16S rRNA测序在细菌鉴定中的应用

对分离获得的一株细菌P29,经聚合酶链式反应扩增后测定该菌株的16S rRNA基因序列,由16S rRNA基因序列比较可知,菌株P29与肠杆菌属和泛菌属亲缘关系最为接近,16S rRNA基因相似性达到99%.结合生理生化实验结果综合分析后,将其鉴定为泛菌属的成团泛菌.     

软腐白菜根系土壤中短稳杆菌的分离和鉴定

采用选择性培养基,从软腐白菜根系土壤中分离出产生香气的细菌,通过对菌株进行形态学观察、生理生化试验以及16S rRNA基因序列测定、比对分析和系统发育树构建,对该类群菌株进行初步分类鉴定.结果表明,12株产生烘焙香气细菌的形态学特征及生理生化特性与短稳杆菌(Empedobacter brevis)LMG 4011T(AM177497)一致,16S rRNA基因序列与短稳杆菌基因序列同源性达99.86%,初步鉴定该类菌为短稳杆菌.     

牦牛源产细菌素的乳酸菌的筛选鉴定

为筛选优良的产细菌素乳酸菌,用含0.5%碳酸钙的MRS固体培养基从19份牦牛粪便样本中分离出91株乳酸菌,进一步采用牛津杯法筛选产细菌素的乳酸菌,并结合16S rRNA序列扩增测序鉴定该批乳酸菌.结果表明:在排除有机酸、过氧化氢等抑菌因素后,从91株乳酸菌中筛选到9株对大肠杆菌ATCC25922和金葡球菌ATCC25923有明显抑制作用的乳酸菌菌株,该9株菌株对蛋白酶敏感,初步认定为产细菌素乳酸菌;经16S rRNA序列扩增测序鉴定该9株菌分别为海氏肠球菌,屎肠球菌,蒙氏肠球菌株和植物乳杆菌,其对常见抗生素不耐药,可作为益生菌的候选菌株.     

秦巴山区三尖杉根际土壤放线菌的分离、筛选及活性菌株的鉴定

采用选择性分离方法从秦巴山区三尖杉植物根际土样中分离得到放线菌35株,以白色念珠菌(Candida albicans)、大肠杆菌(Escherichia coli)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、沙门氏杆菌(Salmonella typhl)为靶标菌,采用滤纸片扩散法研究三尖杉根际土壤放线菌发酵液的抑菌活性。结果表明,16株放线菌表现出至少对一种靶标菌有抗性,占总分离菌株的45.7%,其中,菌株CF003对所有靶标菌均具有活性;经形态学和16S rRNA基因序列鉴定,这16株放线菌分属于链霉菌属(Streptomyces)和小单孢菌属(Micromonospora)。     

青海茶卡盐湖嗜盐碱芽胞杆菌资源分析

采用3种不同的培养基,通过可培养法,从青海茶卡盐湖样品中共分离获得110株嗜盐碱芽胞杆菌.基于16S rRNA基因序列相似性鉴定及系统发育分析,得出这些菌株为芽胞杆菌10个属的41个种,它们与最近匹配模式菌株的16S rRNA基因序列相似性在96%~100%之间,以芽胞杆菌属为优势菌,共计25种83株;存在6个潜在新种.3种酶筛实验结果表明,87%的嗜盐碱芽胞杆菌菌株具有产酶能力,产蛋白酶70株,产纤维素酶81株,产木聚糖酶50株.青海茶卡盐湖中的芽胞杆菌种类丰富多样且能产多种酶,并且潜藏着新的微生物物种,研究结果可为嗜盐碱芽胞杆菌资源开发提供理论基础.     

食源蜡样芽孢杆菌16SrDNA分子鉴定及其抑菌活性的研究

对食源中筛选的具有抑菌活性、初步鉴定为蜡样芽孢杆菌的4株菌,进行16SrDNA分子鉴定,采用PCR扩增技术,建立4株菌的系统发育进化树,进行序列同源性分析,并通过琼脂打孔扩散法测定4株菌发酵液的抑菌谱.实验结果表明,4株菌16SrDNA基因序列基本一致,为同源蜡样芽孢杆菌,命名为BC2345.4株菌的发酵液具有较宽的抑菌谱,对金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌和沙门氏菌等常见病原菌具有抑制作用.     

