产吩嗪羧酸抗生素的植物根部致金色假单胞菌的菌株多样性分析与鉴定

从新疆和北京两地的十余种经济植物中的4种植物的根部分离筛选到6株可向培养基中分泌橙黄色色素物质的根内内生菌和根表附生菌,采用BOX—PCR基因组指纹图谱扩增技术对这6株细菌的遗传多样性进行了分析,结果表明这6株细菌可以划分为3个遗传群。采用系统发育和表型分析相结合对这3个遗传群的代表菌株的分类地位进行了鉴定,结果表明3个代表菌株均为绿针假单胞菌致金色假单胞菌亚种（P$eUdomonoschlororo础如subsp．aureofaciens）。采用薄层层析对3个代表菌株的色素分泌物组成进行了分析,结果显示3个代表菌株的色素分泌物组成完全相同。进一步采用电喷雾质谱和核磁共振分析确认色素主要组分为吩嗪-1-羧酸（Phenazine-1．carboxylicAcid,PCA）,并对其抗真菌活性进行了分析。结论：植物根部产吩嗪羧酸抗生素的致金色假单胞菌在菌株水平上存在着显著的多样性,这种多样性与其地理分布的多样性和宿主植物的多样性之间存在着一定程度的对应关系,其中的3株内生细菌LJ1、GL1、TC1由于与宿主植物存在极为密切的关系而有可能作为生物活体农药直接应用于宿主植物病害的生物防治,显示了很好的应用潜力。     

ACC脱氨酶活性细菌XG32的鉴定

采用生理生化、Biolog和16SrDNA序列同源性分析3种方法,对一株分离自植物根际的具ACC(1-aminocyclopropane-1-carboxylate,ACC)脱氨酶活性的细菌菌株XG32进行了鉴定,比较了3种方法在最后确定种属上的重要性.研究认为通过生理生化和16SrDNA序列同源性分析可将菌株XG32鉴定到种,确定该菌株为荧光假单胞菌生物型Ⅳ(Pseudomonas fluorescens biovar Ⅳ).     

直接分离于工业和农业土样中的阿特拉津降解菌的基因分型

对农药污染的工业和农业土样中获得的116株阿特拉津降解菌进行分类鉴定,降解菌通过ERIC PCR和16S rRNA系统进化树分析发现了12种种系型。其中工业土样中鉴定出隶属于节杆菌属的8种种系型降解菌,具有与金黄节杆菌系统进化群体类似的基因种。从无植物生长的工业重度污染土样中检测到嗜碱假单胞菌和Gulosibacter molinativorax系统进化群体间存在着同一种基因型。农业玉米根际土样只分离到3种种系型,与产脲节杆菌类似的基因型是玉米根际普遍存在并占主导地位的降解菌,另外2种种系型代表着具有环境特异性的两个不同起源的类诺卡氏菌分支。基因分型结果暗示着阿特拉津降解群体的多样性和遗传结构的环境特异性,工业土壤中的污染率是影响降解群体多样性和遗传结构的主要因素。     

导入脂肪酶基因提高荧光假单胞菌26-2的产酶效率

采用导入脂肪酶基因的方法对荧光假单胞菌（Pseudomonas fluorescence）26—2的产酶效率进行实验。实验以质粒ppic9k—lipA为模板,通过PCR的方式在26—2脂肪酶基因的两端引入BamHl和EcoR1的酶切位点,并将该基因与大肠杆菌荧光假单胞菌穿梭质粒pDSK 519连接,获得重组质粒pDSK519-lipA,再将重组质粒转入荧光假单胞菌26—2,获得工程菌株P．fluorescence 26—2—1。在相同的发酵条件下,工程菌株的发酵液酶活力比原始菌株的发酵液酶活力提高2倍,实现了荧光假单胞菌脂肪酶基因的同源性表达。     

