基于网络药理和分子对接预测复方紫银软膏治疗糖尿病足溃疡的作用靶点

利用网络药理和分子对接技术,探讨复方紫银软膏治疗糖尿病足溃疡的活性成分和潜在分子机制.采用中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库获取方中七味药的化学成分及其相关靶点.在GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank数据库中搜集糖尿病足溃疡相关靶点,提炼出二者的交集靶点.运用Cytoscape 3.9.1软件和String数据库绘制“药物-成分-靶点-疾病”可视化网络,并筛选出核心成分和关键靶点.借助Metascape数据库对靶点进行GO和KEGG分析,运用Autodock软件以及Pymol软件进行分子对接验证和展示.结果发现,复方紫银软膏治疗糖尿病足溃疡的关键活性成分为槲皮素、绿原酸、芹菜素、山柰酚、木犀草素.从靶蛋白的角度,排名前5位的是PTGS2、HSP90AB1、PTGS1、AR、DPP4;GO富集分析提示主要包括炎症反应、细胞因子和蛋白酶受体结合等生物过程. KEGG通路主要涉及AGE-RAGE、MAPK信号通路和PI3KAkt等信号通路.分子对接结果表明复方紫银软膏中主要活性成分与关键靶点PTGS2、HSP90AB1、PTGS1、AR和DPP4具有较稳定的结合活性...     

川陈皮素潜在药效靶标预测及多维药理作用分析

目的预测中药活性成分川陈皮素的潜在靶标并进行分子对接验证,探讨其多维药理作用。方法运用反向分子对接服务器PharmMapper将川陈皮素与2241个人类蛋白靶标分别对接,选取Normalized Fit Score打分值前15的靶蛋白,采用Systemsdock Web Site平台对具有疾病治疗价值的主要靶蛋白进行正向分子对接验证。结果川陈皮素与成纤维细胞激活蛋白(Seprase)、网织红细胞-4受体(Reticulon-4 recoptor)、组织蛋白酶L2(CathepsinL2)3个靶蛋白结合较好,对接分数分别为5.215、5.227、6.090。靶蛋白药效团模型与川陈皮素分子特征一致,分子对接显示川陈皮素与靶蛋白核心氨基酸有相互作用。结论川陈皮素与Seprase、Reticulon-4 recoptor、CathepsinL23个重要靶蛋白结合强度较好,具有抗癌、抗氧化、抗炎、抗血栓形成等药理作用。     

基于网络药理学挖掘连翘治疗胆汁淤积的机制

本文首先利用中药系统药理学数据库分析平台TCMSP构建连翘成分-疾病靶点网络及靶蛋白互作网络,采用R语言包进行生物功能（GO）和通路（KEGG）富集分析,再根据网络药理学结果,结合文献资料,采用SYBYL 2.1.1进行分子对接,分析连翘活性成分与胆汁酸调节通路关键靶点的相互作用。网络药理学筛选得到活性成分17个,核心靶点8个,主要涉及胆汁酸代谢转运、核受体反馈调控、胆红素转化、炎症氧化损伤的细胞应答等,分子对接显示这些连翘活性成分与核受体有较好结合,木脂素类可能是连翘抗胆汁淤积的主要活性成分群。连翘显示出通过多成分、多靶点、多途径方式作用于胆汁淤积关键靶标的潜力,通过核受体调控胆汁酸代谢、抗炎抗氧化损伤等可能是其抗胆汁淤积的主要机制,这为连翘治疗肝胆疾病的研究和开发提供了依据和参考。     

网络药理学与分子对接研究黄芪治疗阿尔兹海默病的作用机制

为了研究黄芪中活性成分治疗阿尔兹海默病的作用机制,采用网络药理学与分子对接模拟方法,利用相关数据库确定疾病靶点,构建靶点相互作用和药物-成分-靶蛋白-疾病网络,在DAVID数据库进行基因本体富集分析和京都基因与基因组百科全书数据库通路富集分析,并对靶点进行分子对接模拟验证。结果表明：筛选到20种黄芪抗阿尔兹海默病的活性成分,其中槲皮素、山奈酚、异鼠李素、刺芒柄花素、 7-O-甲基-异微凸剑叶莎醇为关键成分;筛选出118个交集靶点,含6个关键靶点,各靶点富集于炎症反应细胞凋亡等生物过程;分析得到180条信号通路,作用机制主要与TNF、 PI3K-Akt、 IL-17等通路相关。     

