熊胆逐瘀片治疗DR的物质基础及作用机制

目的:旨在探讨熊胆逐瘀片(XDZYP)治疗糖尿病视网膜病变(Diabetic Retinopathy, DR)的物质基础及作用机制。方法:通过Symmap、Swiss Target Prediction检索XDZYP的成分及靶点；通过CTD及DisGeNET检索DR靶点；两者靶点取交集，构建中药-成分-靶点网络；蛋白-蛋白互作聚焦20个枢纽靶点；将枢纽靶点进行GO、KEGG富集分析以及转录因子预测及分子对接。结果:获得XDZYP活性成分105个，靶点112个，其中20个枢纽靶点主要参与血管内皮生长因子产生，调控TNF、AGE-RAGE、细胞凋亡通路，还可被CSRNP1、NFKB2等转录因子调控，其中靶向结合化合物的有：IL4-水杨酸，STAT3/IL6-杨梅酮，CHUK/PARA-槲皮素，TGFB1-丹参素，MYC-丹参酮IIA,TNF-胆酸等。结论:XDZYP主要通过槲皮素、杨梅酮、水杨酸、丹参素等靶向IL4、IL6、PPARA、CHUK等参与TNF、AGE-RAGE、细胞凋亡通路而治疗DR。     

补骨脂乙素治疗溃疡性结肠炎的分子作用机制

利用网络药理学方法联合GEO基因芯片及分子对接探索补骨脂乙素治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)的潜在作用机制.通过PubChem等数据库预测补骨脂乙素靶点;在GeneCards、DisGeNET等数据库检索UC作用靶点合并GEO芯片提取的差异基因去重后得到UC靶点,对药物与疾病交集基因进行富集分析;构建交集基因蛋白互作网络筛选出核心靶点,分子对接初步验证药物与核心靶点的结合活性.结果:筛选出交集基因107个;富集分析显示基因功能多与炎症相关;筛选得到核心靶点AKT1、MMP9、EGFR、IGF1、SRC;分子对接模拟验证显示药物与核心靶点之间有较好的结合活性.提示补骨脂乙素可能通过作用于核心靶点调节炎症相关信号通路进而发挥抗UC的作用,可为后续深入研究提供数据支持.     

基于网络药理学和分子对接探讨虎杖调控铁死亡治疗动脉粥样硬化作用机制

目的:以网络药理学和分子对接分析的方法,系统研究虎杖调控铁死亡抗动脉粥样硬化(AS)的机制,为开发治疗AS的新药提供理论依据。方法:采用TCMSP数据库对虎杖的活性成分和治疗靶点进行预测和筛选。通过GeneCards数据库和Drugbank数据库获取AS的疾病靶点。利用Venny在线工具获得虎杖活性成分和AS的共同作用靶点。在Cytoscape3.9.1软件绘制活性组分和靶点网络图,STRING数据库分析了蛋白-蛋白相互作用(PPI),利用Metascape数据库对交叉靶点进行了GO生物富集及KEGG富集分析。运用GeneCards数据库和FerrDb数据库获得调控铁死亡基因,综合分析虎杖活性成分、AS、铁死亡3者关系并进行分子对接。分子对接研究由SYBYL-X 2.0软件进行验证完成。结果:得到的虎杖的活性成分有10个,对应靶点252个,AS靶点1328个,铁死亡对应靶点887个,3者取交集基因得到44个,蛋白互作分析发现TP53、JUN和IL-6为调控铁死亡治疗AS主要靶点,KEGG富集结果发现,虎杖调控铁死亡治疗AS通过介导MAPK信号通路。分子对接结果表明,虎杖药物主要活性成分...     

