甲型H1N1流感病毒流行株基因组进化分析

2009年4月, 北美地区出现甲型H1N1流感疫情, 并且疫情快速扩散至欧亚非三大洲, 风险等级上升至5级. 截止至5月13日, 甲型H1N1流感病毒已扩散至33个国家和地区, 实验室确认病例5728例, 死亡61人. 从NCBI的IRV和GISAID的EpiFluDB数据库下载甲型H1N1流感病毒序列425条, 进行序列比对与进化分析. 分析结果显示: (ⅰ) 当前流行的甲型H1N1流感病毒是一个三重排A型流感病毒: HA, NA, MP, NP和NS来源于猪流感病毒; PB2和PA来源于禽流感病毒; PB1来源于人流感病毒. (ⅱ) 猪流感病毒的来源可细分为: HA, NP和NS来源于H1N1亚型经典猪流感毒株; NA和MP来源于H1N1亚型禽源猪流感毒株. (ⅲ) 甲型H1N1流感病毒在流行扩散过程中没有显著变异, 同时病毒基因组没有发生重排. 本文除了分析美国代表毒株A/California/04/2009(H1N1)外, 还以墨西哥代表毒株A/Mexico/4486/2009(H1N1)为主进行了同源性和进化分析, 地理范围相对较大, 分析结果更具科学性.     

大流行流感病毒的起源

一、流感病毒的细胞内感染流感病毒是流行性感冒的病原体.流感病毒感染易感宿主时,病毒核糖核酸(RNA)就侵入细胞.细胞的合成机构逐渐接受病毒RNA的指令,不再合成本身的核酸和蛋白质,只产生病毒的RNA和蛋白质,因此,很快死亡,同时释出大量毒粒.而后者又感染     

对话舒跃龙:科学认识流感大流行

正流感病毒能感染多种动物宿主,包括野禽、家禽、哺乳动物等,当然也包括我们人类,它能变异组合成上百种不同的病毒,在不同的宿主之间传播.一旦一种新的动物流感病毒获得在人群中有效传播的能力,就会造成流感大流行.历史上发生过数次流感大流行,离我们最近的一次是2009年的甲型H1N1流感大流行.该病原是一种新的猪流感病毒,传入人群之后导致了全球的流感大流行.因此任何     

研究发现H7N9流感病毒适应感染哺乳动物的新突变

最近的一项研究发现,某些H7N9流感病毒的基因序列中含有一个新型的突变,可能在这种新型流感病毒的感染和发病过程中发挥一定的作用.题名为"新型H7N9禽流感病毒感染与环境流感病毒的关联和病毒对宿主的适应"的研究论文发表于《中国科学:生命科学》英文版2013年第6期,从流行病学、临床医学和生物信息学等角度探讨了新型H7N9禽流感病毒的特征,     

呼肠孤病毒科斐济病毒属一新种: 南方水稻黑条矮缩病毒

近年在广东省和海南省部分地区新发生一种水稻病毒病, 其症状表现为植株矮缩、叶色深绿、叶背及茎秆出现条状乳白色或深褐色小突起、高位分蘖及茎节部倒生气生须根. 病株韧皮部细胞内可观察到具斐济病毒特征性晶格状排列直径为70~75 nm的球状病毒粒体以及病毒基质和管状结构. 从发病田块及其附近的玉米(Zea mays)、稗草(Echinochloa crusgalli)、水莎草(Juncellus serotinus)和白草(Pennisetum flaccidum)植株体内检测到病原病毒的存在. 田间调查及室内传毒实验表明, 白背飞虱(Sogatella furcifera)是该病毒的主要传毒介体. 该病毒的基因组由10条dsRNA组成, 其电泳图谱与水稻黑条矮缩病毒(Rice black-streaked dwarf virus)基本相同. 采用接头单引物扩增法获得了该病毒基因组两个片段(S9和S10)全长核苷酸序列, 两者在核苷酸组成、末端序列及基因排列上均具斐济病毒特征, 但与斐济病毒属已知种核苷酸同一率小于75% (S9)和80% (S10), 基于核苷酸及其推导编码产物氨基酸序列构建的系统进化树表明, 该病毒在斐济病毒属中处于相对独立的进化位置. 结果表明, 该病毒应为呼肠孤病毒科(Reoviridae)斐济病毒属(Fijivirus)第2组的一个新种, 建议将其命名为南方水稻黑条矮缩病毒(Southern rice black-streaked dwarf virus).     

