基于ISSR西北地区珍珠猪毛菜(Salsola passerina)的遗传多样性(英文)

运片JSSR分子标记的方法,对分布于中国北方7个居群的137个珍珠猪毛菜个体筛选出了15条引物,产生了196条带,其中153条为多态性条带,总的基因多态率为78.06%,多态性在种群水平上较低,平均多态率为45.60%.平均期望杂合度和Shannon信息指数在种间水平上分别为0.1759和0.2811,在居群水平上为0.125l和0.1977,种群内个体间的遗传分化较大,为70.96%,而种群间遗传分化较小,为29.04%,种群间的遗传一致度平均为0.9320.AMOVA分析得到了相似结果.基于Nei's遗传距离的UPGMA聚类分析将7个居群分为3组:德令哈、兰州和其余5个居群(中宁,乌海,民勤,金塔和安西).Mantel检验表明遗传距离与垂直地理分布显著相关(P相似文献   

河南刺猬种群的遗传多样性研究

为正确评价刺猬种群间的遗传关系,利用随机扩增多态DNA(RAPD)技术,对河南刺猬种群的遗传多样性进行研究.共扩增出89个位点,片段大小为200～1 650 bp,多态位点百分率(P)为89.89%,Nei's基因多样度(H)为0.328 1±0.172 0,Shannon's多样性信息指数(Ⅰ)为0.484 6±0.229 8,种群间遗传相似度平均为0.806 0,群体间遗传距离平均为0.222 8.结果表明,周口种群与信阳种群之间的遗传关系最近,信阳种群与濮阳种群之间的遗传关系最远,说明地理隔离可能是造成河南刺猬种群遗传差异的主要原因.     

岛屿地理隔离对红楠种群遗传结构的影响

利用简单重复序列间扩增(ISSR)分子标记对舟山群岛红楠(Machilus thunbergii)8个种群91个个体进行了遗传结构分析,9条随机引物扩增出可分析条带75条,多态位点百分比(PPL)为61.3%。POPGENE分析结果表明:红楠种群平均水平多态位点百分比(PPL)为52.3%,Nei′s基因多样度(HE)为0.186,较台湾岛红楠种群(PPL为71.1%)具有偏低的遗传多样性;而种群间遗传分化程度较高(GST=0.311)。地理距离与遗传距离具有显著相关性(r=0.655,P=96.1%),岛屿地理隔离对红楠种群间遗传分化产生显著影响。UP-GMA聚类分析表明:朱家尖岛与普陀岛红楠种群间遗传相似度较高,桃花岛与大猫岛可能存在较近的亲缘关系。基于舟山群岛红楠种群遗传结构分析,建议在其自然生长地实施就地保护的同时,建立红楠种质资源库,促进基因交流。     

青藏高原东缘克隆植物珠芽蓼的RAPD遗传多样性研究

以青藏高原分布广泛的克隆植物珠芽蓼(Polygonum viviparum)为研究材料,采用RAPD技术分析了珠芽蓼在不同海拔下7个自然种群的遗传多样性.通过贝叶斯法估测了种群的遗传分化程度,同时与其它算法(Nei遗传分化系数GST等)作以比较.13条随机引物共扩增出117条带,多态性位点PPL为84,多态位点比率PPL为71.79%,但种群水平平均多态位点比率仅为32.60%.求出θ B(Hickory)=0.602 3,同种群间基因分化系数GST=0.575 3较为接近,种群间基因分化大于种群内基因分化.AMOVA分析显示,在全部变异中,66.59%的遗传变异存在于种群间,33.41%的遗传变异存在于种群内.用POPGENE 32软件分析表明,珠芽蓼具有较高的遗传多样性,种群总的Nei's基因多样性为0.289 1,总的Shannon信息多样性指数为0.420 7,但各种群内遗传多样性水平则较低.种群内平均Nei's基因多样性为0.122 7,平均Shannon信息指数为0.180 4;基因流Nm=0.369 1,种群的基因交流很少.UPGMA聚类分析结果显示,7个种群中P1和P2先聚类,P5、P6, P4、P7分别聚在一起,最后与P3合为一支.相关性结果表明,遗传距离与海拔梯度、地理距离均相关不显著.     

