不同作物间共用SSR引物的初步研究

根据相关报道,利用互联网在GENE BANK中查询油菜的简单重复序列及其两端序列来设计引物,并合成了2对甘蓝型油菜的SSR引物（Bn92A,Bn72A),通过所建立的降温PCR（Touchdown PCR)方法,对来自禾本科,十字花科,芸香科,锦葵科等12种经济作物的DNA进行PCR扩增。结果显示,PCR扩增产物条带清晰。所有12份材料用2对SSR引物扩增出的主带片段大小一致,分别为150bp(Bn92A),250bp(Bn72A）。这与文献报道在甘蓝型油菜中SSR扩增出的片段大小完全一致。本研究说明,各物种基因组间存在着相当大的相似性,这2对甘蓝型油菜的SSR引物可在其它经济作物分子标记的基因组比较作图应用。     

中国栗属特有种保守RAPD片段分析

利用RAPDDNA分子标记技术研究了栗属特有种(板栗、茅栗和锥栗)特异保守片段。结果表明，从520多个随机引物中筛选出有扩增产物，且多态性丰富的10个引物，其中引物B08(GTCCACACGG)分别在所有供试的板栗、茅栗和锥栗中均扩增出各自特异的DNA片段，其片段大小分别为2050，900和1500bp。这些DNA片段在种水平上的高度保守性，可以用来区分这3个种。此次研究结果同时也说明RAPD标记是鉴别近缘种的理想工具。     

小麦近缘种及小麦-簇毛麦染色体代换系、易位系的SSR分析

用20对小麦微卫星引物，对小麦近缘种和小麦-簇毛麦染色体代换系、易位系的基因组DNA进行PCR扩增，14对引物有扩增产物，其中10对引物可以在小麦近缘种间扩增出多态性标记．共扩增出分子量小于500的条带477条，其中342条具有多态性，每个SSR座位的等位基因数目在2～6个之间，平均为3．7个．11个实验材料的基因多态性(PIC)范围在0．4013～0．7281之间，平均为0．5725．根据NeiM的方法进行遗传距离分析，构建系统树，确立小麦及近缘种的亲缘关系，为麦类作物遗传资源的研究及在育种中的应用提供一些理论依据．     

St染色体组ISSR分子标记的建立和应用

以中国春(CS)、绵阳11(MY11)等小麦为对照,以拟鹅观草(Pseudoroegneria spicata)、中间偃麦草(Thinopyrum intermedium)、中国春茸毛偃麦草双二倍体(TE)为材料筛选100条ISSR引物,筛选到引物811能在拟鹅观草扩增出一条758 bp的特异DNA片段(GenBank登录号为EU368734),记为p811758.利用该引物对一系列含有St染色体组的二倍体或多倍体进行PCR扩增,结果显示含有St染色体的材料均可以扩增出p811758,小麦属的其他不含St染色体的物种不能扩增出p811758.以两套中国春-中间偃麦草二体附加系为材料进行初步染色体定位,结果表明所有材料均扩增出了这条特异带.进一步对中国春中间偃麦草后代进行扩增,结果表明p811758可以作为分子标记用来检测小麦背景中含St的染色质.     

利用SSR标记检测渗入普通小麦的冰草遗传物质

以日本普通小麦品种Fukuhokomugi为母本，以冰草（Agropyron cristaturn L．）为父本远缘杂交的后代再与其他普通小麦品种（系）杂交选育出8个遗传背景较复杂的小麦一冰草衍生种质材料。选取332对可扩增出冰草Z559特征带型的SSR引物，以8个小麦一冰草衍生材料及其所有亲本为模板进行PCR扩增。结果发现，13对SSR引物可分别在参试的所有8个小麦一冰草衍生材料中扩增出冰草z559的特异PCR产物，说明在这些材料中都含有冰草的外源染色体片段，即四倍体冰草Z559的遗传物质已经转移到了普通小麦的遗传背景中。     

不结球白菜SSR引物的高效开发及其通用性研究

利用改进的ISSR-PCR分离不结球白菜基因组微卫星,进行两步PCR,分别设计出SSR两端引物IP2和IP3（即SSR引物对）,SSR引物产率为12%,明显高于传统方法.不结球白菜SSR序列以（GA）n为主,占70%.将69对SSR引物用于芸苔属其它8种作物的扩增,97%引物有显著扩增,扩增率最高的为四倍体白菜和甘蓝（85.5%）,最低的为青花菜（49.3%）.10对为通用引物,在所检测的8种作物中片段大小一致,其余的扩增片段和数目差异较大,表现出较为丰富的多态性.尤其是在C基因组的甘蓝和花椰菜上,最多可检测到5个位点,表明运用lSSR-PCR开发出的引物多态性较高.     

