甲型H1N1流感病毒流行株基因组进化分析

2009年4月, 北美地区出现甲型H1N1流感疫情, 并且疫情快速扩散至欧亚非三大洲, 风险等级上升至5级. 截止至5月13日, 甲型H1N1流感病毒已扩散至33个国家和地区, 实验室确认病例5728例, 死亡61人. 从NCBI的IRV和GISAID的EpiFluDB数据库下载甲型H1N1流感病毒序列425条, 进行序列比对与进化分析. 分析结果显示: (ⅰ) 当前流行的甲型H1N1流感病毒是一个三重排A型流感病毒: HA, NA, MP, NP和NS来源于猪流感病毒; PB2和PA来源于禽流感病毒; PB1来源于人流感病毒. (ⅱ) 猪流感病毒的来源可细分为: HA, NP和NS来源于H1N1亚型经典猪流感毒株; NA和MP来源于H1N1亚型禽源猪流感毒株. (ⅲ) 甲型H1N1流感病毒在流行扩散过程中没有显著变异, 同时病毒基因组没有发生重排. 本文除了分析美国代表毒株A/California/04/2009(H1N1)外, 还以墨西哥代表毒株A/Mexico/4486/2009(H1N1)为主进行了同源性和进化分析, 地理范围相对较大, 分析结果更具科学性.     

对话舒跃龙:科学认识流感大流行

正流感病毒能感染多种动物宿主,包括野禽、家禽、哺乳动物等,当然也包括我们人类,它能变异组合成上百种不同的病毒,在不同的宿主之间传播.一旦一种新的动物流感病毒获得在人群中有效传播的能力,就会造成流感大流行.历史上发生过数次流感大流行,离我们最近的一次是2009年的甲型H1N1流感大流行.该病原是一种新的猪流感病毒,传入人群之后导致了全球的流感大流行.因此任何     

新甲型H1N1流感病毒血凝素基因(HA)突变网络结构

构建了新甲型H1N1流感病毒血凝素基因的变异网络图. 同源性比对表明, 来自墨西哥的一个病毒序列类型为此次新流感病毒的原始序列类型. 通过血凝素基因658A和1408T突变可将此新流感病毒序列分为墨西哥类型、过渡类型和纽约类型3个主要类型. 这3个类型在地理分布上具有明显差别.     

甲型H1N1流感病毒北美毒株的分子特征

以10个甲型流感病毒北美毒株的基因PB2, PB1, PA, HA, NP, NA, NS和M进行遗传进化分析, 并用不同的软件对PB2, HA, NS1和M2蛋白氨基酸序列、糖基化位点及抗药性位点分析. 结果表明, 甲型流感病毒北美毒株的基因片段是一个来源于不同宿主、不同地域的重组株. HA蛋白氨基酸序列分析表明, 北美毒株HA蛋白的裂解位点氨基酸序列均为IPSIQSR↓G, 不具有高致病性流感病毒的特性, 同时NS1蛋白第92位氨基酸残基由天冬氨酸突变为谷氨酸(Asp→Glu), PB2蛋白氨基酸序列的第627位均为谷氨酸(E), 这些特性表明对人具有明显的亲和性, 但推测对人具有较低的致病力. M2蛋白的同源建模表明了北美毒株M2蛋白的药物敏感位点突变为抗药型位点, 推测北美毒株具有抗金刚烷胺类药物的结构特点, NA蛋白序列分析表明了北美毒株仍然对神经氨酸酶抑制剂类药物敏感. 这些研究结果对于我国预防和控制甲型流感北美毒株具有重要的参考价值.     

