实时荧光PCR方法检测含麸质的谷类产品管家基因

采用实时荧光PCR方法鉴别含麸质的谷类成分,选择大麦Hordein管家基因、小麦Gliadin管家基因、黑麦Sec1管家基因和燕麦Avenin管家基因作为物种鉴定的特异性标记基因,设计适合于Taqman探针实时荧光PCR扩增的引物和探针,从而达到鉴别检测食品中含麸质的谷类大麦、小麦、黑麦、燕麦成分的目的.特异性实验结果表明,分别采用大麦、小麦、黑麦、燕麦的引物和探针进行实时PCR扩增时,经检测25种样品,只有相对应的阳性物种样品产生荧光信号,其余非该物种样品均不产生荧光信号,表现出了很高的物种鉴定特异性.以大麦为例的灵敏性实验结果表明,原料样品检测灵敏性可达到0.01%,加工后的食品则可达到0.05%,符合食品成分痕量检测要求.     

建立实时荧光PCR快速鉴定鸡制品中鸡伤寒沙门氏菌的方法

建立基于Taqman探针实时荧光PCR检测鸡伤寒沙门氏菌(Salmonella gallinarum)的方法.根据GenBank公布的鸡伤寒沙门氏菌基因序列,设计引物和Taqman探针,采用实时荧光PCR进行特异性、灵敏性及模拟样品的检测实验.结果表明:特异性引物和探针可从34株鸡伤寒沙门氏菌菌株、26株其他血清型沙门氏菌和7株非沙门氏菌菌株中检测出全部的34株鸡伤寒沙门氏菌.以鸡伤寒沙门氏菌梯度稀释菌液DNA为模板进行实时荧光PCR实验,菌株模板浓度与Ct值呈良好线性关系,线性系数(R2)为0.999,扩增效率为88.2%,最低检测浓度为5cfu/mL.对已接种鸡伤寒沙门氏菌的模拟样品同时进行实时荧光PCR检测和传统方法鉴定,两者结果一致.该方法特异性好、灵敏度高,是快速鉴定鸡伤寒沙门氏菌的有效方法.     

赤松ISSR-PCR反应体系的建立与优化

为了建立赤松ISSR-PCR反应体系,利用正交试验分别对影响赤松PCR反应的dNTP浓度、Mg~(2+)浓度、Taq酶浓度、引物浓度、模板浓度进行了优化,并通过梯度PCR确定引物的最佳退火温度和循环次数.最终确定赤松ISSR-PCR最佳反应体系及扩增条件为:25μL反应体系中含2.5μL 10×PCR Buffer、3 mmol·L~(-1)dNTP、1.5 mmol·L~(-1)Mg~(2+)、0.5 U Taq酶、0.3μmol·L~(-1)引物、9 ng模板;扩增程序为:94℃预变性5 min,然后进行94℃变性30 s,55℃退火45 s(退火温度随引物不同而变化),72℃延伸2 min,35个循环,最后72℃延伸7 min.这一ISSR-PCR反应体系,为今后利用ISSR技术对赤松进行物种分类鉴定奠定了基础.     

大黄鱼小黄鱼实时荧光PCR鉴定

目的:建立一种快速、准确的大黄鱼小黄鱼实时荧光PCR鉴定方法.方法:根据GenBank中大黄鱼、小黄鱼线粒体中ND6基因的序列,设计并合成特异性引物和cycling探针,以草鱼为阴性对照,进行实时荧光PCR反应.结果:利用设计合成的大黄鱼和小黄鱼特异性引物和cycling探针进行实时荧光PCR反应,大黄鱼和小黄鱼均产生特异扩增曲线,对照的草鱼没有产生扩增曲线.结论:利用设计的引物和cycling探针,可准确快速鉴定大黄鱼和小黄鱼.     