黄芩治疗主动脉夹层作用机制的预测及相关mRNA-miRNA-lncRNA网络构建

目的 通过网络药理学方法探究黄芩治疗主动脉夹层(AD)的作用机制及其调控的mRNA-miRNA-lncRNA网络构建.方法 采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)挖掘黄芩活性成分及预测靶点，通过挖掘GEO数据库，使用GEO2R分析筛选AD差异表达的mRNAs,运用StarBase v2.0、miRTarBase、Mircode在线分析软件进行mRNA-miRNA-lncRNA调控网络整合分析.借助Cytoscape 3.8.0软件与STRING数据库构建活性成分-靶点网络、三元转录网络及蛋白互作网络，并行GO功能及KEGG通路富集分析，最后予以分子对接评估.结果 筛选出黄芩活性成分32个，其中23个靶点与AD相关.得到由11个关键mRNAs、27个关键miRNAs及340个关键lncRNAs构成的三元转录网络.富集分析结果显示，这些靶点主要通过IL-17、p53、TNF、FoxO和NOD样受体等信号通路发挥细胞增殖凋亡调控、转录调节、炎症反应和抗氧化活性作用.分子对接结果显示，汉黄芩素、β-谷甾醇、黄芩素和豆甾醇等主要活性成分均能与核心靶点IL6、MAPK14较好地结合.结论...     

网络药理学与分子对接研究黄芪治疗阿尔兹海默病的作用机制

为了研究黄芪中活性成分治疗阿尔兹海默病的作用机制,采用网络药理学与分子对接模拟方法,利用相关数据库确定疾病靶点,构建靶点相互作用和药物-成分-靶蛋白-疾病网络,在DAVID数据库进行基因本体富集分析和京都基因与基因组百科全书数据库通路富集分析,并对靶点进行分子对接模拟验证。结果表明：筛选到20种黄芪抗阿尔兹海默病的活性成分,其中槲皮素、山奈酚、异鼠李素、刺芒柄花素、 7-O-甲基-异微凸剑叶莎醇为关键成分;筛选出118个交集靶点,含6个关键靶点,各靶点富集于炎症反应细胞凋亡等生物过程;分析得到180条信号通路,作用机制主要与TNF、 PI3K-Akt、 IL-17等通路相关。     

延胡索及金铃子散镇痛的药效学和网络药理学比对研究

延胡索与金铃子散均为抗炎镇痛药，金铃子散为川楝子与延胡索组成的中药复方。为比对研究延胡索及金铃子散镇痛作用的差异，通过小鼠热板法和扭体法实验比对两者的药效作用。通过网络药理学构建“成分-靶点-通路”网络，筛选出关键活性成分、核心靶点基因和关联度较高的信号通路。通过虚拟分子对接技术验证关键活性成分和核心靶点的亲和力。小鼠热板法和扭体法实验结果表明：延胡索与金铃子散在给药后60 min内镇痛效果相似；在60 min后，金铃子散的痛阈值提高率显著高于延胡索。延胡索与金铃子散的网络药理学结果相似，活性成分主要来源于延胡索：四氢小檗碱、延胡索碱、延胡索甲素、延胡索乙素、唐松草坡芬碱；通过调节PTGS2、SLC6A4、COMT、DRD4、TH等蛋白的表达作用于神经活性配体受体相互作用、钙离子信号通路和5-羟色胺能突触等相关通路达到镇痛效果。分子对接结果显示，5个关键活性成分与9个核心靶点均有较强的对接活性。研究结果提示延胡索与金铃子散都具有很好地镇痛作用，且金铃子散镇痛作用更长久；延胡索和金铃子散镇痛的网络药理学结果相似，且均体现了多成分、多靶点和多途径的特点。     

川陈皮素潜在药效靶标预测及多维药理作用分析

目的预测中药活性成分川陈皮素的潜在靶标并进行分子对接验证,探讨其多维药理作用。方法运用反向分子对接服务器PharmMapper将川陈皮素与2241个人类蛋白靶标分别对接,选取Normalized Fit Score打分值前15的靶蛋白,采用Systemsdock Web Site平台对具有疾病治疗价值的主要靶蛋白进行正向分子对接验证。结果川陈皮素与成纤维细胞激活蛋白(Seprase)、网织红细胞-4受体(Reticulon-4 recoptor)、组织蛋白酶L2(CathepsinL2)3个靶蛋白结合较好,对接分数分别为5.215、5.227、6.090。靶蛋白药效团模型与川陈皮素分子特征一致,分子对接显示川陈皮素与靶蛋白核心氨基酸有相互作用。结论川陈皮素与Seprase、Reticulon-4 recoptor、CathepsinL23个重要靶蛋白结合强度较好,具有抗癌、抗氧化、抗炎、抗血栓形成等药理作用。     

