中国明对虾与5种虾类线粒体16S rRNA和COI基因片段的序列比较及其系统学初步研究

采用PCR扩增和序列测定等技术,对中国明对虾（Fennerpenaeus chinem如）线粒体DNA16S rRNA和细胞色素氧化酶I（COI）基因片段进行了初步研究,分别得到16S rRNA和COI 2个基因片段的碱基序列,其中16S rRNA基因片段的大小为515bp,碱基A＋T,G＋C的组成分别为66．47％和33．53％;COI基因片段的大小为472bp,碱基A＋T,G＋C的组成分别为62．50％和37．29％．在2种基因片段中,AT的组成明显高于GC的组成,这与果蝇、虾类、蟹类等无脊椎动物的16S rRNA和COI基因片段的研究结果相似．通过对中国明对虾16S rRNA和COI 2个基因片段遗传特征的研究,16S rRNA只有8处核苷酸的碱基在4个群体间表现出差异,COI基因片段中共检测出24个多态性核苷酸位点,其种内变异较低。另外,将本研究所得序列与GenBank中对虾科5个种的16S rRNA基因片段序列进行比较后,发现其聚类关系与传统分类相一致．     

蝽亚科部分昆虫mt DNA-16S rRNA序列多态性分析(半翅目:蝽科)

以16S rRNA基因作为分子标记,对蝽亚科6种昆虫及外群异蝽科昆虫进行特异性扩增和序列测定,对序列的碱基组成、转换颠换、遗传距离等进行分析,探讨了16S rRNA基因在该亚科的分子进化机制.并基于16S rRNA基因序列数据,采用邻接法(NJ)建立蝽亚科部分昆虫分子系统发育关系[1].获得的16S rRNA基因序列片段的长度在439~441 bp之间,且保守性序列较多.该片段中碱基T,C,A,G的平均含量分别为32.9%,17.9%,40.5%,8.8%,A+T平均含量为73.4%,明显高于G+C含量(26.7%),存在较强的A+T含量偏向性;密码子第三位点A+T含量更高,达77.1%.通过测定该基因片段的序列发现,不同种群存在丰富的DNA序列多态性.     

泥鳅和黄鳝18S rRNA基因的克隆与序列分析

通过自行设计引物, 扩增且测定了泥鳅和黄鳝18S rRNA基因部分序列, 并讨论了后生动物18S rRNA基因的碱基含量变化情况. 结果表明, 泥鳅和黄鳝的18S rRNA基因部分序列长度均为1 204 bp, 泥鳅该基因序列GC含量为53.74%, 黄鳝该基因序列GC skew为0.082, 两条序列同源性为99.67%. 将它们和大西洋鲑3个物种的18S rRNA基因与其线粒体12S rRNA,16S rRNA,Cyt b和D loop区4基因进行序列比较, 发现核18S rRNA最保守, 而线粒体D loop区基因进化速率最快. 从GenBank中选择已测定的4种鱼纲动物和11种脊索动物的同源序列, 分别运用NJ法、 MP和ML法, 构建6种鱼纲动物和13种脊索动物的分
子系统树, 结果均显示, 在鱼纲动物系统树中, 6种鱼纲动物被分为软骨鱼类和硬骨鱼类两大支; 在脊索动物的系统树中, 鱼纲与脊椎动物的四足类形成姐妹群, 表明它们在系统发育过程中具有同等重要地位.     

16S rRNA基因技术在油藏微生物生态研究中的应用

分子生态学技术的发展大大促进了人们对环境中微生物群落的研究，也为研究油藏微生物群落和微生物采油技术提供了一个新的工具，尤其16S rRNA基因技术应用于油藏微生物生态研究．该技术克服了基于细胞水平研究方法的不足，能更准确、更客观地揭示油藏微生物的多样性、群落动态变化、种群结构及进化等方面的信息．文章简要综述了16S rRNA基因技术发展历程及在环境微生物生态学中的应用，详细概述了16S rRNA基因技术在油藏微生物生态研究中的地位和作用以及用于油藏微生物生态研究的16S rRNA基因技术，讨论了16S rRNA基因技术目前在油藏微生物生态研究中存在的问题，通过实例论证了该技术的现场应用效果，重点介绍了胜利油田利用T-RFLP、DGGE等分子生态学技术在河口采油厂罗801区块空气辅助微生物驱和单12区块内源微生物驱研究中的应用，阐明了分子生态学技术在微生物提高原油采收率研究中的重要的意义．     