云台山白云岩表层土可培养细菌多样性

运用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析贵州云台山白云岩表层土可培养细菌的多样性.稀释涂布平板分离共获得131株细菌,限制性内切酶HhaⅠ和HaeⅢ对扩增的16S rRNA基因片段进行酶切分型,根据ARDRA酶切图谱划分为40个操作分类单元.16S rRNA基因序列测定和系统发育分析结果显示,这些菌株隶属于包括厚壁菌门(Firmicutes,64.89%)、β-变形菌纲(β-Proterbacteria,3.82%)、γ-变形菌纲(γ-Proterbacteria,17.56%)、放线细菌门(Actinobacteria,11.45%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,3.82%)等5大类群,共13个属.优势菌群为芽胞杆菌属(Bacillus,53.44%),亚优势菌群为寡养单胞菌属(Stenotrophomonas,9.16%)、假单胞菌属(Pseudomonas,8.40%)和微小杆菌属(Exiguobacterium,8.40%).15.00%的有效序列与GeneBank已知序列相似性小于等于97%,可能为潜在新类群.研究表明,云台山白云岩喀斯特地区不仅含有较为丰富的细菌物种多样性,且潜藏着许多新的微生物资源.     

铜绿微囊藻附生细菌多样性及其溶磷活性研究

为了解铜绿微囊藻附生细菌的多样性及其溶磷活性,采用平板稀释涂布法分离细菌,并利用16S rRNA基因序列分析确定其分类学地位,用钼锑抗比色法检测其溶磷活性,用苯磷酸二钠法检测其磷酸酶活性.结果表明:分离的细菌分属于4个门,即放线菌门、变形菌门、拟杆菌门和异常球菌-栖热菌门; 其中83%以上的细菌至少对卵磷脂、植酸钙和磷酸钙中的1种具有溶磷活性,94%以上的细菌表现出1～3种磷酸酶活性,且导致磷培养基的pH值下降.铜绿微囊藻附生细菌中存在丰富的溶磷微生物,这些微生物对藻类获取足够的可溶性磷元素可能具有重要的     

新疆“生命营养液”抑菌能力评价及其菌种分离纯化

评价新疆特色功能饮料“生命营养液”,对5种常见食源性致病菌和5种食品常见益生菌的抑菌能力,并对该饮料中微生物菌种进行初步分离纯化.结果显示,“生命营养液”30 μL原液对5种常见食源性致病菌肠沙门氏菌肠亚种(Salmonella enterica subsp.Enterica)、出血性大肠埃希氏菌(Escherichia coli EHEC 0157∶H7)、福氏志贺氏菌(Shigella flexneri)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、铜绿假单胞菌(Pseudomonas eruginosa)均具有抑菌能力,抑菌圈直径分别为10.5,12.0,12.0,12.5,10.0 mm,对4种常见益生菌植物乳杆菌植物亚种(Lactobacillus plantarum subsp.plantarum)、德氏乳杆菌保加利亚亚种(Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus)、婴儿双歧杆菌(Bifidobacterium infantis)、动物双歧杆菌乳亚种(Bifidobacterium animalis subsp.lactis)均无抑菌能力,仅对嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)具有抑菌能力,抑菌圈直径为27.0 mm.从“生命营养液”中分离纯化出3株革兰氏阴性杆状细菌,1株革兰氏阳性杆状细菌,1株产红褐色可溶性色素丝状真菌,初步鉴定为红曲菌属(Monascus sp.).     

