基于密码子使用模式的冠状病毒亲缘关系分析

重症急性呼吸综合症(severe acute respiratorysyndrome,SARS),临床表现为非典型肺炎.由于SARS具有很高的传染性和一种新型的冠状病毒(SARS-CoV)被认为是引起SARS的病原体.SARS冠状病毒(SARS-CoV)属于巢状病毒目(OrderN idovirales),冠状病毒科(Fam ily Coronaviri-dae),冠状病     

SARS及其它冠状病毒基因组组织结构和序列的初步比较分析

严重急性呼吸综合症(Severeacuterespiratorysydrome,SARS)是一种全新的传染性疾病,它可能主要是由冠状病毒的一个变种引起的.本文比较SARS及其它冠状病毒基因组组织结构和序列变异的情况,初步的结果表明:①尽管SARS病毒与冠状病毒属的另外6种病毒基因组序列上有较大的差异,但是它们具有较相似的基因组组织结构;②SARS病毒与牛冠状病毒、鼠肝炎病毒具有较近的系统发育关系;③虽然SARS病毒扩散的时间极短,但来自不同地区SARS病毒的DNA序列却存在一些突变,且这些突变又大多是改变氨基酸序列的非同义突变.     

SARS冠状病毒及相关病毒的分子系统学分析

根据SARS冠状病毒及其相关病毒的基因组核酸序列和3种不同蛋白质序列，应用最大简约法和最小进化法重建系统发育树；并对SARS冠状病毒的11个推测蛋白质(ORF)做BLAST分析。结果表明，SARS冠状病毒和鼠肝炎病毒——牛冠状病毒分支构成姊妹群。其单系群性质得到强有力的统计学支持。这暗示了SARS的爆发可能源自种间屏障的突破事件，该病毒天然宿主可能为猪、牛或鼠。SARS冠状病毒与已知的人冠状病毒分属冠状病毒科的不同分支，因此致病机制可能有很大不同。3个基因的系统树分支格局的一致性表明：SARS冠状病毒这3个主要基因与其他冠状病毒间不存在重组，但全部11个ORF的BLAST分析却认为其基因组上一些小的区段可能与其他病毒存在重组。     

SARS的研究进展

2003年3月,发现SARS病原是一种从未在人类或动物中发现过的新的冠状病毒.其基因组结构与其他的冠状病毒相似,由29727核苷酸组成,有11个开放阅读框.通过多基因分析序列比较说明,SARS冠状病毒与已知的冠状病毒无关.针对SARS冠状病毒的各种特征及研究进展进行了综述.     

权威指导专家有话说

正新型冠状病毒的源头是否是野生动物?钟南山:1.它是一个新型的冠状病毒,引起的症状跟SARS有些相似。2.它的源头是什么动物,目前还不清楚。从流行病学调查的各方面来说,它的源头来自野生动物的可能性比较大。陈焕春:穿山甲可能是此次病毒潜在的中间宿主,新型冠状病毒也可能存在多个中间宿主。穿山甲毒株与目前感染人毒株序列相似度高达99%。这个相似性还在观察,它可能是某个基因片段,或整个     

引起人非典型性肺炎的冠状病毒基因组与其它冠状病毒基因组的初步比较

一种在世界范围内突然爆发的致命流行病——急性呼吸窘迫综合症(SARS)击倒了数干人，一种全新的冠状病毒被认为是其病原．5个SARS相关冠状病毒的全基因组序列已经完成．我们进行了SARS相关冠状病毒和其它冠状病毒的基因组进化分析和序列比较，结果显示：1．SARS相关冠状病毒不直接来自于任何已知的冠状病毒；2．E蛋白的基因可能是在近期从其它病毒横向转移到SARS病毒中来的；3．Sl和S2基因发生了较大范围的缺失或插入突变．这些基因横向转移和突变改变了SARS相关病毒的表面结构和抗原性，极有可能是导致其获得侵染人类细胞的主要原因．     

支持向量机程序SVMProt预测SArs病毒蛋白质的功能

对SARS冠状病毒蛋白质功能的有效识剐将有利于促进SARS传染病治疗药物的开发。应用基于支持向量机原理的SVMProt程序识别SARS冠状病毒蛋白质的功能,通过对SARS冠状病毒中2个已知功能的蛋白质功能的成功预测,说明SVMProt能够有效地应用于SARS冠状病毒蛋白质及其他种类蛋白质的功能预测。对SARS冠状病毒中至今仍未知其功能的蛋白质ORFl3的功能进行了预测,结果显示ORFl3是一种可能与DNA结合的核蛋白并兼有病毒体内结构蛋白的功能。     

