根据LASSO Cox回归分析与筛选出的lncRNA在样本中的表达情况,将样本分为高、低风险两组,通过单因素及多因素独立预后分析、受试者工作特征曲线(Receiver Operating Characteristic Curve,ROC Curve)、Kaplan-Meier生存曲线、风险曲线、基因富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)等方法评估铁死亡相关lncRNA在神经胶质瘤预后中的价值及临床意义,通过TIMER、CIBERSORT、CIBERSORT-ABS等方法分析免疫浸润情况,进一步对免疫功能、免疫检查点以及N6-甲基腺苷(m6A)甲基化差异进行分析。结果获得预后相关的铁死亡相关lncRNA共14个。单因素及多因素独立预后分析、ROC曲线结果表明,铁死亡相关lncRNA可作为独立的预后因子。Kaplan-Meier生存曲线与风险曲线表明,高风险组的生存时间更短。GSEA结果显示,高风险组中同种异体移植排斥、DNA复制、错配修复等显著活跃,而低风险组长程增强效应、磷脂酰肌醇信号系统显著活跃等,此外,基于不同方法高、低风险组的免疫浸润情况也有所差异,高风险组的大部分免疫检查点表达显著高于低风险组,m6A相关基因的表达在高、低风险组中也具有显著性差异。本研究表明,铁死亡相关lncRNA与神经胶质瘤患者的生存密切相关,可作为神经胶质瘤预后新的生物标志物和潜在的治疗靶点。

关 键 词:神经胶质瘤  铁死亡  lncRNA  生物信息学  生物标志物
收稿时间:2021/11/6 0:00:00

Analysis of Prognostic Values of Ferroptosis-related lncRNA in Glioma
CHEN Weihong,WU Qiqi,ZHOU Yuehan.Analysis of Prognostic Values of Ferroptosis-related lncRNA in Glioma[J].Guangxi Sciences,2022,29(2):323-333.
Authors:CHEN Weihong  WU Qiqi  ZHOU Yuehan
Institution:College of Pharmacy, Guilin Medical University, Guilin, Guangxi, 541199, China
Abstract:
Keywords:glioma  ferroptosis  lncRNA  bioinformatics  biomarker
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