基于线粒体COI基因序列的丽文蛤群体遗传多样性和遗传结构分析

为了评估丽文蛤的遗传多样性,为丽文蛤的保护与开发提供基础遗传信息,本研究利用线粒体COI基因片段序列比较分析了我国沿海丽文蛤4个地理群体(漳州、珠海、海口和北海)的遗传多样性和遗传结构。4个群体共54个样本的线粒体COI基因部分序列经处理得到长度均为623 bp的核苷酸片段,检测到19个单倍型。群体遗传多样性分析显示,4个群体的单倍型多样性为0.464~0.889,核苷酸多样性为0.000 80~0.011 04。单倍型多样性较高的是漳州群体和海口群体,北海群体单倍型多样性相对较低。核苷酸多样性中漳州群体最高,而北海群体同样显示最低,北海群体多样性较低的原因可能是样本量小。分子变异分析(AMOVA)结果显示96.20%的变异来自群体内。群体间遗传分化指数显示漳州与珠海和北海群体之间存在较大的遗传分化(FST值分别为0.162 49和0.117 31),且均达到显著水平;而漳州与海口群体之间遗传分化小且分化不显著。珠海、海口和北海群体之间遗传分化小(FST值0.070 99~0.094 30)且分化不显著。聚类分析和单倍型网络图均显示丽文蛤漳州群体与珠海和北海群体分化明显,而珠海、海口和北海群体之间分化不明显,其结果与FST值相一致。     

鱇浪白鱼野生与养殖群体遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR(inter-simple sequence repeat)标记对鱇浪白鱼野生与养殖群体的遗传多样性和遗传结构进行分析.从40条引物中筛选出了13条用于扩增,共检测到97个位点,其中多态性位点72个.鱇浪白鱼野生群体的遗传多样性(PPB=62.89%;H=0.2490;I=0.3636)高于养殖群体的遗传多样性(PPB=58.76%;H=0.2267;I=0.3314).结果表明,鱇浪白鱼总体遗传多样性水平较高.基于Neis遗传多样性分析得出的野生与养殖群体间的遗传分化系数Gst=0.0826,分子变异分析(AMOVA)结果显示Fst=0.0796,2种方法揭示的鱇浪白鱼群体间的遗传分化的趋势基本一致,表明约8%遗传变异存在于群体间,遗传变异大多存在于群体内.UPMGA聚类树中,野生与养殖群体大多各自相聚,再相互混杂,群体间的基因流Nm(5.55)比较高,说明野生群体和养殖群体间有一定程度的遗传分化,但没有达到种群遗传分化的水平,在遗传上有一定的交流空间.     

广西药用植物两面针遗传多样性的ISSR分析

【目的】目前两面针（Zanthoxylum nitidum）野生资源逐渐减少,开展对其居群遗传学研究有利于两面针野生资源的保护和可持续利用。【方法】利用ISSR分子标记对11个广西两面针自然居群共138个样本进行DNA多态性分析。【结果】从100个随机引物中筛选出8个有效引物,共扩增出63个DNA片段,都为多态性条带,多态位点百分率（P）为100%。两面针在物种水平上具有较高遗传多样性,Nei’s基因多样性（He）和Shannon信息指数（I）分别为0.227和0.356。两面针11个居群的遗传分化系数（Gst）为0.490,居群内变异占51%,居群间变异占49%,说明居群间和居群内的遗传分化基本持平;居群间基因流（Nm）为0.52,表明居群间基因流动较贫乏。各居群间的遗传距离在0.053~0.334之间,居群间的聚类及Mantel检验（r=0.391,p=0.040）均表明广西两面针居群地理距离与遗传距离之间的相关性不明显。【结论】广西野生两面针种质资源多样性较高,有利于培育高品质的药材品种;就地保护是两面针资源保护的首选,选择个体数量多、居群内变异系数大,自然环境不易受到人为影响的天然居群进行保护。     