黄芩治疗主动脉夹层作用机制的预测及相关mRNA-miRNA-lncRNA网络构建

目的 通过网络药理学方法探究黄芩治疗主动脉夹层(AD)的作用机制及其调控的mRNA-miRNA-lncRNA网络构建.方法 采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)挖掘黄芩活性成分及预测靶点，通过挖掘GEO数据库，使用GEO2R分析筛选AD差异表达的mRNAs,运用StarBase v2.0、miRTarBase、Mircode在线分析软件进行mRNA-miRNA-lncRNA调控网络整合分析.借助Cytoscape 3.8.0软件与STRING数据库构建活性成分-靶点网络、三元转录网络及蛋白互作网络，并行GO功能及KEGG通路富集分析，最后予以分子对接评估.结果 筛选出黄芩活性成分32个，其中23个靶点与AD相关.得到由11个关键mRNAs、27个关键miRNAs及340个关键lncRNAs构成的三元转录网络.富集分析结果显示，这些靶点主要通过IL-17、p53、TNF、FoxO和NOD样受体等信号通路发挥细胞增殖凋亡调控、转录调节、炎症反应和抗氧化活性作用.分子对接结果显示，汉黄芩素、β-谷甾醇、黄芩素和豆甾醇等主要活性成分均能与核心靶点IL6、MAPK14较好地结合.结论...     

基于网络药理学和分子对接研究三七抗类风湿关节炎的分子机制

通过中药系统药理学数据库与分析平台获取三七的主要活性成分及其相关靶点;通过GeneCards数据库预测类风湿关节炎相关靶点,并运用Uniprot数据库标准化蛋白名称,取三七-类风湿关节炎的交集靶点;通过STRING平台进行蛋白质-蛋白质相互作用分析;采用Metascape平台进行GO(gene ontology)功能分析和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)信号通路富集分析;采用Cytoscape3.7.2构建活性成分-靶点-信号通路相互作用网络;利用AutoDock Vina 1.1.2软件对关键靶点和成分进行分子对接。结果表明:通过筛选获得三七核心活性成分7种,三七-类风湿关节炎共同作用靶点100个,其中核心靶点包括AKT1、IL6、VEGFA、TNF、TP53、JUN、CASP3、PTGS2等;GO分析获得1 064条信号通路,KEGG分析得到102条信号通路,其中与类风湿关节炎相关的信号通路包括AGE-RAGE、MAPK、TNF、IL-17以及HIF-1等;分子对接结果显示关键靶点与成分具有较好的结合活性。研究认为三七抗类风湿关节炎可能是通过对物质代谢、信号转导、炎症反应等多靶点及多通路的调节从而发挥作用。     

基于反向对接法的独脚金内酯抗炎机制分子模拟

目的:利用反向对接法探索独脚金内酯GR24在NF-KB信号通路抗炎作用的潜在药物作用靶点.方法:通过获取62个NF-κB信号通路的蛋白晶体学结构,构建NF-κB信号通路蛋白靶点结构数据库;使用分子对接软件AutoDock Vina,将GR24与结构数据库中的靶点进行反向分子对接模拟实验;根据对接分数和对接构象相互作用,筛选出潜在的药物靶点.结果:反向筛选得到3个与GR24具有高亲和性的靶蛋白PARP1、CK2和AKT;在对接构象的相互作用的比较中,PARP1优于CK2和AKT;与现有PARP1抑制剂相比,GR24有一定的相似性.结论:独脚金内酯GR24对PARP1、CK2和AKT靶蛋白具有竞争抑制的活性,该研究结果为独脚金内酯抗炎机制的研究提供重要的参考依据.     

基于网络药理学探讨玫瑰花抗抑郁物质基础及作用机制

利用网络药理学和分子对接方法探究玫瑰花抗抑郁的物质基础及作用机制。通过中国知网收集抗抑郁单体和玫瑰花的化学成分,借助PubChem、SwissTargetPrediction数据库预测玫瑰花的抗抑郁活性成分及作用靶点,通过DAVID数据库进行通路富集分析,运用Discovery Studio 2017软件对关键成分和靶点进行分子对接。收集抗抑郁单体117个,玫瑰花成分127个,筛选出玫瑰花与抗抑郁相关的核心成分17个,分子对接显示玫瑰花所含芹菜素、槲皮素、山柰酚、异丁香酚、异槲皮苷、矢车菊素-3-O-葡萄糖苷6个活性成分,可较好地与AKT1、PTGS2、ESR1 3个抑郁相关靶点结合。结果表明玫瑰花抗抑郁的物质基础为芹菜素、槲皮素、山柰酚等黄酮类化合物,主要通过影响HIF-1信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路、催乳激素信号通路、多巴胺能神经突触信号通路发挥抗抑郁作用。该研究为抗抑郁新药研发提供了理论依据及新的研究思路。     

