蚕豆萎蔫病毒中国分离物RNA2全序列及多聚蛋白切割位点

对蚕豆萎蔫病毒2(BBWV2)分离物B935 RNA2全序列进行了测定,全长由3 601个核苷酸组成(不包括3'端Poly(A)).RNA2包含一个长的开读框,该开读框起始于231位,终止于3 428位,编码一个分子量为119 ku的多聚蛋白.对外壳蛋白亚基N端氨基酸序列测定表明外壳蛋白大亚基(LCP)和小亚基(SCP)是由119 ku多聚蛋白中谷酰胺与甘氨酸及谷酰胺与丙氨酸之间的切割产生的,LCP含有402个氨基酸,SCP含有197个氨基酸.与蚕豆病毒属(Fabavirus)病毒基因组核苷酸及编码的蛋白质氨基酸序列比较表明,B935与BBWV2分离物及广藿香轻花叶病毒具有很高的同源性,而与BBWV1分离物的同源性较低.B935与豇豆花叶病毒属(Comovirus)和线虫传多面体病毒属(Nepovirus)的基因组结构相似,但序列同源性很低.B935与豇豆病毒属病毒的LCP和SCP氨基酸具有共同的保守序列.用4株单克隆抗体进行TAS-ELISA测定表明B935与BBWV1分离物(NRS和PH3)抗原上有差异.     

烟草坏死病毒植物病毒载体的构建

烟草坏死病毒A是单链RNA病毒，它的全基因组序列已被测出，含有6个开放表达阅读框。利用套叠PCR的方法将克隆于pMD18-T载体上烟草坏死病毒A基因的ORFⅣ与ORFⅤ（外壳蛋白）之间的非编码区形成突变SphI位点，最后将突变后的TNV-A全基因插入植物表达载体pE1802的SadI／SmaI之间，构建成植物病毒载体pE1802-TNV。     

啤酒花潜隐病毒新疆分离物的全基因组序列分析

对新疆啤酒花上获得的HpLV分离物HpLV-XJ进行了全长克隆和基因组序列分析。结果显示:HpLV-XJ的全基因组序列为8612个核苷酸(nt)(不包括poly A),含有6个开放阅读框(ORF),分别编码224 kDa(ORF1)、25kDa(ORF2)、11 kDa(ORF3)、7 kDa(ORF4)、34 kDa(ORF5)、和12 kDa(ORF6)蛋白。序列相似性分析结果表明,HpLV-XJ与HpLV(GenBank:AB032469)序列相似性达98.5%,6个开放阅读框的核苷酸序列相似性分别为98.3%、99.0%、97.6%、96.7%、99.5%和98.4%;由此推导的氨基酸序列相似性分别为98.6%、98.7%、97.2%、95.0%、99.4%和98.1%,各个基因的核苷酸序列和蛋白的氨基酸之间存在着一定的差异。     

五种蓝舌病毒的分子系统(英文)

对蓝舌病毒(BTV)血清型2、11和13的双链RNA中L3基因的全序列进行了测定,该基因编码这种病毒的重要内壳蛋白质(VP3),应用前人测定的血清型10和17的BTV的L3基因序列,共5种美国存在的BTV的L3基因。该病毒的每种L3基因片断都有2772个核苷酸,包含一个开放读框(ORF)。这个开放读框(ORF)编码由901个氨基酸组成的蛋白质,VP3(分子量103kD),其等电点为6 0。用这5种蓝舌病毒血清型的核苷酸和氨基酸序列进行分子系统学分析发现,BTV-2血清型与BTV-10、11、13和17的距离较远,美国的五种血清型BTV可分为两个不同的类群。     

五种蓝舌病毒的分子系统

对蓝舌病毒(BTV)血清型2、11和13的双链RNA中L3基因的全序列进行了测定,该基因编码这种病毒的重要内壳蛋白质(VP3),应用前人测定的血清型10和17的BTV的L3基因序列,共5种美国存在的BTV的L3基因.该病毒的每种L3基因片断都有2772个核苷酸,包含一个开放读框(ORF).这个开放读框(ORF)编码由901个氨基酸组成的蛋白质,VP3(分子量103kD),其等电点为6.0.用这5种蓝舌病毒血清型的核苷酸和氨基酸序列进行分子系统学分析发现,BTV-2血清型与BTV-10、11、13和17的距离较远,美国的五种血清型BTV可分为两个不同的类群.     

