舟山海域梭子蟹科重要种类DNA条形码建立及其系统发育研究

舟山海域梭子蟹科蟹类资源丰富,种类较多,具有及高的经济价值。然而,传统分类学中对其分类主要采用形态观察和行为学的技术手段,表型变异受环境因子影响显著,导致表型性状的不确定性。本研究采用蟹类DNA条形码通用的引物来扩增舟山海域梭子蟹科6种常见蟹类的COI基因序列并构建系统发育树,结果显示,所有分析蟹类COI基因长度为658 bp。种内变异较小,遗传距离范围0.000 0~0.008 2,平均0.002 9;种间变异较大,遗传距离介于0.140 0~0.241 7,平均0.195 1。NJ系统发育树支持蟳属、梭子蟹属和圆趾蟹属具为三个独立的系群,而与圆趾蟹属的亲缘关系较为疏远,这为梭子蟹科的物种鉴定和系统发育重建研究等方面提供重要参考。     

三种DNA条形码对卤虫分类和进化的比较研究

DNA条形码已成为物种分类和进化研究的有效工具.本研究开发了3种DNA条形码用于卤虫物种鉴定和进化关系研究,并分析比较了其有效性.通过对中国亚洲区域卤虫参考中心储存的48份卤虫卵样本进行DNA条形码检测和系统进化树构建,进一步完成对卤虫种的分类鉴定.结果表明:COI基因和16S-12S rRNA序列均可作为有效的卤虫D...     

小五台山蟹蛛DNA条形码分子鉴定

为了探讨DNA条形码技术在蟹蛛科蜘蛛物种鉴定中的可行性,本研究基于线粒体COI基因序列,使用邻接法和贝叶斯法构建系统发育树,ABGD(automatic barcode gap discovery)软件对样本进行划分,对小五台山25种蟹蛛110个样本进行DNA条形码分子鉴定.结果表明:邻接法和贝叶斯法构建的系统发育树聚类结果与ABGD软件划分结果以及形态分类鉴定结果相一致.据此笔者认为DNA条形码作为一种有效的分子鉴定工具可以应用到蟹蛛科蜘蛛物种鉴定中.     

寄蝇亚科部分物种线粒体COl基因DNA条形码分类

DNA条形码分类(DNA Barcoding)是以生物线粒体DNA为工具来鉴定物种的新方法,是外来物种快速鉴定、物种分类与系统发育和进化分析的基础.研究以我国辽宁地区常见的寄蝇亚科(双翅目:寄蝇科)2族4属6种为对象,扩增和测定COI基因部分序列,对得到数据用MEGA4软件分析计算,构建该类群分子系统发育树.分析表明:...     

乌江干流中下游鱼类DNA条形码研究

【目的】调查乌江干流中下游鱼类资源状况并初步构建乌江流域鱼类DNA条形码数据库。【方法】以COI基因作为DNA条形码,通过条形码缝隙(Barcode gap)分析、ABGD(Automatic barcode gap discovery)分析和邻接(Neighbor-joining,NJ)树构建等方法对乌江干流647尾鱼类样本进行了分子鉴定。【结果】1) 通过形态学鉴定,共鉴定出鱼类3目8科35属47种,其中鲤形目(Cypriniformes)、鲇形目(Siluriformes)和鲈形目(Perciformes)的种类数分别占全部种类数的70.21%,19.15%和10.64%。2) 非单样本物种中仅蛇鮈(Saurogobio dabryi)与银鮈(Squalidus argentatus)间不存在条形码缝隙。3) NJ树分析结果显示47个物种均各自聚为1支,ABGD分析结果显示647尾鱼类样本可划分为49个OTU,与NJ树分析结果相近。4) DNA条形码分子鉴定结果与形态鉴定结果一致。【结论】DNA条形码在乌江鱼类中的鉴定成功率为97.22%;初步构建的乌江流域鱼类DNA条形码数据库为乌江流域鱼类生物多样性保护提供了一定的科学依据和数据支持。     

舟山海域鱼类名录新考

根据2000年4月至2005年4月,作者在舟山各地采集的大量鱼类标本,结合对舟山市各标本馆、所、室等现有舟山鱼类标本的复查,以及核对有关文献资料,确认舟山海域鱼类的种数共为467种,分别隶属于2纲35目158科,其中6种为近年国内外引进种.本文所列出鱼类名录,将为研究舟山海域鱼类形态、分类、生态、物种多样性、鱼类资源保护及合理开发利用提供科学的基础资料.     