濒危植物五小叶槭(Acer pentaphyllum Diels)天然种群遗传多样性的ISSR标记分析

五小叶槭(Acer pentaphyllum Diels)是中国四川特有野生珍稀濒危植物,仅分布于雅砻江中上游干旱河谷地带;探索其遗传多样性特征可以为其遗传资源的保护和利用提供理论依据.本文采用ISSR技术对五小叶槭的5个野生种群的44份材料进行遗传多样性分析,8条引物总共检测到38个位点,其中多态性位点35个,多态位点百分率(PPL)平均为90.21%.应用分析软件Popgen32分析得出:在物种水平上,五小叶槭的香农多样性指数(I)为0.3924,Nei氏基因多样性指数(H_e)为0.2498;种群间基因分化系数(G_(st))为0.3722,种群间的基因流(N_m)为0.8433,这表明五小叶槭的遗传变异主要存在于种群内.在种群水平上,香农多样性指数(I)为0.2125, Nei氏基因多样性指数(H_e)为0.1456.结果表明木里、九龙三垭宫和康定这3个种群的遗传多样性水平较高,而雅江和九龙洛莫种群遗传多样性较低.通过Mantel检测,种群间遗传距离和地理距离之间没有显著相关性.     

白冠长尾雉集群行为的初步研究

野外观察结合无线电遥测研究表明 ,河南董寨鸟类保护区白冠长尾雉在非繁殖期倾向于集群活动。雄性集群、雌性集群和两性混合集群是其常见的 3种集群方式 ,但以单性集群为主 ,并且性别隔离现象明显 .繁殖期观察到亚成体仍集群活动 ,但发现成体也有集群行为 ,推测其原因可能是繁殖的需要 .观察期内平均群体大小为 (3 87± 2 2 4 )只 ,而雄群、雌群和混合群平均群体大小依次为 (2 54± 0 31) ,(3 81± 0 4 0 )和 (6 4 2± 1 2 5)只 ,三者之间均存在极显著差异 (p <0 0 1) .群体活动对研究区内 7种生境类型的利用有明显选择性 (χ2 =93 545,d =6 ,p =0 ) ,其中混交林、幼林和茶灌是集群活动利用的主要生境 .集群活动对坡位的利用存在时空变化 .冬季和繁殖前期对坡位的利用相似 (z =- 0 36 ,p =0 79) ,而与繁殖期和繁殖后期存在明显差异 (χ2 =0 0 2 8,d=3,p =0 0 2 8) ,表现在对坡下位的利用方面 .白冠长尾雉集群个体的组成相对稳定 ,群体内个体间关系多样化 .遥测结果表明 ,雄性集群的形成过程依次是 :独立活动、靠近、尾随、一起活动     

不同纬度地区桐花树种群的遗传多样性研究

采用垂直板型聚丙烯酰胺凝胶电泳测定了不同纬度地区桐花树种群的遗传多样性和遗传分化 .桐花树种群维持有较高的遗传变异性 ,观察杂合度为 0 2 51,期望杂合度为 0 197.种群间遗传分化系数较小为GST=0 .2 15,表明总的遗传变异中有 2 1 5%来自种群间 .种群间遗传距离和遗传一致度均值分别为 0 0 93和 0 912 ,基因流较小 ,Nm =0 .887.研究还发现纬度为2 2°N的深圳福田种群、 2 1°N的广西英罗湾种群的遗传变异要高于纬度为 19°N的海南东寨港种群和 2 4°N的高纬度的福建浮宫种群 .     

栗斑腹鹀种群数量变化的分析

1999年至 2 0 0 1年每年 4～ 7月在吉林省西部地区对栗斑腹种群数量及繁殖情况进行了调查 ,发现三年来栗斑腹种群数量连续下降 .其原因是 :人为干扰导致栗斑腹繁殖成功率及繁殖成活率降低 ,从而导致栗斑腹种群数量下降 ;研究地区内近几年连续高温干旱的天气也导致了栗斑腹种群数量的下降 ,气温升高 (R2 =0 9964 )、降雨量减少 (R2 =0 84 98)对栗斑腹种群数量下降的影响很大 .     

