FISH检测中国主要油页岩矿区微生物相对丰度

用荧光原位杂交(FISH)技术调查了我国主要油页岩矿区(辽宁抚顺、吉林桦甸和广东茂名)中砂土、新鲜油页岩和风化油页岩或砂砾岩样品的细菌和古细菌相对丰度.油页岩微生物的杂交优化反应条件:杂交温度为46℃,杂交时间为2.5 h,杂交液中去离子甲酰胺的体积分数为20%时,TRIzol和溶菌酶共处理方式有利于提高杂交率.各类型样品中,细菌相对丰度均在50%以上,古细菌相对丰度均在5%以下,在新鲜油页岩中细菌和古细菌的相对丰度最高.抚顺矿细菌相对丰度最低,其次茂名矿和桦甸矿,而抚顺矿古细菌相对丰度最高,其次茂名矿和桦甸矿.     

油页岩微生物总DNA的提取方法

为建立油页岩微生物总DNA提取方法,以两矿区的6个样品为材料,采用SDS高盐、SDS液氮研磨、SDS反复冻融、SDS异硫氰酸胍和试剂盒提取法分别对总DNA进行提取.结果表明,各方法提取效果差异很大,改进的SDS高盐提取法效果最好,各样品均得到约23kb较完整片段,且产率显著高于其他方法,达9144~38685ng·g-1干样;以未纯化的DNA为模板,对16SrDNA进行PCR-DGGE,得到了相应的扩增产物及DGGE指纹图谱,说明该法适合油页岩样品.SDS液氮研磨和SDS反复冻融提取法仅能得到部分样品总DNA,且产率和纯度较低,而SDS异硫氰酸胍和试剂盒提取法无DNA提出,不适合此类样品.     

不同16SrDNA靶序列PCR-DGGE分析油页岩细菌多样性

为全面了解油页岩细菌群落组成结构,同时筛选出适于油页岩PCR-DGGE的最佳引物,采用改进SDS高盐提取法,提取抚顺西露天矿油页岩微生物总DNA,并用968F/1401R,338F/518R,341F/907R和1055F/1406R,对16SrDNAV6-V8,V3,V8和V9区进行PCR-DGGE分析.结果表明,4组引物均能较好扩增出目的基因,但不同靶序列对多样性检出有显著影响(P<0001);与其他引物相比,968F/1401R和338F/518R获得的指纹图谱物种丰富度更高,检出细菌类群更丰富,较适合油页岩样品.油页岩细菌群落组成较简单,优势细菌包括不动杆菌属、假单胞菌属和埃希氏菌属,同时还有假单胞菌目和肠杆菌目尚未被鉴定的一些种类.