鲤科鱼类Angel 相关元件的鉴定及其系统发育意义

Angel相关元件属于微型反向重复转座元件(MITEs)的一个家族．我们在鲤科雅罗鱼系鱼类的生长激素基因内含子2序列中分离并鉴定了这类元件,而在鲃系的直系同源位点上没有发现,从而为雅罗鱼系的单系性提供了新证据．这类元件可能是在雅罗鱼系与鲃系分歧后插入到雅罗鱼系的共同祖先中的．较高的序列变异及相对广泛的物种分布表明生长激素基因中的Angel相关元件是一类古老的转座子,大约26 Ma前可能已经在雅罗鱼系共同祖先中出现．     

细胞色素b和12S rRNA基因序列变异与东方鲀属鱼类系统发育

东方鲀属鱼类是一个区域性分布类群, 该属目前包括22个有效种, 主要分布区域从日本海西部到中国沿海. 本研究通过联合17种(21尾)东方鲀属鱼类的细胞色素b (1137 bp)和12S rRNA (952 bp)基因全序列研究了东方鲀属鱼类的系统发育关系. 采用了邻接法(NJ)、最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和Baysian方法构建了分子系统树. 结果表明: (ⅰ) 东方鲀属鱼类为一单系类群; (ⅱ) 基于分子系统发育分析, 东方鲀属鱼类可划分为6个亚群; (ⅲ) 在分子水平上, 本属各鱼类物种的遗传距离比较接近, 这显示了其物种间分化时间较短. 研究结果还表明, 本属鱼类物种分类情况可能还需要进一步的澄清. 研究中还发现种间杂交现象可能对本属鱼类的物种分化过程有重要影响.     

Genetic diversity in the Yangtze finless porpoise by RAPD analysis

To estimate the genetic diversity in the Yangtze finless porpoise ( Neophocaena phocaenoides asiaeorientalis), the randomly amplified polymorphie DNA technique was applied to examine ten animals captured from the Yangtze River. Out of 20 arbitrary primers used in the experiment, seventeen produced clearly reproducible bands. Calculated by Nei‘s formula d = 1-NAB/NT, the genetic distances ranged from O. 0986 to O. 5634. Compared with other cetacean populations, this genetic distance is quite low.Such a low genetic diversity suggests that this population may be suffering from reduced genetic variation,and be very fragile. More studies are needed for understanding the basis for this apparent low genetic diversity and to help protect this endangered, unique population.     

贝叶斯联合模型与中国洞穴鱼类分化时间的估算(鲤科: 金线鲃属)

金线鲃属分布于中国云贵高原及周边地区, 包括10多种适应于洞穴生活、具有不同程度眼睛和色素退化的典型洞穴鱼类. 迄今为止, 金线鲃属的系统发育关系还存在很大争议. 我们获得了34种金线鲃属鱼类及外类群的细胞色素b和ND4基因序列, 用贝叶斯联合模型分析数据, 重建了金线鲃属的系统发育关系; 并用松散分子钟估算了本属及内部分支的起源时间. 金线鲃属的单系性得到强烈的支持, 本属可分为6个分支. 此外, 本研究结果还支持洞穴物种的多系起源假说以及季氏金线鲃(Sinocyclocheilus jii)的基部位置. 松散分子钟估算表明, 金线鲃属起源于晚中新世, 在11百万年前(million years ago, Ma)左右, 比以前设想的要古老.     

青海湖裸鲤的起源和花斑裸鲤的种群演化

通过线粒体Cytb基因全序列分析,探讨了青海湖裸鲤和花斑裸鲤的起源关系及其进化模式.系统发育分析进一步支持了青海湖裸鲤和花斑裸鲤3个mtDNA谱系的划分.形态上具有高鳃耙变异的个体未形成特有的进化枝,证明了第一鳃弓外鳃耙变异并不具有系统发育意义.对青海湖裸鲤和花斑裸鲤进化枝扩散模式的网络分析表明,黄河独有的单倍型A1是一个创立者单倍型,全部青海湖裸鲤的样品来自于它的辐射,而青海湖裸鲤可能仅仅起源于黄河花斑裸鲤两个主要支系中的一个.Fs检验和核苷酸不配对分析暗示了青海湖裸鲤和柴达木盆地花斑裸鲤在历史上经历过种群扩张事件.青海湖裸鲤谱系多样化发生在大约0.2734Ma前,并且在约0.0658Ma前发生了一次局部的种群扩张,而柴达木盆地花斑裸鲤可能在约0.0693Ma经历了一次严重的“瓶颈效应”.我们还发现种群扩张存在于主要由青海湖裸鲤组成的亚枝A1和由黄河花斑裸鲤独有的亚枝A21中,估算的最近共同祖先年龄(TMRCA)分别为(0.2308±0.01)Ma和(0.1319±0.015)Ma,这一估算与青海湖和黄河分离的“共和运动”地质年代大致相符.这些结果说明了晚更新世末青藏高原的强烈隆升对青海湖、黄河和柴达木盆地鱼类多样性演化及其生物地理学格局产生过重大影响.     

