细胞色素b基因序列变异与东亚鲿科鱼类系统发育

采用PCR技术获得了中国（鱼尝）科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因1138bp全序列.所得序列与GenBank中分布于日本、韩国和俄罗斯的（鱼尝）科2属9种鱼类同一基因序列排序,并选用鲇形目鲇科的大口鲇、钝头（鱼危）科的鳗尾（鱼央）和伦氏（鱼央）以及脂鲤目的断线脂鲤作外类群.分析了细胞色素b基因序列,计算了Kimura双因子遗传距离和（鱼尝）科鱼类线粒体DNA的进化速率,用最大简约法和邻接法构建了（鱼尝）科鱼类分子系统树,得出如下结论:(1)线粒体DNA序列分析显示所测定的鲇形目鱼类细胞色素b基因序列中,存在3bp的缺失;(2)系统发育分析显示（鱼尝）科构成一单系类群;（鱼艹）属为较为特化的属,拟（鱼尝）属为一明显的类群,而黄颡鱼属与（鱼危）属关系较为混乱;(3)东亚（鱼尝）科鱼类线粒体DNA的进化速率约为每百万年0.18%～0.30%.本文是中国鲇形目（鱼尝）科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因序列的首次报道.     

中国花钙细胞色素b基因片段的序列研究

参考鳗Li等鱼类线粒体DNA序列进行了中国花鲈线粒体DNA细胞色素b基因片断的引物设计、PCR扩增及其序列测定。得到中国花鲈的碱基序列为410bp,其A、T、G、C含量分别为101bp（24．63％）、112bp(27．32％）、72bp(17．56％）、125bp(30．49％）,与鳗Li等其他鱼类相同基因片断序列碱基含量相似。     

鲇细胞色素b基因序列分析

对4个种群的鲇（Silurus asotus）的线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA）细胞色素b（cytochrome b,Cytb）基因片段的500bp序列进行测定,经Clustal X同源排序后得400bp序列．结果表明：鲇种群内碱基的变异较低,雅砻江和涣阳河种群均为0,岷江种群为0．25％,乌江种群为1．25％．雅砻江和澳阳河种群只有1种单倍型,岷江和乌江种群有2种单倍型但单倍型间变异位点很少．雅砻江和涣阳河种群内无变异位点,岷江种群仅有1个变异位点,乌江种群有5个变异位点．结论：细胞色素b基因在鲇种群内是比较保守的,种群间的变异较大．     

基于线粒体细胞色素b基因序列的蜻亚科部分种类分子系统学研究(蜻蜓目:蜻科)

通过PCR及PCR产物的直接测序技术，测定了蜻蜓目蜻科蜻亚科的灰蜻属、宽腹蜻属和蜻属共7种蜻蜓的线粒体DNA细胞色素b基因的部分核苷酸序列（长度为576bp），探讨了蜻亚科的分子系统学．在所有序列中A＋T平均含量较高，为70．2％，而氨基酸密码子第3位点的A＋T平均含量最高，为85．4％．多态住点数为180个，占总位点数的31．25％，显示出DNA序列变异丰富．基于邻接法、最大简约法和贝叶斯法的分子系统发生，分析结果支持灰蜻属是较进化的类群，宽腹蜻属次之，蜻属是相对分化较早、较古老的类群，这3个属的关系是蜻属→宽腹蜻属→灰蜻属。     

海南产花鳗鲡细胞色素b基因的克隆及序列分析

线粒体细胞色素b基因是目前研究鱼类分子系统进化的重要分子标记.笔者以日本鳗鲡线粒体基因组序列为模板设计并合成引物进行PCR扩增,并将扩增产物经琼脂糖凝胶电泳和纯化后,克隆到pMD18-T载体、测序,成功得到全长为1 140 bp的海南产花鳗鲡细胞色素b(Cyt b)基因序列.将该基因全长序列递交到Genebank数据库,获得序列登录号为EF690363.用DNA分析软件MEGA2比较了海南产花鳗鲡与递交到GenBank中的8种分布在中国东南沿海、日本海域及南太平洋海域的鳗鲡属(Anguillia)细胞色素b基因的地理差异,并构建了系统进化树.结果显示:日本产和夏威夷产花鳗的地理差异小于海南产花鳗与它们之间的地理差异.     

