番茄红素β-环化酶基因（LcyB）启动子调控LcyB RNAi双元载体构建

根据番茄基因组DNA序列信息设计引物进行PCR扩增了Micro-Tom中番茄红素-环化酶（Lycopene -cyclase, LcyB）基因起始密码子上游1 534 bp启动子区域序列（LcyBp）,生物信息学分析表明,该启动子序列中存在TATA-盒、CAAT-盒、昼夜节律响应元件Circadian、光响应元件Box I、真菌激发子响应元件Box-W1、低温响应元件LTR、响应赤霉素的作用元件P-box、乙烯响应元件ERE、响应生长素的作用元件TGA-element等顺式作用元件. 依据番茄LcyB基因序列,设计2对含有不同酶切位点的特异引物进行PCR扩增LcyB基因3端特异的276 bp DNA片段,利用RNAi载体pKANNIBAL构建了LcyB启动子-LcyB基因正义片段（Sense）-PDK内含子-LcyB基因反义片段（Antisense）-OCS终止子的RNAi表达框,并将这一RNAi表达框插入植物双元表达载体pART27的Not I位点,构建成本研究的LcyB启动子驱动的LcyB基因RNAi植物双元表达载体pART-LcyBp-RNAi-LcyB. 为利用RNAi技术特异性敲除LcyB基因进而提高番茄果实中番茄红素含量奠定实验基础.     

NACl启动子驱动GFP表达的组织特征及对生长素和赤霉素的反应

将拟南芥中转录因子基因NACl上游调控区1kb克隆到pRD420质粒，构建由NACl启动子驱动绿色荧光蛋白基因（GFP）表达的植物表达载体，并以此载体转化烟草，对阳性转基因植株研究表明，GFP在根部有较高水平的表达．进一步用生长素、生长素拮抗剂NPA和赤霉素处理，荧光强度的变化表明：该调控区受生长素作用的同时也受赤霉素诱导．初步说明NACl基因不仅是一个生长素反应基因，同时可能也是一个赤霉素反应基因．     

NAC1启动子驱动GFP表达的组织特征及对生长素和赤霉素的反应

将拟南芥中转录因子基因NAC1上游调控区1kb克隆到pRD420质粒，构建由NAC1启动子驱动绿色荧光蛋白基因（GFP）表达的植物表达载体，并以此载体转化烟草，对阳性转基因植株研究表明，GFP在根部有较高水平的表达.进一步用生长素、生长素拮抗剂NPA和赤霉素处理，荧光强度的变化表明：该调控区受生长素作用的同时也受赤霉素诱导.初步说明NAC1基因不仅是一个生长素反应基因，同时可能也是一个赤霉素反应基因.     

中国明对虾卵黄蛋白原基因启动子克隆与分析

为了探明中国明对虾卵黄蛋白原基因启动子表达调控机制,利用DNA步移法克隆了中国明对虾卵黄蛋白原基因启动子及其上游调控序列,总长1 100bp.分析表明,在基因转录起始位点上游-30～-24bp处有1个TATA box,未发现有CAAT box和GC box.同时,在上游调控区还存在有多个可能影响启动子转录活性的顺式作用元件,如NF-κB,YY1和SP1等转录因子结合位点.这些结果为深入研究中国明对虾卵黄蛋白积累及卵子发生过程奠定了基础.     

6个大豆GmBES1基因干旱诱导表达及启动子分析

BES1/BZR1转录因子在油菜素内酯信号通路中发挥重要作用，该通路调控植物的生长发育及对各种胁迫的抗性。本研究对6个大豆GmBES1基因在干旱胁迫下的表达量进行检测，同时对6个Gm BES1基因启动子中的顺式作用元件进行预测分析。实时荧光定量PCR结果显示，6个GmBES1基因在干旱胁迫下的表达量随着时间存在不同程度的变化，其中GmBES1-9的表达量升高最明显。启动子序列预测分析结果显示，GmBES1-2/3/6/9/11/12启动子序列中分别含有3、6、4、3、4和7种激素及逆境响应相关顺式作用元件。这些结果为大豆GmBES1基因的抗旱机制研究及应用提供理论依据。     