MOLECULAR PHYLOGENCY OF FIVE BLUETONGUE VIRUSES

对蓝舌病毒(BTV)血清型2、11和13的双链RNA中L3基因的全序列进行了测定,该基因编码这种病毒的重要内壳蛋白质(VP3),应用前人测定的血清型10和17的BTV的L3基因序列,共5种美国存在的BTV的L3基因.该病毒的每种L3基因片断都有2772个核苷酸,包含一个开放读框(ORF).这个开放读框(ORF)编码由901个氨基酸组成的蛋白质,VP3(分子量103kD),其等电点为6.0.用这5种蓝舌病毒血清型的核苷酸和氨基酸序列进行分子系统学分析发现,BTV-2血清型与BTV-10、11、13和17的距离较远,美国的五种血清型BTV可分为两个不同的类群.     

五种蓝舌病毒的分子系统

对蓝舌病毒(BTV)血清型2、11和13的双链RNA中L3基因的全序列进行了测定，该基因编码这种病毒的重要内壳蛋白质(VP3)，应用前人测定的血清型10和17的BTV的L3基因序列，共5种美国存在的BTV的L3基因。该病毒的每种L3基因片断都有2772个核苷酸，包含一个开放读框(ORE)。这个开放读框(ORF)编码由901个氨基酸组成的蛋白质，VP3(分子量103kD)，其等电点为6.0。用这5种蓝舌病毒血清型的核苷酸和氨基酸序列进行分子系统学分析发现，BTV-2血清型与BTV-10、11、13和17的距离较远，美国的五种血清型BTV可分为两个不同的类群。     

利用酵母双杂交系统筛选与BnSmD1相互作用的蛋白

本研究以油菜BnSmD1为诱饵蛋白,利用酵母双杂交技术,从甘蓝型油菜cDNA文库中筛选出与之有相互作用的Arf-GTP酶激活蛋白1(Brassica napus ADP-ribosylation factor GTPase activating protein1,BnArf GAP1),采用RT-PCR扩增并克隆到3个油菜Arf GAP基因的开放阅读框全长序列,BnArf GAP1、BnArf GAP2和BnArf GAP3.BnArf GAP1和BnArf GAP2都拥有1个507bp的开放阅读框,编码168个氨基酸残基;与前两个基因相比,BnArf GAP3核苷酸序列中插入了一个93bp的带有终止密码子的外源片段,导致翻译的提前终止,它拥有1个249bp的开放阅读框,编码82个氨基酸残基.BnArf GAP1和BnArf GAP2核苷酸序列一致性达到98.22％;BnArfGAP1与BnArf GAP3核苷酸序列一致性达到82.83％,BnArf GAP2与BnArf GAP3核苷酸序列一致性达到84.17％.BnArf GAP1、BnArf GAP2和BnArf GAP3都含有一个C2结构域.     

甜菜夜蛾核多角体病毒（SeMNPV）gp 37基因的克隆及序列分析

通过鸟枪法克隆了甜菜夜蛾核多角体病毒（SeMNPV)基因组DNA EcoR I酶切的2．2kb片段,序列分析表明,该片段含有gp37基因,SeMNPV gp37基因的开放阅读框为801个核苷酸,编码268个氨基酸,预测蛋白质相对分子质量为30400,在gp37基因起始密码子上游有一典型的杆状病毒晚期基因启动子序列ATAAG,同其它昆虫杆状病毒和昆虫痘病毒GP37／Fusolin蛋白的比较结果表明,SeMNPV GP37与已知gp37/fusolin基因的氨基酸序列同源性较高（50－68％）,在其蛋白序列内存在类似的保守区和可能的N－连接糖基化位点,在SeMNPV gp37基因下游存在一个完整阅读框和部分get基因序列。     

闽南地区紫石斑(Epinephelus lanceolatus)幼鱼爆发性传染病的病原学研究

应用RT-PCR技术．检测了福建南部石斑鱼育苗场患病紫石斑鱼的病原．结果检出神经坏死病毒；对该病毒的RT-PCR产物进行了核酸测序和序列分析．与基因库中马拉巴斑和紫石斑神经坏死病毒编码病毒核衣壳蛋白的基因片段序列的同源性大于97％．病原菌分离鉴定结果．有2菌株分别是溶藻弧菌和豚鼠气单胞菌．对实验动物有一定的毒力．药敏试验表明这些菌株对常用抗生素表现耐药．临床症状和实验结果都表明．神经坏死病毒感染是导致石斑鱼大批死亡的主要原因．而溶藻弧菌和豚鼠气单胞菌应为继发感染．加重了病情．使更多的石斑鱼死亡．     

斜带石斑鱼神经坏死病毒主衣壳蛋白的原核表达与纯化

将含有斜带石斑鱼Epinephelus coioides神经坏死病毒(orange-spotted grouper nervous necrosis virus,OGNNV)主衣壳蛋白(major capsid protein, MCP)基因的重组表达质粒载体pET32a-MCP转化到大肠杆菌BL21(DE3)中进行融合表达,经SDS-PAGE分析和Western-blot鉴定,证实了重组大肠杆菌融合表达了斜带石斑鱼神经坏死病毒主衣壳蛋白.表达的融合蛋白主要以不可溶的包涵体形式存在,提取的包涵体中融合蛋白含量占60%以上,经柱层析纯化蛋白,纯化度达90%以上.     