兰州鲇线粒体基因组序列结构及系统发育分析

利用GenBank中欧洲鲇的线粒体基因组序列, 设计出6对引物, 通过PCR扩增产物直接测序和引物行走(primer walking)法测定了兰州鲇的线粒体基因组序列, 并对其进行结构分析。兰州鲇线粒体基因组序列全长16524 bp, 包括37个基因(2个rRNA基因、22个tRNA基因和13个蛋白质编码基因)和1个非编码区。用最大似然法对鲇形目11种鲇鱼线粒体基因组的13个蛋白质编码基因的核苷酸序列进行系统发育分析。结果显示, 兰州鲇首先跟其他鲇科鱼类聚为一支, 形成一个单系群, 位于系统发育关系树的中部。     

羚牛细胞色素b基因序列分析和系统进化研究

应用聚合酶链式反应（PCR）分别扩增了羚牛、绵羊、山羊、黄牛细胞色素b基因,并对其全序列（1140bp）进行了测定。其中羚牛细胞色素b基因序列属首次报道。通过对8种偶蹄类动物细胞色素b基因序列差异分析和基于序列差异所构建的分子系统树,发现羚牛与羊亚科的动物亲缘关系最近,与其他动物亲缘关系较远。表明将羚牛放入羊亚科较为合理,序列差异分析还表明羚羊约在距今500万年前（上新世）从牛类动物中分化出来,牛类分化时间约在600万年前的中新世（Miocene）。     

东北粗皮蛙线粒体 DNA 遗传多样性分析

本文通过对东北粗皮蛙29个样本线粒体DNA控制区和细胞色素b基因部分序列分析,探讨其遗传多样性和种群遗传结构。 PCR扩增和测序结果,获得587bp的线粒体DNA控制区序列和895bp的细胞色素b基因序列。合并线粒体DNA序列分析,共定义14个单倍型,16个变异位点,单倍型多样性（H）为0．704,核苷酸多样性（π）为0．001,平均核苷酸差异数为1．438,表明东北粗皮蛙遗传多样性较低。分子变异分析（AMOVA）结果表明,种群内变异占全部遗传变异的98．13％,群体间没有遗传分化（FST ＝0．0187）,因此应加强对东北粗皮蛙野生种群的保护。     

线粒体DNA在龟鳖目中的进化速率与古生物分化事件

基于龟鳖目的化石资料与线粒体ＤＮＡ序列数据的综合分析，估测了龟鳖类线粒体ＤＮＡ的进化速率，并采用相对速率ｓｗｃｗｉｆ （ｒｅｌａｔｉｖｅｒａｔｅｔｅｓｔ）分析了研究基因（１２ＳｒＲＮＡ和细色素ｂ）的进化速率的稳定性；结果显示，１２ＳｒＲＮＡ基因的进化速率在不同谱系中近乎恒定，而细胞色素ｂ基因的进化速率测未能通过相对速率检验。根据１２ＳｒＲＮＡ基因的颠换进化速率，分别用内推法和外推法推测曲颈龟亚目和     

凡纳滨对虾线粒体DNA COI基因片段序列

以相应引物对凡纳滨对虾（Lito penaeus vannamei）线粒体DNA细胞色素氧化酶I亚基基因（mtDNA CO I）进行PCR扩增，经过基因重组、转化、克隆、筛选、DNA测序，得到709bp的碱基片段．碱基组成A、C、G、T含量分别为198bp（27．93％）、136bp（19．18％）、129bp（18．19％）、246bp（34．70％）．与果蝇（Drosophilayakuba）的mtDNA CO I全序列比对。经分析发现：本实验获得的凡纳滨对虾mt CO I基因片段序列和Gen Bank上的同种序列（AY264901）都只是基因序列的一部分，二者之间有41bp的重叠并可拼接，拼接后的总长为1515bp．证明本实验条件下获得的mtCO I基因片段确实来自凡纳滨对虾线粒体DNA，且本实验所用引物具有通用性．     

