LncRNA SIL沉默促进A549细胞增殖和迁移

研究了lncRNA SIL与肺纤维化中肺泡上皮细胞的增殖和迁移之间的关系.设计小干扰RNA沉默内源性lncRNA SIL的表达,通过RT-PCR、MTT、Western blot、细胞损伤修复实验及Transwell实验研究沉默后细胞的增殖和迁移变化.MTT结果显示:沉默lncRNA SIL后细胞的增殖能力与对照组相比显著增加,细胞增殖相关蛋白PCNA和Ki67的表达量也显著增加.细胞损伤修复实验和Transwell实验结果都显示,沉默lncRNA SIL后细胞的迁移能力与对照组相比显著增加.上述结果说明lncRNA SIL沉默后能够促进肺泡上皮细胞A549的增殖和迁移,lncRNA SIL很可能是潜在的肺纤维化的抑制因子.     

低表达长非编码RNA MALAT1对人宫颈癌HeLa细胞体外生长和迁移的影响

设计3个针对MALAT1不同靶序列的小干扰RNA(small interfering RNA, siRNA), 筛选出有效的siRNA序列, 设计并构建短发夹RNA(short hairpin RNA, shRNA)干扰质粒, 转染到HeLa细胞中, 构建低表达MALAT1的稳定细胞株.通过细胞的生长曲线和细胞划痕实验验证降低MALAT1对HeLa细胞增殖和迁移的影响.结果显示MALAT1表达水平在HeLa细胞中得到有效地降低, 低表达MALAT1的HeLa细胞生长速度和迁移速度减小.表明MALAT1在HeLa细胞中具有调控细胞增殖和迁移的能力     

lnc1343对小鼠胚胎干细胞多能性的影响及其基因座潜在作用机制

哺乳动物基因组可以转录数以千计的长非编码RNA(longnon-coding RNA, lncRNA),lncRNA能够在多种层次以灵活的方式对基因表达进行调控.尽管lncRNA在基因表达调控过程中的作用已经毋庸置疑,但目前只有少数lncRNA的功能和作用机制得到了研究.lnc1343是一条由小核仁RNA宿主基因3所转录的lncRNA,其表达失调与许多人类疾病有密切关联.研究结果表明lnc1343能够通过自身转录本来调控小鼠胚胎干细胞(mouse embryonic stem cells, mESCs)的多能性维持, CRISPR-cas9 介导的lnc1343的转录起始位点和基因座的敲除显著降低了多能性基因(Nanog, Sox2, Oct4)的表达,同时也能通过邻近调控相邻基因Rcc1的表达.此外,通过对Chip-seq数据库的分析,发现lnc1343基因座位存在大量的H3K27ac以及H3K4mel的表观遗传修饰,通过Capture C实验捕获与lnc1343基因座位相互作用的DNA区域,发现大部分相互作用区域位于基因的启动子区,表明lnc1343基因座位可能发挥增强子功能,通过长距离染色质相互作用调控基因表达,进而调控mESCs多能性.总之,lnc1343不仅可以通过自身的转录剪切形成的lncRNA来调控mESCs的多能性,同时也能通过其基因座位调控染色质的长远距离相互作用.     

长链非编码 RNA H19 在多发性骨髓瘤硼替佐米耐药中的作用研究

摘要:目的 探讨长链非编码 RNA H19( lncRNA H19)在多发性骨髓瘤( multiple myeloma, MM)硼替佐米耐药中的作用。 方法 选取我院 2017 年 2 月― 2018 年 12 月治疗的初诊 MM 患者 26 例、硼替佐米化疗缓解 MM 患者 25 例及硼替佐米化疗后耐 药 复 发 MM 患 者 22 例。 siRNA-H19 和 慢 病 毒 转 染 人 多 发 性 骨 髓 瘤 OPM2 细 胞。 荧 光 定 量Real-time PCR 检测 lncRNA H19 表达。 CCK-8 细胞活力检测 OPM2 细胞对硼替佐米敏感性。 结果 对照组、初诊MM 组、缓解 MM 组和耐药 MM 组 lncRNA H19 的 2^{-△ △ Ct} 值分别为(0.107±0. 032) 、(0. 324±0. 067) 、(0. 218±0. 042)和(0. 486± 0. 095 ) , 各 组 间 具 有 显 著 性 差 异 ( P < 0. 01 ) 。 其 中, 初 诊 MM 组 显 著 高 于 对 照 组 和 缓 解 MM 组( P<0. 01) ,耐药 MM 组又显著高于初诊 MM 组( P< 0. 01) 。 对照组、OPM2 / si-H19 组、OPM2 / NC 组、OPM2 / H19 组和 OPM2 / Blank 组 细 胞 的 IC₅₀ 值 分 别 为 ( 17. 86 ± 1. 64 ) nmol / L、 ( 6. 83 ± 1. 05 ) nmol / L、 ( 18. 04 ± 1. 72 ) nmol / L、(31. 14±3. 57) nmol / L 和 ( 17. 75 ± 1. 68) nmol / L。 其 中, 对 照 组、 OPM2 / NC 组 和 OPM2 / Blank 组 无 显 著 性 差 异( P>0. 05) ,OPM2 / si-H19 组硼替佐米 IC50 值显著低于对照组( P<0. 01) ,OPM2 / H19 组硼替佐米 IC₅₀ 值显著高于对照组( P<0. 01) 。 结论 MM 患者 lncRNA H19 显著升高,高表达 lncRNA H19 可能参与了硼替佐米耐药过程。     