基于网络药理学探讨玫瑰花抗抑郁物质基础及作用机制

利用网络药理学和分子对接方法探究玫瑰花抗抑郁的物质基础及作用机制。通过中国知网收集抗抑郁单体和玫瑰花的化学成分,借助PubChem、SwissTargetPrediction数据库预测玫瑰花的抗抑郁活性成分及作用靶点,通过DAVID数据库进行通路富集分析,运用Discovery Studio 2017软件对关键成分和靶点进行分子对接。收集抗抑郁单体117个,玫瑰花成分127个,筛选出玫瑰花与抗抑郁相关的核心成分17个,分子对接显示玫瑰花所含芹菜素、槲皮素、山柰酚、异丁香酚、异槲皮苷、矢车菊素-3-O-葡萄糖苷6个活性成分,可较好地与AKT1、PTGS2、ESR1 3个抑郁相关靶点结合。结果表明玫瑰花抗抑郁的物质基础为芹菜素、槲皮素、山柰酚等黄酮类化合物,主要通过影响HIF-1信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路、催乳激素信号通路、多巴胺能神经突触信号通路发挥抗抑郁作用。该研究为抗抑郁新药研发提供了理论依据及新的研究思路。     

基于网络药理学和分子对接的催乳丸调治缺乳作用机制

通过网络药理学方法筛选催乳丸调治缺乳的主要活性成分和潜在靶点蛋白,构建有效成分-蛋白相互作用网络,采用计算机模拟方法开展分子对接验证,探讨催乳丸调治缺乳的潜在分子机制。经筛选,催乳丸中主要包括槲皮素、木犀草素、山奈酚、香叶木素、叶酸、β-谷甾醇等12个活性成分;药物与疾病靶点的交集包括STAT3、MAPK1、JAK2、EGFR、ESR1、STAT5A等16个关键蛋白靶点;经过富集分析和筛选,发现与催乳丸活性成分作用的靶点蛋白富集在催乳素信号通路、雌激素信号通路、AMPK信号通路、cAMP信号通路等多种生物学过程。分子对接结果显示,槲皮素、β-谷甾醇、木犀草素与关键靶点STAT3、MAPK1、ESR1、EGFR的结合能力较强,其通过调控转录因子、激酶、雌激素受体蛋白和表皮生长因子受体蛋白,影响乳腺上皮细胞生长,发挥调治缺乳作用。研究结果初步揭示了催乳丸治疗缺乳的多组分、多靶点、多途径机制,为缺乳症状的治疗研究提供了参考。     

分子对接和网络药理学探究银翘散治疗COVID-19机制

通过网络药理学分析和分子对接来探究银翘散治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)作用机制.通过TCMSP数据库、PubChem数据库和SymMap数据库获取银翘散的主要成分和其蛋白靶点,对银翘散主要成分与常见抗病毒西药通过PyRx 0.8进行分子对接比对.借助Cytoscpe3.7.2软件构建银翘散的药材-活性成分-靶点网络相互关系网络.通过string平台获取蛋白相互作用关系网络(PPI),基于网络节点拓扑结构分析筛选出银翘散核心靶点.采用DAVID数据库对核心靶点进行GO及KEGG分析,并对KEGG信号通路进行可视化.通过分子对接结果得出银翘散共有121种活性成分,血管紧张素转化酶II(ACE2)和SARS-CoV-2水解酶的可能的结合区域各有4个.通过拓扑结构分析得出核心靶点99个,参与生物过程条目99个、细胞组成条目12个、分子功能条目23个信号通路86条,且多与病毒和肺损伤有关.通过分子对接和网络药理学对银翘散进行了系统研究,为银翘散复方治疗新型冠状病毒(SARS-CoV-2)和新型冠状病毒肺炎(COVID-19)研发药物和疫情防控等提供了理论参考和指导.     