纤维素降解混合培养物的16S rRNA基因序列分析

以牦牛瘤胃内容物为接种物,以滤纸为唯一碳源富集到一个降解纤维素的混合培养物.构建混合培养物的16S rRNA基因文库,共获得49个序列,分为7个OTU.其中19个序列与已培养细菌的16S rRNA基因相似性>97%,占总序列的38.8%;2个古菌的序列与甲烷菌的16S rRNA基因相似性分别为99%和98%,占总序列的4.1%;28个序列属于未培养细菌,占总序列的57.1%.未培养的序列形成4个独立的系统发育分支,其中3个未培养分支与在其他环境中的黏附在纤维素上的瘤胃细菌的16S rRNA基因序列相似性>97%,推测这3类微生物可能与纤维素降解相关.     

纤维素降解混合培养物的16S rRNA基因序列分析

以牦牛瘤胃内容物为接种物,以滤纸为唯一碳源富集到一个降解纤维素的混合培养物.构建混合培养物的16S rRNA基因文库,共获得49个序列,分为7个OTU.其中19个序列与已培养细菌的16S rRNA基因相似性97%,占总序列的38.8%;2个古菌的序列与甲烷菌的16S rRNA基因相似性分别为99%和98%,占总序列的4.1%;28个序列属于未培养细菌,占总序列的57.1%.未培养的序列形成4个独立的系统发育分支,其中3个未培养分支与在其他环境中的黏附在纤维素上的瘤胃细菌的16S rRNA基因序列相似性97%,推测这3类微生物可能与纤维素降解相关.     

鲟形目线粒体16S rRNA的部分序列变异及系统发生

采用通用引物对3种鲟形目（Acipenseriformes）鱼类,中华鲟（Acipenser sinensis）、俄罗斯鲟（Acipenser gueldenstaedtii）和匙吻鲟（Polyodon spathula）的16S rRNA基因部分片段进行扩增,并与NCBI数据库中获得另外6种鲟形目鱼类相应的16S rRNA序列部分进行比较,探讨鲟形目2个科5个属共9个种之间的遗传变异和亲缘关系.数据合并后用于分析的序列共514 bp,变异位点29个,含简约信息位点16个,单一信息位点13个.以多鳍鱼目（Polypteriformes）多鳍鱼属Polypterus ornatipinnis为外群,采用部分16S rRNA序列基于Kimura双参数模型构建其系统发育关系,结果表明：MP法和NJ法得到系统树基本相同,其科、亚科和属的分化上基本与传统形态学分类相吻合,另外,欧鳇与鲟属鱼类的分化也并不明显.值得注意的是,鲟亚科6个种所划分出的3个分支恰恰分别归属于3个地理区域,欧鳇、闪光鲟和俄罗斯鲟主要集中于黑海和里海流域等地区;中华鲟和达氏鲟分布在西北太平洋,中国长江流域以及朝鲜;而高首鲟则分布于东太平洋.     

产氢菌的16S -23S rDNA间隔区的长度变异性分析

生物制氢细菌Rennanqilyf3的16S rRNA gene(rDNA)-23S rDNA间隔区碱基序列被测定，利用PCR扩增间隔区DNA，间隔区碱基序列存在长度多态现象．用这一长度多态现象进行产氢发酵细菌的辨认和识别，产氢发酵细菌Rennanqilyf3的16S rRNA gene(rDNA)-23S rDNA间隔区的PCR产品从1270到398bp，共有5个序列，碱基数目分别为1270、398、638、437和436bp。     