山口红树林土壤芽孢杆菌多样性及纤维素酶活性筛选研究

为探究广西山口红树林保护区内土壤中芽孢杆菌的多样性,挖掘具有稳定性好、耐高温的纤维素酶活性菌株,本研究利用可培养技术和基于16S rRNA基因序列的系统发育树分析研究红树林土壤中可培养芽孢杆菌的多样性,并以羧甲基纤维素钠为唯一碳源,结合刚果红纤维素培养法、滤纸条崩解试验、纤维素酶活力测定法,对分离出的芽孢杆菌开展纤维素降解活性研究。结果表明,从红树林土壤中共分离出171株芽孢杆菌,隶属于4科12属40种,其中芽孢杆菌属为优势菌属;从中筛选出9株具有显著纤维素酶活性的芽孢杆菌,其中4株具有显著的热稳定性。广西山口红树林自然保护区内土壤中蕴含着十分丰富的可培养芽孢杆菌种类,且部分菌株呈现出显著的纤维素酶活性,具有较大的挖掘潜力。     

九孢鲍暴发性流行病的病原及病理

1999年2－5月,山东县养殖九孔鲍暴发了大规模流行病,不少养殖场全场覆没,病鲍表现为分泌粘液增多、肝脏红肿、中部僵硬和反应迟钝,应用磷钨酸负染、超薄切片的电镜和现场检测等方法,对病鲍的病原及肝肠组织的病理情况进行观测,结果表明引发这次养殖暴发严重病害的主要病原是致病力很强的病毒和弧菌,电观察到病毒发生在细胞质中的一种称为“封入体”的泡状结构,证实了病原的入侵造成九孢鲍肝及肠等组织、细胞产生病变,描述了细胞和病毒混合感染导致九孔鲍细胞的病理变化。     

10种蔬菜内生细菌的分离筛选

以抑制植物主要病害病原菌和内生防病相关酶活性为评价标准,从蔬菜作物体内分离筛选植物内生细菌资源。从苦瓜、丝瓜、空心菜、大豆等10种蔬菜体内分离到101株细菌,发现内生细菌在不同种类的蔬菜中出现的频率不同,其中丝瓜叶上的内生细菌数量最多,洋葱体内分离到的内生细菌数量最少。运用平板对峙法从中筛选出了对黄瓜枯萎病菌、番茄青枯病菌、水稻细条病菌、荔枝霜疫霉病菌等有较强拮抗作用的菌株,获得对以上4种病菌均有拮抗作用的内生细菌有41株,占总株数的40．6％。对101株细菌进行纤维素酶、蛋白酶和几丁质酶活性测定表明,同时具有3种酶活性的菌株有32株,占总菌数的31．7％。从中选出13株拮抗效果较好的内生细菌。经初步鉴定均属于芽孢杆菌属（Bacillus sp）。进一步对筛选获得的同时对以上4种病原菌均有拮抗作用,且具有纤维素酶、蛋白酶和几丁质酶活性的13号、14号、59号和82号菌株进行16SrDNA序列分析,表明4个菌株均为枯草芽孢杆菌（B．subtilis）或其近缘种。     

一种复合微生态制剂的研制及其应用效果观察

在优选菌株、优化培养基和发酵参数的基础上,开发出一种新型复合微生态制剂及其发酵生产工艺.养殖实验表明：该制剂对改善断奶仔猪、蛋鸡等畜禽肠道的微生物区系、降低腹泻率有显著效果.     

海芒果可培养细菌的分离鉴定及其抑制海洋鱼类致病菌活性研究

【目的】研究红树植物海芒果Cerbera manghas L.及其根际土壤可培养细菌多样性及其代谢产物抑制鱼类致病菌的生物活性。【方法】采用纯培养法分离并基于16SrRNA基因序列的系统发育分析法对分离得到的细菌进行多样性研究,采用滤纸片法研究其抑制海洋鱼类致病菌的生物活性。【结果】从海芒果及其根际土壤中共分离得到15株可培养细菌,采用16SrRNA基因序列的系统发育分析后发现,这些菌分属于2个大的细菌发育类群:厚壁菌门(Firmicutes,占比为53%)和放线菌门(Actinobacteria,占比为47%),其中4株为芽孢杆菌属,6株为链霉菌属。活性研究发现,所有测试菌株对3种海洋鱼类致病弧菌均有一定的抑制作用,其中VT86(Kitasatospora paranensis),V139-2(Streptomyces luteireticuli),V140-2(Streptomyces jiujiangensis),VT19(Streptomyces orinoci),VT113(Streptomyces niveiscabiei)这5株菌的抑菌效果较好,以VT86(K.paranensis)抑菌活性最好。【结论】红树植物海芒果及其根际土壤中的细菌丰富多样,部分细菌具有抑制海洋鱼类致病菌生长的生物活性,具有开发成新型抑制鱼类致病菌药物的潜力。     