南岭国家濒危植物长柄双花木遗传多样性研究

应用ISSR分子标记技术,对长柄双花木(Disanthus cercidifolius var.longipes)5个南岭野生种群的遗传多样性进行了初步研究.8条ISSR引物扩增出101条带,其中64条具多态性,多态位点百分率为63.37%.总的Nei's基因多样性指数为0.285 9,种群内基因多样性(Hs)为0.274 1,长柄双花木在物种水平上遗传多样性水平较低.在种群水平上,种群多态位点百分率在60%~75%之间,Nei's基因多样性指数为0.269 5~0.282 4,Shannon信息多态性指数为0.384 5~0.399 9.道县种群和莽山种群的遗传多样性水平较高.种群间的基因分化系数为0.041 4,表明长柄双花木绝大多数遗传变异发生在种群内的个体间(95.86%).UPGMA聚类分析结果表明:5个野生种群未按地理位置进行聚类,连州2个种群较为特殊,先与江西井冈山种群聚在一起,具体原因有待进一步研究.     

关联噪声对集合种群稳定性和平均灭绝时间的影响

在经典的存在生境破坏的集合种群模型的基础之上,考虑了关联乘性色噪声和加性白噪声对集合种群稳定性和平均灭绝时间的影响.应用Fokker-Planck方程得到了系统的稳态概率密度函数的解析表达式,利用平均首次通过时间的定义和最快下降法,得到了平均灭绝时间的表达式.对计算结果的数值分析表明:(1)加性白噪声强度Q的增加弱化了集合种群系统的稳定性,即内部噪声的增加对集合种群产生消极影响;(2)乘性色噪声强度D起到弱化集合种群稳定性的作用,即外界环境的波动对种群产生不利影响;(3)乘性色噪声自关联时间τ的增加增强了集合种群系统的稳定性,即τ可以使集合种群占据生境斑块的比例增加,并促使xs位置处占据生境斑块的比例的概率增加,对集合种群生存繁衍起到有利作用;(4)当两噪声之间的互关联为负关联(λ0)时,T(xs→x0)是关于D的单调减函数,即|λ|的增加弱化了集合种群的稳定性;当噪声间正关联(λ0)时,T(xs→x0)是关于D的非单调函数,随着D的增大,T(xs→x0)出现类似共振峰的极大值,表现出"随机共振"的现象;(5)T(xs→x0)是关于τ的单调增函数.     

地黄居群遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记,对地黄（Rehnwmnia glutinosa）14个自然居群、1个栽培居群和属内近缘种5个居群的遗传多样性与遗传结构进行了研究．结果表明：地黄不同居群的平均多态位点百分率（PPB）为40．53％,平均Shannon多样性指数为0．1915,平均Nei’s基因多样性指数h为0．1253,遗传多样性水平较低．AMOVA分析结果和基因分化系数显示遗传变异主要发生在居群内,居群间的遗传分化显著,其遗传分化水平介于异交物种和自交物种之间．地黄居群间的基因交流程度有限（基因流为0．3784）．Mantel检测显示自然居群间遗传距离与地理距离之间没有明显相关性．推断营养繁殖占优势和受人类栽培活动的长期影响可能是导致地黄遗传多样性水平低、居群间遗传分化显著的主要原因．     

采用Rényi多样性曲线法评价昆嵛山林下灌草层多样性排序效果

采用Rényi多样性曲线对昆嵛山不同林分类型和不同立地特征所代表的林下灌草层多样性进行排序,评价其应用效果。结果表明,物种累计曲线分析显示实际采到的物种占全部物种数(估计值(ACE)=131.26)的92.9%,表明抽样充分。方差分析表明,除了不同林分类型的Shannon指数(F=4.665,p=0.002)和Simpson指数(F=2.465,p=0.044)有显著差异外,不同海拔、坡位、坡度以及土壤厚度的灌草多样性各个指标,如物种丰富度、Shannon多样性指数、Simpson多样性指数等均无显著差异。Rényi多样性曲线排序明确显示针叶树-杂木林和阔叶林林下灌草层多样性较其他5种林分类型(黑松林、赤松林、赤松-黑松混交林、日本落叶松/刺杉、针叶树-麻栎林)的高,而这5种林分的灌草层多样性曲线相互交错。从立地条件来看,低海拔(<200 m)、下坡位、缓坡(坡度0°～10°)的灌草多样性明显偏低;土壤厚度>5 cm和土壤厚度在1～3 cm的灌草多样性曲线处于其他3个土壤厚度梯度的下方。因此,Rényi多样性曲线在反映群落多样性指标方面更加直观。     