中国沿海长蛸群体16S rRNA基因的遗传变异研究

采用线粒体16S rRNA基因序列测定技术,分析了我国沿海长蛸4个野生群体的遗传结构及其变异。经比对获得了1个长度为512 bp的核苷酸片段,检测到48个变异位点,占分析位点总数的9.4%,45个个体共检测到30个单倍型,单倍型多样性指数H为0.964 6,总体核苷酸多样性指数Pi为0.032 9,表现出较丰富的遗传多样性。AMOVA分析表明,4个长蛸群体间存在较高的遗传分化,82.07%的遗传差异存在于群体间,而仅有17.93%的遗传差异存在于群体内。聚类分析也表明4个群体可明显聚为2个类群,一个由大连、青岛和舟山群体组成,另一个由厦门群体组成;厦门群体与其它群体间的遗传距离达到0.094,遗传分化系数和基因流分别达到0.97和0.02,表明厦门群体与其它3个群体有着显著的遗传隔离,可能为亚种水平的分化。上述群体间的分化可能与长蛸自身的底栖生活方式、海区水文条件及地理历史因素等有关。     

“传统”垃圾填埋场渗滤液中古细菌16S rRNA基因的RFLP分析

"传统"垃圾填埋场渗滤液中古细菌群落的多样性通过不依赖于培养的分析而获得.将渗滤液中古细菌的16S rRNA基因片断(16S rDNA)选择性地扩增出来并用于构建16S rDNA克隆文库.文库内古细菌16S rDNA的遗传变异性通过RFLP分析(限制性内切酶Hha Ⅰ和Hae Ⅲ)而得到.80个随机选出的古细菌rDNA克隆子被划分为29个不同的RFLP型(组),其中最大的5个型共占所有被分析克隆子的53%左右,而其余24个型的丰度均处于相对较低的水平,其中16个型更仅含有1个克隆子.有关结果表明,对克隆16S rDNA片断的RFLP分析是评估复杂厌氧系统中微生物群落多样性的有力工具.     

16S rRNA测序在细菌鉴定中的应用

对分离获得的一株细菌P29,经聚合酶链式反应扩增后测定该菌株的16S rRNA基因序列,由16S rRNA基因序列比较可知,菌株P29与肠杆菌属和泛菌属亲缘关系最为接近,16S rRNA基因相似性达到99%.结合生理生化实验结果综合分析后,将其鉴定为泛菌属的成团泛菌.     

四川黑熊线粒体12S和16S rRNA基因的克隆及序列分析

利用哺乳动物线粒体基因的保守序列设计引物,采用PCR方法,首次从亚洲黑熊四川亚种（Ursus thibetanus mupinensis）的肌肉组织总DNA中扩增出了线粒体12S rRNA和16S rRNA基因并进行了序列测定及分析.结果表明,四川黑熊12S rRNA基因长965 bp;16S rRNA基因长1 580 bp.通过进一步的序列分析表明,四川黑熊的12S rRNA和16S rRNA基因有较高的进化速率,与美洲黑熊、棕熊、北极熊、眼镜熊及大熊猫的相应基因相比较有较大差异,其中与美洲黑熊的同源性相对较高.     

Mitochondrial 16S rRNA sequence variations and phylogeny of the Chinese sisorid catfishes

Partial sequences of mitochondrial 16S rRNA gene were obtained by PCR amplification for comparisons among nine species of glyptosternoid fishes and six species of non-glyptosternoids representing 10 sisorid genera. There are compositional biases in the A-rich unpaired regions and G-rich paired regions. A-G transitions are primarily responsible for the Ts/Tv bias in unpaired regions. The overall substitution rate in unpaired regions is almost two times higher than that in the paired regions. Saturation plots at comparable levels of sequence divergence demonstrate no saturation effects. Phylogenetic analyses using both maximum likelihood and Bayesian methods support the monophyly of Sisoridae. Chinese sisorid catfishes are composed of two majorlineages, one represented by (Gagata (Bagarius, Glyptothorax)) and the other by “glyptosternoids Pseudecheneis“. The glyptosternoids may not be a monophyletic group. A previous hypothesis referring to Pseudecheneis as the sister group of monophyletic glyptosternoids, based on morphological evidence, is not supported by the molecular data. Pseudecheneis is shown to be a sister taxon of Glaridoglanis. Pareuchiloglanis might be paraphyletic with Pseudexostoma and Euchiloglanis. Our results also support the hypothesis that Pareuchiloglanis anteanalis might be considered as the synonyms of Pareuchiloglanis sinensis, and genus Euchiloglanis might have only one valid species, Euchiloglanis davidi.     