基于网络药理与分子对接技术的乌梅清润茶防治咽喉疾病作用机制研究

采用网络药理学与分子对接技术筛选乌梅清润茶防治咽喉疾病的主要活性成分并研究其作用机制.利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)及文献挖掘的方式筛选乌梅清润茶活性成分及作用靶点,与OMIM和GeneCards数据库筛选咽喉疾病靶基因取交集获取潜在作用靶点.采用Cytoscape(3.7.1)软件建立"化合物-靶点网络"并进行分析,使用String数据库构建蛋白互作网络(PPI)并分析,采用AutoDock Vina进行分子对接筛选关键活性成分,采用DAVID(6.8)数据库进行GO和KEGG富集分析作用机制.筛选得到94种活性成分,潜在靶点339个,结果提示乌梅清润茶防治咽喉疾病主要活性成分包括quercetin、ursolic acid、beta-sitosterol、fortunellin、aloe-emodin, naringenin、luteolin、ellagic acid等,作用于INS、AKT1、IL6、VEGFA、MAPK3、CASP3、EGFR、CXCL8等关键靶基因.GO功能富集分析得到GO条目720个(p0.05),KEGG通路富集筛选得到131条信号通路(p0.05),涉及TNF、HIF-1、Toll-like receptor、T cell receptor、NF-κB、FoxO、PI3K-Akt、NOD-like receptor、VEGF等信号通路.分子对接结果显示quercetin、luteolin、ursolic acid、beta-sitosterol、fortunellin、aloe-emodin等关键化合物与靶蛋白有较好的结合力.本研究采用网络药理学与分子对接技术分析了乌梅清润茶防治咽喉疾病的活性成分和作用机制,为后续实验研究提供了参考.     

补骨脂乙素治疗溃疡性结肠炎的分子作用机制

利用网络药理学方法联合GEO基因芯片及分子对接探索补骨脂乙素治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)的潜在作用机制.通过PubChem等数据库预测补骨脂乙素靶点;在GeneCards、DisGeNET等数据库检索UC作用靶点合并GEO芯片提取的差异基因去重后得到UC靶点,对药物与疾病交集基因进行富集分析;构建交集基因蛋白互作网络筛选出核心靶点,分子对接初步验证药物与核心靶点的结合活性.结果:筛选出交集基因107个;富集分析显示基因功能多与炎症相关;筛选得到核心靶点AKT1、MMP9、EGFR、IGF1、SRC;分子对接模拟验证显示药物与核心靶点之间有较好的结合活性.提示补骨脂乙素可能通过作用于核心靶点调节炎症相关信号通路进而发挥抗UC的作用,可为后续深入研究提供数据支持.     

麻疯树核糖体失活蛋白Curcin和Curcin C与腺苷及腺嘌呤的互作方式分析

麻疯树核糖体失活蛋白Curcin和Curcin C均具N-糖苷酶活性，然而两者的体外翻译抑制能力却具有明显差异，这暗示着两者的N-糖苷酶活性也存在差异.为了探究造成这一差异的结构基础，本研究使用trRosetta对两种蛋白进行了三级结构的预测，通过PROCHECK和Qmean对预测得到的三级结构模型进行了质量评估，利用Chem3D对小分子配体腺嘌呤和腺苷进行了结构优化，借助UCSF Chimera对Curcin及Curcin C活性位点的氨基酸组成进行了预测.最终使用分子对接软件AutoDock将预测得到的模型与小分子腺嘌呤及腺苷进行分子对接.对接结果显示，两种蛋白与腺嘌呤的相互作用模式具有较高的相似性，但Curcin的关键氨基酸Arg并未参与到与配体的相互作用.此外Curcin C与腺嘌呤和腺苷之间的结合能都低于Curcin,且其和腺苷与腺嘌呤之间结合能的差值也要高于Curcin.这一结果暗示着Curcin和Curcin C之间的活性差异与其活性位点处的结构特征有关，Curcin C中的关键氨基酸Arg与腺嘌呤及腺苷的结合位点更为靠近，从而导致Curcin C与底物之间的结合能更低，...     