斜带石斑鱼转化生长因子β1（TGF β1）基因的克隆及表达分析

  转化生长因子β1（TGF β1）是一种高度保守的多效细胞因子。通过分子克隆得到了斜带石斑鱼Epinephelus coioidesTGF β1 cDNA全长序列,全长为2 477 bp,开放阅读框为1 161 bp,编码一种含386个氨基酸的多肽。Realtime PCR分析表明,TGF β1基因在健康斜带石斑鱼所取组织中均有表达,肾脏中表达最高,其次是头肾和脾脏。用PolyI:C或ConA刺激斜带石斑鱼头肾淋巴细胞,TGF β1表达量明显上升,且在刺激4 h后达到最高值。用PolyI:C刺激16、24 h后,TGF β1几乎不表达,而用ConA刺激实验组,TGF β1表达量一直高于对照组。结果说明,斜带石斑鱼TGF β1基因结构和表达特征与其他硬骨鱼类具有高度相似性。     

猪2型圆环病毒福建析的全基因组克隆与序列分析

根据已发表猪2型圆环病毒PCV2序列设计两对特异性扩增引物对福建龙岩市某规模化猪场疑似PCV2感染病例进行PCV2的检测与全基因组克隆,经测序与序列拼接,获得了PCV2福建株全基因组序列PCV2-LY.序列分析结果表明,PCV2-LY全长1767 bp,与国内外各分离株同源性在95.1 %-98.0%之间,ORF1氨基酸同源性在97.1%-99.6%之间,而ORF2氨基酸同源性在92.7%-99.1%之间     

Differentiation of Epinephelus moara from E. bruneus by improved nest-tetra-primer-specific PCR

Epinephelus moara and E. bruneus are closely related species in the genus Epinephelus (Perciformes, Serranidae). Their morphological similarity, changing color pattern at different stages and living conditions make them difficult to be differentiated. To identify these two species, an improved nest-tetra-primer-specific PCR assay was developed. Three specific molecular markers, the control region NC1 (394 bp), species-specific internal region ND2-M (268 bp) and ND2-B (122 bp), were identified in the mitochondrial ND2 gene from these two grouper species. Five markers were also discovered in the ITS1 regions of their nuclear ribosomal DNA, which were the control regions NC2 (588 bp) and NC3 (563 bp), and species-specific internal regions rDNA-M (426 bp), ITS1-M (488 bp) and ITS1-B (304 bp). This method provided a highly specific, precise, reliable and rapid molecular marker technique to discriminate between the two grouper species, as well as a new way of DNA identification to differentiate closely related species in fishes.     

猪色素上皮衍生因子的电子克隆及序列分析

用鼠的色素上皮衍生因子cDNA序列在猪的ESTs库进行BLASTn搜索,得到一系列不同大小的ESTs片段,经拼接得到完整cDNA序列.序列分析显示该cDNA长1 425 bp,有一个1 242 bp的开放阅读框,编码413个氨基酸,5’非编码区长53 bp,3’非编码区长130 bp,有一个加尾序列和多聚腺苷酸尾巴.其核苷酸序列与牛、人和鼠的同源性分别为89%、87%和82%,氨基酸的同源性分别为89%、87%和84%,且有保守的糖基化位点、半胱氨酸位点和serp in基序,说明所克隆的cDNA序列为猪的PEDF全长cDNA.     

Regulatory role of the sequences downstream fromnodD3 P1 promoter ofRhizobium meliloti

The 660 bp region betweennodD3 P1 promoter and the following coding region ofRhizobium meliloti has been studied. This region is designated “downstream sequences”. It consists of two potential open reading frames, ORF1 and ORF2. Studies on the role of the downstream sequences on the activity ofnocD3 P1 with nod D3(P1)-IacZ fusion show that deletion of the sequences containing ORF2 causes the increase of the activity of the fusion; on the contrary, addition of extra copies of ORF2 markedly decreases the activity of the fusion. These results indicate that the product of ORF2 plays a negative role in the expression ofnod D3.