极端天气与气象异常对甲型H1N1流感暴发的影响

生物实验及流行病学调查显示环境条件对流感病毒的传播与流行存在重要影响, 因此掌握其规律对降低疾病负担与流感防控意义重大. 本研究以2009~2010年长沙市甲型H1N1流感大流行为例, 挖掘病例信息、气象记录的时空环境特征, 并基于甲型H1N1流感病毒传播力实验结果建立气象异常SIR流感传播模型. 结果表明, 甲型H1N1流感在长沙市的流行与气象条件存在重要联系, 流感的传播过程对气象异常反应敏感, 通过绝对湿度异常值、接触率及人群构成的变化可以较好地还原长沙市甲型H1N1流感的暴发过程, 并对疫情发展趋势进行正确预测. 研究结果可以为不同社会环境中的流感防控提供依据, 为随时可能再发或新发的流感暴发提供理论支持, 更提供了认识人群间流感暴发的新视角.     

角色小 威力大

病毒变异产生大杀伤力 美国军队病理研究所的病理学家杰弗里·陶本伯格(Jeffery Taubenberger)证明1918年的流感病毒与猪流感病毒十分相似,是一种与甲型流感病毒(H1N1)密切相关的病毒.陶本伯格所在的研究所保留有西班牙流感死亡者的肺组织,他与同事利用遗传学技术聚合酶链反应的方法(PCR)对其中一位21岁士兵的肺部组织进行基因扩增和转录,找到了一些西班牙流感病毒的RNA(核糖核酸)碎片.     

H1N1流感病毒M1蛋白表位筛选及其在禽流感病毒交叉免疫中的作用机制

流感病毒,如2009甲型H1N1流感病毒(2009 pH1N1)以及发生跨种传播的H7N9禽流感病毒(H7N9)等的流行严重威胁了人类健康并造成了重大社会经济损失.自2009年以来, 2009 pH1N1作为季节性流感病毒的流行使得健康人群存在一定的T细胞免疫本底水平.本研究对2009 pH1N1和H7N9的主要T细胞免疫原M1蛋白存在的4个突变区段,利用ELISPOT试验确定了2009 p H1N1在这4个区段来源的T细胞表位多肽H1-M42 (LMEWLKTR), H1-M102(KLKREITFHGAK), H1-M202s (AMEVANQTR)和H1-M244 (MGVQMQRFK).同时,发现健康人群对H7N9来源的相应多肽预存有一定水平T细胞免疫,但低于对2009 pH1N1本身多肽的免疫水平.多肽与HLA分子的复性实验表明, H1-M102和H1-M244能够与HLA-A*1101稳定结合;而H1-M42和H1-M202s虽然能够结合HLA-A*3303,但H7N9相应的表位与这些分子的结合力相对较弱.结果表明,在健康人群中存在有限的针对H7N9的预存T细胞免疫,而H7N9在新鉴定表位多肽中的氨基酸突变对于免疫逃逸具有一定的贡献.对流感病毒交叉免疫的研究能够为了解禽流感病毒逃逸T细胞免疫机制以及通用流感疫苗的研发提供重要参考.     

甲型H1N1 流感城镇间公路交通传播研究

2009 年甲型H1N1 流感通过公路交通在我国城镇间广泛传播并造成巨大损失, 掌握其传播规律对城市化建设和减轻疫情造成的损失具有重要意义. 本文以长沙市为研究区, 分析了甲型H1N1 流感沿公路交通传播的规律及风险因子, 构建了结合扩散速度和人群流动的疫情扩散模型, 模拟甲型H1N1 流感在长沙市城镇间的传播过程. 结果表明, 公路沿线及道路交叉区域发病率较其他区域高, 高速公路和县道分别在疫情快速发展期和顶峰期对疫病的传播扩散产生重要影响, 长途汽车站在城镇间疫病的传播过程中是重要的风险因子. 模型结合了疫情传播强度预测与流行区域预测, 较其他模型更完整地还原了疫病的时空传播过程.     

甲型H1N1流感病毒HA蛋白结构模建与构象表位分析

最近几个月来, 一种新型流感病毒H1N1在全球流行. 本文运用生物信息技术, 从NCBI发布的新型A H1N1流感病毒基因序列出发, 通过同源模建方法构建了HA蛋白三维结构, 利用自主开发的蛋白抗原空间表位预测程序SEPPA预测了HA蛋白潜在空间表位氨基酸, 并与以往流感病毒HA蛋白潜在构象表位进行了比较. 结果发现HA蛋白中58个氨基酸残基具有较强的免疫原性, 大部分在HA蛋白球状头部表面上聚集成簇, 构成空间抗原表位. 与以往流感病毒HA蛋白潜在空间表位相比, 虽然坐落位置相似, 但新的抗原表位在静电势性质上明显不同于以往流感病毒HA蛋白抗原表位.     

