东海赤潮生物具齿原甲藻及其特征

2000年至今连续三年的5月在东海的舟山海域发生大规模红褐色具齿原甲藻赤潮。在赤潮监测中对该种的形态及习性作了观察研究，结果表明：本种分布于我国东南沿海，主要分布于盐度较高的水域，5月份是繁殖盛期易发生赤潮，在河口低盐水域和高温季节不易发生赤潮，具齿原甲藻赤潮在近几年频繁发生与东海沿岸富营养化加剧有关。具齿原甲藻具有昼夜垂直移动特性，使得它们在获得光能、营养盐方面更具优势，在低磷环境中具有较强的种间竞争能力。对于大规模赤潮发生的原因、富营养化的贡献、种间竞争在赤潮发生过程中的作用等问题有待于进一步深入研究。     

用PCR扩增裸甲藻和微小原甲藻rRNA基因的方法研究

以赤潮种裸甲藻(Gymnodinium sp．)和微小原甲藻(Prorocentrum minimum)为试验材料，以不同方法提取其基因组并进行纯化，然后采用PCR方法扩增其rRNA基因，包括18S，28S和ITS片断，并进行扩增条件的比较和优化，得到两种藻的最佳DNA提取条件和PCR扩增条件．裸甲藻和微小原甲藻的DNA提取宜采用改良的CTAB方法；并需对粗提取的DNA用CTAB方法进行纯化．两种藻的最适模板浓度为纯化后模板1．0～2．0μL；最适Mg^2 浓度为2．0μL(25mmol／L)；ITS引物PCB扩增的退火温度为50℃，而18S三对引物的退火温度均为55℃，28S的退火温度为54℃最为适宜。     

基于18S rDNA序列鉴定北部湾养殖区引发藻华的一株原甲藻

高度保守的核糖体18SrDNA序列可用于经济快捷且精确地鉴定浮游植物的种类。2018年夏季,广西北部湾近海的对虾养殖区内发生了原甲藻引起的藻华,藻华的优势种密度为5.5×105 cells·L~(-1),本文采用形态学观察法结合序列分析鉴定的方法来鉴定该藻的种类。结果表明,在形态上,这株分离培养获得的原甲藻(编号BBGA-9003),其大部分细胞类似心形或卵形,少部分细胞近似三角形,鞭毛2条,细胞长和宽分别为(16.55±1.42)μm和(13.84±1.86)μm。该原甲藻经18SrDNA基因序列测定并进行BLAST分析,结果表明该原甲藻序列和GenBank中56株不同种原甲藻具有很高的同源性,在系统进化树上与不同来源的微小原甲藻聚在一大分支上,且与各微小原甲藻间的遗传距离均小于与其他种间的遗传距离。因此,从分子生物学的角度鉴定该株原甲藻属于微小原甲藻,此种藻华的发生意味着北部湾养殖区有害藻华种类多样性的增加。本研究为18SrDNA序列测定用于海洋浮游植物种类鉴定提供了实验依据,也为广西北部湾养殖区有害藻华的防治提供基础资料。     

氮磷比对两种赤潮藻生长特性的影响

研究了两种赤潮藻即赤潮异弯藻（Heterosigma akashiwo）和东海原甲藻（Prorocentrum donghaiense）在不同氮磷比培养条件下的生长特性,探讨了氮磷含量及比值对赤潮爆发的影响机理。结果表明,在试验条件下赤潮异弯藻的比生长速率与N源浓度之间的关系符合Monod公式（P〈0.001）,氮磷比在25和50时藻细胞密度高于其他比值的藻细胞浓度,说明该氮磷比是赤潮异弯藻最佳生长营养盐条件。对东海原甲藻而言,在以NaNO3为N源时,氮磷比为40时藻细胞密度高于其他比值的藻细胞浓度,说明该氮磷比是东海原甲藻最佳生长营养条件。     

疣蝗5个种群间遗传分化的RAPD分析

利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,在DNA分子水平上对疣蝗5个种群间的遗传差异进行了研究.在23个引物中有6个引物出现稳定的扩增带,扩增总带数为66条,其中53条具多态性,占80.3%,平均每个引物8.9条.利用Nei & Li相似系数和UPGMA聚类法对结果进行分析,发现用该法检测到的遗传差异从南向北是连续性梯度差异,因而建议所研究地区疣蝗是一个单型种.     

