大肠杆菌编码区5′端碱基的统计分析

统计了大肠杆菌１２８８个编码序列开始的３３个碱基位点（１１个密码子）上各碱基出现的概率,发现第２、第３密码子各位点上的碱基概率分布与其它密码子上的碱基分布概率不一样;碱基Ｇ和Ｔ出现的概率从第４个密码子后呈现明显的３周期分布．我们还研究了这些位点上的碱基概率分布与基因表达水平的关系,发现高表达基因和低表达基因在第２、第３密码子各位点上,其各种碱基的概率分布是有区别的;高表达基因碱基Ｇ和Ｔ的概率分布３周期性更明显．     

中华哲水蚤线粒体DNA COI基因序列分析

采用苯酚-氯仿-异戊醇(25：24：1)提取、异丙醇沉淀、酒精洗涤、TE缓冲液保存方法提取了采自胶州湾青岛海域的中华哲水蚤基因组DNA；以相应引物经PCR扩增得到线粒体DNA细胞色素氧化酶Ⅰ亚基基因(mtCOD)片段；PCR产物采用化学法进行质粒重组(载体pGEM—T Easy Vector)、热休克转化重组质粒至大肠杆菌感受态细胞(JM109)、氨苄LB培养基扩大培养；测序．结果表明。中华哲水蚤线粒体COI碱基大小为710bp(国际基因库索引号AY665663)。其碱基组成A、C、G、T含量分别为24．23％、19．15％、22．54％和34．08％；G C含量为41．69％。A T为58．31％．     

基于核糖体DNA大亚基片断序列探讨中国东海海域赤潮原甲藻的分子分类

采用PCR扩增技术对分类上有争议的中国东海赤潮原因种(被称为东海原甲藻．本简称：东海株系)的基因组DNA进行了核糖体DNA大亚基片断(LSU rDNA)的扩增和测序．并与一同扩增的来自美国CCMP的被称为具齿原甲藻(本简称：CCMP株系)的同源序列进行分析比较。结果表明，两710bp的LSUrDNA同源序列中仅存在7个碱基的差异．遗传相似度高达99．01％．遗传差异为0．99％．进一步与Genebank其他3种原甲藻即P．mezicanum、P．mieans和P．minimum的同源序列进行比较，发现其他3种原甲藻两两问的种间遗传相似度在91．1％～95．5％之间．而P.micans和P．minimum种内不同株系的遗传相似度为99．4％～99．9％．均为99％以上．综合这些数据说明东海株系与CCMP株系之间的0．99％的遗传差异应视为种内差异．原甲藻的东海株系与CCMP株系当属异名同种．因此本试验结果从分子水平支持了被称为东海原甲藻的原甲藻与被称为具齿原甲藻(P．deantatum)的原甲藻同为一种的观点。     

人类线粒体DNA中碱基缺失/插入的真伪能否从世系的系统发育关系来推断?

从线粒体DNA世系的系统发育关系角度来说, 稀少的点突变在多个不同世系(或者说单倍型类群)中出现, 就很有可能是错误的. 这条对mtDNA序列中观察到的稀少的点突变进行检验的经验是否对序列中出现的碱基缺失/插入也适用, 目前未见报道. 本研究中统计了国内50个不同人群2352个个体mtDNA序列中出现的一些稀少的碱基插入/缺失事件. 结果显示, 除去单倍型类群特征性或相关性的碱基缺失/插入外, mtDNA序列中的碱基插入/缺失事件, 特别是发生的位置上含有该突变碱基(碱基对)重复的时候, 基本上不能通过世系系统发育关系来判别其准确性. 对于研究中偶尔观察到的个别稀少的碱基插入/缺失事件, 建议进行独立多次的序列测定予以核实.     