回顾历史上的4次大流感

大流感指的是全球范围的流感大暴发.引发大流行的流感病毒可以是全新的,也可以是旧的流感病毒重现.此种流感流行时,人体内几乎没有对抗这种病毒的免疫力,又尚无有效的疫苗,所以流感病毒能够在人群中快速传播,感染者可发生严重的疾病,甚至死亡.这种流感可以在短时间内波及整个国家以及全球.据统计,从20世纪开始,人类历史上经历过至少4次堪称恐怖的大流感袭击.     

2001年厄尔居诺事件及其天文条件

据 2 0 0 1年 8月 2 3日《长春晚报》报道 ,最近上海天文台经天文观测后预测 ,厄尔尼诺事件将在今年年末发生 .我们在 1999年就预报 2 0 0 0～ 2 0 0 1年将发生厄尔尼诺事件[1 - 3 ] ,并在 2 0 0 1年进一步预测其发生时间在 2 0 0 1年末[4] .　　据笔者的计算 ,在春分、秋分和近日点太阳引潮力产生的地球各圈层扁率变大对地球排气排液、液态圈层相对固体圈层的差异旋转、潮汐振荡和地球自转速度季节性变化有显著影响[1 - 5] .　　设ｌ为日长 ,ｃ =6 35 6 .75 5ｋｍ为地球极半径 ,则有ｄｌ ｌ=-ｄｃ ｃ .对于均匀的固体地球 ,ｄｃ =- 2ｃｍ ,…     

UVR8 acts with BIM1,BES1 and WRKY36 to regulate transcription and photomorphogenesis in Arabidopsis

正With the support by the National Natural Science Foundation of China,the research team led by Prof Liu HongTao(刘宏涛)at the National Key Laboratory of Plant Molecular Genetics(NKLPMG),CAS Center for Excellence in Molecular Plant Sciences,Institute of Plant Physiology and Ecology (SIPPE),Chinese Academy of Sciences,uncovered novel UV-B signal transduction pathways,which were published     

Ginsenoside Rg1 inhibits glucagon-induced hepatic gluconeogenesis through Akt-FoxO1 interaction

正With the support by the National Natural Science Foundation of China,a collaborative study by the research groups led by Prof.Qi Lianwen(齐炼文)from the Clinical Metabolomics Center,Profs.Li Ping(李萍)and Liu Baolin(刘保林)from the State Key Laboratory of Natural Medicines,China     

H5N1 Virus with genes from H1N1 can spread through the air between mammals

Supported by the National Science Fund for Distinguished Young Scholars,a team of scientists led by Prof.Chen Hualan in the Harbin Veterinary Research Institute of Chinese Academy of Agricultural Sciences found that the H5N1 influenza viruses will be transmissible among mammals if they derive certain genes from the widely circulating human H1N1 influenza viruses,     

F1赛事新知

近年来,上海的大型国际会议,重大国际赛事等活动接连不断,一级方程式赛车就是今年颇有影响的一件.这项比赛的正式全名为"一级方程式赛车世界锦标赛",(英文:Formula 1 World Championship,简称"F1").这里的方程式与数学无关,其实就是"规则与限制"的意思,因为F1比赛要遵照国际汽车协会(FIA)所制订的规格与规则制造赛车以及进行比赛,所有参赛队伍都必须遵守这套如方程式般严格的准则.除了F1之外,还有其他不同等级的方程式比赛,像F 3、F3000、Formula Ford、Formula Renault等等,这些也都属于方程式赛车的范畴,只是各自的规范不同,而F1是FIA所制订的方程式赛车规范中最高的等级,因此后缀数码为1.