基于rDNA ITS序列的何首乌PCR-RFLP分子鉴别

为建立何首乌(Fallopia multiflora)DNA分子鉴别技术,对何首乌及其常见混淆品的rDNA ITS（核糖体DNA内转录间隔区）序列进行了扩增和测序,运用CLUSTAL X、MEGA软件对该区进行序列分析.结果表明：何首乌与毛脉蓼（F. multiflora var.cilliinervis）、翼蓼（Pteroxygonum giraldii）及耳叶牛皮消（Cynanchum auriculatum）在ITS1区的差异率分别为6.9%、18.1%、42.0%,在ITS2 区的差异率分别为10.0%、19.4%、43.9%,而何首乌种内各居群间ITS1 和ITS2 区的差异分别为0%～2.13% 和0%～1.03%．进一步利用premer premier 5 找出了一个位于ITS2间区的何首乌特征性NsbI酶切位点,将何首乌rDNA ITS 序列PCR扩增产物用NsbI酶切后可得到得一个含约531 bp和109bp的二片段PCR－RFLP图谱, 而其混淆品rDNA ITS 序列PCR扩增产物不能被NsbI酶切,图谱呈单一条带.建立的PCR－RFLP方法简单易行,可用于何首乌原植物的鉴别．     

泽泻rDNA ITS区序列特征及其居群鉴别研究

运用PCR产物直接测序法对川泽泻、建泽泻和江泽泻的rDNA ITS区（包括ITS1,5.8S,ITS2）碱基序列进行了序列测定和分析.泽泻rDNA ITS区的碱基序列总长度确定为640 bp,江泽泻和建泽泻的ITS区碱基序列完全一致,川泽泻与建泽泻（江泽泻）在rDNA ITS区碱基序列有2个稳定的变异位点,分别位于ITS1和ITS2区段.我国的泽泻与意大利泽泻在5.8S保守区（第289位）有一个碱基差异.依据泽泻rDNA ITS区的序列特征可以进一步鉴别川泽泻和建泽泻,为泽泻居群的鉴别提供可靠的分子标记.     

两株产人参皂苷糖苷酶酵母菌株的18S rDNA和ITS序列分析

对两株产人参皂苷糖苷酶的酵母菌株进行核糖体18S rDNA和ITS序列克隆测定,获得了长度分别为1 477和1 478 bp的18S rDNA序列和长度分别为791和727 bp的ITS序列,对获得的基因序列进行比对及同源性分析,结果显示,两株酵母菌的18S rDNA序列的相似性达100%,而ITS序列的相似性则为66%,均与NCBI数据库中登录的啤酒酵母的相应序列同源性最高.从GenBank中选取部分不同种属的酵母菌ITS序列,以ITS为对象构建系统发育树,从分子生物学角度确定了两株酵母菌为酵母菌属的不同种类.     

高良姜与混淆品rDNA ITS序列的分析与鉴别

用PCR直接测序法测定和分析不同产地野生和种植品种的高良姜(Alpinia officinarum Hance),以及山姜（A. japonica（Thunb.） Miq.）、华山姜（A. chinensis (Retz.) Rosc.）和大高良姜(A. galanga (L.) Willd )等三种混淆品的rDNA ITS区序列,为高良姜种质资源研究和真伪鉴别提供分子数据。经测序、比对和排序得到812bp序列,包括18S3’端部分序列,ITS1、5.8S、ITS2全部序列和26S5’端部分序列。序列分析结果显示,高良姜种内序列高度一致,同源性达100%,测序结果中发现杂合位点,而广西样品杂合位点的两个碱基各占的比例与其它地方样品的不同,显示了高良姜种内rDNA ITS序列的细微差异。高良姜和混淆品的812bp序列中共有61个变异位点,60个是信息位点,同源性达96.32%,其中ITS1和ITS2中的11个位点在高良姜和混淆品中差别明显,可以鉴别高良姜和混淆品,因此rDNA ITS序列是高良姜真伪辨别的有效标记。基于DNA序列的高良姜和混淆品的系统分类结果与形态学的分类结果不完全一致,有待进一步的研究探讨。     

滇藏地区8种鹅膏菌的ITS序列分析

 对滇藏地区8种鹅膏菌的核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区(ITS)进行PCR扩增和测序,用ClustalX(version 1.81)软件对所测的ITS序列进行比对分析.结果表明,除5.8S rDNA(其长度为160 bp)比较保守外,8个不同种的ITS序列在长度和碱基位点上都存在较大差异,其中ITS1区间的片段长度为206～297 bp,ITS2区间的片段长度为191～238 bp.这说明鹅膏属的种间具有较高的遗传多样性.利用MEGA(version 3.1)软件进行聚类,8个鹅膏菌在D=0.14处分成3组,与传统分类有出入.这为鹅膏菌的进一步分类及研究提供了分子依据.     