紫薯花青素的成分鉴定及其抗白血病潜在靶点的筛选验证

为探讨紫薯花青素(Purple Sweet Potato Anthocyanin,PSPA)在急性淋巴细胞白血病(Acute Lymphoblastic Leukemia，ALL)防治中的靶点，本文提取、纯化并鉴定了紫薯花青素，基于分子对接技术预测了紫薯花青素的潜在靶点。结果显示：从川紫4号紫薯中鉴定出25种花青素，分别是矢车菊素、芍药色素、天竺葵色素及其衍生物，各种成分的相对含量为0.1%-23.0%。其中，矢车菊素3-阿魏酸-对羟基苯甲酰槐糖苷-5-葡萄糖苷(Cyanidin 3-feruloyl-p-hydroxybenzoyl sophoroside-5-glucoside)相对含量最高，达到22.63%。基于矢车菊素抗氧化活性较其他两种花青素更强、二乙酰化的花青素更稳定的特点，该化合物被选择作为后续分子对接的配体，分别与程序性细胞死亡(Programmed Cell Death,PCD)，如凋亡、焦亡、坏死性凋亡、铁死亡及铜死亡相关的关键蛋白进行分子对接分析。结果表明，紫薯花青素可以结合到抗凋亡蛋白(Bcl-2)、E3泛素连接酶(Parkin)蛋白、胱氨酸转运蛋白(SLC7A11)、铁氧还蛋白1(FDX1)以及c-Myc蛋白上，从而影响蛋白分子的结构和活性。转录组和Western blot结果进一步验证紫薯花青素可以抑制Bcl-2、Parkin、SLC7A11、FDX1以及c-Myc蛋白的表达，最终诱导细胞发生一定程度的程序性死亡。本研究通过分子对接分析初步获得了紫薯花青素的潜在靶点，为后续生理生化实验提供了理论依据，也为白血病的临床治疗拓展了新的思路。     

基于网络药理与分子对接研究百合行治疗认知障碍的机制

为了研究百合治疗认知障碍的作用机制,采用网络药理学方法从TCMSP数据库中筛选出百合的7种主要活性成分及其潜在的465个作用靶点.在GeneCards,OMIM,PharmGkb,CTD,DrugBank数据库中获取认知障碍疾病靶点,然后取百合化学成分与认知障碍靶点两者交集,得到“药物成分—疾病”交集靶点44个.采用Metascape利用STRING数据库,构建交集靶点蛋白相互作用（PPI）网络图,筛选后得到核心靶点与核心成分,其中MAOB（单胺氧化酶B）、CASP3（半胱天冬氨酸蛋白酶3）、ESR1（雌激素受体）、JUN（1号染色体的基因）、CASP8（天冬氨酸蛋白水解酶8）、CASP9（天冬氨酸蛋白水解酶9）、PGR（类固醇受体基因）、AR（肾上腺素能受体）、SLC6A3（多巴胺转运蛋白基因）、PTGS2（环氧合酶-2）为百合药效成分抗认知障碍作用的关键靶点蛋白.利用DAVID和Metascape平台进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,采用AutodockVina平台实现分子对接.结果表明,百合的4个活性化合物与10个认知障碍关键核心靶标相关,参与调节的关键信号通路有30条.其中,度值较大的化学成分有豆甾醇、3-去甲秋水仙碱、β-谷甾醇、松香酸;度值较大的靶点蛋白有MAOB,PTGS2,CASP3,CASP9等;主要涉及的通路有神经活动配体—受体相互作用通路、钙离子信号通路、小细胞肺癌通路等.百合治疗认知障碍的作用机制可能是通过抑制单胺氧化酶B的活性,改善认知功能.     

基于分子对接技术从虾夷扇贝中筛选抗SARS-CoV-2活性肽研究

为从食品原料中筛选具有抗2019新型冠状病毒(SARS-CoV-2)能力的生物活性肽段,选用虾夷扇贝肌球蛋白为目标序列,利用计算机对虾夷扇贝肌球蛋白进行模拟酶解,对酶解所得的肽段进行毒性和生物活性预测。选取活性评分超过0.5且无毒性的肽段,以SARS-CoV-S/ACE2复合蛋白和COVID-19 Mpro水解酶为靶标进行分子对接,鉴定其病毒抗性。结果表明:肽段CSNAIPEL可以与SARS-CoV-S/ACE2复合蛋白上的GLN42和GLU329两个关键氨基酸结合,LibDock Score为136.03;肽段LPIY不仅能与SARS-CoV-S/ACE2复合蛋白上的ASP38和TYR491氨基酸结合,还能够与COVID-19 Mpro上的THR24、THR25和THR26氨基酸结合,LibDock Score 分别为142.85和168.04;肽段QRPR与COVID-19 Mpro 水解酶晶体上的THR24、THR25和THR26氨基酸结合,LibDock Score为154.93。研究表明,肽段CSNAIPEL、LPIY和QRPR三者表现出较好的抗SARS-CoV-2能力。本研究旨在为抗新型冠状病毒功能食品的研发提供新的思路。     

