5种蟹类线粒体Cyt b基因序列分析及其系统发育

为研究浙江沿海蟹类系统发育情况,对5种常见蟹类(n=28)的线粒体细胞色素b基因进行扩增,获得650 bp序列片段,其中8个红星梭子蟹样品中检测出4个单倍型,锐齿蟳、锈斑蟳和日本蟳样品中分别检测出2个单倍型,绵蟹中检测出1个单倍型;碱基T、C、A、G和A+T的平均含量分别为37.3%、19.8%、26.5%、15.8%和63.8%,A+T平均含量(63.8%)明显高于G+C(36.2%),符合后生动物线粒体基因碱基偏倚特性;5种蟹类种内遗传距离处于0.000~0.050,种间遗传距离为0.194~0.366,锐齿蟳与绵蟹种间遗传距离最高(0.366),锈斑蟳与日本蟳遗传距离最低(0.194)。通过邻接法构建分子系统树发现蟳属物种首先聚类,然后与同属于梭子蟹科的梭子蟹属物种聚类,最后与绵蟹科绵蟹物种聚类,与相应蟹类形态学分类结果一致。     

中国沿海龙虾属8种龙虾COI基因序列的分子系统学研究

 我国沿海分布8种龙虾属的龙虾,为了研究其系统发育和筛选分类DNA条形码,对线粒体COI 基因序列进行分析,用MEGA4.0软件计算遗传距离,采用邻接法( NJ) 和最大简约法（MP）构建分子系统发育树。结果获得大小为731 bp, GC含量在40.2%～44.5%之间COI基因片段。8种龙虾种内变异较小,遗传距离范围0.00～0.057, 平均0.016;种间遗传距离较大,介于0.124～0.228之间, 平均遗传距离为0.185,种内和种间遗传距离相差约10倍。NJ树和MP树都支持8种龙虾分成2支:密毛龙虾、长足龙虾和日本龙虾为一支,中国龙虾、杂色龙虾、黄斑龙虾、锦绣龙虾和波纹龙虾等5种龙虾为另一支。表明COI 基因序列作为DNA条形码进行龙虾属的分类鉴定具有一定的可行性。     

舟山近海细点圆趾蟹中镉含量监测及部位分布特征

研究了舟山近海细点圆趾蟹中镉的分布特征。采集源自舟山海域的细点圆趾蟹雌雄个体各8个,按组织差异分别制备胸肌、腿肌、肝胰腺、性腺(雌性)、胃、心、鳃、肠,运用微波消解-电感耦合等离子体质谱法进行镉含量测定。结果表明,本方法采用2种国家生物成分分析标准物质实施质量控制,所测结果相对标准偏差均小于10.0%,符合实验精密度要求。细点圆趾蟹各组织的镉含量范围为0.007 46~7.56 mg/kg,各组织镉含量从高到低总体趋势为肠肝胰腺鳃≈胃≈性腺(雌性)心胸肌腿肌。数据表明,镉在雄性和雌性细点圆趾蟹中分布规律一致,肠和肝胰腺为主要富集器官,但雄蟹的镉平均含量水平偏高,分别是雌蟹的3.75和1.66倍。舟山近海细点圆趾蟹体内镉的主要富集部位集中在肠及肝胰腺组织。     

春、夏季黄海南部和东海北部蟹类群落结构的空间分布特征

根据2008年春季(5月)和夏季(8月)东海区桁杆拖虾网调查资料,选取黄海南部和东海北部(30°30′-33°00′N,122°00′-127°00′E)为研究海区,运用聚类分析、非度量多维度标度(NMDS)以及典范对应分析(CCA)的方法分析了调查海域的蟹类群落的空间分布特征,并且探讨各个群落类型的特征种类以及蟹类群落分布与主要环境因子的关系。结果表明:调查海域蟹类可分为3种群落类型:近岸群落(群落Ⅰ)、混合群落(群落Ⅱ)和外海群落(群落Ⅲ)。近岸群落(群落Ⅰ)的特征种类为细点圆趾蟹、三疣梭子蟹、日本蟳等;混合群落(群落Ⅱ)的特征种类为细点圆趾蟹、双斑蟳、泥脚隆背蟹等;外海群落(群落Ⅲ)的特征种类为细点圆趾蟹、中华隆背蟹、长手隆背蟹等,某些种类在3个群落类型中均有分布,大多数蟹类均同时出现在3个不同类群当中。春、夏季中3个群落类型保持了相对的稳定,并保持了一定的持续性,但各个类型的分布区域有相互交错。典范对应分析(CCA)表明:水深为影响研究海域蟹类种类空间分布特征的最主要环境因子。     

