Characterization and expression of a cDNA, AmphiSDHD , encoding the amphioxus cytochrome b small subunit in mitochondrial succinate ubiquinone oxidoreductase

Succinate ubiquinone oxidoreductase ,alsoknownascomplexII ,isthesmallestenzymecomplexfunctioninginboththetricarboxylicacidcycle(TAC)andtheaerobicrespiratorychainofeukaryoticcellmitochondriaandprokaryoticcells[1] .Itiscom posedoffournuclear encoded proteins ,SDHAorflavoprotein (70kD) ,SDHBoriron sulfurprotein(2 7kD) ,SDHCorCII 3(15kD)andSDHDorCII 4 (7— 9kD)inmosteukaryotes[2 ] .Thetwoproteins ,SDHAandSDHB ,comprisethesuccinatedehydroge nase (SDH) ,anenzymeoftheTACandaperipher…     

Functional characterization of cadmium-responsive garlic gene AsMT2b： A new member of metallothionein family

METALLOTHIONEINS(MT)ARE LOW-MOLECULAR-WEIGHT AND CYSTEINE-RICH PROTEINS.THE FIRST MT PROTEIN WAS ISOLATED FROM EQUINE RENAL CORTEX IN1957[1].GENES EN-CODING MTS OCCUR IN DIVERSE ORGANISMS SUCH AS ANIMALS,HIGHER PLANTS,EUKARYOTIC MICROORGANISMS AND IN SOME…     

斑马鱼cGnRH-Ⅱ的基因克隆与序列分析

从斑马鱼脑组织提取总RNA,应用RT--PCR方法克隆eGnRH cDNA,其长度为646bp,包括一个258bp开放阅读框;编码的cGnRH-Ⅱ前体为86个氨基酸残基,由一个信号肽、GnRH十肽和一个由蛋白水解位点（Gly—Lys—Arg）连接的促性腺激素释放激素相关肽（GAP）组成;其中信号肽和联接肽的长度分别为24和49个氨基酸．该eDNA编码的cGnRH-Ⅱ的前体氨基酸序列与其他物种的cGnRH-Ⅱ前体一致．表明物种问cGnRH—Ⅱ cDNA的蛋白编码区高度保守,而非编码区的保守性程度很低．进化分析表明,斑马鱼与鲤鱼、鲫鱼、拟鲤、黑头软口鲦等淡水的鲤科鱼类的同源性较高．     

青岛文昌鱼profilin样蛋白基因的克隆与同源性分析

对青岛文昌鱼神经胚cDNA进行序测，获得了6个profilin样蛋白基因的EST，经拼接得到编码文昌鱼profilin样蛋白基因的cDNA序列并据此演绎了文昌鱼profilin样蛋白的氨基酸序列。对演绎的文昌鱼profilin样蛋白的一级结构进行了分析，对其二级结构进行了预测，并将其与多种真核生物中的profilin进行同源性比较，为profilin分子进化的研究提供资料。     

甘蔗UGPase cDNA的克隆及序列分析

以甘蔗(FN95-1702)为材料,通过RT-PCR,首次克隆得到了甘蔗UGPase cDNA片段.该片段长1 495 bp,其中包含完整的ORF为1 431 bp,共编码476个氨基酸,并含有5个重要的Lys残基位点,分别为Lys257、Lys321、 Lys367、 Lys408、 Lys409,它们对维持UGPase活性及与底物结合方面发挥着重要作用.     

人SVOP基因的cDNA克隆及表达

SV2和SVOP都是大鼠中包含有12个跨膜结构域的突触小泡蛋白.笔者从人类大脑的cDNA文库中分离得到了一个类似于大鼠突触小泡蛋白SV2和SVOP的人类新基因的全长cDNA序列,它包含一个含有1 646个核苷酸的开放阅读框,编码一个含548个氨基酸的蛋白质.生物信息学分析表明:该基因定位在第12号染色体的12q24.12区域.Northern杂交结果表明:该基因只在人类大脑组织中表达,且与无脊椎动物线虫、疟蚊和果蝇的同源基因有50%的氨基酸同源性,与脊椎动物大鼠和小鼠的同源基因有90%以上的氨基酸同源性.     

