利用Bacillus licheniformis NK-03合成聚谷氨酸及其合成酶基因pgsBCA的克隆

分离到一株能合成γ-聚谷氨酸(γ-PGA)的细菌,通过16S rRNA序列同源性分析、计算机微生物分类鉴定系统BIOLOG-System 4.20等方法,确立该菌株为地衣芽孢杆菌,命名为Bacillus licheniformis NK-03.该菌合成的γ-PGA所含的L-谷氨酸单体可高达98%,且重均分子量(Mw)为1360000.另外,利用pXMJ19质粒将B.licheniformis NK-03的γ-PGA合成酶基因pgsBCA克隆到了Escherichia coli JM109中,使其成功表达合成了重均分子量为42 433的γ-PGA.同时,通过比较B.licheniformis NK-03与已报道菌株pgsBCA基因编码氨基酸序列的同源性,发现基因簇中pgsC基因编码的氨基酸序列最为保守.     

乌江网箱养殖丁(魚歲)细菌的分离与分子鉴定

利用微生物学常用的细菌分离、纯化方法从丁(魚歲)中分离出9株菌株,编号分别为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ.分别扩增出9株菌株的16S rRNA基因约600 bp的片段,并对其测序,将测序结果输入到NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)中,用BLAST工具对序列进行同源性比对分析,并利用MEGA4绘制系统进化树,结果表明:9株菌株的16S rRNA基因测序结果分别与不动杆菌(Acinetobacter)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophi-la)、希瓦氏菌(Shewanella baltica)、不动杆菌(Acinetobacter)、希瓦氏菌(Shewanella baltica)、霍乱弧菌(Vibriocholerae)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、杀鲑气单胞菌(Aeromonas salmonicida)、肺炎克雷伯氏菌(Klebsiellapneumoniae)的16S rRNA基因的核苷酸序列同源,同源性分别为96%,99%,99%,97%,98%,98%,99%,98%,98%.9株菌株的系统进化树明显分为3支,Ⅰ和Ⅳ聚为一支,Ⅶ独聚一支,Ⅱ、Ⅲ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅷ、Ⅸ聚为一支,其中Ⅱ和Ⅷ相聚,Ⅲ和Ⅴ相聚后再与Ⅵ相聚,最后与Ⅸ相聚.     

16S rRNA序列分析在多杀巴斯德氏菌鉴定中的应用

目的应用16s rRNA序列分析方法,对多杀巴斯德氏菌进行鉴定。方法采集猝死家兔样本,进行病理组织学检查和病原菌分离培养。针对细菌16S rRNA基因保守区序列设计一对引物,以分离菌株抽提的DNA为模板,进行PCR扩增及16S rRNA序列分析。结果从死亡家兔肺脏中分离鉴定出了一株多杀巴斯德氏菌(PMr0901)。将分离菌株序列与GenBank中收录的序列进行比较,BLAST分析结果显示PMr0901与多杀巴斯德氏菌参考菌株PM70的16S rRNA核苷酸同源性大于99%。分离菌株对阿莫西林/克拉维酸、头孢曲松、左氧沙星、四环素敏感,而对青霉素G已产生耐药性。结论16s rRNA序列分析的分子生物学方法可用于病原菌的鉴定。     

貉源犬瘟热病毒昌黎株的分离鉴定及其H基因序列分析

为了解河北省毛皮动物犬瘟热病毒的流行及遗传变异情况,采用Vero细胞从具有犬瘟热临床症状的貉肺脏样品中分离出一株病毒,经过间接免疫荧光、RT-PCR和动物回归试验等鉴定,分离的病毒为犬瘟热病毒(CDV),命名为CDV CL14株。对该病毒血凝蛋白H基因进行克隆测序和遗传进化分析表明,CDV CL14分离株属于Asia-1型,为我国的流行毒株,H基因核苷酸及其编码氨基酸序列与我国流行毒株有较高的同源性,其中核苷酸同源性最高的为He B(09)1株和LN-13-1株,同源性同为99.1%,而氨基酸同源性最高的为LN-13-1株,同源性为99.3%。     

鸡源致病性大肠杆菌的分离鉴定及药敏试验

为了解鸡源致病性大肠杆菌的生物学特性和耐药性,试验通过采集病料、细菌分离培养、16S rRNA基因鉴定、致病性试验、药敏试验等方法。结果表明:分离出的20株细菌的培养特征、镜检特征均符合大肠杆菌特征;16S rRNA基因序列经BLAST比对与大肠杆菌同源性达99.9%～100%,确定20株分离菌为鸡源大肠杆菌;20株大肠杆菌的致病力为40%～100%;10株鸡源致病性大肠杆菌对15种抗菌药物均呈现多重耐药,耐药率为33.3%～93.3%,耐药情况较严重和复杂。     