基于ITS序列的竹亚科植物分子鉴定研究

利用ITS序列对竹亚科13个属76个竹种进行DNA条形码分子鉴定.该研究提取慈竹属、刚竹属、箬竹属、唐竹属、矢竹属、大明竹属、赤竹属、巴山木竹属、倭竹属、短穗竹属、簕竹属、酸竹属及少穗竹属共13个属62个竹种DNA,对其内转录间隔区ITS序列进行PCR扩增和双向测序,所得序列与GenBank数据库下载的14条ITS序列共76个竹种序列用Clustal X软件比对,再利用MEGA6.06软件构建K2P距离法的NJ系统发育树.结果显示,种内遗传距离为0~3.907,平均遗传距离为0.370;种间遗传距离为0~4.394,平均遗传距离为2.287,种内遗传距离远小于种间遗传距离.ITS序列可用于竹类资源的物种鉴定研究.     

涉案偶蹄目动物DNA条形码构建

【目的】利用线粒体DNA条形码标记鉴定涉案偶蹄目动物,为解决偶蹄目动物残体、制品的鉴定难题提供技术参考。【方法】对16个偶蹄目动物物种共67份样本,采用试剂盒提取DNA,扩增、测定物种的线粒体DNA的COI基因、Cyt b基因片段;在GenBank上Blast搜索进行同源性分析;利用MEGA 7.0软件分别比较这两个基因片段种内和种间遗传距离,构建系统发育树。【结果】在同源性分析中,西伯利亚狍(Capreolus pygargus)的Cyt b基因片段与GenBank中西伯利亚狍、欧洲狍(Capreolus capreolus)基因序列的同源性均为99.64%~99.82%,该片段不能区分西伯利亚狍与欧洲狍这两个近缘种。其余测序结果与数据库中参考序列一致且相似度较高。对于COI片段,种内遗传距离为0~1.4%,种间遗传距离为1.8%~18.8%。对于Cyt b基因片段种内遗传距离为0~0.5%,种间遗传距离为4.0%~15.8%。两个片段的种内遗传差异均小于种间遗传差异,存在较为明显的条形码间隔。COI和Cyt b基因片段的系统发育树中,同物种的不同个体均能形成具有较高支持度的单分支;不同物种之间界限清晰,每个物种的所有个体均能够形成具有较高支持度的单分支。【结论】基于COI和Cyt b基因片段构建的DNA条形码均可用于对涉案偶蹄目动物的物种鉴定。在物种鉴定中,可采用两个片段联合使用的方式,尤其是对于近缘种的鉴定,以降低错误风险。     

普陀海域鲹科的DNA条形码研究

舟山普陀海域的渔业资源丰富,为鱼类多样性研究提供了独特的优势。碜是经济价值很高的海洋鱼类,普遍分布于热带,亚热带和温带海域,常栖息于普陀沿海海域。本文采用线粒体COI DNA序列,对来自普陀海域18尾鲹的样本进行分子条形码和物种多样性分析。结果显示,共有12个单倍型,分别隶属于7属8种,其中3种在该海域首次纪录。此外,结合GenBank的序列数据,共获得12属18种鲹的COI DNA同源序列,并构建了NJ与Bayesian聚类树。通过聚类关系,各物种的进化关系及其分类地位可以直观地显示出来。DNA条形码弥补了传统分类学在鲹科鱼的命名及分类归属上的不足,从而增进人们对够科鱼在舟山普陀海域物种多样性的了解,为当地养殖业及海洋保护提供科学理论框架。     

福建沿岸海域蟹类种类组成和数量分布

根据2006年8月和2007年1月、4月、10月福建沿岸海域底拖网调查结果,对福建沿岸海域蟹类的种类组成、数量分布及时空变化做了定量分析.结果表明:在福建沿岸海域调查海区中蟹类有43种,隶属10科、21属,其中以梭子蟹科种类最多.蟹类优势种的时空分布差异明显,春季有2种优势种,夏季有3种,秋季有5种,冬季有2种;双斑全...     