罗汉果性别相关的RAPD标记

应用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术寻找与罗汉果性别相关的分子标记,筛选了130个10 bp的随机引物,发现有4个引物(S60、S90、S100、S343)能在雌、雄株DNA间扩增出5条差异性片段,大小在300~1 300 bp之间,表明这些特异带可被用来作为性别鉴别的特异性分子遗传标记。     

燕麦品种间杂交后代SSR遗传变异分析

采用SSR分子标记技术研究燕麦杂交后代与亲本之间在DNA分子水平上的遗传变异,为杂交亲本选配提供基因组水平理论依据。试验从50对SSR引物中筛选出11对多态性明显、重复性比较好的引物,共扩增出143个DNA片段,其中111个片段呈现多态性,占总扩增片段的63.3%;燕麦杂交后代与亲本的相似性系数范围为0.42~0.77。UPGMA聚类分析结果表明,SSR标记能将这14个杂交后代相互区分开,且品系Ⅱ比品系Ⅰ遗传变异较大。     

玉叶金花(Mussaenda pubescens)SSR引物的快速开发

利用链亲和素磁珠吸附法捕捉能与生物素标记的探针(AC)15退火结合的玉叶金花(Mussaenda pu-bescens)微卫星序列的单链限制性酶切片段.获得的单链目的片段,经PCR扩增形成双链,然后克隆到pGEMT载体上,转化至DH5α中,得到一个微卫星序列文库.经测序统计,引物得率为12.5%;根据序列设计的SSR两侧引物PL和PR,共得到5对有多态性的SSR引物.玉叶金花微卫星引物的筛选将为下一步进行玉叶金花基因组结构的分析、分子进化和系统发育研究提供重要的微卫星标记.     

金佛山特有杜鹃花遗传多样性分析

利用ISSR分子标记初步分析了重庆金佛山特有的4种杜鹃花的亲缘关系,从100个引物中筛选出13个能扩增出清晰条带并具有多态性的引物.共扩增出了239条DNA片段,分子量约为200~1500bp.其中多态性片段约为171条,平均每条引物扩增出18.38条DNA片段.同时采用DPS软件计算出4种杜鹃花的Nei’S遗传距离,并用NTSYSpc2.1中的UPGMA法构建了系统树.结果表明4种杜鹃花之间既有相同的遗传背景,又存在一定的差异.4种杜鹃花明显分为两类:树枫杜鹃为一类,疏花美容杜鹃,金佛山美容杜鹃与阔柄杜鹃为一类.     

利用分子标记研究小麦遗传群体的赤霉病抗性鉴定方法

针对小麦赤霉病抗源苏麦3号构建的两个小麦重组自交系遗传群体苏麦3号／Alondra和苏麦3号／安农8455，采用单花接种、表土接种及自然发病3种不同的接种方法进行小麦赤霉病抗性接种鉴定，并根据苏麦3号赤霉病抗性主效QTL的连锁分子标记Xgwm 493和Xgwm 533．1分别对群体进行抗性连锁分析．检测结果表明，在温室单花接种所获得的鉴定数据中，标记的赤霉病抗性连锁效应最高，P值分别小于0．0001，抗性鉴定结果最为准确．研究表明，对小麦赤霉病这种由数量性状控制，受外界环境影响较大的真菌病害进行抗扩展性的遗传研究，应采用控温控湿条件下的单花滴注接种鉴定方法最为合适．     

微卫星标记在人参和西洋参鉴别中的应用

从GenBank中寻找含有简单重复序列(SSR)位点的人参DNA片段序列,设计SSR引物,挑选PCR扩增条带清晰的引物,对人参和西洋参进行PCR扩增及聚丙烯酰胺凝胶电泳分析,选择能够区别2个种的引物.共有来自8个SSR位点的9对引物能扩增出可区分人参和西洋参的特异性片段,其中7对SSR引物在西洋参中能稳定地扩增出特异性...     

小麦中源于中间偃麦草抗白粉病基因PmCH5026的SSR定位

CH5026是衍生于八倍体小偃麦TAI7045的新品系,用高感品种(系)CH5065、晋太170分别与CH5026配置组合,于温室接种并调查F2、F3、BC1F2群体的抗感分离之比进行遗传分析,结果表明CH5026成株期对白粉菌E09小种的抗性受1对显性基因控制,暂命名为PmCH5026.使用集群分离分析法(BSA),用378对SSR引物对CH5026×CH5065 F2代群体进行分析,筛选到标记Xcfd233、Xbarc11和Xgwm539与抗性基因连锁,位置顺序为:Xcfd233-7.2cM-PmCH5026-4.9cM-Xbarc11-5.5cM-Xgwm539.根据小麦微卫星遗传连锁图及利用中国春第2同源群缺四体、双端体对SSR标记的定位结果,将PmCH5026定位在染色体2DL上.     