黄河三角洲柽柳群体遗传多样性RAPD分析

采用随机扩增多态DNA(RAPD)分子标记技术,分析了黄河三角洲主要优势树种之一柽柳(Tamarix chinensis)3个天然群体的遗传多样性及遗传分化。结果表明:26条随机引物扩增出105个可分析位点,多态位点百分比40.07%,Nei的基因多样度(h)为0.4061,Shannon多样性指数(I)为0.5917,基因分化系数(Gst)为0.0507,基因流值为9.3564。分子方差分析(AMOVA)表明,在总遗传变异中,群体间遗传变异占7.17%,群体内占92.83%。说明柽柳物种内存在较高的遗传多样性,群体的遗传变异主要存在于群体内,群体间基因交流频繁,遗传距离与地理距离具有显著相关性。     

濒危植物华山新麦草(Psathyrostachys huashanica)的遗传多样性及其保护

筛选的12条ISSR引物，对采集于陕西华山3个自然居群、20个亚居群的150个华山新麦草(Psathyrostachys huashanica Keng ex Guo)个体的遗传多样性进行了分析．发现华山新麦草样本ISSR产物的多态位点比率(P)为96．8％；每个位点的平均有效等位基因数(Ae)为1．411；居群的预期杂合度(He)为0．251，大于一般风媒异交植物的平均值0．148；居群的香农多样性指数(I)为0．391；这些结果表明华山新麦草在居群水平上有相对较高的遗传多样性．亚居群间的基因分化系数(GST)为0．304，表明大部分(约为70％)的遗传变异均存在于亚居群内．同时亚居群间具有一定频率的基因流，其遗传相似性也较高，变化范围为0．796～0．974(平均为0．903)．根据上述结果推断，华山新麦草的濒危不是因为遗传多样性稀有，而是由于它对特殊生态环境的要求影响了它的扩散而仅分布于华山这一狭小范围．因此，只要能够保证目前华山的生态环境不被进一步破坏，华山新麦草就能得到很好的保护而不会因种内遗传多样性降低而灭绝．     

中国大鲵5个野生种群的AFLP分析

 采用AFLP技术对中国大鲵四川、贵州、湖北、陕西及河南五个野生种群的遗传多样性和遗传分化水平进行了评估。9对引物组合在5个野生种群中共扩增出507条带,其中多态性条带为354。多态位点比例（69.82%）、香农信息指数（0.362 9）和基因多样性指数（0.241 4）等参数均较高,显示中国大鲵遗传多样性水平较为丰富。AMOVA分析发现,中国大鲵遗传多样性绝大部分位于种群内（97.94%）。种群间遗传分化较弱（Фst = 0.021,P<0.001）。根据种群间遗传距离构建的UPGMA树基本依照流域进行聚类,结合化石证据,推测中国大鲵由北向南进行扩散。     

狭边大叶藓(Rhodobryum ontariense)遗传多样性的ISSR分析

狭边大叶藓[Rhodobryum ontariense(Kindb.)Paris]为真藓科大叶藓属植物,具有治疗心血管疾病的功效。本研究选用ISSR分子标记对分布于河北、河南、四川和陕西四省的9个狭边大叶藓自然居群的遗传多样性进行研究,目的在于揭示狭边大叶藓居群的遗传结构和遗传多样性水平,为其保护和合理开发利用提供科学依据。用8个ISSR引物对9个居群共58个样品进行扩增,共获得47条清晰的扩增位点。POPGENE分析表明,狭边大叶藓居群遗传多样性水平较低(多态性位点比率为37.75%,Nei’s基因多样性为0.153 0,Shannon’信息指数为0.222 8,遗传分化指数Gst为0.299 7,居群间的基因流为1.168 2)。AMOVA分析表明,大多数遗传变异(84.07%)存在于居群内,15.93%的遗传变异存在于居群间(Φst=0.159 3)。UPGMA聚类分析表明,狭边大叶藓居群遗传距离和地理距离没有相关性(r=0.404 95,p=0.979 1)。     