东海原甲藻的培养及色素分离分析

以自行培养的赤潮藻东海原甲藻（Prorocentrum donghaiense Lu）为材料,采用薄层层析（TLC）和高效液相色谱（HPLC）法对稳定生长的藻体色素进行了分离和分析．结果显示,东海原甲藻适宜生长于18—22℃,经活化、培养,一般于接种后的第4—5天进入稳定生长期．采用硅胶薄层层析方法（最适展层剂配比为石油醚：乙酸乙酯：乙醚：乙醇=20：6：3：2）从藻体色素抽提液中成功地分离到12条色素带,经颜色、极性、迁移率比对,以及荧光观察和吸收光谱分析,确定为1条Chla、1条ChlC2、1条β-胡萝卜素、1条去镁Chlα、1条多甲藻素以及硅甲藻黄素和硅藻黄素等其他4条叶黄素带,此外还有2—3条Chla或ChlC2衍生物带．进一步摸索了反相C18柱高效液相色谱（HPLC）分离东海原甲藻色素的条件,选用440nm波长检测,可得到至少30种组分．分离结果为进一步了解东海原甲藻的生长和光合特性以及赤潮研究提供了理论依据．     

东海原甲藻和链状亚历山大藻对硝酸盐和氨盐的生理响应

比较研究了硝酸盐和氨盐培养下,两种甲藻(东海原甲藻(Prorocentrum donghaiense Lu)和链状亚历山大藻(Alexandriumcatenella DH01))对氮营养盐的生理响应.结果表明,两种赤潮生物的最大比增长率均随着培养液中硝酸盐浓度的升高(20～80μmol/L)而增加,且硝酸盐培养下的最大比增长速率高于同浓度的氨盐,表明在高浓度下,硝酸盐是适宜的氮源.东海原甲藻硝酸还原酶活力(1.14～5.20 fmol/(cell.L.min))与硝酸盐吸收速率呈正相关,链状亚历山大藻中则未检测到硝酸还原酶活力;两种赤潮生物谷酰氨合成酶活力对硝酸盐和氨盐的响应存在差异,链状亚历山大藻谷氨酰胺合成酶活力(10.93～30.97 pmol/(cell.L.min))要远高于东海原甲藻(0.34～0.95 pmol/(cell.L.min)).两种赤潮生物对硝酸盐和氨盐的不同生理响应可能是引起赤潮期间种群更替的一个重要原因.     

AFLP技术及其在动物遗传育种中的应用

扩增片段长度多态性(AFLP)被称为“下一代分子标记”。是检测DNA多态性的一种新技术．该技术可靠性强,多态性检出率高,因而被认为是最有效的DNA指纹分析技术,AFLP已广泛应用于分类学、种群遗传学、病理学、DNA指纹分析的研究和建立数量性状基因图谱,成为最主要的遗传标记,论述了AFLP的原理、特点、影响实验成功的关键因素及在动物遗传育种中的应用。     

中国4个两性生殖卤虫品系的ISSR指纹分析

根据微卫星DNA序列设计了10种ISSR引物，对中国4个两性生殖卤虫品系的亲缘关系进行了分析．用10种ISSR引物对卤虫基因组DNA进行扩增，共获得188条清晰稳定的条带，75个基因座位，其中有99条多态性片段，53个多态性座位，片段长度在2000-150bp之间．聚类分析结果表明：3个内蒙品系卤虫亲缘关系较近，当遗传相似系数为0．5333时，明显把来自内蒙古和西藏的卤虫分为2个类群．     