核糖体DNA ITS区应用于虫草属无性型鉴定的初步研究

虫草无性型鉴定是困扰学术界的一个难题．本文检索了互联网上报道的虫草及可能的无性型序列，应用相关软件构建进化树，研究了它们的同源性．从总体上看，核糖体DNA ITS区序列研究与传统经典分类学相互印证进行虫草无性型鉴定是完全可行和必要的．     

rDNA ITS序列分析在中药材白花蛇舌草鉴定中的应用

通过测定茜草科Rubiaceae 4种耳草属Hedyotis植物的rDNA ITS序列并比对,为鉴定中药材白花蛇舌草提供分子依据.     

杏鲍菇菌株的rDNA ITS序列鉴定和同工酶分析

【目的】鉴于诱变处理后杏鲍菇菌株在栽培性状上的明显差异,对两株杏鲍菇菌株(杏A和杏B)进行分子水平上的鉴定,分析两者的差异性。【方法】对杏鲍菇菌丝体样本的rDNA基因内转录间ITS片段进行PCR扩增并测序验证;同时应用同工酶电泳对菌丝体的酯酶、过氧化物酶和超氧化物歧化酶进行分析。【结果】通过GenBank数据库搜索和序列比对分析,两株菌株ITS序列相似度达到99%;菌丝体的酯酶、过氧化物酶和超氧化物歧化酶同工酶电泳检测无差异。【结论】杏A和杏B菌株为同一菌株,在分子水平上差异不明显。     

广西红菇子实体及分离株的rDNA ITS序列分析

为了研究广西食用红菇rDNA ITS片段遗传多样性,鉴别红菇组织分离株的真伪,用一对通用引物对采自广西浦北县、容县和上思县的18个红菇子实体样本及3个组织分离株的rDNA ITS片段进行PCR扩增,扩增产物纯化后测序,运用相关序列分析软件对ITS区全序列进行分析,并和GenBank／EMBL／DDBJ三大核酸序列数据库进行同源性检索。结果获得12个红菇子实体和3个分离株的ITS和5．8S rDNA区段的完整序列,3个分离株的ITs序列全长明显小于子实体样本的ITS序列全长;3个组织分离株与红菇属真菌的遗传距离大;除2个采自浦北龙门的子实体与其它子实体的同源性小于0．95外,来自不同区域的其余子实体样本间rDNA ITS序列同源性都达到0．98以上;12个子实体的ITS区段与GenBank中已知的红菇属真菌的相似率都不大于0．90。由此推断3个组织分离株均不是红菇的分离株而可能是子实体的寄生菌或污染菌;广西浦北县、容县和上思的食用红菇样本没有地理类群差异,但在浦北产区可能存在多种食用红菇共同生长。     

金针菇rDNA-ITS序列分析

为研究金针菇rDNA-ITS序列特征,提取了不同来源金针菇子实体的基因组DNA,对其rDNA的内转录间隔区进行PCR扩增和序列测定,并提交NCBI获得登录号;将不同产地的金针菇ITS序列与本研究获得的金针菇ITS序列进行对比分析,利用ITS序列分析技术研究其遗传多样性,并构建了NJ系统发育树。结果表明,所有供试材料的ITS全长在710～719　bp范围内,G+C含量在49.3　%～49.9　%,所有序列共有34个变异位点,16个信息位点,ITS区遗传距离变化范围为0～0.016,即不同产地的金针菇ITS序列在进化过程中存在差异。此结果可为真菌分类鉴定等研究提供重要的资料和依据。     

新疆羊肚菌rDNA的ITS序列分析

根据生境和形态学特征与大型真菌图鉴对照,从形体上挑选了4个羊肚菌子实体（其中3个来自哈密巴里坤,1个来自乌鲁木齐南山）,同时从四川绵阳某研究所购得一株高羊肚菌菌种做为实验阳性对照,为了确定收集的羊肚菌分类学地位,采用PCR技术,以rDNA—ITS为分子指标,对子实体和菌丝进行了ITS序列测定与分析,结合系统进化树确定品种归属。     

光柄筒冠花核糖体DNA ITS区序列

测定中国特有植物光西风筒化的ＩＴＳ区序列,分析了其结构特征,Ｇ＋Ｃ百分含质量及序列变异性,并比较了光西风筒冠花与其他被子植物的ＩＴＳ区序列特征。光柄筒冠花的ＩＴＳ区和５．８Ｓ ＤＮＡ的总长度为６０９个核苷酸。其中ＩＴＳ－１为２０７ｂｐ,ＩＴＳ－２为２３６ｂｐ,５．８ＳｒＤＮＡ为１６６ｂｐ;总的ω（Ｇ＋Ｃ）为５９．１１％,其中ＩＴＳ－１为６４．２５％,ＩＴＳ－２为５７．６３％和５．８ＳｒＤＮＡ为５３     