具有ACC脱氨酶活性的绞股蓝根际细菌的分离鉴定及其促生作用

为了筛选含ACC脱氨酶的根际促生细菌,以1-氨基环丙烷-1-羧酸(ACC)为唯一氮源,从绞股蓝根际土壤中富集和分离ACC脱氨酶阳性细菌,利用α-丁酮酸测定法和CAS平板法分别检测其ACC脱氨酶活性和产嗜铁素能力,利用菌液培养接种法检测细菌的促生作用,最后通过生理生化试验和16SrRNA基因序列分析对所筛选的菌株进行鉴定.经富集筛选法从绞股蓝根际土壤中分离出9株ACC脱氨酶阳性细菌,它们均具有不同程度的ACC脱氨酶活性,其中3株细菌能产生嗜铁素.促生试验结果表明,7株ACC脱氨酶活性细菌对水稻幼苗根系的生长发育表现出不同程度的促生作用,其中菌株JDG127的促生作用最明显,与对照组相比,水稻幼苗的根长和根鲜重增长了约1.6倍.鉴定结果表明,9株细菌中1株属于单胞菌属(Stenotrophomonas),1株属于类芽胞杆菌属(Paenibacillus),1株属于芽孢杆菌属(Bacillus),2株属于肠杆菌属(Enterobacter),4株属于不动杆菌属(Acinetobacter),与ACC脱氨酶相比,铁载体对根际细菌的促生作用更明显.     

Cloning and Characterization of UL34 Gene of Pseudorabies Virus HB Isolate

In this study, China isolate HB of pseudorabies virus(PRV) was confirmed and genotypically characterized by amplifying and sequencing of partial UL34, a conservative gene involved in the egress of nucleocapsids from the nucleus, for phylogenetic analysis. The open reading frame(orf) of UL34 of PRV HB isolate is composed of 786 nucleotides, which encoded 262 amino acids. In addition, a potential transmembrane domain(241-260 aa) and 11 potential phosphorylation sites were also found in the UL34 of PRV HB isolate. Multiple amino acids alignment indicated that UL34 proteins of PRV strains derived from different geographic origins were highly conservative, but some mutations were also found. Phylogenetic analysis based on UL34 protein indicated that PRV HB strain was evolutionarily distinct from other recent China strains sequenced so far, forming a single clade within the phylogeny. Moreover, PRV HB isolate had close evolutionary relationship with Bo HV-1 and Bo HV-5 within the Alphaherpesvirinae. Taken together, these results indicated that PRV strains were in the progress of evolution. This study has expanded the knowledge of genetic profiles of PRV strains.     

Cloning and characterization of <Emphasis Type="Italic">UL</Emphasis>34 gene of pseudorabies virus HB isolate

In this study, China isolate HB of pseudorabies virus (PRV) was confirmed and genotypically characterized by amplifying and sequencing of partial UL34, a conservative gene involved in the egress of nucleocapsids from the nucleus, for phylogenetic analysis. The open reading frame (orf) of UL34 of PRV HB isolate is composed of 786 nucleotides, which encoded 262 amino acids. In addition, a potential transmembrane domain (241-260 aa) and 11 potential phosphorylation sites were also found in the UL34 of PRV HB isolate. Multiple amino acids alignment indicated that UL34 proteins of PRV strains derived from different geographic origins were highly conservative, but some mutations were also found. Phylogenetic analysis based on UL34 protein indicated that PRV HB strain was evolutionarily distinct from other recent China strains sequenced so far, forming a single clade within the phylogeny. Moreover, PRV HB isolate had close evolutionary relationship with BoHV-1 and BoHV-5 within the Alphaherpesvirinae. Taken together, these results indicated that PRV strains were in the progress of evolution. This study has expanded the knowledge of genetic profiles of PRV strains.