舟山近海入侵种——条纹锯鮨的形态特征与DNA条形码研究

条纹锯鮨又称为美洲黑石斑,属鲈形目、鮨科、锯鮨属。原产地在美国大西洋沿岸,是一种重要的经济鱼类。条纹锯鮨于2002年引入我国,舟山市水产研究所从2016年开始繁育和养殖推广。本文对舟山西轩岛近海捕获的一尾条纹锯鮨进行了7个可数性状与14个可量性状测定,并与养殖个体形态特征及COI、12S rRNA基因片段序列进行了比较研究。DNA条形码和GenBank同源序列比较结果均表明底拖网捕获的个体为条纹锯鮨,其形态特征与舟山市水产研究所养殖个体相近,基于COI与12S r RNA基因片段序列的邻接系统树也显示所捕获的个体与养殖条纹锯鮨聚类,并与近缘种明显分开,形态学与分子方法均确定海捕个体为条纹锯鮨。结合条纹锯鮨的生活习性与生长环境,进一步分析了其入侵的可能性,并对其入侵的危害和防止措施进行了初步探讨。     

DNA条形码在海洋动物种类鉴别中的应用:以马鲅为例

根据采自浙江舟山群岛、宁波和温州沿海海域的20个马鲅个体的线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因的DNA序列信息,对比Gen Bank上其它马鲅COI同源序列。通过Kimura双参数(K-2-P)遗传距离,邻接法(NJ)和Bayesian聚类关系分析,得到四指马鲅COI的单倍型多样性(h)为0.525,核苷酸多态性(π)为0.0018;六指马鲅种内单倍型多样性(h)为0.800;核苷酸多态性(π)为0.0202。两种马鲅间的平均K-2-P距离为0.225,这个值在马鲅属间的距离范围内,为种内的平均距离0.021的11倍。结果表明,所采集的这些马鲅隶属于2种,即四指马鲅和六指马鲅,这个结果与形态学鉴定相吻合。     

DNA条形码技术在陕西汉中地区管蓟马物种鉴定中的应用

为了探究DNA条形码技术在蓟马类昆虫物种鉴定方面的可行性,以采自陕西汉中地区的管蓟马种类为研究材料,借助DNA条形码技术,对该地区多种植物上的管蓟马进行分类研究,通过对蓟马标本的无损伤提取、扩增、测定序列,共成功获得18条序列,其中以蓟马科Thripidae的2属2种为外群,管蓟马科Phlaeothripidae管蓟马亚科Phlaeothripinae的3属5种作为内群,构建了系统发育树。结果鉴定出5属7种,其中简管蓟马属包括3种,滑管蓟马属1种,器管蓟马属1种以及蓟马科蓟马属1种和带蓟马属1种。DNA条形码数据可辅助形态学进一步确定物种,区分形态上难以区分的物种。     

DNA条形码在浙江沿海浮游鱼卵和仔鱼分类鉴定中的应用

本研究的目的是对鱼卵和仔鱼进行分类鉴定,了解浙江沿海水域产卵区的物种组成。样品收集于2014年5月-2015年11月,在浙江沿海水域租用渔船采用大型浮游生物网(网长280 cm、网口内径80 cm、网口面积0.5 m2、网目0.5mm、拖速2 n mile/h、拖网时间10 min)通过分析CO I DNA序列,结果显示从24个样本一共鉴定出10个鱼类物种,分属于7个科,即鳀鱼、小黄鱼、龙头鱼、康氏小公鱼、矛尾刺虾虎鱼、褐菖鲉和沙带鱼仔鱼,及凤鲚、蓝点马鲛、黄姑鱼鱼卵。种内平均K-2-P遗传距离0.47%,科内属间平均遗传距离21.7%,目内科间平均遗传距离24.6%,表明种内距离远小于种间距离,与绝大多数条形码研究结果一致。研究结果表明,DNA条形码技术是传统形态学强有力的补充。它是一种准确的,规范化的,有效的物种鉴定工具,在鱼类生物多样性研究中具有广阔的应用前景。     

四指马鲅、多鳞四指马鲅种间差异的DNA条形码分析及SCAR标记开发

在中国海域分布的马鲅科鱼类同属不同种间的外部形态特征极为相似,在形态分类上很容易混淆。本研究采用DNA条形码技术对四指马鲅(Eleutheronema tetradactylum)及其近缘种多鳞四指马鲅(Eleutheronema rhadinum)进行种间遗传差异分析。在检测的线粒体COI基因序列655 bp中,共有变异位点87个,核苷酸多样性为0.132 82,序列同源性为93.34%;基于Kimura 2-parameter模型计算的种间距离为0.151(最小物种距离0.02)。结合Neighbor-joining系统树分析,四指马鲅与多鳞四指马鲅应属于同一个属亲缘关系很近的两个不同种。此外,采用10条随机引物对两种马鲅进行分析,对其中的S4随机引物扩增出约1 300 bp的四指马鲅特异性条带进行SCAR转化,最终获得四指马鲅特异性SCAR标记SCAR1(目的片段469 bp,退火温度62℃)和SCAR5(目的片段606 bp,退火温度56℃),可作为四指马鲅与其近缘物种鉴定的分子标记。本研究可为马鲅鱼类的遗传背景研究和种质资源保护提供技术支撑。     