经大豆DNA溶液处理后选育的变异水稻基因组RAPD分析

利用花粉管通道法和浸种及苗期浇灌法,将供体大豆DNA直接导入受体水稻,获得两种水稻变异株系。采用RAPD技术对供体大豆、受体水稻和两种水稻变异株系的基因组进行了多态性分析。所用31种10碱基随机引物中有24种扩增出清晰的DNA条带。分析比较了4个样品DNA扩增条带的相似率。根据试验结果分析,外源大豆DNA导入受体水稻能引起后代基因DNA序列变化,扩大水稻的遗传组成;作者还分析了由外源大豆DNA导入引起受体水稻产生变异现象的原因。     

EST analysis of Prorocentrum donghaiense with emphasis on genes involved in PCD

Prorocentrum donghaiense has caused large-scale red tides off the Chinese coast in recent years.Ex-pressed sequence tag(EST)analysis was carried out for this dinoflageilate in order to identify the func-tional genes involved in its biological processes.A cDNA library was constructed for P.donghaiense atexponential growth phase,and 565 usable sequencing reads were obtained from 700 clones selected ran-domly.Messenger RNA corresponding reads were clustered into 36 contigs and 272 singletons(ESTgroups).Twe...     

塔玛亚历山大藻溶血毒素对东海原甲藻的化感作用

为明确塔玛亚历山大藻(Alexandrium tamarense)对东海原甲藻(Prorocentrum donghaiense Lu)生长的化感作用,揭示塔玛亚历山大藻和东海原甲藻的藻间竞争关系,本研究探讨了不同营养盐条件下塔玛亚历山大藻无藻细胞滤液中溶血毒素对东海原甲藻生长的影响.研究发现,塔玛亚历山大藻的无藻细胞滤液中溶血毒素对东海原甲藻的生长有显著的抑制作用;无藻细胞滤液中溶血毒素的活性强弱依次为:N-限制,Fe-限制,富营养与P-限制;溶血毒素的抑制作用大小与溶血毒素活性强弱一致.提示溶血毒素在塔玛亚历山大藻的化感作用中可能扮演重要角色.     

一株黄河三角洲盐碱地耐盐菌的分离、鉴定及耐盐能力分析

从黄河三角洲盐碱地土壤分离到一株耐高盐菌株NM-1.对该菌株生理生化性质、耐盐性以及系统分类位置进行了分析.结果表明:菌株NM-1为长杆状,革兰氏阴性,菌落黄色,呈圆形,湿润、光滑.能利用葡萄糖、乳糖和蔗糖,不能利用淀粉和明胶.生长pH范围为8.0~10.0,最高耐盐浓度(NaCl)为30%,为中度嗜盐微生物,最适生长的Na2CO3浓度为0.25 M.16SrDNA序列分析表明:该菌株与Halomonas variabilis(JN645866)以及Halomonas variabilis(AY204638)序列的相似性均为98%,结合其形态、生理生化性质,认定该菌株属于耐盐单胞菌属,暂命名为Halomonas sp.NM-1(AB917466).     

基于groEL基因序列鉴定丹毒丝菌属菌种

对4株红斑丹毒丝菌的16SrRNA基因和groEL基因进行测序及系统发育分析,探讨groEL基因序列分析法在丹毒丝菌属菌种分类鉴定中的应用.测序结果表明,4株红斑丹毒丝菌groEL基因长度为1 614bp,编码由537个氨基酸残基组成热休克蛋白HPS60,与红斑丹毒丝菌ATCC19414株和扁桃体丹毒丝菌ATCC43339株groEL基因的同源性分别为99%和86%,而16SrRNA基因长度为1 351bp,与红斑丹毒丝菌ATCC19414株和扁桃体丹毒丝菌ATCC43339株的同源性均为99%.系统发育分析结果表明,groEL基因比经典的16SrRNA基因序列分析分辨率高,可适用于红斑丹毒丝菌和扁桃体丹毒丝菌的分类鉴定.     