实时荧光定量PCR技术检测牙周炎致病菌中16S rRNA DNA探针的制备

利用实时荧光定量PCR和细菌16S rRNA测定技术制备牙龈卟啉菌染色体探针,并进行检测,为进一步研究牙周病可疑致病菌提供方法.主要方法是:厌氧环境下培养牙龈卟啉菌,抽提细菌DNA;根据基因库已知牙龈卟啉菌16S rRNA DNA序列,设计特异性的TaqMan探针和一对引物;经实时荧光定量PCR仪进行细菌DNA样本的PCR反应获得反应曲线.结果表明,细菌DNA样本经PCR反应后,在15个循环时,开始出现扩增曲线,此后荧光逐渐增强,在26个循环后达峰值.由此可见,利用细菌16S rRNA技术制备致病菌染色体探针,经实时荧光定量PCR测定,可以对目标微生物进行准确定性和定量.     

人GABRA1实时荧光定量TaqMan PCR检测方法的建立

根据GenBank上人GABRA1基因的序列,设计并合成特异性的引物及探针,采用TaqMan探针法建立了荧光定量PCR法,以常规PCR产物为标准品,建立标准曲线．结果表明,标准曲线Ct值检测范围为12．07-32．72,相关系数为0．999,扩增效率为96．4%.建立的GABRA1TaqMan探针实时荧光定量方法具有线性范围广、扩增效率高、检测时间短、敏感性高等特点．     

正交试验法优化酰胺酶PCR条件

以Salinispora arenicola的总DNA作为研究材料,将正交实验法应用于聚合酶链式反应(PCR)上,探求4种主要因素(退火温度、退火时间、DMSO、引物量)在3个水平上的最佳使用量,迅速找到最佳PCR条件,为后续一系列实验铺平道路。实验得出10μL反应体系最佳PCR条件为:DMSO 0.6μL;引物0.6μL;退火温度56℃;退火时间20 s。经验证确定该条件能大大提高目标条带扩增量。     

HBV C区基因扩增与PCR条件的优化

目的:为提高PCR检测乙型肝炎病毒(HBV)的特异性和灵敏度,降低成本,对PCR条件进行优化.方法:将HBV特异性基因片段转化到大肠杆菌DH5α中,提取质粒,利用PCR扩增HBV C区基因,对PCR条件中的退火温度、Mg2 浓度进行优化,并比较3种不同Taq DNA聚合酶的灵敏度.结果:HBV C区基因扩增的最佳退火温度为58℃,最佳Mg2 浓度为1.5mmol/L,Biostar Taq DNA聚合酶扩增到10-6.讨论:对HBV C区基因进行了转化和PCR实验条件的优化,为扩大PCR在乙型肝炎病毒(HBV)检测领域中的应用提供实验依据.     

用PCR扩增裸甲藻和微小原甲藻rRNA基因的方法研究

以赤潮种裸甲藻(Gymnodinium sp．)和微小原甲藻(Prorocentrum minimum)为试验材料，以不同方法提取其基因组并进行纯化，然后采用PCR方法扩增其rRNA基因，包括18S，28S和ITS片断，并进行扩增条件的比较和优化，得到两种藻的最佳DNA提取条件和PCR扩增条件．裸甲藻和微小原甲藻的DNA提取宜采用改良的CTAB方法；并需对粗提取的DNA用CTAB方法进行纯化．两种藻的最适模板浓度为纯化后模板1．0～2．0μL；最适Mg^2 浓度为2．0μL(25mmol／L)；ITS引物PCB扩增的退火温度为50℃，而18S三对引物的退火温度均为55℃，28S的退火温度为54℃最为适宜。     

实时荧光PCR技术检测致敏原小麦的研究

采用实时荧光PCR技术检测致敏原小麦成分.试验结果表明:采用小麦管家基因GAG56D和Wx012基因的特异性检测引物和探针进行检测时,26种样品经实时PCR扩增,只有小麦产生阳性的荧光信号,其余样品均不产生荧光信号.灵敏度试验结果表明:该方法对小麦致敏原基因的检测灵敏度较高,可达到1 mg.kg-1,符合痕量检测要求.     