一株野生鹧鸪源冠状病毒主要结构基因进化特性分析

从野生禽类鹧鸪的喉气管拭子中分离到1株冠状病毒，命名为Partridge/GD/S14/2003（简写为S14）.通过RT-PCR扩增、克隆测序获得了该毒株的全基因组序列（AY646283），序列经DNAstar分析发现，S14毒株与肾型毒株JX1-99，TJ2-96 S1基因同源性最高，分别达到94.6%和93.4%，并且该毒株的S1基因还和QXIBV，LX4株也存在高度亲缘性，分别达到85%和84.3%，同时对S14 S1基因BLAST时发现只有上述毒株和S14有高度同源.由此推测该鹧鸪分离株S14的进化可能与IBV肾型和腺胃型病毒存在一定关系.序列分析表明，S14毒株与GenBank中注册序列QXIBV，LX4的S2基因同源性最高分别达到97.2%和90.6%，都处于Ⅱ群.M基因系统进化树研究发现，S14处于Ⅲ群，与SAIB20，GD698同源性最高，分别达到90.6%和90.2%；而与其S1，S2基因同源较高的BJ，QXIBV株，M基因的进化关系却较远.N基因同源性和系统进化树分析发现，Ⅰ群毒株可能为H52和Gray株发生重组的结果，Ⅱ群毒株可能为H120和D1466等毒株重组的结果，而S14株处于Ⅲ群，其N基因与QXIBV高度同源，达到95.7%，Ⅳ群为肾型分离株.而与其M基因亲缘性最近的SAIB20，GD698则分处Ⅰ，Ⅳ进化群.     

基于16S rRNA和16S-23S rRNA基因间隔区序列探讨陆生和水生螺原体菌株的系统发生关系

采集江苏省养殖池塘内发病的中华绒螯蟹、克氏原螯虾和南美白对虾,利用已有螺原体16S rRNA和23S rRNA基因序列保守引物扩增并测序16S rRNA和16S-23S rRNA基因间隔区序列(ISRs).基于已获得的序列和GenBank中下载的螺原体序列分别进行同源性比对,比对的结果分别利用PAUP软件和MrBaye...     

一株拮抗姜瘟青枯劳尔氏菌的泛菌的分离及鉴定

从生姜田土中分离到一株对姜瘟青枯劳尔氏菌(Ralstonia solanacarum)有强拮抗作用的泛菌菌株Q6，对该菌株进行了形态特征、培养特征、生理生化特征的鉴定及16S rDNA 序列的分析.以16S rDNA序列为基础构建了包括12 株相关种属细菌在内的系统发育树，其中与11个泛菌属的菌株的16S rDNA序列的同源性为95.54%～99%.     

一种引起脊尾白虾红体病病原菌的初步研究

2012年7月,浙江舟山某试验场暂养的脊尾白虾暴发一种较为严重的传染性疾病,病虾身体发红,额剑发黑,反应迟钝,摄食减少,一周内发病死亡率达到30%左右,并有迅速蔓延趋势。从病虾的血淋巴液和肝胰腺中分离到一株优势细菌XS1207005。人工感染试验结果表明,该菌株对健康脊尾白虾有较强的致病性,且感染发病的脊尾白虾与自然发病虾有相同的临床症状,确定该菌株为脊尾白虾红体病的病原菌。采用常规生理生化指标测定、16S rDNA和热激蛋白HSP60(heat shock protein)基因序列分析对病原菌进行分类鉴定,序列分析结果表明,16S rRNA基因序列与弧菌属相应的序列同源性最高;HSP60基因序列与哈维氏弧菌相应的序列同源性为99.6%,而与其他弧菌属细菌的HSP60基因同源性均小于91%,结合生理生化测定结果,确定菌株XS1207005为哈维氏弧菌。药敏试验结果表明,先锋噻肟、复方新诺明、利福平、先锋必、菌必治、氟哌酸、复方欣及氧氟沙星等8种药物对该菌株有明显的抑制作用。     

3种鲍16S rDNA基因片段序列的初步研究

本文对引自日本的盘鲍（Haliotis discus discus)、皱纹盘鲍（H.discus hannai)和大鲍（H.gigantiea)3个自然群体的线粒体DNA 16S rRNA基因片段进行了扩增和测序，分析了528bp的碱基序列，结果显示：3种鲍的基因序列中A＋T含量为56.74%-57.12%。3个自然群体间碱基片段序列差异不显著，盘鲍与皱纹盘鲍、大鲍彼此均仅有1处核苷酸检测到变异，皆为碱基转换，同源性为99.81%；皱纹盘鲍与大鲍有2处碱基转换，同源性为99.61%。16S rRNA基因在鲍属内表现出很高的保守性。     