南麂列岛海洋自然保护区东侧海域鱼类群落结构特征研究

根据2017年秋季(11月)、2018年春季(5月)在南麂列岛海洋自然保护区东侧海域开展底拖网渔业资源调查所获得的鱼类资料,分析了该海域的鱼类种类组成、优势种、生物多样性、群落结构特征及ABC曲线等。结果表明,本次在调查海域共获得并鉴定出鱼类种类有55种,隶属于10目29科45属。其中,春季为25种,秋季为44种;春季优势种有4种,分别是红鳗虾虎鱼、绿鳍鱼、鲐鱼和竹荚鱼;秋季优势种有3种,分别是龙头鱼、六丝钝尾虾虎鱼和七星底灯鱼,两季没有共同优势种。生物多样性指数分布情况是丰富度指数(D)秋季高于春季,均匀度指数(J')和多样性指数(H')则春季高于秋季。根据非参数多维标序技术NMDS和等级聚类CLUSTER分析,可将春季鱼类划分为2个群落,秋季鱼类划分为3个群落。从ABC曲线可以看出,春、秋两季调查海域的鱼类种群干扰程度是春季高于秋季。     

微型DNA条形码在鱼类识别上的应用

本研究选用取自怀柔地区的53头鱼类样品作为实验材料,在经典的形态分类基础上,将其DNA条形码分类与微型DNA条形码分类效果进行比较,探讨微型条码技术在鱼类分类鉴定中的效果.将实验得到的COI序列均分为3段,对全条形码和不同的微型条码构建的进化树（NJ）与形态鉴定结果进行比较,得出全条形码鉴定与形态鉴定基本一致,同时发现了形态鉴定中的2处失误;3段不同微型条码的进化树表明,靠近5’端微型条码与DNA条形码分类结果基本一致,另外两段则效果不佳.说明适当的DNA微型条码可用于鱼类的鉴定,这将有利于鱼类的开发和保护.     

细胞色素b基因序列变异与东亚鲿科鱼类系统发育

采用PCR技术获得了中国（鱼尝）科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因1138bp全序列.所得序列与GenBank中分布于日本、韩国和俄罗斯的（鱼尝）科2属9种鱼类同一基因序列排序,并选用鲇形目鲇科的大口鲇、钝头（鱼危）科的鳗尾（鱼央）和伦氏（鱼央）以及脂鲤目的断线脂鲤作外类群.分析了细胞色素b基因序列,计算了Kimura双因子遗传距离和（鱼尝）科鱼类线粒体DNA的进化速率,用最大简约法和邻接法构建了（鱼尝）科鱼类分子系统树,得出如下结论:(1)线粒体DNA序列分析显示所测定的鲇形目鱼类细胞色素b基因序列中,存在3bp的缺失;(2)系统发育分析显示（鱼尝）科构成一单系类群;（鱼艹）属为较为特化的属,拟（鱼尝）属为一明显的类群,而黄颡鱼属与（鱼危）属关系较为混乱;(3)东亚（鱼尝）科鱼类线粒体DNA的进化速率约为每百万年0.18%～0.30%.本文是中国鲇形目（鱼尝）科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因序列的首次报道.     

近海鱼类多样性调查新方法—环境DNA分析技术

由于受传统调查手段的限制,长期以来国内缺乏快速、有效的方法对近海鱼类多样性进行准确评估。环境DNA是一种稳定、高效、高灵敏度的物种监测新技术。近年来,已成为监测物种多样性、生物量及其时空分布的重要手段。本文首先综述了环境DNA分析技术的概念、方法及该技术在水生生物调查和物种多样性分析中的研究现状。随后以舟山近海为典型研究区域,探讨了环境DNA metabarcoding技术在该海域鱼类多样性调查研究中的实际意义和应用前景。     

DNA条形码技术在食蚜蝇科系统发育中的应用

随着食蚜蝇科昆虫系统学研究的深入,单纯的形态学特征分类方法已显得不足,DNA条形码技术已为食蚜蝇科系统学研究提供了一条新途径并获得了较为广泛的应用。对国内外学者利用线粒体COI、18S rRNA和28S rRNA基因序列,以及ITS序列等在食蚜蝇科系统发育中的应用研究进行了总结。     

