欧洲山杨bHLH转录因子家族全基因组分析

为了研究欧洲山杨中bHLH转录因子家族成员的分类和进化,分析其在干旱胁迫应激中可能行使的功能,本研究利用多种生物信息学手段从全基因组水平鉴定和解析欧洲山杨bHLH转录因子,并对干旱胁迫下的欧洲山杨根部转录组进行分析.结果显示,欧洲山杨的基因组中有167个bHLH转录因子家族蛋白.通过与拟南芥bHLH蛋白序列进行系统发育分析将其分为15个亚家族,并推测出39个PtbHLH的功能,这些功能表明bHLH转录因子家族涉及到欧洲山杨生长发育的多个生理过程.基因结构和motif分析显示,同一亚家族中几乎所有的PtbHLH都有相似的外显子/内含子排布和蛋白质motif结构.此外,利用RNA-seq数据分析干旱胁迫处理下PtbHLH基因的表达情况,筛选出4个潜在的bHLH抗旱蛋白.     

胃癌芯片数据中异常转录因子推断与信号通路分析

用一种新的转录因子介导的信号通路分析方法分析肿瘤芯片数据,从中推断异常的转录因子和信号通路.先通过统计目标基因的表达推断转录因子的活性,然后将那些活性异常的转录因子映射到KEGG信号通路上.此方法整合了基因表达调控的实验数据和信号通路信息.利用此方法,对斯坦福芯片数据库中的162个人类胃癌数据进行分析,结果发现,大部分芯片中的TGF-beta,JAK-STAT,NF-kappaB和Notch信号通路被异常激活.进一步对这些通路进行研究,将有助于探究胃癌的发生、发展机理和进行合理的药物设计.     

基于扭果花旗杆转录组的NAC家族生物信息学分析

NAC(NAM-ATAF1/2-CUC2)转录因子家族在植物的生长发育及逆境胁迫过程中起着至关重要的作用，目前关于新疆荒漠植物扭果花旗杆的NAC转录因子家族尚未见报道。文章根据扭果花旗杆转录组数据，筛选出17个幼苗期差异表达的NAC类转录因子，并对其蛋白质序列理化性质、亚细胞定位、空间结构预测等生物信息学进行分析。为进一步研究扭果花旗杆NAC家族抗逆特性提供数据，也为研究相关蛋白家族的实验提供了依据。     

CUEDC1抑制TNFα激活的AP-1的转录活性

为了研究CUEDC1蛋白质是否参与了AP-1信号通路,首先在真核细胞中成功表达了Flag-CUEDC1蛋白质,通过双荧光报告系统,研究了CUEDC1对AP-1信号通路的影响.结果显示,过表达CUEDC1能够显著抑制TNFα激活的AP-1转录活性,而对IFNα激活STAT3的转录活性没有影响,并且CUEDC1抑制AP-1转录活性影响是发生在TRAF2分子或者上游水平.     

14-3-3η抑制TRIF和IKKε激活的IRF3的转录活性

为了研究EWS蛋白质对IRF3转录活性的影响,以及EWS蛋白对IRF3信号通路的调节,在真核细胞293T中表达Flag-EWS蛋白质,通过双荧光报告系统研究EWS对TRIF和IKKε激活的IRF3转录活性的影响.结果显示Flag-EWS蛋白质能够在真核细胞293T中正确表达,过表达EWS,能够抑制TRIF和IKKε激活的IRF3转录活性,而且能够直接抑制IRF3的转录活性.     

植物中的DREB类转录因子

DREB转录因子属于AP2/EREBP转录因子家族.AP2/EREBP转录因子是特异存在于植物中,与植物发育密切相关的一类转录因子的总称.该家族有五个亚家族,其家族成员的蛋白质序列均含有保守的AP2 domain.其中,DREB转录因子特异地与DRE顺式作用元件相结合,在调节低温,干旱和高盐等胁迫反应时具有重要作用.一个DREB转录因子可以调控下游的多个抗逆基因,从而使植物产生抗逆性.植物抗逆反应是一个非常复杂的过程,目前人们对其信号转导正在进行进一步的探究.     

植物MYB转录因子研究

转录因子是通过转录水平或转录后水平上调控目的基因的表达来调控植物生长发育及生理代谢的.MYB (v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog)转录因子是最大的植物转录因子家族成员之一,参与了细胞分化、细胞周期的调节,激素和环境因子应答,并对植物次生代谢以及叶片等器官形态建成具有重要的调节作用.文章对MYB的发现及其结构特征和功能研究进展进行综述,为进一步开展MYB基因的克隆、功能研究和利用提供参考.     