华山松ISSR反应体系的优化

为获得条带清晰、稳定和多态性高的华山松ISSR扩增结果,对引物、Mg~(2+)浓度和退火温度等因素进行了优化.确定了ISSR分析的最佳PCR条件:15μL反应体系中,10×PCR buffer反应缓冲液1.5μL,模板DNA 22.5 ng,Mg~(2+)2.2 mmol/L,d NTPs 0.23 mmol/L,引物0.93μmol/L,Taq DNA聚合酶0.027 U/μL.PCR反应程序为:经94℃预变性4min后,经过94℃变性30 s,Tm-4.8℃退火30 s,72℃延伸108 s共33个循环;循环结束后72℃延伸10 min.从44条ISSR引物中筛选出12条扩增稳定、多态性丰富的ISSR引物.对华山松ISSR实验优化体系的建立,为今后利用ISSR分子标记技术开展华山松种间遗传变异分析和构建遗传图谱等研究奠定了基础.     

用荧光双链引物特异扩增并定量核酸

描述了一种利用特殊的双链引物－－突触引物，用于核酸扩增的特异定量检测，在传统的引物的5'端标记荧光物质，而在引物的互补序列的3'端标记荧光淬灭剂以封闭其延伸。二者杂交即成双链突触引物。在制备PCR反应混合物阶段以及加热的初期，突触引物保持稳定的双链结构而不能引导扩增，在退火阶段，突触引物部分解链导致引物延伸，荧光物质与淬灭剂分开而产生荧光。利用人β珠蛋白基因对此方法进行了验证。这种可自行退火的荧光引物不仅简单地实现了实时扩增，同时比常规的热启动PCR更有效地提高了扩增的特异性。     

水溞RAPD反应体系的优化和建立

以大型溞、发头裸腹溞、蚤状溞和老年低额溞为研究材料,采用改变退火温度和循环次数等条件对RAPD扩增技术进行了优化研究.结果表明:在条件优化后(退火温度为42℃,循环次数为46次)有5条RAPD引物(A-04,A-07,B-12,C-11和C-20)在4个群体中均有扩增条带.由此表明,退火温度和循环次数的优化有利于水溞RAPD鉴定技术的建立.该研究将为水溞的遗传多样性分析奠定基础.     

鸭β-actin基因实时荧光定量PCR方法的建立

根据GenBank中鸭β-actin基因的序列,在保守区域设计并合成一对引物,采用SYBR G reen I染料建立了荧光定量PCR法(real-tim e PCR).以PCR产物建立标准曲线,C t值线性范围为12.2~35.1,相关系数为0.996;熔解曲线分析显示产物为单特异峰,Tm为86.5±0℃.本实验建立的鸭β-actin基因实时荧光定量PCR法扩增效率高、线性范围广、检测周期短,为β-actin基因作为内参基因进行鸭功能基因与病原基因表达的定量分析奠定了基础.     

基于PCR和LFS技术的掺假豌豆成分快速检测

文章运用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)和侧向流试纸条(lateral flow strip, LFS)相结合方法,以豌豆特异性基因为参照对绿豆食品中掺入豌豆成分进行定性分析。实验对退火温度、修饰引物浓度和镁离子浓度进行优化,并在最优PCR条件下进行特异性和灵敏度检测。结果表明,在退火温度为59℃,修饰引物加入量为0.20μmol/L,镁离子加入量为1.75 mmol/L条件下,PCR扩增效果最好,掺假检测限为0.5%,最低可检测豌豆DNA量为0.12 ng。该方法特异性高、操作简单快速,依靠视觉观察就能得出定性结果。     

PCR法检测一株啤酒腐败菌条件的优化

以短乳杆菌(Lactobacillus brevis)为研究对象,对PCR法快速检测短乳杆菌(Lactobacillus brevis)的扩增条件:Taq酶浓度、Mg2+浓度、退火温度、循环温度/时间、循环次数5个方面进行了优化。最终得到PCR反应最佳条件:25ul体系中,Taq酶用量2.0U/ml,Mg2+浓度2.0mM退火温度为50℃。扩增程序:94℃4min进入循环,94℃30s,50℃30s,72℃30s,35个循环后,再72下延伸5min。     