基于线粒体基因组全序列的鳅科(Cobitidae)鱼类进化关系分析

为了解鳅科(Cobitidae)鱼类线粒体全基因组序列的结构特征和系统发育信息,利用生物信息学方法对已知的40种鳅科鱼类线粒体全基因组进行比对分析,用邻接法(NJ)构建系统发育树。结果显示：(1)鳅科鱼类线粒体基因组全序列长度在16 553～16 937 bp之间,基因组的结构特征及基因排列顺序与其他硬骨鱼类一致。(2)鳅科鱼类线粒体全基因组一致序列长度为17 483 bp,变异位点数为8039(45.9%),Kimura双参数平均遗传距离为0.19。在13个蛋白质编码基因中,ND2的变异程度(58.9%)和平均遗传距离(0.28)最大,变异程度最小的是12S rRNA(30.5%),tRNA拼接序列的平均遗传距离最小(0.07)。(3)Cox1、ND5、Cytb基因是进行鳅科鱼类系统发育分析较为理想的分子标记,NJ系统发育树显示,条鳅亚科(Noemacheilinae)是最早分化出来的一枝群系,位于祖先位置,沙鳅亚科(Botiinae)和花鳅亚科(Cobitinae)亲缘关系更近,互为姐妹群系。本研究为鳅科鱼类进化学研究和分子标记的选取提供参考依据。     

DNA条形码在海洋动物种类鉴别中的应用:以马鲅为例

根据采自浙江舟山群岛、宁波和温州沿海海域的20个马鲅个体的线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因的DNA序列信息,对比Gen Bank上其它马鲅COI同源序列。通过Kimura双参数(K-2-P)遗传距离,邻接法(NJ)和Bayesian聚类关系分析,得到四指马鲅COI的单倍型多样性(h)为0.525,核苷酸多态性(π)为0.0018;六指马鲅种内单倍型多样性(h)为0.800;核苷酸多态性(π)为0.0202。两种马鲅间的平均K-2-P距离为0.225,这个值在马鲅属间的距离范围内,为种内的平均距离0.021的11倍。结果表明,所采集的这些马鲅隶属于2种,即四指马鲅和六指马鲅,这个结果与形态学鉴定相吻合。     

小五台山蟹蛛DNA条形码分子鉴定

为了探讨DNA条形码技术在蟹蛛科蜘蛛物种鉴定中的可行性,本研究基于线粒体COI基因序列,使用邻接法和贝叶斯法构建系统发育树,ABGD(automatic barcode gap discovery)软件对样本进行划分,对小五台山25种蟹蛛110个样本进行DNA条形码分子鉴定.结果表明:邻接法和贝叶斯法构建的系统发育树聚类结果与ABGD软件划分结果以及形态分类鉴定结果相一致.据此笔者认为DNA条形码作为一种有效的分子鉴定工具可以应用到蟹蛛科蜘蛛物种鉴定中.     

肉球近方蟹,绒螯近方蟹及平背蜞间的遗传变异

利用水平淀粉凝胶电泳方法对方蟹科肉球近方蟹,绒螯近方蟹及平背蜞进行遗传分析,计检测了１１种同工酶,１６个位点。结果表明,三种蟹类的多态座位比例分别为０．１８８、０．０６３,０．０６３;平均杂合度分别为：０．００９、０．００１、０．０４４。肉球近方蟹、绒螯近方蟹间的根井遗传距离为１．０８０。平背蜞与肉球近方蟹、绒螯近方蟹的根井遗传距离分别为１．７１７和１．７０７。     

基于18S rDNA、rbcL和atpB序列的轮藻科植物的系统发育研究

为找到适宜用于轮藻科植物系统发育研究的分子片段,对本研究所选轮藻进行18S rDNA、rbcL、atpB及18S rDNA-rbcL-atpB三基因联合序列的多样性分析,并通过构建系统进化树的方法,开展系统发育研究.结果表明,18S rDNA序列较适宜用于研究轮藻科下两个族和各属间的分类问题,但进一步对属内轮藻进行分类需要借助变异程度更高的序列;rbcL、atpB序列变异程度高于18S rDNA序列,但两者不适宜单独用于轮藻科植物的系统发育研究;三基因联合序列的种间、种内遗传距离有一定差异,种间遗传距离(0.002～0.097)大于种内遗传距离(0～0.001),且所得进化树的拓扑结构与传统形态学分类结构一致,属内轮藻分类不再混乱,进化树呈现良好的拓扑结构.综上所述,18S rDNA-rbcL-atpB三基因联合分析后可将形态近似的轮藻分开,解决本研究选取的轮藻科植物的分类问题.     

白洋淀枝角类和桡足类调查及水环境因子分析

为了研究枝角类和桡足类的物种组成与分布以及与水环境因子的相关性,于2018年8月对白洋淀枝角类和桡足类及水环境因子进行了调查.基于DNA条形码技术对白洋淀的枝角类和桡足类种类进行鉴定,建立系统发育树,通过系统发育树鉴定物种种类并表明其遗传距离,共鉴定出枝角类3科5属8种,桡足类4科9属14种.采用典型相关分析(CCA)...     