香蕉细菌性软腐病菌致病性分化和遗传多样性分析

目的:研究广东香蕉细菌性软腐病菌Dickeyaparadisiaca的致病性差异和遗传多样性.方法:采用香蕉假茎离体接种法和幼苗盆栽接种法对分离自广东香蕉的13个菌株进行致病性分析;利用16S-23SrDNA转录间隔区PCR(ITS-PCR)和细菌基因组的重复序列PCR(Rep-PCR)技术,对供试菌株的遗传多样性进行研究.结果:采用2种不同的接种方法,供试菌株致病力均可划分为强(++++)、较强(+++)和中等(++)3种致病型,2种方法得到的结果基本一致,且与菌株的地理来源有一定的相关性;利用ITS-PCR扩增,可将供试菌株划分为6个组群;而利用细菌基因组重复序列通用引物BOX和J3进行Rep-PCR扩增,在遗传距离为0.52时,供试菌株可被划分为2个遗传相似组,其中组1为主要组群;在遗传距离为0.65时,供试菌株可被划分为4个遗传相似组,其中组3和组4为主要组群.结论:侵染广东香蕉的细菌性软腐病菌存在明显的致病性分化和丰富的遗传多样性.     

荧光假单胞菌的应用与展望

植物根际促生菌(PGPR)中的荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens)对植物病原体具有潜在的拮抗作用,同时具有促进植物生长的能力.阐述了荧光假单胞菌在实际生产中的应用潜力.荧光假单胞菌可以通过产生生长素,增强土壤中磷、钾的可用性,促进植物叶绿素含量的增加,及产生谷胱甘肽、ACC脱氨酶等形式促进植物的生长.通过产抗生素(吩嗪、2,4-二乙酰基间苯三酚、藤黄绿脓菌素、硝吡咯菌素)、拮抗线虫等方式帮助植物体抵抗病虫害的侵袭.除此之外,荧光假单胞菌所具有的定殖与产铁载体能力在植物的促生与抗病方面皆发挥着重要作用.荧光假单胞菌在农业生产方面具有巨大的应用潜力.     

云台山白云岩表层土可培养细菌多样性

运用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析贵州云台山白云岩表层土可培养细菌的多样性.稀释涂布平板分离共获得131株细菌,限制性内切酶HhaⅠ和HaeⅢ对扩增的16S rRNA基因片段进行酶切分型,根据ARDRA酶切图谱划分为40个操作分类单元.16S rRNA基因序列测定和系统发育分析结果显示,这些菌株隶属于包括厚壁菌门(Firmicutes,64.89%)、β-变形菌纲(β-Proterbacteria,3.82%)、γ-变形菌纲(γ-Proterbacteria,17.56%)、放线细菌门(Actinobacteria,11.45%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,3.82%)等5大类群,共13个属.优势菌群为芽胞杆菌属(Bacillus,53.44%),亚优势菌群为寡养单胞菌属(Stenotrophomonas,9.16%)、假单胞菌属(Pseudomonas,8.40%)和微小杆菌属(Exiguobacterium,8.40%).15.00%的有效序列与GeneBank已知序列相似性小于等于97%,可能为潜在新类群.研究表明,云台山白云岩喀斯特地区不仅含有较为丰富的细菌物种多样性,且潜藏着许多新的微生物资源.     

四川传统烟区烤烟叶面可培养细菌的遗传多样性分析

为认识烤烟(Flue-cured tobaccos)叶面可培养细菌的多样性,挖掘叶面可培养细菌资源.本研究以四川省各传统烟区旺长期烤烟叶片为材料,通过纯培养法及测定菌株的产吲哚乙酸(IAA)能力、溶磷溶钾特性、纤维素降解活性、拮抗病原菌等,并通过反转录重复因子扩增(BOXA1R-PCR)技术、16S rRNA基因测序和系统发育分析研究叶面可培养细菌的遗传多样性和功能特征.结果表明:分离得到的86株叶面细菌中有12株菌株(占总分离菌株的13.95%)具有产IAA的能力,4株产量较高(57μg/mL);有9株(占总分离菌株的10.47%)表现溶磷活性,8株(占总分离菌株的9.30%)表现溶钾活性.基于BOXA1R-PCR图谱选取12株代表菌株进行16S rRNA基因序列测定,系统发育分析显示,86株菌株分别属于节杆菌属(Arthrobacter)、短小芽孢杆菌属(Lysinibacillus)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、无色杆菌属(Achromobacter)和假单胞菌属(Pseudomona),其中以假单胞菌属(Pseudomonas)为优势菌属.表明四川传统烟区烤烟叶面存在着丰富的细菌资源.     