植物MYB转录因子研究

转录因子是通过转录水平或转录后水平上调控目的基因的表达来调控植物生长发育及生理代谢的.MYB(v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog)转录因子是最大的植物转录因子家族成员之一,参与了细胞分化、细胞周期的调节,激素和环境因子应答,并对植物次生代谢以及叶片等器官形态建成具有重要的调节作用.文章对MYB的发现及其结构特征和功能研究进展进行综述,为进一步开展MYB基因的克隆、功能研究和利用提供参考.     

东南景天SaWRKY7基因对镉胁迫的响应研究

【目的】镉对植物具有高毒性,WRKY转录因子广泛参与植物逆境胁迫。研究镉诱导下WRKY基因的胁迫响应和抗性机制。【方法】以超积累型东南景天为试材,通过PCR克隆得到1个东南景天WRKY转录因子家族基因序列,结合生物信息学方法,分析其蛋白质结构和亲缘关系,构建GFP(绿色荧光蛋白)融合蛋白,观察其亚细胞定位,利用酵母验证其转录激活活性,通过qRT-PCR分析在镉胁迫下该基因的表达特性和组织特异性。【结果】获得了1条新的东南景天WRKY转录因子家族基因并命名为SaWRKY7,包含完整的开放阅读框,长度为1 011 bp,共编码336个氨基酸,为WRKY基因家族Ⅱd成员。SaWRKY7定位在细胞核,属于核蛋白,不具有转录自激活活性。SaWRKY7在东南景天的根、茎、叶中均有表达,且在根中相对有较高的表达量。与对照相比,在100 μmol/L CdCl₂处理0.5 h时,SaWRKY7在根茎叶中有较高的表达量,随后逐渐降低,属于早期诱导表达基因。【结论】SaWRKY7为WRKY转录因子家族成员,该基因定位在细胞核,不具有转录自激活活性,在早期响应镉胁迫诱导表达,推测其可能在东南景天镉积累或镉耐受过程中发挥重要作用。     

一类植物中特有的转录因子——AP2/EREBP转录因子家族

AP2/EREBP转录因子家族是一类在植物中特有的转录因子.该家族转录因子的共同特点是其DNA结合域为保守的AP2/EREBP结构域.根据所含保守结构域数目,该家族分为AP2和EREBP两个亚族.AP2亚族转录因子与调控植物生长发育有关,EREBP亚族转录因子应答植物非生物逆境胁迫.本文就AP2/EREBP类转录因子的结构特征、功能、与靶元件的作用模式、对基因的调控表达以及最新研究进展做全面性的综述.     

转录率对无延迟基因转录调节系统的影响

利用计算机模拟方法分别研究基因转录调节系统两种模型中转录率对蛋白质浓度的影响.结果表明,在正反馈模型中转录率能诱导基因开关转换;在正负反馈模型中转录率能调节蛋白质浓度的振荡幅度.     

真核细胞基因转录抑制机制的研究

真核细胞的基因转录抑制受多方面的调节,目前的研究已经揭示了转录因子产生转录抑制的分子机制,蛋白之间的相互作用产生的转录抑制等几方面的作用机制.研究了全酶与基因的转录、染色质与真核基因转录抑制、干扰激活因子活性等,在真核细胞基因转录抑制中起的作用.     

磷酸酶PPM1G与IKKi相互作用下调IRF的转录活性

为了研究磷酸酶PPM1G对IRF信号通路的影响,首先在真核细胞中成功表达了HA-PPM1G蛋白质。应用双荧光报告系统,研究了PPM1G对IRF信号通路的影响。结果显示,过表达PPM1G能够显著抑制IKKi激活的IRF转录活性。进一步免疫共沉淀的实验结果表明,PPM1G和IKKi在细胞内存在相互作用。     

人NLK上游启动子区的克隆与鉴定

初步鉴定并分析NLK上游启动子,为研究其转录调控打下基础。对NLK基因翻译起始位点上游约1 958 bp的序列分别进行生物信息学分析,以PCR技术扩增以上序列并测序。将PCR所得到的NLK上游片段进一步克隆到PGL-3basic载体中,构建荧光素酶报告基因质粒PGL-3basic-luc。通过荧光素酶报告基因实验检测上述启动子的活性。成功构建了包含NLK基因上游启动子序列的荧光报告系统,经荧光素酶报告基因实验证明该重组质粒体具有转录活性。构建的NLK基因上游启动子报告基因载体为进一步研究NLK基因的转录调控机制奠定了基础。     