长江上游鲢群体遗传多样性和遗传分化

为了解三峡大坝、向家坝等水电工程建设后长江上游鲢群体的遗传多样性和遗传分化，利用线粒体细胞色素b（Cyt b）基因分析了长江上游向家坝库区（邵女坪）、三峡库区干流（巴南、丰都、万州、太平溪）及支流（箭滩河、嘉陵江、小江）等8个鲢群体的遗传多样性、历史动态及群体之间的遗传分化．结果表明:长江上游鲢群体的遗传多样性较高，单倍型多样性为0.770~0.876，核苷酸多样性为0.687%~1.967%；8个群体的错配分析图都呈双峰分布，中性检验Tajima’s D和Fu’s Fs值均为正值或统计上不显著的负值，表明长江上游鲢群体在历史上较为稳定；分子方差变异分析（AMOVA）显示，长江上游鲢群体的遗传变异主要来自群体内部（95.87%），仅有4.13%的变异来自群体之间；群体之间的遗传分化指数F_ST显示，箭滩河群体与太平溪、小江群体之间存在显著的遗传分化，其他群体之间遗传分化不显著；Mantel检验显示，群体之间的遗传分化程度与地理距离远近无相关性；单倍型网络图显示，长江上游鲢群体没有形成明显的系统地理格局．建议加强长江上游鲢遗传资源保护，将产生分化的群体作为不同的管理单元进行保护．      

大连地区黄精与多花黄精遗传多样性的ISSR比较分析

采用ISSR分子标记技术,对采自大连地区3个黄精野生种群(共79个个体)和5个多花黄精野生种群(共146个个体)进行了遗传多样性分析和比较.12个ISSR引物在黄精和多花黄精种群分别扩增出137条和161条条带.其中,黄精种群多态位点比率(PPB)、Nei’s指数(h)和Shannon信息指数(I)分别为86.86%、0.279 7和0.423 4,其遗传分化系数(G_(st))和基因流(N_m)分别为0.398 2和0.755 6;多花黄精种群PPB、h、I分别为94.41%、0.3398、0.5059,其G_(st)和N_m分别为0.3084和1.1215.研究结果表明,黄精和多花黄精天然种群均具有较高的遗传多样性,且黄精种群遗传多样性明显低于多花黄精.黄精各种群的遗传多样性偏低,种群间较大的遗传差异导致其物种水平的遗传多样性较高.     

地黄居群遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记,对地黄（Rehnwmnia glutinosa）14个自然居群、1个栽培居群和属内近缘种5个居群的遗传多样性与遗传结构进行了研究．结果表明：地黄不同居群的平均多态位点百分率（PPB）为40．53％,平均Shannon多样性指数为0．1915,平均Nei’s基因多样性指数h为0．1253,遗传多样性水平较低．AMOVA分析结果和基因分化系数显示遗传变异主要发生在居群内,居群间的遗传分化显著,其遗传分化水平介于异交物种和自交物种之间．地黄居群间的基因交流程度有限（基因流为0．3784）．Mantel检测显示自然居群间遗传距离与地理距离之间没有明显相关性．推断营养繁殖占优势和受人类栽培活动的长期影响可能是导致地黄遗传多样性水平低、居群间遗传分化显著的主要原因．     

波纹巴非蛤5个地理群体的遗传多样性分析

采用形态特征和微卫星分子标记对采自菲律宾(PH)、泰国(TH)、福建云霄(YX)、海南儋州(HN)和广西北海(BH)的5个地理群体的波纹巴非蛤(Paphia undulata)进行遗传多样性分析.形态差异分析结果显示,国外群体和国内群体形态差异明显:2个国外群体(PH和TH)形态接近,聚为一支;国内支系中,YX和HN群体的形态较近,先聚为一支,而BH群体的外部形态与前两者差异较大.Hardy-Weinberg平衡检验检测到所有群体在5个位点上均出现不同程度地偏离平衡.5个群体间遗传分化指数(FST,0.000 5~0.183 1)、基因流值(Nm,2.230 46~1 066.23)以及分子方差分析(AMOVA,群体间的变异贡献率为10.21%,p0.000 1)结果表明,群体间存在中等程度的分化.基于遗传距离的非加权组平均法(UPGMA)聚类分析显示:2个国外群体和3个国内群体分别聚为一支,再聚为一个整体;国内支系中,YX和BH群体先聚为一体,再与HN群体聚类.研究结果揭示了波纹巴非蛤较高的遗传多样性水平和中等程度的遗传分化水平,同时也暗示其现有的遗传分化程度受到人类生产活动的干扰.     

