眼皮肤白化病患者的TYR基因突变类型初步研究

目的:对临床诊断为眼皮肤白化病(OCA)患者的TYR基因进行突变筛查,以了解我国大陆OCA患者TYR基因突变类型。方法:应用PCR技术扩增患者及其父母的TYR基因外显子、外显子-内含子交界区及启动子区,以DNA序列测定技术进行突变筛查与鉴定。结果:在8名患者的16个TYR等位基因内,查明9种突变;其中错义突变4种(R77Q、E294K、R299H和W 400L),无义突变2种(R116X和R278X),插入突变2种(929 insC和232 insGGG),剪切位点突变1种(IVS1-3 C>G)。结论:W 400L、R299H分别占本研究所检出全部OCA1突变等位基因的31.3%(5/16)和18.8%(3/16),可能为中国大陆人群中较常见的TYR基因突变类型。     

新疆石河子地区非小细胞肺癌EGFR基因突变分析

目的分析新疆石河子地区非小细胞肺癌(NSCLC)患者表皮生长因子受体(EGFR)基因突变检测情况及其与临床病理特征的关系。方法收集720例确诊为NSCLC患者(包括已行EGFR基因突变检测的239例)的完整病史资料,分析EGFR基因突变情况与病理特征的相关性。结果新疆石河子地区NSCLC患者EGFR突变检测率为38.1%。检出EGFR突变113例(47.3%);女性患者突变率(63.6%)高于男性(35.7%),两者之间差异有统计学意义(P=0.000);腺癌患者突变率(52.7%)明显高于非腺癌患者(12.5%),差异有统计学意义(P=0.000);19Del突变率为41.6%,21L858R突变率为37.2%;NSCLC患者中19Del突变在女性患者中较男性常见(P=0.001),L858R突变男女间差异无统计学意义(P=0.58);腺癌中男性19Del突变率(15.5%)低于女性(29.9%)(P=0.013),L858R突变男女差异无统计学意义(P=0.796)。结论新疆石河子地区NSCLC患者EGFR突变检测率偏低,有待提高;该地区EGFR突变主要见于腺癌,女性患者;突变类型主要为19Del及21L858R,其中女性患者19Del突变比男性多见。     

基于HRM方法检测乳腺癌组织TOX3,PPP2R1A,PTEN基因突变

该研究通过高分辨率溶解曲线(HRM)分析法对36例乳腺癌组织TOX3基因的7号外显子、PPP2R1A基因的6号外显子、PTEN基因的5号外显子进行突变位点检测,利用DNA测序分析法进一步验证。结果显示TOX3基因的7号外显子与PPP2R1A基因的6号外显子中无突变,但在PTEN基因5号外显子第1408位核苷酸序列由A突变为T,导致其编码氨基酸由N突变为Y,所检测的36例乳腺癌组织中有11例检测到突变,HRM结果与DNA测序结果分析一致。     

ATP基因突变与乳腺癌相关性分析

对41例女性乳腺癌患者带毛囊毛发线粒体DNA的编码区ATP基因(ATP6和ATP8)进行测序,对比45例正常人群线粒体DNA基因序列,采用统计学分析软件筛选具有统计学差异的突变位点,共检测到ATP基因突变位点25个,其中在ATP6亚基上共发现18个(72%)基因突变,其中8584G-A、8701A-G、8794C-T、8860A-G、8865G-A、8964C-T、9053G-A、9180A-G位点具有统计学差异(P 0.05);ATP8亚基上发现7个(28%)基因突变,其中8414C-T具有统计学差异(P 0.05).结果表明,ATP基因突变与乳腺癌具有显著相关性,ATP基因突变可作为一种潜在的特异性分子标记,对乳腺癌早期诊断具有重要意义.     

分子遗传学研究在非典型角膜营养不良临床诊断中的应用

通过TGFBI基因突变检测,探讨分子遗传学研究在临床诊断角膜营养不良中的应用.采集各个患者及50名正常对照外周血10 mL,提取白细胞DNA,应用聚合酶链反应(PCR)和直接测序分析确定其突变位点.结果:所用角膜营养不良患者均发现TGFBI基因突变,其中2例为R555W杂合子,确诊为颗粒状角膜营养不良;5例为R124H杂合子,确诊为Avellino角膜营养不良;1例为R623D杂合子,确诊为不典型Reis-Bückler角膜营养不良.正常对照未检测到TGFBI基因突变存在.说明以分子遗传学为基础的角膜营养不良临床分类方法使临床诊断更为精准.     