5—磺基水杨酸存在下两相合成二茂钛氨基酸配合物

在两相体系（H2O／CHCl3)中,利用二氯二茂钛与5－磺基水杨酸形成的水溶液和N－（取代苯基）氨基乙酸反应,简便全盛了三种二茂钛氨基酸配合物,采用元素分析、IR及^1H NMR等对其进行了表征。结果表明,氨基酸的羧基以单齿氧原子与钛配位,形成了双分子取代的二茂钛配合物。     

An N-terminal peptide from p60src can direct myristylation and plasma membrane localization when fused to heterologous proteins

The src gene product, p60src, of Rous sarcoma virus (RSV) is a tyrosine-specific protein kinase which is associated with the plasma membrane of infected cells. Myristic acid is bound in an amide linkage to glycine 2 of p60src. Of the N-terminal 30 kilodaltons of p60src, only amino acids 1-14 are required for myristylation, and myristylation of p60src may be required for its membrane association, and for cell transformation. To test the hypothesis that the first 14 amino acids of p60src contain a recognition sequence for myristylation, we have fused the DNA sequence coding for these amino acids to either the fps gene of the F36 derivative of Fujinami sarcoma virus (FSV), or to the chimpanzee alpha-globin gene. We report here that although the fusion proteins were myristylated, the parental proteins were not, and unlike the non-myristylated F36 p91fps which was not bound to the plasma membrane, the myristylated fusion protein was bound, like p60src. We conclude that the first 14 amino acids of p60src contain a sequence which is sufficient for myristylation, and which may direct proteins to the plasma membrane.     

桃蚜关键抗性基因挖掘及抗蚜Cry蛋白预测

为了挖掘桃蚜(Myzus persicae)的关键抗性基因并构建抗性调控网络,通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异表达基因分析(DEGs)对桃蚜抗性研究的GEO数据库进行分析,筛选出2 426个枢纽基因和2 263个差异表达基因探针.将关键抗性基因在String数据库中进行蛋白质相互作用(PPI)分析,获得154个桃蚜关键抗性基因,并绘制桃蚜的抗性调控网络.结果表明:acpp基因的上调表达可能是大多数Cry蛋白不能有效杀死桃蚜的原因之一;参考抗蚜Cry1Cb2蛋白和11个靶标蛋白的对接规则,通过同源建模和分子对接等生物信息学技术,预测了10个新的Cry蛋白可能对桃蚜具有杀虫活性.     

抗铜酿酒酵母铜结合蛋白的纯化及性质研究

酿酒酵母Ｃｕ＾２＋抗株ＹＮＤ２１经含一定浓度的氯化铜培养基诱导培养后,收集菌体,破碎细胞,离心后ＳｅｐｈａｄｅｘＧ－５０和ＤＥＡＥ－ｃｅｌｌｕｌｏｓｅ柱层析分离可获得三种铜结合蛋白ＤＥ－１,ＤＥ－２,ＤＥ－３。ＤＥ－１脱盐后（Ｇ－１）经鉴定具有金属硫蛋白的特性：表观分子量约为１８ｋＤ;每分子蛋白含２０个巯基,结合１１个铜原子;氨基酸组成中富含半胱氨酸（１８％）、碱性和酸性氨基酸,而酪氨酸和蛋氨酸含     

基于网络药理学和分子对接探讨黄连温胆汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的作用机制

运用网络药理学和分子对接方法探索黄连温胆汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的分子机制。应用中药系统药理学数据库与分析平台对黄连温胆汤药物活性成分及药物作用靶点基因进行筛选。通过Genecards数据库、DisGENET数据库查找幽门螺杆菌相关性胃炎疾病相关靶点,利用维恩在线绘图工具获得疾病与药物的共同靶点基因。利用Cytoscape 3.8.2软件以及STRING数据库分别构建药物-化合物-靶点相互作用网络及蛋白质-蛋白质相互作用网络图。运用DAVID数据库进行基因本体功能和京都基因与基因组百科全书通路富集分析。选取度值排名前3的靶点蛋白和活性成分使用AutoDockTools 1.5.6软件进行分子对接。共筛选得到槲皮素、川皮苷、柚皮素等127种黄连温胆汤药物活性成分,并获得Akt1、JUN、TNF-α、STAT3等101个潜在靶点蛋白,涉及P53信号通路、NOD样受体信号通路、TNF信号通路等90条信号通路。分子对接结果显示关键靶点STAT3、TP53、Akt1与活性成分槲皮素、川皮苷、柚皮素的亲和力较好,其中以Akt1与柚皮素的结合能力最强。通过分析黄连温胆汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的作...