牛肉及其制品中肉类掺假的荧光PCR鉴别体系优化

根据可能用于牛肉及其制品掺假的肉类原料(猪肉、鸡肉和鸭肉),设计了4对引物和探针.经过测试其具有良好的特异性后,对影响各自聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增的5个影响因素包括Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶活、dNTPs浓度、引物和探针浓度以及模板DNA用量等进行了优化,确定了最佳的PCR扩增体系.同时,根据优化后的结果,对特异性进行进一步的测试,并使用建立的优化荧光PCR鉴别体系对混合样品和市售样品进行检测,确定整体检出限为0.1%(质量分数),并证明该鉴别体系的实际应用价值.     

新疆杏品种自交不亲和S-RNase基因PCR扩增体系的优化

以3个新疆杏品种的叶片为试材,以其叶片基因组DNA为模板,分别对PCR扩增体系中的10×Buffer(含Mg2+)、dNTP、上下游引物、TaqDNA聚合酶和退火温度5个因素设计6个梯度,研究了新疆杏品种自交不亲和S-RNase基因PCR扩增条件,建立其优化的PCR扩增体系。研究结果表明:其扩增程序为94℃预变性5min,94℃变性45s,52℃退火45s,72℃延伸2min,35个循环后72℃延伸10min,25μL反应体系10×Buffer(含Mg2+)2.5μL,dNTP0.08mmol/L,上下引物0.16μmol/L,DNA80ng,DNA聚合酶1μL,此为最优的反应体系。     

人源IFITM2基因检测方法的建立及EMCV感染对IFITM2基因转录的影响

目的:建立一种干扰素诱导跨膜蛋白2(IFITM2)基因SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法,以期为IFITM2基因的动态监测提供有效的检测技术.方法:根据GenBank中公布的IFITM2基因序列设计特异性引物,以质粒pMD18-T-IFITM2为模板进行条件优化,绘制标准曲线,建立IFITM2基因SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法,并对建立的方法进行条件优化与评价,用建立的方法对脑心肌炎病毒感染后细胞中IFITM2基因转录水平进行检测.结果:建立的20μL检测体系中IFITM2基因最佳引物浓度为10μM,最佳退火温度为59℃;标准质粒在2.62×10~5～2.62×10~(10)copies/μL浓度范围内与Ct值呈良好线性关系,线性方程y=-3.495 logx+43.12,R~2=0.998,且灵敏性、特异性和重复性均较高.应用建立的方法对EMCV感染细胞中IFITM2基因转录水平进行检测,结果显示,在感染早期IFITM2转录水平不变,感染后期转录水平逐渐升高.EMCV感染引起宿主IFITM2基因转录水平的变化,可能与EMCV逃逸宿主相关免疫应答有关.结论:成功建立了一种快速、准确检测IFITM2基因的SYBR Green I实时荧光定量PCR方法.该方法的建立,为进一步研究IFITM2在EMCV感染过程中的作用奠定了基础.     

基于PCR-DGGE技术的渤海湾滩涂原油降解菌群分析

采集天津渤海湾滩涂沉积物,以原油为唯一碳源富集原油降解菌群.采用三种不同细菌DNA提取试剂盒提取原油降解菌总DNA,结果显示New Probe细菌基因组DNA小量提取试剂盒提取出的细菌总DNA质量和纯度最理想.通过对PCR体系中引物量、模板量和PCR程序中退火温度、循环数的优化,确定优化的PCR条件为:25μL Master、3μL DNA模板、1μL Primer-1、1μL Primer-2、20μLdd H_2O.扩增程序为:94℃预变性4 min;94℃变性1 min、55℃退火1 min、72℃延伸1 min,25个循环;72℃延伸6 min.原油降解菌的DGGE指纹图谱分析表明原油降解菌群的群落结构相对稳定,没有出现明显的减弱趋势.