阿尔茨海默病PS-1基因突变的研究

采用聚合酶链反应及基因测序技术探讨阿尔茨海默病（Alzheimer病，AD）早老素-1（Presenilin-1，PS-1）基因第3、4、5、8外显子的突变特点，对13例散发性Alzheimer病（sporadic Alzheimer＇s disease，SAD）患者、12例血管性痴呆（vascular demendia，VD）患者及31名正常老年人的PS-1基因第3、4、5、8外显子片段进行扩增与序列分析．编号为SAD5的患者PS-1基因第3外显子扩增片段上存在1个缺失突变位点，编号为SAD3的患者PS-1基因第8外显子扩增片段的近3’端处发现2个插入突变位点．12例VD患者与31名正常老年人的PS-1基因第3、4、5、8外显子均未发现突变．实验结果表明，SAD患者PS-1基因中存在第3、第8外显子的突变．     

牛补体C6基因SNPs与奶牛乳腺炎的关联性

以469头中国荷斯坦奶牛为样本,利用DNA测序及多态性聚合酶链反应(PCR-RFLP)技术等方法检测牛C6基因中单核苷酸多态性(SNP)位点。经序列比对发现4个单核苷酸多态性位点(SNPs):第2外显子上g.+2235GA(G突变为A),第8外显子上g.+32881CA(C突变为A)和g.+32925CT(C突变为T),第17外显子上g.+69060TC(T突变为C)。经SAS软件统计分析发现:g.+32881CA突变的群体,CA基因型的个体体细胞评分显著高于CC基因型的个体(p0.05),且其产奶量显著低于CC个体(p0.05);发生g.+69060TC突变的个体,CC基因型的个体产奶量极显著高于TT基因型个体(p0.01),同时其乳蛋白率显著高于TT基因型个体(p0.05)。     

KRAS、BRAF及PIK3CA基因突变与转移性结直肠癌的关系

 为了联合检测并分析KRAS、BRAF和PIK3CA突变与临床病理指标之间的关系,探讨基因突变在结直肠癌(CRC)发生、发展中的生物学意义,收集第四军医大学西京消化病医院及兰州军区兰州总医院2008—2009年入院治疗的150例结直肠癌患者的癌组织标本,提取DNA行PCR扩增后,采用焦磷酸测序法联合检测KRAS、BRAF及PIK3CA基因的突变率,统计分析基因突变与患者临床病理(包括患者的年龄、性别、肿瘤位置、Dukes'分期、TNM分期、组织病理学分型及转移)之间的关系。结果表明,在150例患者中,KRAS突变率为32%(48/150),BRAF突变率为8%(12/150),PIK3CA突变突变率为12%(18/150),其中9号外显子突变率为6%(9/150),20号外显子突变率为6%(9/150)。KRAS和PIK3CA的突变与患者的Dukes'分期关系密切,KRAS、BRAF和PIK3CA的突变与CRC患者的年龄、性别、肿瘤位置、组织病理学分型之间无明显的关系。     

棒状链霉菌扩环酶R306位点的定点突变

目的:通过对棒状链霉菌的脱乙酰氧基头孢菌素C合酶(DAOCS)C末端R306位点突变,改变酶的活力和底物专一性。方法:利用生物信息学和空间结构分析推测,利用定点突变技术,对DAOCS的C-末端R306位点进行定点突变。结果:将DAOCS的C末端R306位点突变为其它3种性质相异的氨基酸,显示酶的活力和底物专一性都有一定改变。结论:DAOCS的C末端修饰对于提高酶活力或改变酶的底物专一性是一个非常有效的策略。     

眼皮肤白化病Ⅰ型基因突变研究在产前诊断中的应用及一种致病性TYR基因新突变

目的:对1名生育过眼皮肤白化病(OCA)先证者母亲再次怀孕的家庭进行酪氨酸酶(TYR)基因突变研究和产前基因诊断.方法:应用聚合酶链反应(PCR)技术扩增TYR基因各外显子、外显子内含子交界区及启动子区,分别以异源双链分析法(HA)、变性高效液相层析(DHPLC)和DNA序列测定技术分析先证者及其父母的基因突变,明确突变的致病性后,检测胎儿TYR基因相应位点与基因型.结果:先证者的基因型为c.232_233insGGG/c.841G＞T,其父母基因型分别为c.232_233insGGG和c.841G ＞T突变杂合子.E281X具有致病性.胎儿未获得父亲的c.232_233insGGG突变和母亲的c.841G ＞T突变.HA和DHPLC法所获得结果与测序结果完全一致.结论:确定了先证者基因型,并检测出一种新的致病性突变c.841G ＞T.胎儿未获得致病性基因突变,具有正常的基因型.     