有关禽流感知识的问答

问：什么是禽流感？ 就如同人类一般，鸟类也会受到流感病毒感染，在已知的15种禽流感病毒中，以H5型与H7型最具传染性，也较为致命，目前引起高度警戒的是H5N1型病毒，     

艾滋病病毒发现权之争

近20年前人免疫缺陷病毒(HIV)的发现之争在今天有了另一个版本的故事.一个研究中的意外事故造成了对美国科学家盖洛(Gallo RC)的冤枉,此前,世人一直认为是他剽窃了法国巴斯德研究所蒙特尼尔(Luc Montagnier)发现的HIV。     

2009年新甲型H1N1流感病毒的来源和去向分析

借助因特网流感病毒数据库平台, 对猪流感病毒的PB1, PB2和PA进行谱系分析, 结果提示, 新近北美出现的甲型H1N1流感病毒新毒株所有的基因都来自猪流感病毒, 但是来自两个不同谱系的猪流感病毒, 其中一个谱系的猪流感病毒约是10年前人、禽、猪流感病毒的杂合体. 依据近期的流行态势, 此病毒将在全球进一步扩散蔓延, 将在人群中长期存在, 也有可能在猪群中流行. 此病毒的扩散可能伴随着人群中原有的某亚型流感病毒的消失.     

干扰素研究三十年

1957年,英国病毒学家艾萨克斯(A.Isaacs)和林登曼(J.Lindenmann)将灭活的流感病毒与鸡胚绒毛尿囊膜块置于37℃培养,在去除病毒的培养液中,发现一种能明显抑制流感病毒和仙台病毒的物质,把它称为干扰素(interferon)。30年来,经过各国科学家坚持不懈的努力,特别是70年代以来,病毒学家与分子生物学家通力合作,将基因工程技术用于干扰素研究,使研究工作突飞猛进,取得丰硕成果。这些成果将有助于阐明病毒繁殖、肿瘤发生和基因调控机理,并且可为病毒性疾病和恶性肿瘤的防治提供强有力的武器。     

抗击禽流感

<正>2013年2月19日,87岁的上海人李某因发热、咳嗽等症状入住上海某医院。3月4日,李某经抢救无效死亡。谁也没有想到,这竟是一场浩劫的开始,而元凶就是H7N9型禽流感。禽流感也是流感病毒的一种,流感病毒可分为甲(A)、乙(B)、丙(C)三型。流感病毒颗粒外膜由两型表面糖蛋白覆盖,一型为血细胞凝集素(即H),一型为神经氨酸酶(即N)。     

·1981年大流行的感冒病毒的来源

继去年复原了引发1918年世界大灾难的流感病毒后,现在一个病毒学家小组正试图解决该流感病毒的来源问题。2006年6月15—18日在里斯本举行的第十二届国际传染病会议上,华盛顿军队病理学研究所（AFIP）的杰弗里?陶本伯杰（Jeffery Taubenberyer）宣布,1915年死于肺炎的死尸组织样品的RNA显示,病毒的血凝素是H3亚型。同时陶本伯杰相信,借助该样品能够搞清该病毒的全部遗传组成。在加利福尼亚,斯克利浦斯研究所的一位分子生物学家兰?威尔逊（Lan Wilson）说,这是一个十分感人兴趣的问题,如能证实它的话,将为追寻1918年大流行病毒的起源提供有用线索。     

SARS相关病毒与鼠肝炎病毒S蛋白的同源暗示一个潜在受体结合区的存在

最近, 一种新的冠状病毒被确定为近期爆发的严重急性呼吸综合征(SARS)的病原体. 虽然人们对人冠状病毒229E已经有了较多的研究, 而且其受体结合位点也被确定在S蛋白第417~547个氨基酸残基之间. 但是, 这一区域与新分离的SARS相关病毒(香港株, CUHK-W1)没有任何同源性. 有意思的是, 已知的各种冠状病毒S蛋白S1亚基的序列比对和进化分析显示, 鼠肝炎病毒(MHV)与SARS相关病毒的同源性最高. 而且, MHV的S蛋白上负责受体结合的重要位点(第62~65和第214~216位氨基酸残基)与SARS相关病毒的相应区域(第51~54和第195~197位氨基酸残基)高度同源. 这些生物信息学的分析结果可能对研究SARS相关病毒的受体结合位点和病毒侵染靶细胞的机理有所帮助, 进而为设计抗病毒药物和疫苗提供新靶点.     

呼肠病毒, 在SARS患者中分离与初步鉴定

严重急性呼吸综合征(SARS)疫情在北京造成了严重后果, 冠状病毒已被广泛认定为导致SARS的病原体. 但是临床和实验提示, SARS病因可能不是单一冠状病毒感染. 本文报道了我们从北京市第1例SARS患者和其母亲的咽拭子中分离出呼肠病毒. 在电子显微镜下, 可观察到典型的呼肠病毒. 血清学实验显示, 38例SARS患者中24例对呼肠病毒呈阳性反应. 针对呼肠病毒的基因保守序列(S2基因片段)设计引物, RT-PCR实验扩增出特异性DNA片段. 进一步DNA序列分析表明是一种独特的呼肠病毒(呼肠病毒科正呼肠病毒属). 初步动物实验显示, 该呼肠病毒可导致非典型样肺炎发生和小鼠死亡. 尽管如此, 呼肠病毒感染是否与SARS疫情有关, 还有待进一步研究才能阐明.     