新疆黑白轮枝菌与大丽轮枝菌核糖体基因ITS区的克隆和序列分析

采用真菌核糖体基因内转录间隔区域(ITS)通用引物ITS1和ITS4扩增黑白轮枝菌与大丽轮枝菌核糖体基因的ITS,并对PCR产物进行了克隆和序列比较。实验结果表明,黑白轮枝菌和大丽轮枝菌的ITS区都由541个碱基组成;供试的2个黑白轮枝菌菌株的ITS碱基序列同源性为100%,供试的2个大丽轮枝菌的ITS碱基序列同源性为99.82%,有1个碱基的差别。黑白轮枝菌和大丽轮枝菌核糖体ITS碱基序列同源性为99.40%,供试的黑白轮枝菌与供试的大丽轮枝菌至少有6个碱基的差别,且差异所在区域较集中。     

两种眼蚤rDNA ITS1序列的克隆与分析

首次研究伏河眼蚤异常亚种Ophthalmopsylla volgensis extrema Ioff et Scalon，1953和长突眼蚤Ophthalmopsylla kiritschenkoi Wagner，1930 rDNA第一内转录间隔区（ITS1）序列，并比较两者差异，为蚤类分子系统发育的研究提供重要的基础...     

rDNA片断序列分析技术及其在植物系统与进化研究中的应用

根据PCR-RFLP分析、微卫星序列分析、SSCP分析和核酸序列分析的原理及技术要点及其在rDNA序列分析中的具体运用，以及nrDNA在植物分类学、植物系统发育、中药材道地性鉴定及5SrDNA在鉴定体细胞杂种方面的研究进展，确认核rDNA是一个优良的分子标记，主要体现在：序列能够提供足够多的具有系统发育信息的核苷酸位点，且该序列易于排序，在植物分类、系统发育等方面应用前景广阔。     

羊大片吸虫龙岩分离株ITS基因的克隆及序列分析

应用PCR方法扩增龙岩地区羊片形吸虫分离株ITS序列,经克隆、测序后获得ITS全长序列944bp,其中ITS-1为421bp,ITS-2为361bp;通过在肝片吸虫和大片吸虫ITS种间鉴别位点上的序列分析表明,从龙岩地区羊体内分离的片形吸虫虫种属大片吸虫(命名为FgLY)。与国内外大片吸虫的进化分析表明,FgLY与中国云南的2个分离株处在一个小分支,亲缘关系最近。该结果为羊大片吸虫的进一步生物学研究和片形吸虫病的预防奠定了基础。     

基于ITS序列的竹亚科植物分子鉴定研究

利用ITS序列对竹亚科13个属76个竹种进行DNA条形码分子鉴定.该研究提取慈竹属、刚竹属、箬竹属、唐竹属、矢竹属、大明竹属、赤竹属、巴山木竹属、倭竹属、短穗竹属、簕竹属、酸竹属及少穗竹属共13个属62个竹种DNA,对其内转录间隔区ITS序列进行PCR扩增和双向测序,所得序列与GenBank数据库下载的14条ITS序列共76个竹种序列用Clustal X软件比对,再利用MEGA6.06软件构建K2P距离法的NJ系统发育树.结果显示,种内遗传距离为0~3.907,平均遗传距离为0.370;种间遗传距离为0~4.394,平均遗传距离为2.287,种内遗传距离远小于种间遗传距离.ITS序列可用于竹类资源的物种鉴定研究.     

中药材桔梗及其易混品的DNA条形码分子鉴定

为了特异性地鉴别桔梗药材Platycodon grandiflorum及其易混品,通过优化DNA提取方法,并基于ITS(internal transcribed spacer)序列上的特异性位点,设计特异性引物,进行特异性PCR扩增,以扩增成功率为判定指标快速鉴别桔梗药材真伪.研究结果表明,改良CTAB(cetyltrimethylammonium bromide)法提取DNA较纯且100%扩增成功;基于桔梗293位和538位的特异性位点,设计特异性引物U1/D1,且特异性PCR鉴别中,仅桔梗能扩增得到约 264 bp 的特异性条带,其他药材均为阴性扩增.ITS序列以及特异性引物可准确鉴别桔梗及其常见易混品,为桔梗药材的基原鉴定提供科学依据.     

利用ITS序列对两个盐藻株的分子鉴定

对实验室长期保存的两个盐藻株(Dunaliella salina)核糖体rDNA的ITS(internal transcribed space)序列(ITS1 5.8S rDNA ITS2)用PCR技术扩增并克隆,经序列测定后,与从GenBank中获得的相关序列一起构建系统发育树.结果显示:其中一个(Dunaliella salinaSHU 01)与Dunaliella viridisCONC 002的距离最近,另一个(Dunaliella salinaSHU02)与Dunaliella salinaUTEX 1644的距离最近.因此分别命名为Dunaliella viridisSHU与Dunaliella salinaSHU.