植物抗盐碱、耐干旱基因工程研究进展

综述了近年来国内外克隆、鉴定的抗盐、耐旱基因中细胞相容性物质合成基因及其来源、作用机制,及它们在转基因植物中的遗传稳定性及转基因植物的抗盐、耐旱性等;同时对抗盐;耐旱的信号传导和转录因子等的研究作了概述。     

真核基因表达的转录调控

真核基因的表达受到多层次的调控,其中最为重要的是转录水平的调控。本文从三个方面—基因自身结构、特殊顺序的DNA结合蛋白、环境因子论述了基因表达的转录控制,以期提供一些重要线索。     

Characterization of Ordovician carbonate reservoirs, southeastern Saskatchewan, Canada

The discovery of the prolific Ordovician Red River reservoirs in 1995 in southeastern Saskatchewan was the catalyst for extensive exploration activity which resulted in the discovery of more than 15 new Red River pools. The best yields of Red River production to date have been from dolomite reservoirs. Understanding the processes of dolomitization is, therefore, crucial for the prediction of the connectivity, spatial distribution and heterogeneity of dolomite reservoirs.The Red River reservoirs in the Midale area consist of 3～4 thin dolomitized zones, with a total thickness of about 20 m, which occur at the top of the Yeoman Formation. Two types of replacement dolomite were recognized in the Red River reservoir: dolomitized burrow infills and dolomitized host matrix. The spatial distribution of dolomite suggests that burrowing organisms played an important role in facilitating the fluid flow in the backfilled sediments. This resulted in penecontemporaneous dolomitization of burrow infills by normal seawater. The dolomite in the host matrix is interpreted as having occurred at shallow burial by evaporitic seawater during precipitation of Lake Almar anhydrite that immediately overlies the Yeoman Formation. However, the low δ18O values of dolomited burrow infills (-5.9‰～ -7.8‰, PDB) and matrix dolomites (-6.6‰～ -8.1‰, avg. -7.4‰ PDB) compared to the estimated values for the late Ordovician marine dolomite could be attributed to modification and alteration of dolomite at higher temperatures during deeper burial, which could also be responsible for its 87Sr/86Sr ratios (0.7084～0.7088) that are higher than suggested for the late Ordovician seawaters (0.7078～0.7080). The trace amounts of saddle dolomite cement in the Red River carbonates are probably related to "cannibalization" of earlier replacement dolomite during the chemical compaction.     

A computer generator for randomly layered structures

AcomputergeneratorforrandomlylayeredstructuresYUJia shun1,2,HEZhen hua2(1.TheInstituteofGeologicalandNuclearSciences,NewZealand;2.StateKeyLaboratoryofOilandGasReservoirGeologyandExploitation,ChengduUniversityofTechnology,China)Abstract:Analgorithmisintrod…     

海南岛地体及其毗邻陆缘晚中生代—新生代古地磁研究和构造演化

本文叙述了对海南岛及其毗邻大陆边缘白垩纪到第四纪地层岩石进行古地磁研究的全部工作过程。通过分析岩石中剩余磁矢量的磁偏角及磁倾角的变化,提出海南岛白垩纪以来经历的构造演化模式如下:早期伴随顺时针旋转而向南迁移,后期伴随逆时针转动并向北运移。联系该地区及邻区的地质、地球物理资料,对海南岛上述的构造地体运动提出以下认识:北部湾内早期有一拉张作用,主要是该作用使湾内地壳显著伸长减薄,形成北部湾盆地。从而导致了海南岛的早期构造运动,而海南岛后期的构造运动则主要是受南海海底扩张的影响。海南地体运动规律的阐明对于了解北部湾油气盆地的形成演化有重要的理论和实际意义。     

Exciton Seebeck in Molecular Systems

Various applications relevant to the exciton dynamics,such as the organic solar cell,the large-area organic light-emitting diodes and the thermoelectricity,are operating under temperature gradient.The potential abnormal behavior of the exicton dynamics driven by the temperature difference may affect the efficiency and performance of the corresponding devices.In the above situations,the exciton dynamics under temperature difference is mixed with