2株嗜碱性放线菌的分离鉴定及特性研究

从新疆巴洲和硕县碱性土壤中分离纯化出2株放线菌菌株XJ-1和XJ-4,对其形态特征、生理生化特性、抗生素产生以及16S rRNA基因序列分析等方面进行了多种特性研究.结果表明.2株放线菌在pH7.0的中性条件下不能生长,在pH12.0的强碱性条件下能够生长,最适生长pH为10.0,属于嗜碱性放线菌.2株放线菌菌株能耐受10%的NaCl,最高耐受温度为45℃.菌株XJ-1产生抗生素,能抑制柑橘绿霉菌、水稻轮纹菌、棉花枯萎菌和小麦赤霉菌的生长.16S rRNA基因同源性分析表明XJ-1属于拟诺卡氏菌属的Nocardiopsis dassonvillei,序列相似性达到了99.9%.而XJ-4与Nocardiopsis. sp. AF-333的序列相似性达到了99.3%,有可能是一新种.     

猪流行性腹泻病毒变异株的分离鉴定及其S基因序列分析

为分析山东省2016年上半年猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行株变异情况,用Vero细胞从仔猪临床腹泻样品中进行病毒分离,通过细胞病变(CPE)观察、聚合酶链式反应(PCR)方法、免疫荧光(IFA)试验、电镜观察、动物回归试验和测序分析,分离鉴定1株PEDV毒株(SDMY1401株).将该毒株进行S基因序列分析和遗传进化分析,结果表明该毒株为PEDV流行变异株.该毒株S基因核苷酸序列与山东省分离株CH-SDZC-2015和河南省分离株CHHNAY-2015同源性最高为99.4%,与疫苗毒株CV777同源性为94%.遗传进化分析表明该毒株与经典毒株DR13、疫苗毒株CV777及以前国内分离毒株在不同分支.     

中华鳖病原维氏气单胞菌的分子鉴定及分子分类学研究

气单胞菌是一类人和水产经济动物的严重致病菌,用分子进化手段鉴定一株分离自红脖子病甲鱼病灶部位的菌HBJY01,同时探讨气单胞菌的进化地位.克隆HBJY01的16S rRNA和gyrB基因,鉴定该菌的属种.用16S rRNA和gyrB基因通过构建系统进化树和计算序列两两间遗传距离的方法,探讨气单胞菌的进化地位.HBJY01的16S rRNA和gyrB基因与维氏气单胞菌的相应基因同源性最高,经分子鉴定为维氏气单胞菌.气单胞菌应独立于弧菌科,单独形成一个科,即气单胞菌科(Aeromonadaceae).     

高产5-氨基乙酰丙酸光合细菌株的分离鉴定

从不同生态环境中分离培养出20株光合细菌,进行5-氨基乙酰丙酸(5-ALA)的产量检测,筛选出一株分离自广州市云溪公园池塘底泥的菌株R5,其5-ALA产量最高,达4.92 mg/L.为了确定菌株R5的分类学地位,对该菌株的形态学、碳源利用情况等生理生化特性进行了研究,表明该菌株符合红假单胞菌属的生物学特征;以菌株R5基因组DNA为模板PCR扩增16S rDNA基因,对PCR产物进行了序列测定,将所测得的核酸序列与相关细菌的16S rRNA序列进行比对,并构建进化树进行系统发育分析,发现菌株R5与沼泽红假单胞菌株KUGB306(Rhodop-seudom onas palustrisKUGB306)形成一个类群,序列同源性为99%.故最后确定该高产5-ALA的菌株属于红假单胞菌属(Rhodopseudom onas).     

一株奇异变形杆菌鉴定及其抗生素敏感性分析

为鉴定临床上分离到的1株致病菌和研究其抗生素药敏性,对其进行菌落形态观察、生化鉴定、16S r RNA分析、药敏试验和产ESBLs的检测.结果表明:BX17生长特性和生化指标都符合奇异变形杆菌的典型特征;其16S rRNA序列与其它奇异变形杆菌株系的16S rRNA序列一致性最高,高达99%以上;在系统进化树上,BX17与奇异变形杆菌TCR20和TCR46的亲缘关系最近.因此,结合上述三方面的结果,致病菌BX17被鉴定为奇异变形杆菌.在6类12种常用抗生素中,奇异变形杆菌BX17仅对氟喹诺酮类、β-内酰胺类和氨基糖苷类抗生素高度敏感,但对四环素类和大环内酯类抗生素耐药,这种耐药性不是通过产生超广谱β-内酰胺酶而产生.本研究可为预防和控制奇异变形杆菌相关疾病奠定良好的理论基础.     