我国东部6个鸭儿芹群体遗传多样性的ISSR分析

基于ISSR分子标记,对采自浙江磐安大盘山、临安清凉峰、临安昌化、金华北山双龙洞附近、金华北山朝真洞附近和上海奉贤(栽培)的6个鸭儿芹(Cryptotaenia japonica Hassk.)群体的70个样本进行了遗传多样性分析.从9条筛选出的ISSR引物共扩增出149条带,其中136条具有多态性,多态性条带百分率为91.28%.基于ISSR标记计算了6个鸭儿芹群体的遗传多样性指数,发现它们的Nei的基因多样性指数(H)为0.1971,Shannon信息多态性指数(I)为0.3086,Nm指数为0.3343.6个群体遗传分化系数Nm为0.5993,表明59.93%的遗传分化存在于群体间,40.07%的遗传分化存在于群体内,群体群体间的基因流为0.3237,表明供鸭儿芹群体之间基因流较小,遗传漂变已造成鸭儿芹群体之间较强的遗传分化.基于136个位点,构建了反映各样本间遗传亲缘关系的系统聚类图,结果表明,从70个样本中可以区分出5个类群,其中金华北山采的两个群体为一个类群,与地理位置有很强的对应性.因此,在今后的鸭儿芹引种栽培时,应注意从不同产地的鸭儿芹种源中进行引种,以丰富栽培种的遗传多样性.     

我国东部六个鸭儿芹群体遗传多样性的ISSR分析*

基于ISSR分子标记,对采自浙江磐安大盘山、临安清凉峰、临安昌化、金华北山双龙洞附近、金华北山朝真洞附近和上海奉贤(栽培)的六个鸭儿芹(Cryptotaenia japonica)群体的 70个个本进行了遗传多样性分析。从9条筛选出的ISSR引物共扩增出149条带,其中136 条具有多态性,多态性条带百分率为91.28%。基于ISSR标记计算了六个鸭儿芹群体的遗传多样性指数,发现它们的Nei 的基因多样性指数(H)为 0.1971,Shannon信息多态性指数(I)为0.3086,Nm指数为0.3343。六个群体遗传分化系数Nm为0.5993,表明59.93%的遗传分化存在于群体间,40.07%的遗传分化存在于群体内,群体群体间的基因流为0.3237,表明供鸭儿芹群体之间基因流较小,遗传漂变已造成鸭儿芹群体之间较强的遗传分化。基于136个位点,构建了反映各样本间遗传亲缘关系的系统聚类图,结果表明,从70个样本中可以区分出5个类群,其中金华北山采的两个群体为一个灰群,与地理位置有很强的对应性。因此,在今后的鸭儿芹引种栽培时,注意从不产地的鸭儿芹种源中进行引种,以丰富栽培种的遗传多样性。     

甘肃南部双盾木属植物的ISSR分析

采用ISSR技术分析了甘肃南部分布的4种双盾木的遗传多样性和遗传分化．根据研究结果,指出4种双盾木属总的多态位点百分率（PPB）很高,达100％。其遗传多样性很丰富,但在种间的分布是不均匀的,结果与Nei’s基因多样度和Shahnon信息指数的遗传多样性分析结果一致,根据非加全算术平均聚类法以及ISSR特征图谱可以将不同种区分开来,得出ISSR分子标记可很好地用于双盾木属的分子鉴定和遗传背景研究的结论。     