Isolation and identification of a novel coronavirus from wild bird

A novel coronavirus strain was isolated from laryngotracheal swab of wild partridge and designated as partridge/GD/S14/2003 (S14). Its whole genomic sequence was obtained (GenBank Accession number: AY646283) through RT-PCR amplification, cloning, nucleotide sequencing, and analysis by the DNASTAR program. To investigate the origin of the virus, we further analyzed the nucleotide sequences of the main structural proteins, and compared those with other available virus isolates. Our results showed that the highest nucleotide homologies between the S1 gene of S14 strain and those of nephrogenic-type strains JX1-99 and TJ2-96 were 94.6% and 93.4%, respectively. In addition, a relatively high genetic identity, 85% and 84.3%, respectively, was detected between S1 gene of S14 and those of strains QXIBV and LX4. The results suggested that the S14 strain may be originated from or related to nephrogenic-type and proventriculus-type infectious bronchitis virus (IBV). The highest nucleotide homology between the S2 gene of S14 strain and those of QXIBV and LX4 was 85% and 84.3%, respectively and all of them belonged to group II coronaviruses. The highest nucleotide homology between the M gene of S14 strain and those of strains SAIB20 and GD6-98 was 90.6% and 90.2%, respectively by which S14 belonged to group III. Although they displayed high level of genetic identity in S1 and S2 gene, there was lower homology of M coding sequences between S14 and BJ, and between S14 and QXIBV strains. Phylogenetic analysis of N gene indicated that group I strains might evolve from RNA recombination between strain H52 and Gray; while group II strains from strain H120 and D1466. S14 strain had the highest N gene homology with strain QXIBV which was 95.7%, thus classified as a group III member. Strains SAIB20 and GD6-98 which were closely related to the M gene of S14 strain belonged to group I and IV, respectively. A possible role of partridge S14 strain may play in the process of coronavirus evolution is discussed.     

高产5-氨基乙酰丙酸光合细菌株的分离鉴定

从不同生态环境中分离培养出20株光合细菌,进行5-氨基乙酰丙酸(5-ALA)的产量检测,筛选出一株分离自广州市云溪公园池塘底泥的菌株R5,其5-ALA产量最高,达4.92 mg/L.为了确定菌株R5的分类学地位,对该菌株的形态学、碳源利用情况等生理生化特性进行了研究,表明该菌株符合红假单胞菌属的生物学特征;以菌株R5基因组DNA为模板PCR扩增16S rDNA基因,对PCR产物进行了序列测定,将所测得的核酸序列与相关细菌的16S rRNA序列进行比对,并构建进化树进行系统发育分析,发现菌株R5与沼泽红假单胞菌株KUGB306(Rhodop-seudom onas palustrisKUGB306)形成一个类群,序列同源性为99%.故最后确定该高产5-ALA的菌株属于红假单胞菌属(Rhodopseudom onas).     

分子生态学方法对油藏细菌群落结构分析的比较

目前对油藏细菌群落结构分析方法繁多,为得到准确全面的群落分析结果,必须选取合适的方法。群落分析方法的优劣进行比较分析,选取从新疆陆梁油田注水井筛出的11株单菌,测定其16srDNA序列,制成包含7个菌属、9个菌种的混合菌液。应用基于PCR扩增的三种分子生态技术DGGE、T-RFLP、建立16SrDNA文库比较和分析了混合菌液细菌多样性。使用PCR-DGGE方法时发现,DGGE方法可灵敏地检测到序列1 bp的变化,能将不同菌株分开,但该方法经过切胶测序后的的目标序列较短,信息量不大且有时有一定误差,较适合用于定性对比;而用于菌群结构的分析时应结合其他方法。T-RFLP法可区分大部分菌属,但数据库不够完整,不能确定细菌群落组成;因此也不适合单独用在细菌群落检测中,可用作多个样品种群多样性的对比或结合其他方法对样品进行系统透彻解析。建立16srDNA克隆文库法成功鉴定到7个菌属8个菌种16SrDNA序列,更适用于油藏细菌群落结构的分析。