基于网络药理与分子对接研究百合行治疗认知障碍的机制

为了研究百合治疗认知障碍的作用机制,采用网络药理学方法从TCMSP数据库中筛选出百合的7种主要活性成分及其潜在的465个作用靶点.在GeneCards,OMIM,PharmGkb,CTD,DrugBank数据库中获取认知障碍疾病靶点,然后取百合化学成分与认知障碍靶点两者交集,得到“药物成分—疾病”交集靶点44个.采用Metascape利用STRING数据库,构建交集靶点蛋白相互作用（PPI）网络图,筛选后得到核心靶点与核心成分,其中MAOB（单胺氧化酶B）、CASP3（半胱天冬氨酸蛋白酶3）、ESR1（雌激素受体）、JUN（1号染色体的基因）、CASP8（天冬氨酸蛋白水解酶8）、CASP9（天冬氨酸蛋白水解酶9）、PGR（类固醇受体基因）、AR（肾上腺素能受体）、SLC6A3（多巴胺转运蛋白基因）、PTGS2（环氧合酶-2）为百合药效成分抗认知障碍作用的关键靶点蛋白.利用DAVID和Metascape平台进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,采用AutodockVina平台实现分子对接.结果表明,百合的4个活性化合物与10个认知障碍关键核心靶标相关,参与调节的关键信号通路有30条.其中,度值较大的化学成分有豆甾醇、3-去甲秋水仙碱、β-谷甾醇、松香酸;度值较大的靶点蛋白有MAOB,PTGS2,CASP3,CASP9等;主要涉及的通路有神经活动配体—受体相互作用通路、钙离子信号通路、小细胞肺癌通路等.百合治疗认知障碍的作用机制可能是通过抑制单胺氧化酶B的活性,改善认知功能.     

环肽、3-苯乳酸与苯丙酸组合物对双菌生物被膜的影响

为研究植物乳杆菌CCFM8724产生的3种代谢物环亮氨酸脯氨酸二肽、3-苯乳酸、苯丙酸对变异链球菌和白色念珠菌双菌生物被膜的作用及其作用机制,测定了3种代谢物的组合物对变异链球菌和白色念珠菌双菌生物被膜量、胞外多糖和胞外蛋白产量、群体感应信号分子AI-2产量及生物被膜结构的影响,并通过分子对接的方式探究小分子代谢物结合致病菌靶点的方式和构象。结果表明:组合物的干预使变异链球菌和白色念珠菌双菌生物被膜量减少了79.4%,水不溶性胞外多糖和胞外蛋白的产量分别减少了63.8%、60.2%,群体感应信号分子AI-2产量减少了80.7%,同时破坏了生物被膜结构。分子对接结果显示:组合物可以与变异链球菌PtxA蛋白和白色念珠菌Fba蛋白的靶点结合,影响其糖代谢,进而抑制二者形成生物被膜。通过探究植物乳杆菌CCFM8724抑制双菌生物被膜潜在的物质基础,旨在从分子水平揭示组合物环亮氨酸脯氨酸二肽、3-苯乳酸、苯丙酸可能的抑菌机理,为植物乳杆菌CCFM8724及其代谢物组合物开发口腔益生菌和后生元产品提供一定的理论依据。     

Homology of 54K protein of signal-recognition particle, docking protein and two E. coli proteins with putative GTP-binding domains