基于MHCⅡ类B基因的凹耳臭蛙(Odorrana tormota)种群遗传分化模式

利用II类MHC基因单基因座位Odto-A作为分子标记,对皖南山区凹耳臭蛙6个种群的遗传多样性和遗传分化进行研究.结果显示,皖南凹耳臭蛙总的基因多样性为0.812,核苷酸多样性为0.018.局域种群单倍型多样性变化范围为0.531-0.864,香溪种群单倍型多样性最高,最低的是漳河种群.与线粒体cyt b基因所揭示的单倍型多样性差别不大,但B基因的核苷酸多样性较之线粒体cyt b基因的高达一个数量级.暗示MHC基因丰富的核苷酸多态性可能与其病原体抗性多样性密切相关.分子变异分析结果显示,皖南山区凹耳臭蛙种群MHC II类B基因遗传变异主要来源于种群内,种群间发生了显著的遗传分化(Fst=0.05644,P=0.00391).成对种群间的遗传分化分析结果显示,直线距离最近的浮溪和香溪种群间也发生了显著的遗传分化,暗示这两个种群经历了不同的选择压力.受平衡选择的作用,MHC基因与基于中性分子标记所揭示的遗传格局不同,基于MHC基因的种群遗传分化与水系和直线地理距离均没有明显的相关性,而与种群所经历的选择压力密切相关.结果表明皖南凹耳臭蛙不同局域种群所经历的环境病原体的选择压力存在时空变异.     

南京椴群体遗传多样性和遗传结构分析

【目的】 南京椴(Tilia miqueliana)为江苏省重要的乡土树种,野外资源稀缺。南京椴野外群体遗传多样性和遗传结构的探索,可为资源保护、品种选育及遗传改良提供依据。【方法】 以南京椴5个天然群体[江苏宝华山(P1)、牛首山(P2)、安徽皇藏峪(P3)、安徽蜀山(P4)和浙江天台山(P5)]93个体为实验材料,选用15对多态性EST-SSR引物,进行遗传多样性及群体遗传结构分析。【结果】 ①用15对引物共检测等位基因数(A)总和为96,平均值为6.4,四倍体基因型(G)和四倍体特异基因型(G_i)总和分别为441和251,特异基因型比率(R₁)和种质鉴别率(R₂)均值分别为45.73%和17.99%。②在5个群体中,每个位点等位基因数(A_loc)和四倍体基因型丰富度均值(G_loc)分别为5.50±2.43和9.41±4.29;平均观测杂合度(H_o)和平均期望杂合度(H_e)为0.61±1.43和0.62±0.14。参考各群体G_loc和H_e值,确定遗传多样性较高的群体为P1和P3。③群体间遗传分化较小,遗传分化系数(G_st)仅为0.030;AMOVA分子变异分析显示,群体多样性水平变异来自于群体内(96%)。④聚类和遗传结构Structure分析显示,5个群体可划分为2组(组1包括P1、P2和P5;组2包括P3和P4)。Mental检验结果表明遗传距离与地理距离之间无显著相关。【结论】 南京椴群体均具有丰富的遗传多样性,其中宝华山群体和皇藏峪群体多样性较高,群体扩张可能是以这两个种群为中心,经人类活动迁移至其他区域。但南京椴群体间未形成明显分化,主要是由于植株寿命长,群体缺乏自然更新,加之群体间存在人为种子传播。因此,本研究提出通过建立隔离区,明确优先保护群体、加大植株异交,并采用人工繁育及种质回迁的方式保护南京椴野外群体。     

Levels of naturally occurring DNA polymorphism correlate with recombination rates in D. melanogaster.

Two genomic regions with unusually low recombination rates in Drosophila melanogaster have normal levels of divergence but greatly reduced nucleotide diversity, apparently resulting from the fixation of advantageous mutations and the associated hitch-hiking effect. Here we show that for 20 gene regions from across the genome, the amount of nucleotide diversity in natural populations of D. melanogaster is positively correlated with the regional rate of recombination. This cannot be explained by variation in mutation rates and/or functional constraint, because we observe no correlation between recombination rates and DNA sequence divergence between D. melanogaster and its sibling species, D. simulans. We suggest that the correlation may result from genetic hitch-hiking associated with the fixation of advantageous mutants. Hitch-hiking thus seems to occur over a large fraction of the Drosophila genome and may constitute a major constraint on levels of genetic variation in nature.