“学术会议”改革探索

<正>美国国家神经系统疾病及中风研究所研究质量主管沙伊·西尔博伯格(Shai D.Silberberg)、研究所主任沃尔特·科若谢尔茨(Walter J.Koroshetz)以及科学研究会议顾问委员会主席罗伯特·布兰克(Robert D.Blank)等一批资深科研管理人员指出:规范统一的"示意图"、智能手机技术和与会指南将提高学术会议的交流效果。关于如何促进科学的严谨性、可重复性以及更     

警报响起：甲型H1N1流感来袭

正当科学家们警觉地关注埃及禽流感病毒（H5N1）发生的行为变化时，现在又检测到另一种新的甲型H1N1流感病毒。自从1997年在香港发现禽流感病毒以来，病毒学家就一直在跟踪这种病毒。自从1917～1919年那场灾难性的大流感爆发以来，尽管科学家们对流感已了解很多，但有一点仍没弄清楚，即引起大流感的病毒的不可预见性。     

路易斯·巴斯德的足迹

当温莎公爵夫人去世时,大众新闻的大标题这样来描述巴斯德研究所:“公爵夫人把珠宝献给了爱滋病研究室。”在这之前,洛克·赫德森(Rock Hudson)已领导巴斯德研究所走在了与爱滋病进行斗争的最前列。赫德森患有爱滋病,他仅在去世前才去过巴黎的“爱滋病实验室”。实际上,爱滋病的研究只是巴斯德研究所科研工作的很小的一部分。大约有2000多人在巴黎这个研究所工作。这包括800名科学家,其中的一半是访问学者。研究所有九个部系和七十多个科研小组。它们分别从事研究细菌学,真菌学,分子遗传学,生态学,免疫学以及实验生理病理学。另外,还有病毒学——对这一学科的研究使得巴斯德研究所的科学家发现了引起爱滋病的病毒——即人类免疫缺陷病毒(HIV)。     

甲型流感病毒H7N9血凝素单克隆抗体的制备及保护性研究

以H7N9甲型流感病毒(A/Shanghai/2/2013)全病毒灭活疫苗原液为免疫原免疫BALB/c小鼠,采用杂交瘤技术制备抗甲型流感病毒H7N9血凝素(HA)的单克隆抗体.通过ELISA和血凝抑制(HI)试验初步筛选单克隆抗体,筛选后的Ig G类单克隆抗体用中和试验检测其中和活性.将有中和活性的单抗通过小鼠体内法大量制备腹水,腹水经亲和层析柱纯化后进行特异性及稳定性检测.同时在小鼠模型中进行了HA单克隆抗体抵抗同源流感病毒感染的预防性和治疗性实验,通过观察小鼠的症状并统计小鼠的存活率、体重变化和肺部病毒滴度等指标发现单抗6A3在预防性和治疗性实验中都可以有效地抵抗H7N9流感病毒的感染.显著降低肺部病毒滴度,对小鼠提供100%的保护.甲型流感病毒H7N9血凝素单克隆抗体的成功制备为进一步研究H7N9流感病毒血凝素的抗原表位及治疗诊断试剂的开发奠定了基础.     

探察流感病毒增殖机制

日本科学家最新报告说．他们发现了流感病毒增殖过程中发挥核心作用的核糖核酸聚合酶的结构,探明了病毒共通的增殖机制.     

人类H5N1型病毒的毒因

A型禽流感病毒的H5N1毒株,自1997年在东南亚始发以来,已致90多人死亡,受感染者的死亡率约为50％。如今这些病毒正从亚洲向欧洲和非洲扩散,当它一旦获得了在人体间传播的能力,就会造成全球流感大爆发的严重后果。所以研究人员始终把识别H5N1病毒的分子基础作为研究重点。已有的研究结果显示,各种生物的A型流感病毒的毒性与多种基因有关;因而怀疑H5N1病毒在人体中的毒力与其所编码的几种蛋白质有关。2006年3月17日出版的《自然》杂志上,奥本奥尔（Obenauer）等人发表的文章中指出,H5N1的毒性是由以前从未注意到的,病毒所编码的一种非结构蛋白质NS1的氨基酸序列所致。     

反转录病毒介导的人凝血因子IX小基因在奶山羊乳腺中的分泌表达

通过受精卵显微注射胚胎移植建立哺乳动物乳腺生产系统是近年来生物工程领域的研究热点,但该工作周期长、成本高、难度和工作量都很大.1994年Johanna等人曾经报道以反转录病毒作载体将hGH(human growth hormone)cDNA导入山羊乳腺组织并获得表达.但是由于病毒LTR控制下的hGH基因的表达在活体动物乳腺组织内受到一定程度的抑制,因此表达水平比较低,持续时间短.我们以微小MCK(Muscle creatine kinase)增强子,β-actin启动子控制hFⅨ(human clotting factorⅨ)小基因(minigene)表达顺序反向插入GINa框架,构建为复制缺陷反转录病毒载体.首次通过反转录病毒直接转染活体奶山羊乳腺小叶和乳腺导管导入的方法建立了hFⅨ蛋白的乳腺表达系统.hFⅨ蛋白在羊奶中的最高表达量为47.9ng/mL乳汁,其中1头奶山羊2个月后表达量仍维持在12ng/mL乳汁.Western blot和活性检