细胞色素b基因序列变异与东亚 科鱼类系统发育

采用PCR技术获得了中国 科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因1138bp全序列，所得序列与GenBank中分布于日本，韩国和俄罗斯的 科2属9种鱼类同一基因序列排序，并选用鲇形目鲇科的大口鲇，钝头Wei科的鳗尾 以及脂鲤目的断线脂鲤作外类群，分析了细胞色素b基因序列，计算了Kimura双因子遗传距离和 科鱼类线粒体DNA的进化速率，用最是约法和邻接法构建了 科鱼类分子系统树，得出如下结论：（1）线粒体DNA序列分析显示所测定的鲇形目鱼类细胞色素b基因序列中，存在3bp的缺失。（2）系统发育分析示 科构成一单系类群； 属为较为特化的属，拟 属为一明显的类群，而黄颡鱼属与Wei属关系较为混乱；（3）东亚 科鱼类线粒体DNA的进化速率约为每百万年0.18%-0.30%,本文是中国鲇形目 科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因序列的首次报道。     

岱衢洋海域鱼类分类多样性研究

为进一步探析舟山渔场岱衢洋海域鱼类多样性特征,根据2012-2013年岱衢洋调查数据,结合2007-2011年历次调查研究的历史资料,采用Nelson分类系统对鱼类物种组成进行了系统整理,从不同分类阶元分析了岱衢洋海域鱼类的多样性。分类多样性指数(△+和∧+)、Turner相对丰富度(Rr)和索雷申(Sorensen)群落相似性系数为本研究的主要指数。结果显示,岱衢洋共记录鱼类96种,隶属于15目、46科、75属。目级相对丰富度结果显示,岱衢洋鱼类组成以鲈形目(286.67)居绝对优势;科级则主要集中在鲽形目的舌鳎科(19.57)、鲈形目的石首鱼科(17.39)和鲱形目的鳀科(15.22)。使用PRIMER6.0软件计算了平均分类差异指数△+和分类差异变异指数∧+,分别为62.7和100.5,其中△+与大亚湾相差不大且均高于北部湾,低于东山湾和唐山湾,这说明岱衢洋海域鱼类多样性和大亚湾相差不大,差于东山湾和唐山湾,好于北部湾,即岱衢洋海域鱼类组成之间的亲缘关系程度和大亚湾相近,近于东山湾和唐山湾,远于北部湾。索雷申群落相似性系数结果表明,岱衢洋海域鱼类分类组成在目级水平上,与唐山湾(0.48)相似性最高,东山湾(0.40)次之,同大亚湾相似性最低(0.29)。     

基于DNA条形码的摇蚊亚科(双翅目:摇蚊科)部分物种界定

以双翅目摇蚊科摇蚊亚科的14 属23 种物种为研究对象,采用Automatic Barcode Gap Discovery(ABGD)和邻接法(neighbor-joining,NJ)对所获取的116 条DNA 条形码进行分析,探究DNA 条形码在摇蚊亚科物种界定的有效性. 结果表明:基于ABGD 的分析,显示物种遗传距离之间存在"DNA barcode gap";通过分析邻接树,得到23 个分子分类操作单元(molecular operational taxonomic unit, mOTU),与形态学鉴定结果一致. 因此证明DNA 条形码能准确界定摇蚊亚科物种. 本研究在一定程度上补充了中国摇蚊科DNA 条形码研究,也为摇蚊科DNA 条形码数据库的构建和完善提供了数据支持.     

舟山渔场宁波-舟山港海域春秋季鱼类种类组成和数量分布

根据2013年5月(春季)、10月(秋季)在宁波-舟山港海域进行的渔业资源定点拖网调查所获得的数据,用渔获率作为鱼类资源数量分布的指标,对宁波-舟山港海域鱼类种类组成、数量时空分布、优势种等群落结构特征进行了分析。结果如下:(1)两次调查共获得鱼类36种,隶属于10目26科35属,其中,以鲈形目种类为最多,有10科17属17种,占鱼类总种数的47.3%。(2)通过分析鱼类数量的时空分布发现,时间上是秋季的平均每小时渔获量多于春季,空间上是分布在桃花岛、金塘岛及穿山半岛海域的每小时鱼类渔获量较多。(3)不同季节的优势种变化明显,春季优势种有龙头鱼、小黄鱼、六丝钝尾虾虎鱼等3种,而秋季优势种仅有龙头鱼1种,表明分布在该调查海域的鱼类以洄游性种类为主。