深海沉积物中产淀粉酶细菌的rep—PCR基因指纹分析

利用淀粉酶筛选培养基平板从27个深海沉积物样品中筛选得到30个具有胞外淀粉酶活性的菌株．其中革兰氏阴性细菌有22株．阳性细菌有8株．对这些细菌的基因组DNA进行ERIC—PCR和BOX—PCR扩增．指纹图谱显示大部分菌株均存在数目不等的各自独特的带型．各特异性扩增的主带型能重复稳定出现．比较两种引物的指纹图谱．显示ERIC—PCR比BOX—PCR具有较丰富的图谱多态性．对产生的指纹图谱进行聚类学分析．30株细菌可分为10组．其中5株细菌分别独立成组．最多的第Ⅱ组包含有8株细菌．而在同一聚类组内的细菌可能是处于进化上亲缘关系较近的位置．研究显示，30株菌具有丰富的种属多样性．揭示了深海微生物资源的丰富和潜力．ERIC—PCR和BOX—PCR技术可用于对深海微生物群落组成和多样性的研究．     

高产5-氨基乙酰丙酸光合细菌株的分离鉴定

从不同生态环境中分离培养出20株光合细菌,进行5-氨基乙酰丙酸(5-ALA)的产量检测,筛选出一株分离自广州市云溪公园池塘底泥的菌株R5,其5-ALA产量最高,达4.92 mg/L.为了确定菌株R5的分类学地位,对该菌株的形态学、碳源利用情况等生理生化特性进行了研究,表明该菌株符合红假单胞菌属的生物学特征;以菌株R5基因组DNA为模板PCR扩增16S rDNA基因,对PCR产物进行了序列测定,将所测得的核酸序列与相关细菌的16S rRNA序列进行比对,并构建进化树进行系统发育分析,发现菌株R5与沼泽红假单胞菌株KUGB306(Rhodop-seudom onas palustrisKUGB306)形成一个类群,序列同源性为99%.故最后确定该高产5-ALA的菌株属于红假单胞菌属(Rhodopseudom onas).     

基于16S rDNA序列和RFLP分析的病鳗分离菌株鉴定

结合16S rDNA基因序列和限制性片段长度多态性(RFLP)的分析方法,通过与GenBank库中已递交的细菌16S rDNA基因序列进行同源性比较,对分离自发病鳗鲡(欧洲鳗鲡,日本鳗鲡和美洲鳗鲡)的30株细菌进行初步鉴定和分类.结果表明,这些细菌可大致分为气单胞菌属(Aeromonas sp.)、假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、邻单胞菌属(Plesiomonas sp.)、克雷伯氏菌属(Klebsiella sp.)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter sp.)、不动杆菌属(Acinetobacter sp.)和肠杆菌属(Enterobacter sp.)等7个菌属.分析认为,部分分离菌株可能是引起鳗鲡病害的疑似致病性菌株.     