杉木育种群体SSR分子标记遗传多样性分析

杉木的育种群体中,维持合理的遗传多样性和清晰的遗传背景,是长周期、多世代遗传改良采用的核心策略之一。基于基因组分子标记,利用自主开发的52对杉木SSR引物,对国家级杉木种质资源库保存的遗传材料——杉木第1代遗传改良收集的93份种质资源进行了遗传多样性分析。结果表明:52对SSR引物在93份材料中共检测到254个等位变异,等位变异范围为2～8个,平均等位基因数为4.88个,平均有效等位基因数为2.32个,平均观察杂合度为0.43,平均Nei’s多样性指数为0.50,平均Shannon信息指数为0.98,这5个评价遗传多样性水平的指标具有较大程度的一致性。不同引物的等位基因数、有效等位基因数、观察杂合度、多样性指数和Shannon信息指数等均表明杉木育种群体中存在较大的遗传差异,其变异系数分别为24.88%、44.75%、34.20%、34.89%和33.59%。93份种质资源间遗传相似系数的平均值为0.693 3,变化范围为0.490 0～0.919 3; 遗传距离的平均值0.370 3,变化范围为0.086 3～0.713 4。当距离阀值为20时,可将杉木第1代育种群体中的93份种质资源划分为5大类; 当距离阀值为15时,第5大类的77份种质资源可细分为16个亚类。SSR分子标记聚类的结果可为种质资源的管理及提高育种效率提供重要依据。     

庄河仙人洞红松人工林遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR技术,对庄河仙人洞红松人丁二林的30个个体进行遗传多样性分析．通过筛选出14个ISSR引物的扩增,共检测到90个位点,其中多态位点为57个,多态位点比率（P）为0．6333．经统计分析：庄河仙人洞红松人工林的Nei指数为0．2598,Shannon指数为0．3627．与其露水河红松人工林的遗传变异对比,庄河仙人洞红松人工林保存着丰富的遗传多样性．     

黄河三角洲柽柳群体遗传多样性RAPD分析

采用随机扩增多态DNA(RAPD)分子标记技术,分析了黄河三角洲主要优势树种之一柽柳(Tamarix chinensis)3个天然群体的遗传多样性及遗传分化。结果表明:26条随机引物扩增出105个可分析位点,多态位点百分比40.07%,Nei的基因多样度(h)为0.4061,Shannon多样性指数(I)为0.5917,基因分化系数(Gst)为0.0507,基因流值为9.3564。分子方差分析(AMOVA)表明,在总遗传变异中,群体间遗传变异占7.17%,群体内占92.83%。说明柽柳物种内存在较高的遗传多样性,群体的遗传变异主要存在于群体内,群体间基因交流频繁,遗传距离与地理距离具有显著相关性。     

中国鲎3个地理群体遗传多样性的等位酶分析

应用等位酶技术对漳浦、连江和温州3个地理群体的中国鲎遗传多态性进行分析.实验结果发现：6个酶系统的10个位点中有6个为多态性位点,共获得21个等位基因;大部分位点在3个群体中偏离Hardy-Weinberg平衡;在物种水平上,有效等位基因数为1.635,观察杂合度为0.456,期望杂合度为0.306,香侬指数为0.48...     

中国东南沿海锯缘青蟹群体的形态判别分析

测量了福建连江、浙江宁海、福建厦门、广东深圳、海南三亚、广西北海6个样地锯缘青蟹群体的23个形态特征值,用SYSTAT统计软件对这6个样地的锯缘青蟹群体进行聚类分析和判别分析,并建立了判别公式.聚类分析把宁海群体、连江群体、深圳群体、北海群体、三亚群体划为一组;厦门群体划为一组.判别分析可将6个锯缘青蟹群体完全分开,平均拟合概率为88.89%.其中连江群体、宁海群体、深圳群体、三亚群体、北海群体及厦门群体的判别准确率分别为90.5%、85.7%、90.5%、76.2%、90.5%及100%.6个锯缘青蟹群体的形态特征比率非常相似.     