甲基亚硝基哌嗪第二活性区与DNA碱基烷化反应机理的MNDO研究

N-亚硝基化合物(NNC)在α-羟基化后生成重氮化物而与DNA结合发挥致癌作用是一已经被普遍接受的概念 但是仅用α-位的活性却在定性和定量两个方面均解释不了NNC的复杂的结构与致癌活性关系.越来越多的试验证据表明非α-位的代谢活化在NNC致癌机理中具有不可忽视的作用.我们曾对153种NNC的结构与致癌活性关系进行了定量模式辨认研究,结果表明:在NNC分子上经代谢产生两个亲电活性中心是形成最终致癌物的必要条件;并且,在α-位的第一活性中心与非α-位的第二活性中心之间的最适作用距离约为280pm;从而证明了NNC致癌作用符合于“双区理论”.根据双区理论,我们还探讨了N-亚硝基化合物中N-N键旋转能障与其致癌性的关系.对于甲基取代的亚硝基哌嗪及有类似结构的化合物比其母体化合物的致癌性有显著增强的现象,我们提出了:环上杂原子的邻基参与作用提高了甲基代谢产物的活性,形成第二亲电活性中心是重要影响因素的观点;这一观点在分析结构参数时发挥了巨大作用.由于确定这一邻基参与作用的机制对于深入探讨NNC致癌机理具有重要意义,本文采用MNDO方法对具代表性的化合物,3,5-二甲基亚硝基哌嗪的甲基代谢活化产物与DNA碱基的反应机理进行了研究.     

DNA编码序列的关联特性

用ＤＮＡ行走方法和信息剩余度方法研究了核酸编码序列中的碱基关联，指出了这种关联的短程性．讨论了碱基组成漂变导致的表现关联效应和各种关联模的涨落限．对最近的有关文献作了评述．     

内含子序列“三碱基组”的信息分析

在对编码序列的碱基分布作大量统计分析的基础上，对内含子序列中Ｇ、Ｃ的分布作了统计分析．发现内含子在“三碱基组”的意义下，第一位上（Ｇ＋Ｃ）含量占优势．如果将同一基因的外显子三联密码和内含子“三碱基组”做比较，发现在内含子中出现而外显子中没有的那些三碱基组，它们大多属于Ｌｉó所列出的“非偏爱”密码     

中华假磷虾线粒体DNA CO I基因片段序列分析

采用苯酚-氯仿提取、异丙醇沉淀提取中华假磷虾基因组DNA；以相应引物经PCR扩增得到线粒体DNA CO I片段PCR产物采用化学法与载体(pGEM-T Easy Vector)重组基因、热休克法转化重组质粒至感受态大肠杆菌(JM109)、氨苄LB培养基扩大培养；测序．结果表明，中华假磷虾线粒体CO I碱基709bp。其碱基组成A、T、G、C含量分别为28．59％、35．35％、17．61％和18．45％(国际基因库索引号AY754819)；与同科内其它3属10种磷虾的mt CO I基因片段核苷酸组成相似．     

基因组研究离诠释生命奥妙还有多远

基因组研究表明，人类与黑猩猩和老鼠的基因序列98％以上是相同的，是否是这1％～2％的基因的差异，就决定了人与黑猩猩和老鼠在表现型方面很大的差异?本文通过大量分析表明，由碱基(5个)→核酸[DNA→RNA(mRNA、rRNA、tRNA)]→氨基酸(22种)→蛋白质(数百千种)→染色体→基因组→性状，其遗传变异信息有逐级放大的过程。这是生物间基因序列虽然有98％甚至99％的相同，但表现型差异却较大的原因所在。基因序列完全相同，并不能说明基因功能相同，基因组研究的结果不能完全诠释基因功能表达的复杂过程。今后必将由序列基因组学→结构基因组学→功能基因组学→蛋白质组学深入发展，必须从网络层次研究基因表达，才能揭示生命的奥妙。另外我们使用的各种基因组研究技术和软件还有待改进，才能真正反映生物基因的差异。     

糖类遗传与生命起源

从遗传学角度探讨了糖类与生命起源，讨论了遗传学上的再认识，提出糖类在遗传学上扮演着重要、核心的角色、糖类是生命起源物质，基因是糖类衍生物。生命诞生过程可能是：先有糖类、然后有氨基酸和碱基；磷酸及其盐类既是生命物质的组成部分、也是催化剂，阳光或地热为能源，于是诞生了基因。生命体是分子相互作用、有序组合、自我调控的耗散体系。