Most proteins exported from mammalian cells contain a signal sequence which mediates targeting to and insertion into the membrane of the endoplasmic reticulum (ER). Involved in this process are the signal-recognition particle (SRP) and docking protein (DP), the receptor for SRP in the ER membrane. SRP interacts with the signal sequence on nascent polypeptide chains and retards their further elongation, which resumes only after interaction of the arrested ribosomal complex with the docking protein. SRP is a ribonucleoprotein particle comprising a 7S RNA and six polypeptides with relative molecular masses (Mr) of 9,000 (9K) 14K, 19K, 54K, 68K and 72K (ref. 1). The 9K and 14K proteins are essential for elongation arrest and the 68K-72K heterodimer is required for docking to the ER membrane. The 54K protein binds to the signal sequence when it emerges from the ribosome. Docking protein consists of two polypeptides, a 72K alpha-subunit (DP alpha) and a 30K beta-subunit (DP beta). No components structurally homologous to SRP and docking protein have yet been found in yeast or Escherichia coli. To understand the molecular nature of the interaction between the signal sequence and its receptor(s) we have characterized a complementary DNA coding for the 54K protein of SRP. Significant sequence homology was found to part of DP alpha and two E. coli proteins of unknown function. The homologous region includes a putative GTP-binding domain.     

液质联用分析黑米皮提取物中花色苷化合物

采用高效液相色谱和电喷雾质谱（ESI-MS）联用，从黑米皮的乙醇提取物中鉴定出两种花色苷化合物：矢车菊素-3-葡萄糖苷和芍药素-3-葡萄糖苷，二者的含量分别为38．0％和5．2％．     

基于网络药理学与分子对接的新冠肺炎三焦疫毒寒湿症用药机理研究

针对新冠肺炎（COVID-19）中三焦疫毒寒湿症的一个临床用药药队,运用网络药理学和分子对接方法分析其药物作用机制。结果显示,筛选到中药活性成分 77 种,作用靶标 4760 个;使用DAVID（the database for annotation,visualization and intergated discovery)数据库对核心靶点进行GO（gene ontology)和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析,主要涉及蛋白结合、ATP结合等生物过程和PI3K-Akt、FOXO等信号通路;Maestro对接结果表明COVID-19涉及靶点与药物有效入血分子成分的对接分数均小于-5。研究显示药队中的多种活性成分可通过与新型冠状病毒（SARS-CoV-2）的相关靶标结合发挥直接抗病毒作用,并通过多种途径与通路发挥对COVID-19的系统调节作用。     

Small G proteins are expressed ubiquitously in lymphoid cells and do not correspond to Bcl-2

The bcl-2 gene is consistently associated with t(14; 18) chromosomal translocations observed in a large fraction of human B-cell lymphomas. The t(14; 18) translocation results in deregulated expression of the bcl-2 gene and synthesis of inappropriately high levels of the Bcl-2 protein. Gene transfer studies suggest a role for Bcl-2 in cell survival, growth enhancement and oncogenic transformation. To test the suggestion that GTP-binding by Bcl-2 may mediate its biological effects we characterized the GTP-binding proteins in lymphoid cells expressing Bcl-2. Expression of several small GTP-binding proteins was found to be ubiquitous and did not vary with levels of Bcl-2. By using immunological, electrophoretic and cell-fractionation techniques, we separated Bcl-2 from G proteins of small relative molecular mass (Mr) and showed that it is incapable of binding GTP. Our results show that small Mr G proteins are widely expressed in lymphoid cells and that Bcl-2 is not a novel member of this GTP-binding protein family.     

The bcl-2 gene encodes a novel G protein

Little is known about the biochemical or functional nature of the proteins encoded by the bcl-2 gene, which undergoes chromosomal translocation in approximately 85% of follicular lymphoma, 20% of diffuse large cell lymphoma and 10% of chronic lymphocytic leukaemia of B cells. Translocation of bcl-2 sequences from chromosome 18 to the JH segment of the immunoglobulin gene at chromosome band 14q32 in B cells results in deregulated expression of this gene, causing high steady state levels of bcl-2 messenger RNA2. DNA sequence data indicate that bcl-2 encodes two proteins by virtue of alternative splicing, designated as Bcl-2 alpha and Bcl-2 beta, with relative molecular masses of 26,000 and 22,000 respectively. Cell fractionation experiments indicate that the bcl-2 alpha gene product is located at the inner surface of the cell membrane, suggesting a possible role in mitogenic signal transduction. We report here that Bcl-2 alpha has GTP-binding activity and a protein sequence that suggests it belongs to the small molecular weight GTP-binding protein (G protein) family.