封闭群比格犬微卫星的筛选及初步应用

摘要:目的 筛选可用于比格犬遗传检测的微卫星位点,并对小型比格犬群体进行了遗传结构分析。 方法 选取来自文献的微卫星位点 120 个,包括比格犬位点 23 个和其他犬类遗传检测的位点 97 个。 用 DNA 池对这些位点进行 PCR 条件优化后,挑选扩增效果优良的位点对常用比格犬群体进行荧光标记 STR 扫描和群体遗传结构分析,依据期望杂合度( He)和香农指数挑选符合要求微卫星位点计算群体遗传参数。 结果 在候选的 120 个位点中共有73 个位点扩增效果优良,STR 扫描后选用 49 个位点进行遗传分析,结果显示该群体有效等位基因数、期望杂合度、平均杂合度、香农指数、多态性信息含量分别为 4. 9230、0. 7574、0. 7375、1. 6625、0. 7038,证明该群体遗传多态信息丰富,群体遗传多样性高。 结论 所选 49 个微卫星位点可用于比格犬遗传检测,这些位点还需用更多群体进行验证和优化。     

山东长岛南4岛狗尾草（Setaira viridis（L.）Beauv）种群遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术研究了山东省长岛县南部4岛90份狗尾草材料的遗传多样性及遗传结构.13个ISSR引物共扩增出148个位点,多态性位点比率为70.30%,Shannon信息指数在物种水平上为0.344 9.根据Gst值,遗传变异有16.53%发生在种群间.遗传距离分析表明,NCS种群与DHS种群遗传一致度最高,遗传距离与地理距离之间没有相关性.     

利用ISSR技术研究虾夷扇贝不同地理种群的遗传多样性及其分化

利用10个ISSR引物对虾夷扇贝天然群体、人工养殖群体、象牙白群体、俄罗斯群体和日本群体进行遗传多样性分析,共获得134个多态位点,其比例分别为78.36%、73.88%、76.87%、89.55%、89.55%;Shannon指数为0.5159,遗传多样性指数为0.3378.结果显示5个群体特异性位点16个,占被检测位点总数的11.94%,这些特异位点可为种群的判别提供依据.群体聚类结果显示:天然群体、人工养殖群体、象牙白群体首先聚为一类,尔后与日本群体聚在一起,俄罗斯群体单独聚为一类.本研究还进行了个体聚类分析,个体聚类分析对虾夷扇贝育苗过程中的选种具有一定的指导意义.     

唐鱼野生与养殖群体遗传多样性的随机扩增多态DNA(RAPD)分析

应用随机扩增DNA多态性(RAPD)技术对唐鱼野生与养殖群体的遗传多样性进行了分析。从40个10BP引物中选取15个用于群体遗传多样性分析,共检测出93个位点,其中46个(49.46%)呈多态;两群体的多态位点比例分别为43.01%和41.94%;用香农指数量化的遗传多样性指数,野生群体(0.23)略高于养殖群体(0.20),平均遗传多样性指数为0.22,群体内和群体间的遗传变异比例分别为85%和15%;群体的遗传相似度高达0.96,彼此间的遗传距离仅为0.04。研究表明,唐鱼目前的种质资源状况令人堪忧,恢复唐鱼有效种群大小、丰富物种遗传多样性是资源保护的基础。     

中国大鲵5个野生种群的AFLP分析

 采用AFLP技术对中国大鲵四川、贵州、湖北、陕西及河南五个野生种群的遗传多样性和遗传分化水平进行了评估。9对引物组合在5个野生种群中共扩增出507条带,其中多态性条带为354。多态位点比例（69.82%）、香农信息指数（0.362 9）和基因多样性指数（0.241 4）等参数均较高,显示中国大鲵遗传多样性水平较为丰富。AMOVA分析发现,中国大鲵遗传多样性绝大部分位于种群内（97.94%）。种群间遗传分化较弱（Фst = 0.021,P<0.001）。根据种群间遗传距离构建的UPGMA树基本依照流域进行聚类,结合化石证据,推测中国大鲵由北向南进行扩散。