鲤科鱼类结缔组织生长因子基因变异和分子进化

结缔组织生长因子（CTGF）在细胞生长、分化和凋亡及个体生长发育中具有重要的调控作用．研究CTGF基因在不同鱼类中的变异及进化,对于理解物种分化和基因差异具有重要意义,文中通过PCR扩增、克隆和测序,获得了19种鲤科鱼类（Cyprinidae）CTGF基因序列,并重建了鲤科鱼类系统发育关系,用于估计各分支的进化速率．以鳉科（Cyprinodontidae）的青鳉（Oryziaslatipes）作为外类群,系统树均以较高的节点支持率支持鲤科鱼类中雅罗鱼系（Leuciscini）和鲃系（Barbini）的划分．对雅罗鱼系和鲍系的进化速率进行估算,表明雅罗鱼系进化速率小于鲃系,说明鲃系鱼类具有相对较小的选择压力,在较为宽松的环境中进化,鲤科鱼类CTGF基因5’端编码区具有一个6bp的插入或缺失（Indel）位点．雅罗鱼系均缺失这6个碱基,成为雅罗鱼系特有的序列特征,为进一步证实雅罗鱼系的单系性提供了Indel证据．鲤科鱼类CTGF蛋白质的氨基酸序列中,具简约信息的变异位点和Indel位点大多位于CTGF蛋白的信号区和IGFBP区,推测这可能与CTGF基因表达调控和蛋白质活性有关．     

青海湖裸鲤线粒体DNA细胞色素b基因序列分析

对青海湖裸鲤线粒体DNA细胞色素b基因进行了PCR扩增、克隆及其序列测定，其全序列长度为1140bp，其中T、C、A、G含量分别为355(31．1％)、296(26％)、305(26．8％)、184(16．1％)。GC含量为42．1％；分子量为349693u。     

基于Cyt b基因序列变异探讨鲱形目系统发育关系

鲱形目内科间分类关系一直以来存在较多争议,为探讨鲱形目系统发育关系,对黄鲫、凤鲚的线粒体Cyt b基因全序列进行扩增、克隆及测序,得到1 141 bp序列。结合Genbank中已发布的鲱形目鱼类Cyt b基因全长序列利用生物信息学软件进行比较分析后,共检测到553个变异位点,总变异为48.5%,其中含504个简约信息位点,未见序列插入或缺失。碱基的替换多在密码子第三位,序列中转换多于颠换,Ts/Tv为2.448,基因突变未达到饱和。基于K2P模型计算的遗传距离表明,宝刀鱼科同鲱科及鳀科的科间遗传距离(0.042~0.072)小于鲱科内属间遗传距离(0.065~0.106)。在以南美肺鱼为外群构建的NJ分子系统树中,齿头鲱科最先分化,是鲱形目中原始类群;鳓属、多齿鳓属独立聚为一支,且具较高的自举检验值,支持将其归入锯腹鳓科;宝刀鱼科并入到鲱科一支中去,与鲱科亲缘关系更近。     

东北粗皮蛙线粒体DNA遗传多样性分析

本文通过对东北粗皮蛙29个样本线粒体DNA控制区和细胞色素b基因部分序列分析,探讨其遗传多样性和种群遗传结构。PCR扩增和测序结果,获得587bp的线粒体DNA控制区序列和895bp的细胞色素b基因序列。合并线粒体DNA序列分析,共定义14个单倍型,16个变异位点,单倍型多样性(H)为0.704,核苷酸多样性(π)为0.001,平均核苷酸差异数为1.438,表明东北粗皮蛙遗传多样性较低。分子变异分析(AMOVA)结果表明,种群内变异占全部遗传变异的98.13%,群体间没有遗传分化(FST=0.0187),因此应加强对东北粗皮蛙野生种群的保护。     