棉花腈水解酶基因GhNIT响应非生物胁迫和激素的表达分析

腈水解酶是植物中调控生长素合成色胺(Tryptamine,TAM)途径的关键酶,在生长素的合成及进一步调控植物发育和逆境胁迫响应过程中发挥着重要作用。为了认识腈水解酶在植物生长发育中的功能,本研究在前期获得棉花腈水解酶基因GhNIT的基础上,分析了该基因参与棉花纤维发育的表达特征及组织特异性特征,结果表明:Gh NIT基因在棉花开花后16 d和25 d的纤维组织中及花器官(花瓣和花药)中具有较高的表达。克隆获得该基因1500 bp的启动子序列并进行了顺式作用元件分析,pGhNIT启动子包含典型的核心元件TATA框和CAAT框,此外,还包含TC-rich repeats、MBS等元件,尤其是包含许多响应非生物胁迫和激素的元件如热激、干旱和氧化等胁迫响应元件以及赤霉素(Gibberellic acid,GA)和光响应元件,如Box-4、Box-1、G-box等。pGhNIT启动子元件组成分析结果暗示该基因的表达可能受非生物胁迫和植物激素的诱导。进一步以棉花幼蕾为材料进行干旱、高温、低温、黑暗、氧化胁迫等逆境处理,及赤霉素和生长素处理,分析Gh NIT基因的表达特征,结果表明:GhNIT在4℃处理3 h后被显著诱导表达,且其在黑暗处理16 h再恢复光照后表达量增加;此外,Gh NIT的表达显著受高温、聚乙二醇(Polyethylene glycol,PEG)和H2O2诱导;在GA处理2 h和吲哚-3-乙酸(Indole-3-cetic cid,IAA)处理1 h后,GhNIT的表达显著上调。本研究结果可为深入研究腈水解酶参与棉纤维发育及调控植物生长发育的重要功能提供良好参考。     

植物维管组织特异性定位启动子研究进展

组织特异性基因的启动子对该基因的组织特异性表达起重要作用 .本文综述了植物维管组织特异性定位表达启动子的研究进展 .研究表明 ,在植物维管组织特异性定位表达启动子中 ,顺式调控元件与反式作用因子协同作用 ,调控基因的表达 .     

蛋白酶结构基因及其克隆

为探明重要毒力因子玫烟色棒束孢几丁质酶基因Ifupr1的表达调控机理,以Ifupr1基因组全长核苷酸序列为基础,采用基因组步移方法,获得Ifupr1的5′-上游区序列(总长为2402bp)。分析其结构基因中无内含子,该序列含有启动子的核心结构序列CAAT框、特异的反应元件和转录因子结合位点。CAAT框是调控转录速率的元件,而其他一些转录因子结合位点则可能具有特异性调节基因转录的功能。     

基于GEO数据库和转录因子调控网络的结核病药物作用靶点筛选及其作用机制

目的 基于GEO数据库和转录因子调控网络筛选抗结核病药物及药物作用靶点。方法 通过NCBI的GEO数据库,筛选结核病患者和健康者之间差异表达的基因;通过AnimalTFDB 3.0数据库预测差异表达基因中的转录因子,并构建转录因子调控网络;通过调控网络中的关键基因筛选相关miRNA,并筛选关键节点,初步阐明结核病致病的分子机制。结果 通过GEO数据库检索,筛选出的差异表达基因为784个;通过AnimalTFDB 3.0数据库筛选出23个转录因子和对应的790个靶基因,构建了转录因子-靶基因的调控网络;通过TargetScanHuman 7.2查询到关键节点对应的miRNA,构建“转录因子-靶基因-miRNA”调控网络,筛选出4个结核病药物靶点(EP300,CREBBP,ELAVL1,HSP90AA1),阐明了其与转录因子和miRNA之间的调控机制。结论 通过构建结核“转录因子-靶基因-miRNA”网络,筛选出结核病新的潜在药物作用靶点——EP300、CREBBP、ELAVL1、HSP90AA1;同时发现,EP300、CREBBP、HSP90AA1通过激活转录因子STAT2,导致机体内炎...     

雷蒙德氏棉DNase Ⅰ高敏感位点(DHSs)文库构建方法

染色质DNA对DNase Ⅰ表现出高敏感性的位点(DNase Ⅰ hypersensitive sites,DHSs)多是顺式作用元件所在的位置,包括启动子、增强子、调节子和衰减子等.研究DHSs位点的数目及其动态变化是探明顺式作用元件功能、揭示基因表达调控机制,乃至进行基因编辑和创新遗传材料的重要辅助手段.本文借鉴水稻和拟南芥DHSs文库构建方法,通过优化设计,初步建立了二倍体雷蒙德氏棉(Gossypium raimondii D5)的DHSs文库,为深入进行棉花功能基因组研究奠定基础.     

水稻microRNA及其靶基因的系统鉴定

miRNA在植物生长发育和环境胁迫中发挥着重要的作用.本研究基于49个水稻小RNA 测序数据,系统分析了已知miRNA的表达,并鉴定到了新的水稻miRNA.我们发现,miRBase上注释的水稻miRNA中,只有39％具有可检测的表达. 此外,对水稻降解组数据的分析鉴定到一些新的miRNA靶基因,包括两个新的miR444靶基因,它们分别编码WD40蛋白和热休克因子型DNA结合蛋白.     