古矿井区域酸性矿坑水微生物群落的多样性

通过生态群落16S rRNA基因库的重建并采用限制性酶切长度多态性(RFLP)分析的方法,对铜绿山铜矿酸性矿水中微生物群落的多样性进行研究。通过RFLP对扩增出的327个16S rRNA PCR产物进行分析,对44个16S rRNA的克隆子进行测序。每个样点各有2～6个主要操作分类单元,这些操作分类单元所对应的克隆子数分别占各样点克隆子总数的56.3%～69.6%。93.8%的克隆子序列与现在的数据库中序列相似性大于90%。样点酸性矿坑水主成分分析与系统发育分析结果显示:在低pH值、高离子浓度的样点tls1与tls2中多数克隆子属于gamma-Proteobacteria(主要为Acidithiobacillus ferrooxidans)和Nitrospira科(主要为Leptospirillum);而在较高pH值、低离子浓度的样点tls3的克隆子多属于gamma-Proteobacteria(没有A.ferrooxidans)和alpha-Proteobacteria。在古矿井区域酸性矿坑水中微生物群落的多样性很低,生物地球化学特性相近的酸性矿坑水由具有相近的微生物群落组成。     

网箱养殖患病草鱼细菌分离鉴定与回复感染研究

利用常用细菌分离纯化方法从患病草鱼中分离出7株菌株,分别编号为Ⅰ～Ⅶ;对7株菌株的16SrRNA基因序列进行PCR扩增,均得到长约600bp的片段;将扩增结果进行测序,测序结果输入到美国国立生物技术信息中心(NCBI,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/),用BLAST工具对序列进行同源性比对分析.结果表明:Ⅰ为沙雷氏菌,同源性达95%;II为腐生葡萄球菌,同源性达99%;III为荧光假单孢菌,同源性达97%;IV为产碱普罗威登斯菌,同源性达99%;V为嗜水气单孢菌,同源性达99%;VI为杀鲑气单孢菌,同源性达97%;VII为不动菌属,同源性达97%.将Ⅰ～Ⅶ号菌株回复感染健康草鱼,结果沙雷氏菌、腐生葡萄球菌、荧光假单孢菌、产碱普罗威登斯菌和嗜水气单孢菌对草鱼的危害较大,而杀鲑气单孢菌和不动菌属的感染症状不明显.     

平菇黄腐病病原菌分离与鉴定

本实验主要是对平菇黄腐病病原菌进行研究。从感染黄腐病的平菇幼菇子实体中分离得到2种具平板生长优势的革兰氏阴性杆状细菌(编号为G1和G2),通过对平菇子实体回接感染实验,发现细菌G1感染的平菇子实体病灶与自然感染的黄腐病状况一致,因此认为该菌就是导致平菇黄腐病的主要病原菌。经采用传统的生理生化实验与16s rDNA序列分析以及Biolog微生物自动鉴定系统分析鉴定,确定该菌为荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens)。     

青海柯柯盐湖16株细菌的ARDRA筛选及系统发育初步分析

 从青海柯柯盐湖泥样中分离的16株细菌,用2种限制性内切酶酶切进行ARDRA分析,其中12株菌的酶切带谱有较大差异.根据这12株菌的16SrDNA序列进行系统发育分析结果表明,12株菌有11株分布于芽孢杆菌科中的Halobacillus,Gracibacillus,Amphibacillus,Virgibacillus,Bacillus,Salibacillus和1个潜在的新属中,另1株属于Proteobacteria的Gamma亚群Halomonadaceae科,Halomonas属.而且16SrDNA系统发育分析提示这些菌株中存在3个新种和1个新属的可能.本研究得出的结论为:应用ARDRA来初步筛选菌株是可行的;青海柯柯盐湖这一极端环境中存在较丰富的新的芽孢菌种类.     

不同16SrDNA靶序列PCR-DGGE分析油页岩细菌多样性

为全面了解油页岩细菌群落组成结构,同时筛选出适于油页岩PCR-DGGE的最佳引物,采用改进SDS高盐提取法,提取抚顺西露天矿油页岩微生物总DNA,并用968F/1401R,338F/518R,341F/907R和1055F/1406R,对16SrDNAV6-V8,V3,V8和V9区进行PCR-DGGE分析.结果表明,4组引物均能较好扩增出目的基因,但不同靶序列对多样性检出有显著影响(P<0001);与其他引物相比,968F/1401R和338F/518R获得的指纹图谱物种丰富度更高,检出细菌类群更丰富,较适合油页岩样品.油页岩细菌群落组成较简单,优势细菌包括不动杆菌属、假单胞菌属和埃希氏菌属,同时还有假单胞菌目和肠杆菌目尚未被鉴定的一些种类.     