Molecular cloning of growth hormone receptor (GHR) from common carp(Cyprinus carpio L.)and identification of its two forms of mRNA transcripts

Growth hormone receptor (GHR) belongs tothehematopoietic receptor superfamily[1]. The action ofgrowth hormone (GH) in regulating growth[2],re-production[3]and i mmunity[4]has been elucidated.The binding of GHtothe GHRontarget tissues trig-gers a cascade of tyrosine and protein phosphorylationevents, which cul minates in the biological action ofGH[5 ,6]. Up to date GHR cDNAs have been clonedfrom many species[7—9],including various kinds ofmammalian ani mals ; avian of chicken and domest…     

青岛文昌鱼核糖体蛋白Amphil11基因的克隆和同源性分析

对青岛文昌鱼18小时神经胚cDNA文库进行测序，获得了5个AmphiL11的EST，经接接得到文昌鱼核糖体蛋白AmphiL11的编码完整的cDNA序列并演绎出AmphiL11的氨基酸序列，通过对AmphiL11蛋白的结构分析及其与人、鼠、鱼等脊柱动物和果蝇、线虫等无脊动物及酵母中同种核糖体蛋白的同源性分析，发现AmphiL11与脊柱动物核糖体L11蛋白的同源性很高，与高等无脊椎动物甚至酵母的同源性也较高，提示AmphiL11具有较高的进化水平，更接近于脊椎动物的核糖体蛋白L11。同时也表明，真核生物核糖体蛋白L11具有高度的保守性。     

草鱼肌肉生长抑制素cDNA克隆及序列分析

利用RT-PCR技术,从草鱼肌肉组织中克隆出MSTN cDNA序列,长度为1764 bp,编码区为1128 bp,共编码375个氨基酸.前体蛋白包括信号肽序列、N端前肽区、蛋白酶水解位点RIRR及C端活性区(含9个保守的Cys残基).多重序列比较表明,草鱼与斑马鱼、黑头软口鲦之间的MSTN序列同源性在94%以上,与其它鱼类之间的序列同源性也较高(78.1%~82.3%),但与鸟类、哺乳类之间的序列同源性则相对较低.系统进化分析显示,不同物种间的MSTN序列同源性基本反映了它们的亲缘关系.     

Cloning of a novel gene encoding human thioredoxin-like protein

mRNA differential display (DDRT-PCR) has been used to analyze different human fetal brain tissues of different developmental stages (13- and 33-week). According to the sequence of one EST obtained in this assay, a pair of primers have been designed to screen the arrayed human fetal brain cDNA library. A1 .2-kb cDNA clone has been found. This cDNA consists of an 867 bp open reading frame, a 132 bp 5' untranslated sequence and a 209 bp 3' untranslated sequence with a typical polyadenylation signal. The coding region predicts a protein of 289 amino acids. Its N-terminal of 105 residues is highly homologous to human thioredoxin, while no homology has been found in the databases with its C-terminal of 184 residues. Its N-terminal region also contains the conserved active site sequence CGPC (Cys-Gly-Pro-Cys) of thioredoxin. It was named human Thioredoxin-like gene (hTRXL).     

小麦泛素融合降解蛋白基因全长cDNA的克隆及分析

实验利用RT-PCR技术，在小麦矮苏3品种中克隆了1个编码泛素融合降解蛋白基因的cDNA，并且含有完整的5′端，将该基因命名为Tufd1，利用RACE技术克隆了该cDNA的3′端。根据这2段cDNA克隆，设计特异引物，利用RT-PCR扩增出了Tufd1完整的开放读码框(ORF)，其编码区长948bp，编码315个氨基酸的多肽，在NCBI中运行BLAST。分析表明，Tufd1蛋白同拟南芥的UFD1蛋白有74％的同源性，在所编码的多肽链的N-端有UFD1保守结构域，可作为催化蛋白降解的信号。     

Control of topology and mode of assembly of a polytopic membrane protein by positively charged residues

Positively charged amino acids have been shown to be important elements in targeting-peptides that direct proteins into mitochondria, nuclei, and the secretory pathways of both prokaryotic and eukaryotic cells. The 'positive-inside' rule, which observes that regions of polytopic (multi-spanning) membrane proteins facing the cytoplasm are generally enriched in arginyl and lysyl residues whereas translocated regions are largely devoid of these residues, implies that the distribution of positively charged amino acids may also be a major determinant of the transmembrane topology of integral membrane proteins. If this is indeed the case, it should be possible to predictably alter the topology of a polytopic protein by site-directed insertions and/or deletions of positively charged residues in critical locations. I now describe a derivative of Escherichia coli leader peptidase, a polytopic inner-membrane protein, that switches from sec-gene-dependent membrane insertion with a Nout-Cout transmembrane topology to sec-gene-independent insertion with a Nin-Cin topology in response to the addition of four positively charged lysines to its N terminus.     