东亚低等鲤科鱼类细胞色素b基因序列测定及系统发育

采用ＰＣＲ技术获得了１４种主要分布于东亚的低等鲤科类色素ｂ基因的全序列。所得１１４０ｂｐ细胞色素ｂ基因序列与１０种取自ＧｅｎＢａｎｋ,分布在北美和欧洲的相关鲤科鱼类的同一基因序列一起排序后,得到了２５种锂科鱼类的ＤＮＡ序列矩阵,此矩阵经过最大似然（ｍａｘｉｍｕｍ ｌｉｋｅｌｉｈｏｏｄ）法计算后获得了低等鲤科及相关种类的系统发育分支图解。分支系统图显示鲤科的雅罗鱼亚科和Ｔａｎ亚科鱼类并不形成单系类群     

S7核糖体蛋白基因序列变异及其在低等鲤科鱼类中的系统发育意义

鲤科是世界鱼类中最大的科，有210余属2010种，为研究其系统发育关系需要筛选合适的DNA标记，将S7核糖体蛋白基因用作遗传标记进行鲤科鱼类的系统发育分析，通过PCR方法，扩增了长度为602bp的胭脂鱼以及长度为655～859bp的16种鲤科鱼类的S7基因内含子1序列，序列排列得到925个排列位点，其中信息位点499个，占全部位点的54%，结果表明，鲤科鱼类S7基因内含子1序列具有丰富的信息位点，并且在亲缘关系不同的物种间存在显著的序列差异，基于S7基因内含子1序列的NJ（neighbor-joining）和MP(most-parsimony）分支树经1000次重复抽样试验后，节点的自展支持率普遍高于以细胞色素b及线粒体控制区(d-loop）基因为遗传标记时所得到的分支树，因此，S7基因内含子1作为遗传标记在鲤科系统发育研究中的分辨率是比较高的，它是一个适合鲤科内亚科水平系统发育研究的有用的分子遗传标记，但S7基因内含子1是否适用于鲤形目科间或科以上水平的分子系统学分析，有待进一步研究。     

细胞色素b基因序列变异与东亚鲿科鱼类系统发育

采用PCR技术获得了中国（鱼尝）科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因1138bp全序列.所得序列与GenBank中分布于日本、韩国和俄罗斯的（鱼尝）科2属9种鱼类同一基因序列排序,并选用鲇形目鲇科的大口鲇、钝头（鱼危）科的鳗尾（鱼央）和伦氏（鱼央）以及脂鲤目的断线脂鲤作外类群.分析了细胞色素b基因序列,计算了Kimura双因子遗传距离和（鱼尝）科鱼类线粒体DNA的进化速率,用最大简约法和邻接法构建了（鱼尝）科鱼类分子系统树,得出如下结论:(1)线粒体DNA序列分析显示所测定的鲇形目鱼类细胞色素b基因序列中,存在3bp的缺失;(2)系统发育分析显示（鱼尝）科构成一单系类群;（鱼艹）属为较为特化的属,拟（鱼尝）属为一明显的类群,而黄颡鱼属与（鱼危）属关系较为混乱;(3)东亚（鱼尝）科鱼类线粒体DNA的进化速率约为每百万年0.18%～0.30%.本文是中国鲇形目（鱼尝）科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因序列的首次报道.     

美姑脊蛇Achalinus meiguensis线粒体基因组全序列及系统发育地位研究

报道了美姑脊蛇Achalinus meiguensis线粒体基因组全序列. 美姑脊蛇线粒体全序列长17239 bp, 由22个tRNA, 2个rRNA和13个蛋白质基因及2个非编码的控制区或D-loop组成, 存在着基因重排现象. 对已报道蛇类线粒体基因组全序列进行比对分析后, 发现一些蛇类线粒体基因组进化规律: 双控制区现象在爬行动物进化历史中独立地发生, 有不同的演化历史; tRNA假基因是在真蛇下目(Caenophidia)中进化形成的; TΨC臂的相对较短(一般少于5 bp)和缺失“DHU”臂造成蛇类tRNA较短. 通过MP和BI分析确定美姑脊蛇系统发育位置应该位于瘰鳞蛇Acrochordus granulatus和其他真蛇下目蛇类之间, 而不应该属于游蛇科Colubridae或者眼镜蛇科Elapidae. 由于美姑脊蛇与真蛇下目中蝰科Viperidae、游蛇科以及眼镜蛇科之间的单系性都被统计检验拒绝(P < 0.01), 由此认为美姑脊蛇所在的闪皮蛇亚科(Subfamily, Xenodermatinae)应该提升到科或者更高的分类阶元. 依据系统发育统计检验结果, 我们选择Bayesian树来进行分歧时间的估算. 原蛇下目与真蛇下目的分化时间为109.50 Mya; 而瘰鳞蛇与其他真蛇下目种类的分化时间为106.18 Mya; 美姑脊蛇的分化时间在103 Mya; 蝰科与眼镜蛇科和游蛇科构成的单系群的分化时间发生在96.06 Mya.     

一种四倍体鲤科鱼Sox基因的克隆和序列分析

为了研究重要功能基因在多倍体基因组中的演化情况, 通过分子克隆的方法从四倍体大鳞结鱼(Tor douronensis)中获得13条Sox基因序列, 分别为SoxB, SoxC和SoxE组成员. 对大鳞结鱼Sox基因系统进化分析的结果支持鱼类特异的基因组重复的假说, 同时表明, 基因Sox19可能为真骨鱼特有的Sox基因家族成员. 序列分析显示, 与其他物种相比大鳞结鱼中Sox基因的碱基替代, 绝大多数为同义替代. 结果表明, 所得到的Sox基因序列均受到净化选择, 同时由多倍化所造成的重复基因对Sox4a, Sox9a和Sox9b受到相同的净化选择压力. 根据基因Sox9a和Sox9b重复基因对间内含子序列长度和相似性的差异推测大鳞结鱼可能为异源四倍体.