应用RAPD技术对新疆布顿大麦遗传多样性的研究

利用RAPD分子标记，通过40条10碱基随机引流，对32份新疆布顿大麦进行了遗传多样性评价。在40个10碱基随机引物中，有22个引物（占55％）的扩增产物具有多态性，每条多态性引物能产生1－7条多态性DNA带纹。40个引物共扩增227条带，其中95条（占41．9％）具有多态性，平均每条引物能产生1．7条多态性DNA带纹。基于RAPD技术计算了32份布屯大麦间的遗传相似系数（GS）变化值为0．427－0．848，平均值为0．681，利用不完全加权算术平均数（UPGMA），采用1－GS矩阵对其进行遗传聚类，结果表明，RAPD标记将32份参试材料区分为3类（或亚类），来源于新疆北部的20份材料有17份材料（占85％）聚入Ib亚类，而第Ia亚类则主要来自于新疆中部的一些材料。研究表明，RAPD标记揭示的新疆布顿大麦间的遗传多样性与其地理来源紧密相关。     

Development, chromosome location and genetic mapping of EST-SSR markers in wheat

A number of 151695 wheat expression sequence tags （ESTs） that originated from GenBank/dbEST from July 14, 2003 to August 24, 2004 were used to search for simple sequence repeats （SSRs） with motif 2-5 bp, and 2038 simple sequence repeats （EST-SSRs）, which accounted for 1.34% of EST database, were identified. Based on these SSR sequences, 249 EST-SSR primer pairs and 166 amplified clear bands in various wheat cultivars were designed. These EST-SSR markers can be used as new molecular markers in wheat and related species. Using Chinese Spring nulli-tetrasomic lines, 93 EST-SSR primer pairs and 193 EST-SSR loci were located on 19 wheat chromosomes except for 4A and 4B. Forty-three loci were mapped on 11 chromosomes of the genetic framework map previously constructed using recombinant inbred lines.     

粗山羊草Y189抗小麦白粉病基因SSR标记

从粗山羊草[Aegilops tauschii(Coss.)Schmal]Y189中鉴定出1个显性抗小麦白粉病基因,暂定名为PmAe Y2.应用分离群体分组法(BSA)筛选到Xgwm583-5D、Xgwm174-5D、Xgwm182-5D和Xgwm271-5D标记与该基因之间的遗传距离分别为25.7、16.7、9.1和7.0 cM.根据连锁标记所在小麦微卫星图谱的位置,PmAe Y2被定位在5DL染色体上.分析基因所在染色体的位置、抗病性特征认为PmAe Y2是一个新的抗白粉病基因,并可用于分子标记辅助选择.     

老芒麦野生种质资源遗传多样性的SSR分析

采用SSR标记技术,对来源于内蒙古5个盟市的7个样点的35份老芒麦（Elymus sibiricus）野生种质资源进行了遗传多样性分析．从筛选出多态性强、重复性好的20对引物中,检测出326个等位位点,平均每对引物产生12．55个多态位点;多态位点百分率为76．99％,遗传距离的变化范围在O．0000—0．3079之间,说明供试材料问亲缘关系较近;35份老芒麦种质的Nei’S遗传多样性指数（h）为0．2223,Shannon指数（I）为0．3288,意味着供试的35份材料间的遗传多样性相对丰富．在O．71水平处,测试材料大致分为两大类,来源于内蒙古东部、中部和西部区的材料交叉明显,表现出地理非同源性．本研究为探讨老芒麦遗传变异与环境的关系及老芒麦野生种质资源的保护提供了理论依据．     

四川黑山羊品种(群体)的RAPD标记研究

从5组24个随机引物中筛选出16个重复性好的多态引物,对四川9个黑山羊品种(群体)共计572只个体,进行随机扩增多态DNA(RAPD)标记研究.结果表明,16个引物扩增出125条带,其中102条带呈现多态,多态率为81.61%.不同引物扩增出的DNA片段在各品种(群体)中的分布频率不同.9个黑山羊品种(群体)间相似系数为0.7533～0.9642,遗传距离指数为0.0358～0.2467.引物OPQ-06(序列为GAGCGCCTTG)未在乐至黑山羊中扩增出900bpDNA片段,而在其他8个黑山羊品种(群体)中出现率均为1,可作为区分乐至黑山羊和其他8个黑山羊品种(群体)的分子遗传标记.引物OPK-03(序列为CCAGCTTAGG)未在江安黑山羊扩增出550bpDNA片段,在其他8个黑山羊品种(群体)中出现率均为1,可用于区分江安黑山羊和其他8个黑山羊品种(群体)的分子遗传标记.