山葵黑根病拮抗菌的筛选和应用

从山葵种植土壤中分离到一株对山葵墨入菌(Phoma wasabiae Yokogi)有强拮抗作用的菌株SA2.通过形态观察、生理生化实验及16S rDNA同源性序列分析，鉴定SA2为一株苏云金芽孢杆菌.盆栽和田间小区实验表明，A2对山葵黑根病有较好的防治效果，田间防效最高达78.98%.     

鹅细小病毒C日v强毒株VP3基因克隆及遗传进化

根据Genbank中的鹅细小病毒(GPV)B株全基因序列,设计合成一对引物,应用PCR技术扩增了GPV强毒株CHv的VP3基因片段,将扩增后的VP3基因重组到pMD18-T质粒载体上,并对擂人片段进行序列测定,将测序结果及由该结果推导的氨基酸序列与国内外分离的GPV,M DPV,PPV和CPV等不同宿主的细小病毒的VP3进行比对分析.结果表明:中国四川分离的GPV CHv株VP3基因长1 605 bp,编码 534个氨基酸,与国内外10株GPV的VP3基因进行比较,核苷酸同源性为93.4%-99.8%,氨基酸同源性为96.5%99.3%,其变异较小,是GPV保持一个血清型的分子基础.与番鸭细小病毒的核苷酸和氨基酸同源性分别为79.6%和89.9%,而与其他种属的细小病毒同源性均在30%以下,表明它们与GPV CHv株亲缘关系较远.     

美洲雁源金黄色葡萄球菌的PCR检测

本试验对从临床病死美洲雁的病料中分离得到的一株致病菌进行了16s rRNA基因片段的扩增,将扩增产物与pMD18-T载体连接构建克隆载体,经PCR和酶切鉴定正确后测序,测序结果与GenBank中已注册菌株的16s rRNA基因序列进行同源性比较,结果与金黄色葡萄球菌的序列同源性达到97%.由此判定感染病鸭的是金黄色葡萄球菌.     

成都地区60株铜绿假单胞菌中第I类整合子的鉴定及特性分析

采用两种PCR法(整合酶PCR法和长片段整合子PCR法)检测60株成都地区4家医院分离的铜绿假单胞菌的第Ⅰ类整合子,并对扩增产物进行序列分析.对60株铜绿假单胞菌第Ⅰ类整合酶基因的检测,发现有28株扩增结果为阳性(46.7%),所扩增片段的大小为110 bp.测序结果与GenBank中已报道的ⅠntI1基因核酸序列同源性为100%.长片段PCR法扩增Ⅰ类整合子的可变区,60株铜绿假单胞菌中有18株检测到不同大小的Ⅰ类整合子基因盒,占标本总数的30.0%.插入的基因盒大小从300 bp到超过2000 bp不等,18株整合子阳性菌中,有两株菌同时含有2种大小不同的整合子.序列分析结果表明,菌株R03的1900 bp 整合子携带aacA4基因盒,菌株W13的1900 bp整合子中含dfr17和aadA5基因盒.     

泥鳅和黄鳝18S rRNA基因的克隆与序列分析

通过自行设计引物, 扩增且测定了泥鳅和黄鳝18S rRNA基因部分序列, 并讨论了后生动物18S rRNA基因的碱基含量变化情况. 结果表明, 泥鳅和黄鳝的18S rRNA基因部分序列长度均为1 204 bp, 泥鳅该基因序列GC含量为53.74%, 黄鳝该基因序列GC skew为0.082, 两条序列同源性为99.67%. 将它们和大西洋鲑3个物种的18S rRNA基因与其线粒体12S rRNA,16S rRNA,Cyt b和D loop区4基因进行序列比较, 发现核18S rRNA最保守, 而线粒体D loop区基因进化速率最快. 从GenBank中选择已测定的4种鱼纲动物和11种脊索动物的同源序列, 分别运用NJ法、 MP和ML法, 构建6种鱼纲动物和13种脊索动物的分
子系统树, 结果均显示, 在鱼纲动物系统树中, 6种鱼纲动物被分为软骨鱼类和硬骨鱼类两大支; 在脊索动物的系统树中, 鱼纲与脊椎动物的四足类形成姐妹群, 表明它们在系统发育过程中具有同等重要地位.