海洋产灵菌红素细菌的基因分析与鉴定

报道了从大亚湾表面海水中分离到的１株海洋产灵菌红素细菌的分子鉴定结果．通过对该菌株１６ＳｒＲＮＡ基因的测定与分析,并与Ｇｅｎｂａｎｋ的数据进行比较,认为该菌属于假单胞菌属而不是色杆菌属．对于该菌株种的确定尚需进一步实验研究．     

The structure of ribosomal protein S5 reveals sites of interaction with 16S rRNA.

Understanding the process whereby the ribosome translates the genetic code into protein molecules will ultimately require high-resolution structural information, and we report here the first crystal structure of a protein from the small ribosomal subunit. This protein, S5, has a molecular mass of 17,500 and is highly conserved in all lifeforms. The molecule contains two distinct alpha/beta domains that have structural similarities to several other proteins that are components of ribonucleoprotein complexes. Mutations in S5 result in several phenotypes which suggest that S5 may have a role in translational fidelity and translocation. These include ribosome ambiguity or ram, reversion from streptomycin dependence and resistance to spectinomycin. Also, a cold-sensitive, spectinomycin-resistant mutant of S5 has been identified which is defective in initiation. Here we show that these mutations map to two distinct regions of the molecule which seem to be sites of interaction with ribosomal RNA. A structure/function analysis of the molecule reveals discrepancies with current models of the 30S subunit.     

褶累枝虫16SrRNA基因分析

以缘毛目褶累枝虫为研究材料,探索和建立了适用于较难培养的单细胞原生动物的分子生物学研究方法．并测定了褶累枝虫１６ＳｒＲＮＡ基因３′端１１１５个核苷酸．通过比较分析,从分子水平探讨了累枝虫属与缘毛目其它属之间的亲缘关系,为进一步重构原生动物的系统图提供最基本的资料．     

16S rRNA sequences reveal numerous uncultured microorganisms in a natural community.

Microbiologists have been constrained in their efforts to describe the compositions of natural microbial communities using traditional methods. Few microorganisms have sufficiently distinctive morphology to be recognized by microscopy. Culture-dependent methods are biased, as a microorganism can be cultivated only after its physiological niche is perceived and duplicated experimentally. It is therefore widely believed that fewer than 20% of the extant microorganisms have been discovered, and that culture methods are inadequate for studying microbial community composition. In view of the physiological and phylogenetic diversity among microorganisms, speculation that 80% or more of microbes remain undiscovered raises the question of how well we know the Earth's biota and its biochemical potential. We have performed a culture-independent analysis of the composition of a well-studied hot spring microbial community, using a common but distinctive cellular component, 16S ribosomal RNA. Our results confirm speculations about the diversity of uncultured microorganisms it contains.     

石油微生物16SrRNA基因PCR扩增研究

掌握石油微生物的16SrRNA基因保守区的扩增方法是先进分子水平鉴定微生物种类一种有效的实验方法。通过研究利用分子生物技术提高对石油微生物的了解,进行未来对石油的开采,摸索出石油微生物的DNA提取方法,16SrRNA基因的PCR扩增反应条件的研究进而初步鉴定菌种类型。本文是以大庆采油三厂分离纯化的石油微生物为实验材料,摸索合适的石油微生物基因组DNA的提取方法及合适的PCR扩增条件和反应体系,在本实验室后续开展石油微生物在分子水平方面的实践指导中有重要意义。