高表达lncRNA调控意大利蜜蜂工蜂中肠发育的作用解析

为了探究高表达lncRNA(highly-expressed lncRNA, HlncRNA)调控意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)工蜂中肠发育的潜在作用,本研究利用前期获得的组学数据筛选出意蜂7和10日龄工蜂中肠的HlncRNA,通过RT-PCR验证上述HlncRNA的真实表达,通过RT-qPCR分析HlncRNA在1～21日龄工蜂中肠发育过程的表达谱,进而对HlncRNA的调控作用进行生物信息学分析.结果表明7和10日龄工蜂中肠中表达量最高的9条lncRNA相同;这些HlncRNA在1～21日龄工蜂中肠发育过程中真实表达且表达规律不同;HlncRNA通过顺式和反式作用分别调控32个上下游基因和18条共表达mRNA,此外可靶向55个miRNA进而结合131条mRNA.研究结果揭示上述9条HlncRNA可通过顺式作用、反式作用和ceRNA网络潜在调节应激反应与糖类消化和吸收等功能条目和通路,进而调控意蜂工蜂的中肠的发育.     

长链非编码RNA21905在有丝分裂期中的功能研究

长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)是一类长度超过200 nt,并不编码蛋白质的RNA分子。近年来关于lncRNA的研究逐渐成为热点,但绝大部分lncRNA的功能仍不清楚。本实验室前期Arraystar lncRNA芯片分析发现lncRNA21905在有丝分裂期的表达量显著高于细胞分裂间期,提示该lncRNA在有丝分裂期中可能有一定功能。研究通过siRNA干扰技术,在肿瘤细胞中敲低lncRNA21905,发现敲低该lncRNA可导致肿瘤细胞有丝分裂期的明显阻滞。此外,TANRIC数据库分析表明,lncRNA21905高表达的肾透明细胞癌患者预后较差。综上所述,研究表明lncRNA21905在肿瘤细胞有丝分裂期中发挥了重要调控作用,这可能为进一步揭示其参与肾透明细胞癌预后提供理论基础。     

孝顺竹笋箨全长转录组测序分析

【目的】揭示竹子笋箨的生物学功能与其衰老的分子基础。【方法】利用PacBio Sequel 3代全长转录组测序技术结合生物信息学方法,对孝顺竹不同衰老阶段笋箨全长转录本进行分析。【结果】共获得106 148 条平均长度为3 615 bp的全长转录本。多数转录本长度分布在1.4~7.0 kb。NCBI等注释显示,97.34%的转录本具有注释结果。Mercator注释分析显示笋箨转录本覆盖了其全部34 个类别,其中与蛋白类别相关的序列最多,达到了18 224 条;与microRNA类别相关的最少,仅有9 条。在重要功能基因方面,共获得了2 489 条激素代谢及信号转导相关序列; 8 804 条转录因子序列中393 条与光合作用相关的转录本。其中,注释到的189 条共30 类NAC(NAM/ATAF/CUC)转录因子基因,93.33%的NAC基因,共计28类,其表达量与笋箨衰老呈相关性, 包括已被证实在叶片衰老中具有重要调控作用的NAC002、NAC016、NAC017、NAC029(NAP)、NAC042、NAC055与NAC083等7个NAC转录因子与NAC014等14个被报道在叶片衰老中具有潜在作用的NAC基因。NAC025、NAC028、NAC045、NAC061、NAC086、NAC103与NAC1L (NAC 1 Like) 7 个NAC转录因子表达与孝顺竹笋箨衰老呈正相关,为新发现的正调控笋箨衰老的潜在转录因子。此外,利用MISA程序在76 499 个序列中检测到简单序列重复(simple sequence repeats,SSR)位点,主要以单核苷酸重复(SSRs)为主,占据了全部(SSRs)的55.2%。利用PLEK等软件共获得2 769个长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)。【结论】竹子笋箨基因表达多样化,并具有完整的光合系统基因,显示其具有潜在光合功能;NAC转录因子在孝顺竹笋箨衰老中具有潜在重要调控作用。本研究首次解析了竹子笋箨的全长转录本特征,为今后深入分析竹子笋箨功能及其衰老的分子机制奠定基础。     