拟南芥和线虫外显子/内含子剪切位点的研究

将拟南芥(A.tha liana)和线虫(C.eleg ans)的基因序列中的外显子按第一外显子,中间外显子和最后外显子划分成三类.分别将外显子/内含子剪切位点、翻译起始和终止位点附近的三联体的3个位点作为3条子链,以各条子链的不同碱基个数作为离散源参数,共12个离散源参数,计算各类外显子离散量.用离散增量实现了对三种序列类型的预测,预测成功率都达到80%以上;并且统计了剪切位点附近的碱基相对频数,结果比较了由于三联体所取位置及个数不同而造成的对预测结果的差异,说明了剪切位点附近碱基的保守性.     

新疆维吾尔族宫颈癌组织中C/EBPα第一外显子突变与HPV16感染的关系

为探讨新疆维吾尔族宫颈癌组织中C/EBPα第一外显子突变与HPV16感染的关系。收集46例新疆维吾尔族宫颈癌标本,采用基因测序方法检测C/EBPα第一外显子的突变,利用PCR扩增方法分析HPV16病毒的感染,进行统计学分析。结果发现C/EBPα第一外显子突变的患者HPV16病毒感染率高。且C/EBPα第一外显子突变的患者与未突变的患者的HPV16病毒的感染率存在显著性差异。McNemanr检验P0.05双侧。由此可知,新疆维吾尔族宫颈癌组织中C/EBPα基因第一外显子突变与HPV16病毒的感染相关。C/EBPα第一外显子突变可能是导致宫颈癌的一个重要因素。     

人类Batten病基因CLN3及其突变的生物信息学分析

利用生物信息学方法对与儿童蜡样质脂褐质沉积症(NCLs)相关基因CLN3的结构进行了深入的分析.根据CLN3的Mrna序列对其进行了染色体精确定位,确定CLN3的ORF及其外显子的位置;分析CLN3蛋白质(CLN 3P)结构特点和修饰位点,并明确近缘种及远缘种的保守区域和突变致病的关系.结果表明,CLN3位于人类16号染色体的短臂(16(p12.1～p11.2));基因全长为14804bp,包含15个外显子和14个内含子,ORF长度1317bp,编码438个氨基酸.蛋白质功能域分析表明,CLN 3P是一种分子量为43kDa的高度糖基化的溶酶体膜蛋白,该蛋白存在酰基化、糖基化和多种磷酸化修饰位点,在近缘的CLN 3P中存在高度保守的区域,进一步对10个远缘蛋白的多序列进行比对,发现了该蛋白质中最为保守的区域;45种CLN 3P的突变分析显示,主要的突变位于101、161～162、170、187、199、211、295、327、330、334、352等12个氨基酸位点,这些突变几乎发生在保守区域,突变还表现出一定的分布特点及地区差异,说明保守序列的突变是该疾病产生的重要原因,为该病的分子诊断提供了依据.     

中国人结直肠癌患者碱基切割修复基因胚系突变及与腺瘤样息肉基因体细胞突变的关系研究

取42例经过病理确认的结直肠癌患者癌组织及癌旁正常组织,抽提基因组DNA,应用单链构象多态性分析(SSCP)、变性高效液相色谱(DHPLC)分析,结合DNA直接测序,在全基因分析humanmutY homologue(MYH)基因胚系突变的同时,探讨其对结直肠癌细胞adenomatous polyposis coli(APC)基因体细胞突变的影响.结果42例患者中检出6例(14.29%)携带MYH基因的胚系突变,其中3例(7.14%)为MYH基因第2外显子单体型突变c.53C>T/c.74G>A(p.Pro18Leu/p.Gly25 Asp),3例(7.14%)为第12外显子的单碱基替换导致的错义突变c.972G>C(p.Gln324His).初步分析显示,这两种突变在正常对照组的检出较低,仅为3/213(1.41%)和0/59(0%).另一方面4/6例携带MYH基因胚系突变患者的癌组织样本中检出5个APC基因体细胞突变.本文结果提示,散发性结直肠癌患者中频繁检出MYH基因的胚系突变,其存在可能导致细胞DNA氧化损伤修复功能减弱,并使机体细胞APC基因发生突变的风险增高,从而可能参与部分结直肠癌的发生.     