日本囊对虾线粒体DNA CO I基因片段序列分析

以相应引物对日本囊对虾（Marsupenaeus ja ponicus）线粒体DNA细胞色素氧化酶I亚基基因（mtDNACO1）进行PCR扩增．经过基因重组、转化、克隆、筛选、DNA测序。得到709bp的碱基片断．碱基组成A、C、G、T含量分别为196bp（27．64％）、129bp（18．19％）、134bp（18．90％）、250bp（35．26％）．与GenBank中斑节对虾（Penaeusmonodon）的mtD—NACO I全序列（AF217843）比对。经分析发现：本实验获得的日本囊对虾mtCO I基因片段序列和GenBank上的同种序列（AY264897）都只是该种COI基因序列的一部分．二者之间有4lbp的重叠并可拼接．拼接后的总长为1515bp．     

南岭自然保护区淡水鱼类研究初报

通过调查研究发现南岭自然保护区有3目7科23属28种淡水鱼。鲤形目占82．1％，鲇形目占14．3％，鲈形目占3．6％；其中以鲤科鱼类种类最多。南岭淡水鱼类可以划分为热带平原、江河平原、上第三纪、中印山区4个区系复合体，大多集中分布在海拔400－800m的高度。     

清水江流域天柱段鱼类资源调查

对清水江流域天柱段的鱼类资源进行了调查,结果发现:共有52种(亚种),隶属4目12科41属,其中以鲤形目种类最多,鲈形目、鲇形目次之,合鳃目最少。干流分布的鱼类种类比支流多;小型野杂鱼种类多,大中型鱼类较少。近些年来鱼类资源呈减少的趋势,主要是受过度捕捞、水利工程和水域环境污染的影响。     

河南商城观音山鱼类调查及区系分析

通过调查发现，分布于河南商城观音山地区的淡水鱼类有18种，分别隶属于4目6科17属。鲤形目占77.8%，鲈形目占5.6%，鲇形目占11.1%，合鳃目占5.6%，其中鲤科鱼类占总种数的72.2%，可划分为热带平原、江河平原、中印山区、上第三纪4个区系复合体。     

柽柳沙鼠Cytochrome b基因的克隆和进化分析

目的对柽柳沙鼠线粒体Cyt b基因全序列进行测定,并对其进行鉴定及进化分析。方法根据已知柽柳沙鼠基因序列设计引物,采用PCR产物测序法,对目的片段进行测序鉴定。结合已公布啮齿类动物Cyt b基因序列,分析其碱基组成、遗传距离、并基于极大似然法和最大简约法构建系统进化树。结果获得柽柳沙鼠线粒体Cyt b基因全序列,其与长爪沙鼠和子午沙鼠均具有较高的同源性;进化分析结果显示,柽柳沙鼠与沙鼠属和仓鼠科动物遗传距离较近。柽柳沙鼠Cyt b基因碱基组成与沙鼠属和家鼠属动物相似,具有哺乳动物mt DNA基因特点。结论本研究为以柽柳沙鼠Cyt b基因序列为参考,初步计算了柽柳沙鼠与沙鼠属、家鼠属、仓鼠科及其它啮齿动物的进化关系,本研究为柽柳沙鼠及沙鼠属动物进化、线粒体的结构和功能研究奠定基础。     

青海省称多县野生狐狸棘球绦虫CO Ⅰ基因多态性分析

为进一步了解野生狐狸在棘球属绦虫感染传播的情况,搜集并解剖野生狐狸6只,对搜集的其中4株多房棘球绦虫、2株石渠棘球绦虫的线粒体DNA（mtDNA）细胞色素氧化酶第1亚基（COⅠ）基因进行同源性分析.结果显示：6只野生狐狸中有2只感染多房棘球绦虫,感染强度分别为1640和839,1只感染石渠棘球绦虫,感染强度为833;线粒体DNA CO Ⅰ基因扩增得到了363 bp的目标片段,其中4株多房棘球绦虫与GenBank中检索到的基因序列（AB461417）一致性达到100％,2株石渠棘球绦虫的mtDNA CO Ⅰ基因序列与GenBank中检索到的基因序列（AB159136）一致性达到99.2％,有3处碱基置换位点.称多县野生狐狸肠道内寄生着棘球属绦虫,对其防控研究应该引起重视.