聚丙烯酰胺凝胶电泳检测大豆SRAP标记

以大豆为试验材料,提取了大豆的基因组DNA,对大豆进行SRAP-PCR扩增,并对产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳,最后硝酸银染色。建立了一种行之有效、简便快捷的应用于大豆SRAP标记的PAGE银染检测方法。     

Correlation of microRNAs responding to high dose γ-irradiation with predicted target mRNAs in HeLa cells using microarray analyses

An increasing data indicates that altered microRNAs （miRNAs） participate in the radiation-induced DNA damage response. However, a correlation of mRNA and miRNA profiles across the entire genome and in response to irradiation has not been thor- oughly assessed. We analyzed miRNA microarray data collected from HeLa cells after ionizing radiation （IR）, quantified the ex- pression profiles of mRNAs and performed comparative analysis of the data sets using target prediction algorithms, Gene Ontol- ogy （GO） analysis, pathway analysis, and gene network construction. The results showed that the altered miRNAs were involved in regulation of various cellular functions, miRNA-gene network analyses revealed that miR- 186, miR- 106b, miR- 15 a/b, CCND 1 and CDK6 played vital role in the cellular radiation response. Using qRT-PCR, we confirmed that twenty-two miRNAs showed differential expression in HeLa cells treated with IR and some of these miRNAs affected cell cycle progression. This study demonstrated that miRNAs influence gene expression in the entire genome during the cellular radiation response and suggested vital pathways for further research.     

大豆属植物导管分子中不同类型内含物的研究

利用光学显微技术对大豆属植物根次生木质部导管分子中侵填体进行了观察，结果发现：在半野生大豆的导管分子中存在细胞型、橡胶型和晶体型侵填体，且数量较多；其他三种类型的大豆导管分子中只含有细胞型侵填体，栽培大豆导管分子中侵填体数量较少。     

污灌对大豆种子萌发及早期生长发育的影响

本实验以大豆为材料,用小清河不同稀释倍数的污水处理和灌溉,研究了污水对大豆种子萌发和早期生长发育的影响。其结果表明：低浓度的污水对大豆种子的萌发、幼苗生长发育、生物量、叶绿素含量等有促进作用,而未经稀释的原污水均表现为明显地抑制作用。     

动物MicroRNAs的研究进展

MicroRNAs（miRNAs）是一类小的、内源的、非编码的RNA家族,其在转录后水平上对基因表达进行调控。nfiRNAs是在研究秀丽新小杆线虫（Caenorhabditis elegans）发育转变过程中发现的,最初称为stRNAs（small temporal RNA,小时序RNA）,但stRNAs只是miRNAs家族的一部分,随后在线虫、植物和哺乳动物中发现了miRNAs家族的数百个成员。动物miRNAs不仅在发育调控中起重要作用,还参与许多重要的生理过程。本文综述了动物中miRNAs的发现历程、生物学起源、作用机制、生物学功能、研究方法,并对动植物miRNAs的特点进行了比较。     

红景天苷上调大鼠心肌梗死后心肌组织VEGF的表达

目的:探讨红景天苷对大鼠心肌梗死后心肌组织血管内皮生长因子(VEGF)的表达调控作用及其可能机制。方法:建立大鼠心梗模型后,随机分为模型组、红景天苷3个不同剂量组,每组8只大鼠,另设假手术组8只。术后48 h,红景天苷组分别给予低、中、高,即10,20,40 mg·(kg·d)-1灌胃;模型组和假手术组给予生理盐水20 ml·(kg·d)-1灌胃。4周后处死大鼠,取大鼠心肌组织,反转录PCR(RT-PCR)法测定VEGF mRNA的表达。应用免疫组化和免疫印迹法分析左心室心肌组织VEGF蛋白的表达情况。结果:RT-PCR结果表明,和模型组相比,红景天苷各剂量组VEGF mRNA的表达均明显升高(P<0.01)。免疫组化和免疫印迹分析结果表明,和模型组相比,红景天苷各剂量组心肌组织胞浆中VEGF蛋白的表达均显著升高(P<0.01)。结论:红景天苷通过上调VEGF的表达而促大鼠心肌梗死后心肌组织的血管新生。     

A viral microRNA functions as an orthologue of cellular miR-155

All metazoan eukaryotes express microRNAs (miRNAs), roughly 22-nucleotide regulatory RNAs that can repress the expression of messenger RNAs bearing complementary sequences. Several DNA viruses also express miRNAs in infected cells, suggesting a role in viral replication and pathogenesis. Although specific viral miRNAs have been shown to autoregulate viral mRNAs or downregulate cellular mRNAs, the function of most viral miRNAs remains unknown. Here we report that the miR-K12-11 miRNA encoded by Kaposi's-sarcoma-associated herpes virus (KSHV) shows significant homology to cellular miR-155, including the entire miRNA 'seed' region. Using a range of assays, we show that expression of physiological levels of miR-K12-11 or miR-155 results in the downregulation of an extensive set of common mRNA targets, including genes with known roles in cell growth regulation. Our findings indicate that viral miR-K12-11 functions as an orthologue of cellular miR-155 and probably evolved to exploit a pre-existing gene regulatory pathway in B cells. Moreover, the known aetiological role of miR-155 in B-cell transformation suggests that miR-K12-11 may contribute to the induction of KSHV-positive B-cell tumours in infected patients.