口腔鳞状细胞癌组织特征长链非编码RNA(lncRNA)中CCAT2的表达及作用分析

目的 分析口腔鳞癌组织特征长链非编码RNA(lncRNA)表达谱,探讨结肠癌相关转录子2(CCAT2)的表达及作用.方法 使用高通量lncRNA芯片检测5例口腔鳞癌患者的癌组织及癌旁正常口腔黏膜组织lncRNA表达水平,分析特征性lncRNA表达谱;应用RT-qPCR检测74例口腔鳞癌组织及癌旁组织中CCAT2表达水平,分析其与临床病理特征的关系;CCK8法检测CCAT2干预细胞增殖的能力,检测CCAT2-siRNA感染序列靶向转染人舌鳞状细胞癌cal27细胞株.结果 5例癌组织和对应的癌旁组织的差异表达谱共检出1 572个差异具有统计学意义的lncRNA,其中882个lncRNA表达上调,690个表达下调;19个lncRNA差异表达倍数≥10,其中11个表达上调,8个表达下调;CCAT2上调最明显.进一步对74例口腔鳞状细胞癌组织行RT-qPCR检测,癌组织中CCAT2的相对表达量高于正常组织,差异具有显著统计学意义(P<0.01).Ⅲ+Ⅳ期患者CCAT2相对表达量高于Ⅰ+Ⅱ期患者,肿瘤低分化组CCAT2相对表达量高于中高分化组,差异均具有统计学意义(P<0.05).cal27细胞转染CCAT2 siRNA1,siRNA2,siRNA3后,CCAT2的相对表达量均低于空白对照组,差异具有统计学意义(P<0.05).其中以siRNA2下降幅度最明显,因此,选用CCAT2-siRNA2进行细胞增殖实验.CCK8检测显示:转染48h后细胞增殖水平低于阴性对照组,差异具有统计学意义(P<0.05).结论 lncRNA在口腔鳞状细胞癌组织中存在异常表达,其中CCAT2表达上调与口腔鳞状细胞癌的发生、发展有关.     

铁死亡相关lncRNA在神经胶质瘤的预后价值分析

通过分析癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas，TCGA)数据库的神经胶质瘤患者的转录组数据与临床数据，应用基因共表达法、单因素Cox回归法筛选与预后有关的铁死亡相关长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)，根据LASSO Cox回归分析与筛选出的lncRNA在样本中的表达情况，将样本分为高、低风险两组，通过单因素及多因素独立预后分析、受试者工作特征曲线(Receiver Operating Characteristic Curve，ROC Curve)、Kaplan-Meier生存曲线、风险曲线、基因富集分析(Gene Set Enrichment Analysis，GSEA)等方法评估铁死亡相关lncRNA在神经胶质瘤预后中的价值及临床意义，通过TIMER、CIBERSORT、CIBERSORT-ABS等方法分析免疫浸润情况，进一步对免疫功能、免疫检查点以及N6-甲基腺苷(m⁶A)甲基化差异进行分析。结果获得预后相关的铁死亡相关lncRNA共14个。单因素及多因素独立预后分析、ROC曲线结果表明,铁死亡相关lncRNA可作为独立的预后因子。Kaplan-Meier生存曲线与风险曲线表明，高风险组的生存时间更短。GSEA结果显示，高风险组中同种异体移植排斥、DNA复制、错配修复等显著活跃，而低风险组长程增强效应、磷脂酰肌醇信号系统显著活跃等，此外，基于不同方法高、低风险组的免疫浸润情况也有所差异，高风险组的大部分免疫检查点表达显著高于低风险组，m⁶A相关基因的表达在高、低风险组中也具有显著性差异。本研究表明，铁死亡相关lncRNA与神经胶质瘤患者的生存密切相关，可作为神经胶质瘤预后新的生物标志物和潜在的治疗靶点。