全外显子测序技术在Waardenburg综合征家系致病基因突变分析中的应用

本研究旨在对一例Waardenburg综合征患者的临床症状和致病基因的分析。我们获取患者的临床信息以及全血样本,利用全外显子测序技术,确定PAX3基因在c.873dupc发生突变,该突变位于6号外显子上,导致氨基酸改变p.G272fs。对患者和患者父母进行一代测序验证,发现父母未发生此突变,且无临床症状;该突变在中国人群中为首次报道,对临床诊断有一定的遗传指导意义。     

分子遗传学研究在非典型角膜营养不良

目的：通过TGFBI基因突变检测,探讨分子遗传学研究在角膜营养不良临床诊断中的应用。方法：采集患者及50名正常对照外周血10ml,提取白细胞DNA,应用聚合酶链反应（PCR）和直接测序分析确定其突变位点。结果：所用角膜营养不良患者均发现TGFBI基因突变,其中2例为R555W杂合子,确诊为颗粒状角膜营养不良;5例为R124H杂合子,确诊为Avellino角膜营养不良;1例为R623D杂合子,确诊为不典型Reis-B點kler角膜营养不良。正常对照未检测到TGFBI基因突变存在。结论：以分子遗传学为基础的角膜营养不良临床分类方法使临床诊断更为精准。     

乐至黑山羊GH和IGF-I基因多态性及其与产羔性状的关联性分析(英文)

生长激素(GH)胰岛素样生长因子I(IGF-I)在卵泡的生长和闭锁中发挥关键作用。研究采用PCR-SSCP技术对157只乐至黑山羊GH和IGF-I进行多态位点的检测。结果发现,GH基因5’侧翼区和第二外显子分别检测到2种基因型,第三外显子检测到4种基因型,第四和第五外显子分别检测到3种基因型;IGF-I基因的第二外显子检测到2种基因型。通过基因测序发现GH基因有14处单核苷酸突变位点(SNPs)—T48C,A55G)(P1引物),T781C(P2引物),G1122A,A1161G,A1171G,C1179T和C1180G(P3引物),T1481C,A1494G,G1549T和C1590T(P4引物),G1942A和G1957A(P5引物);IGF-I基因有1个SNP(G3270C)(P6引物)。关联性分析结果表明,只有GH基因第三外显子BB型乐至黑山羊产羔数比AA型多0.32(p0.05),其余基因型间产羔数差异不显著。研究初步表明GH基因可能与乐至黑山羊产羔数之间存在一定关联性。     

PPP2R5C转录本在正常人和血液肿瘤病人中的分布情况

目的:建立分析不同PPP2R5C转录本检测方法,分析正常人和血液肿瘤病人中5种PPP2R5C基因转录本的表达特点.方法:根据PPP2R5C基因的结构特点,设计4对引物,利用RT-PCR方法分析9例正常人、7例T细胞-非霍奇金淋巴瘤(T-NHL)、11例B细胞-急性淋巴细胞白血病(B-ALL)和8例急性髓细胞白血病(AML)病人外周血单个核细胞(PBMC)中PPP2R5C基因的表达情况.结果:所设计的4对引物,均可在样本中扩增到预期PCR产物,其中第1对引物可扩增两个不同大小PCR产物(包含12+13+14外显子的大片段及仅含12+14外显子的小片段),而另3对对引物所扩增的产物分别为10+11+12+12a外显子,Ⅲ+2外显子和Ⅳ+2外显子的基因片段,所有PCR产物均通过核苷酸序列分析证实.结果显示所有样本均表达全部PPP2R5C转录本.结论:初步建立区分不同PPP2R5C转录本的方法,各转录本在正常人和不同血液肿瘤病人中的分布情况基本一致.     

Si-1基因中一个多态位点的初步分析

 通过PCR-RFLP技术分析了Si-1基因的外显子在肿瘤样本与正常人群外周血液样本的突变情况,初步确定了Si-1基因的第15号外显子的第56位发生点突变,突变类型为C—T的置换突变,其编码的P(脯氨酸)变化为S(丝氨酸).在正常人群外周血液样本中的突变频率为14%,而在肿瘤中的突变频率为24.7%,尤其在肠癌中的突变频率高达51.5%.上述结果表明Si-1基因的外显子的突变与肿瘤间有一定关系.     

强直性脊柱炎患者中IL-23 R基因rs7517847多态性分析

目的研究IL-23R基因rs7517847位点的单核苷酸多态性与强直性脊柱炎易感性的关系.方法采用PCRRFLP方法对100例强直性脊柱炎患者进行IL-23R基因多态性检测,并与35例健康者对照分析.结果 rs7517847位点各基因型频率和等位基因频率在AS组与对照组之间的分布差异均具有统计学意义(P0.05);并在假设遗传方式下,rs7517847位点的纯合突变GG基因型与(TG+TT)基因型比较,其频率分布差异在AS组与对照组之间也具有统计学意义(P0.05).结论 IL-23R基因rs7517847位点的多态性与吉林地区人群AS易感性有关;携带G等位基因且为GG基因型的个体患AS的危险性增大,这可能是患AS的易感因素之一.