从线粒体16S rDNA部分序列探讨厚蟹属的系统学位置

测定了天津厚蟹线粒体16S rDNA部分序列。基于天津厚蟹和方蟹科另外13种蟹类线粒体16S rDNA部分序列构建的NJ树，表明前者和弓蟹亚科7个属形成单系群，自引导值达到94％, 支持将厚蟹属从相手蟹亚科移至弓蟹亚科。     

螽蟖总科部分属种RAPD带型变异的比较研究

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术 ,对螽总科 1 0种昆虫的RAPD带型变异进行了分析 .带型显示出属、种间多态性明显 ,能够明显区分 .利用NU取得遗传距离与遗传一致性矩阵 ,并用UPGMA聚类法进行分析 ,取得了系统树     

江蓠属和龙须菜属5种海藻ITS序列分子系统学分析

测定了江蓠属Gracilaria和龙须菜属Gracilariopsis 5个物种的23个群体的ITS(含5.8S rDNA)序列,并结合GenBank数据库中现有江蓠科Gracilariaceae的16个物种的ITS序列进行分析,在不同分类阶元中探讨了序列变异和和系统进化关系。江蓠科海藻ITS序列长度在893～1 508 bp之间,种间遗传距离在0.041～0.600之间,种内遗传距离在0.000～0.012之间,其种间遗传距离均大于种内遗传距离;ITS系统发育聚类结果显示江蓠科分为两大分支,分别是江蓠属/Hydropuntia分支、龙须菜属/蓠生藻属Gracilariophila分支;江蓠科海藻5.8S序列种内种间变异很小,但存在稳定的属间区分位点,可用于属以上水平的分类鉴定;中国、美国和俄罗斯三地的真江蓠群体的ITS序列存在9个稳定的变异位点,可以将不同地理群体区分开。     

基于Cyt b基因序列变异探讨鲱形目系统发育关系

鲱形目内科间分类关系一直以来存在较多争议,为探讨鲱形目系统发育关系,对黄鲫、凤鲚的线粒体Cyt b基因全序列进行扩增、克隆及测序,得到1 141 bp序列。结合Genbank中已发布的鲱形目鱼类Cyt b基因全长序列利用生物信息学软件进行比较分析后,共检测到553个变异位点,总变异为48.5%,其中含504个简约信息位点,未见序列插入或缺失。碱基的替换多在密码子第三位,序列中转换多于颠换,Ts/Tv为2.448,基因突变未达到饱和。基于K2P模型计算的遗传距离表明,宝刀鱼科同鲱科及鳀科的科间遗传距离(0.042~0.072)小于鲱科内属间遗传距离(0.065~0.106)。在以南美肺鱼为外群构建的NJ分子系统树中,齿头鲱科最先分化,是鲱形目中原始类群;鳓属、多齿鳓属独立聚为一支,且具较高的自举检验值,支持将其归入锯腹鳓科;宝刀鱼科并入到鲱科一支中去,与鲱科亲缘关系更近。     

中国东南沿海青蟹属不同种类的mtDNA COI基因序列分析及其系统发育

对采自中国东南沿海青蟹属的4种青蟹锯缘青蟹Scylla serrata(Forskal,1775),紫螯青蟹S.tranquebarica(Fabricius,1798),榄绿青蟹S.olivacea(Herbst,1796),拟穴青蟹S.paramamosain(Estampador,1949)的线粒体COI基因片段进行了测定,分析研究了其种间遗传差异及系统发育关系.研究结果显示:4种青蟹在COI基因片段上存在差异,种间序列差异远大于种内差异.青蟹属在我国的优势种与GenBank上的S.paramamosain的遗传距离为0.001 3,与S.serrata的遗传距离为0.121 3.序列特征、遗传距离和系统进化等分析结果表明中国青蟹属的优势种为拟穴青蟹S.paramamosain.     

黄河鮈Cytb基因克隆及其在鮈属中的系统发育

采用聚合酶链式反应克隆黄河鮈线粒体细胞色素b基因 (Cyt b),首次报道了该基因的全长序列(1140bp,FJ904648) ,并与鮈属中其他6个物种的Cyt b 基因进行同源性比较,分析了碱基组成和变异情况,以马口鱼属的马口鱼和鯝属的云南鯝作为外群构建了ML和NJ系统发育树.遗传距离和分子系统学分析表明,黄河鮈与犬首鮈具有较低的遗传距离(6.30%),在系统发育树上两者聚在一起,提示黄河鮈与犬首鮈存在较近的亲缘关系.