青岛文昌鱼碱性肌球蛋白轻链MLC-alk基因片段的克隆

碱性肌球蛋白轻链是构成球蛋白头部的必需分子，采用简并引物PCR方法获得青岛文昌鱼碱性肌球轻链基因片段，并对其氨基酸序列与其他生物如鸡和人的胚胎裂、骨骼肌型、平滑肌型、心肌型、非肌型等多种碱性肌球蛋白轻链基因家庭成员相应片段进行了同源性分析，均显示较高的同源性，研究结果支持青岛文昌鱼具有1个，可能也仅有1个碱性肌球蛋白轻链基因，碱性肌球蛋白轻链基因原倍增可能发生在脊椎动物与文昌鱼在进化中分支之后。     

异色瓢虫的HSP90基因的克隆与特性分析

采用同源克隆和锚定PCR技术,从异色瓢虫Harmonia axyridis(Pallas)中克隆到热休克蛋白HSP90基因的cDNA全序列(Genbank number:FJ501962)。cDNA全长2 480 bp,包含3′非编码区域(UTR)为200 bp和5′UTR为126 bp,开放阅读框(ORF)长2 154 bp,编码717个氨基酸。预测的相对分子质量为82 230,理论等电点为4.96,无糖基化位点、跨膜结构和信号肽。在N端具有HSP90基因保守的ATPase结构,含有HSP90家族的C末端的保守序列EEVD。与赤拟谷盗Tribolium castaneum相比较,同源性高达90%,系统发育分析也表明两者的亲缘关系最近。HaaHSP90基因的克隆和比较分析为进一步深入研究异色瓢虫的抗逆机理及其进化具有重要意义。     

斑马鱼GnRH-Ⅱ基因的生物信息学分析

从斑马鱼脑组织提取总RNA,应用RT-PCR方法克隆GnRH-ⅡcDNA,其长度为589bp,编码的GnRH-Ⅱ前体为86个氨基酸残基。利用生物信息学方法对克隆得到的斑马鱼GnRH-Ⅱ基因序列、编码蛋白及其理化性质进行分析,并预测其编码蛋白的结构与功能,构建其同源基因的系统进化树。     

人Rab蛋白cDNA的克隆和表达

从人胎脑cDNA文库中克隆到一种新的Rab cDNA,全长920bp,以编码213个氨基酸残基,该蛋白预测的分子质量为24567u,等电点7．34,经同源比较,该cDNA与GenBank数据库中登录号为X14964的Rab蛋白有83％的相似性和76％的相同性,将该cDNA克隆到经改造的PBV220表达质粒,转化DH5a菌株诱导表达出该蛋白,取24种不同组织的总cDNA各100ng,用该基因序列设计引物作PCR,结果在胎肝组织中检测到有明显条带,表明该Rab基因相对在胎肝有高表达。     

青岛文昌鱼核糖体蛋白AmphiL 37a基因的克隆和同源性分析

对青岛文昌鱼神经胚cDNA进行测序,获得了3个AmphiL 37a的EST,经拼接得到编码文昌鱼核糖体蛋白的AmphiL37a基因全长cDNA序列并演绎出AmphiL37a的氨基酸序列.通过对AmphiL37a蛋白的结构分析及其与多种脊椎动物和无脊椎动物中同种蛋白的同源性进行比较,发现AmphiL37a具有典型的四个半胱氨酸的锌指结构,与人、鼠、鸡的L37a,尤其与果蝇、隐板石鳖等高等无脊椎动物核糖体L37a具有较高的同源性,说明文昌鱼在进化上更接近于高等无脊椎动物;同时说明核糖体蛋白L37a基因在进化上具有较高保守性.