拮抗烟草青枯病菌的烟草内生细菌系统多样性及趋化性分析

 从来自3个烤烟品种NC297、红大、K326的600株内生细菌中,以烟草青枯病菌(Ralstonia solanacearum)为靶标,共筛出55株拮抗菌,其对烟草青枯病菌的抑菌圈直径在1~16 mm之间.对这55株拮抗性内生细菌的16S rRNA基因序列进行RFLP分析共产生6种带型.根据RFLP带型选取16株进行16S rRNA基因序列测定和系统发育分析.结果表明这55株拮抗性内生细菌属于Firmicutes和Proteobacteria两大类群的6个种:Bacillus amyloliquefaciens subsp.plantarum,Bacillus methylotrophicus,Bacillus tequilensis,Brevibacillus parabrevis,Brevibacillus brevis和Pseudomonas aeruginosa.利用cheA基因检测方法和平板检测方法共筛选到3种具有趋化性的拮抗性内生细菌:Brevibacillus parabrevis,Brevibacillus brevis和Pseudomonas aeruginosa.     

黄曲霉毒素B1(AFB1)降解菌的筛选鉴定

以香豆素为唯一碳源和能源的培养基进行初筛,然后将菌株与黄曲霉毒素B1(AFB1)共培养后测定AFB1降解率的方法进行复筛,最后筛选出4株高活性AFB,降解菌;其中G3-21和T1-4-1对AFB1降解率可达到65％,Y2-30和T1-3-7对AFB1的降解率达到45％以上,形态和16S rDNA序列分析鉴定结果表明,G...     

胜利油田纯梁采油厂某区块油藏中微生物菌群分析

构建细菌16S rDNA基因文库以及硫酸盐还原菌的dsrAB基因文库,研究了胜利油田纯梁采油厂35区块某油井采出水中微生物的多样性以及SRB的菌群结构组成.结果表明,样品中微生物的多样性指数不高,样品中的微生物主要来自β变形菌纲以及γ变形菌纲,SRB主要由Thermodes-ulfobacterium、Desulfomicrobium、Thermodesulforhabdus以及Archaeoglobus fulgidus等属的微生物组成.将序列相似性≥97%作为一个OTU的划分原则,16S rDNA文库中有2个优势OTU,分别与Arco-bacter以及Pseudomonas stutzeri相近,分别占总克隆数的44%和56%;dsrAB基因文库有3个优势OTU,分别与Archaeoglobus fulgidus、Archaeoglobus infectus、Desulfotomaculum geothermicum相近,分别占总克隆数的46.6%、16.6%以及13.3%.16S rDNA基因序列与已知序列相似性较高,优势菌种在国内油田中较为常见,但不同油藏之间菌群结构存在较大差异.dsrAB序列与已知序列的相似性较小,可能存在新的SRB.     

低温沼气功能菌群的产甲烷菌分析

运用16s rDNA PCR和实时荧光qPCR技术,对选育的低温沼气功能菌群中的产甲烷菌种群结构和数量进行了研究,并与常温沼气功能菌群进行了比较分析。在总共33个产甲烷菌分类单元中低温沼气功能菌群占有20个,低温沼气功能菌群的产甲烷菌多样性远高于常温沼气功能菌群。低温沼气功能菌群以对温度要求较低的中低温产甲烷菌为主,而常温沼气功能菌群则以中高温产甲烷菌占优。虽然两类菌群的产甲烷菌在多样性和种群结构方面存在着较大差异,但在产甲烷菌数量方面并没有明显的不同,这表明选育的低温沼气功能菌群和常温沼气功能菌群一样,已经形成了稳定的产甲烷菌种群。