SARS冠状病毒基因芯片的制作与初步临床样本验证

为了实现对非典(SARS)冠状病毒感染患者的早期诊断,构建了一套以基因芯片为基础的SARS冠状病毒基因分析检测系统。首先从患者痰、血样本中快速分离出SARS冠状病毒的RNA,然后通过巢式RT-PCR对分离的RNA进行扩增获得特定的DNA片段,最后让固定在基因芯片上的DNA探针与扩增产物进行杂交以检验扩增产物的序列匹配性,达到最终确认SARS冠状病毒感染患者的目的。对首期两例患者痰样本和两例全血样本的分析结果表明,这4例患者样本中均存在SARS冠状病毒。     

新塑料灭病毒

瑞典一家公司日前在北京推出了一种新型塑料材料,该产品是世界上第一种经测试证明能在接触中杀灭SARS冠状病毒以及细菌、真菌的材     

新型冠状病毒肺炎与传染性非典型肺炎的发病机制、病理改变和影像学特征比较

通过检索国内外有关新型冠状病毒肺炎(COVID-19)和传染性非典型肺炎(SARS)的文献,分析比较两者在发病机制、病理改变和影像学方面的异同点,为两者的诊断和鉴别诊断提供参考依据.COVID-19和SARS的病毒均来源于β属冠状病毒科,且病毒以肺脏为损害的主要靶器官.COVID-19和SARS在感染途径、引起弥散性肺泡损伤、影像学基本特征等多个方面均有相似之处,但在基因特征、传播能力、病理损伤严重程度、不同分期的影像学变化等方面有一定差异,这有助于提高临床医师对COVID-19的认识,加强对疫情的防控.     

中国科学家绘出SARS病毒精细"家谱"

中国科学院理论物理研究所郝柏林院士及其领导的科研小组最近采用全新的方法 ,在 SARS病毒不同毒株之间的亲缘关系以及与其它冠状病毒的进化关系研究方面取得进展。　　研究人员首先选取 6个完整的 SARS基因组和 14个已知的冠状病毒的完全基因组 (与 SARS同属Nidovirales科 ) ,利用“组分矢量”方法探讨这些基因之间的进化关系。从已经得到的进化树可以看出 ,在全基因组的层次上 ,选定的 6个 SARS毒株相互之间关系较近 ,在进化树上形成单群 ,而与已知的冠状病毒距离比较远 ,说明 SASR冠状病毒是冠状病毒属的独立种群。　　此外 ,由…     

SARS冠状病毒基因组复制酶起始结合位点的预测

严重急性呼吸综合征(Severe Acute Respiratory Syndrome,SARS)传染性强,死亡率高,给全世界约30个国家造成了巨大损失．其病原体为SARS冠状病毒(Severe acute Respiratory Syndrome Associated Coronavirus,SARS—CoV),是冠状病毒(Coronavirus)的新变异种．作者以“最大信息量”理论和方法为基础,使用结合位点搜寻软件等生物信息学方法,对冠状病毒基因组的3’非翻译区(Untranslated Regions,UTRs)进行分析,预测出了2株SARS—CoV(来自北京的SARSBJ01和浙江的SARSZJ01)以及其他38株冠状病毒株的复制酶起始结合位点(Replicase initial binding sites,RIBS)．在该预测结果中,不难发现,这些RIBS的序列与前人的研究成果有很大的相似之处,与公认的冠状病毒的顺式作用元件极为相似的基序也存在其中,而且其预测的二级结构与鼠肝炎病毒MHV基因组的某些蛋白结合位点类似．因此,预测的RIBS在病毒的复制中可能起重要作用．     

SARS冠状病毒的诊断性实验研究

严重急性呼吸综合征(SARS)是一种新的人类感染性疾病，其致病菌为SARS冠状病毒(SARS-CoV)。本文就SARS-CoV发现过程、病毒特点及检测方法的研究进展和应用情况加以概述。     

图的λ４最优性和超级性的度条件

新冠肺炎的爆发严重危害人类健康和公共卫生安全,已引起全球范围内的高度关注。预防病毒性疾病最有效的措施是接种疫苗,但是目前还没有专门针对新型冠状病毒的疫苗。考虑到疫情的严重性,对同为RNA病毒的流感病毒、其他冠状病毒相关疫苗的研究进行了综述,并通过对这些病毒氨基酸水平的序列比对发现,新冠病毒的棘突糖蛋白与H1N1、H3N2、B型Victoria系和B型Yamagata系流感病毒的血凝素糖蛋白之间具有一定的相似性。由于血凝素糖蛋白是目前商用流感疫苗的主要作用靶点,因此推测,现有季节性商用流感疫苗在新冠肺炎的防控方面可能也具有一定的应用潜能。除此之外,由于新冠病毒与SARS冠状病毒的棘突糖蛋白和核蛋白之间均具有高度的相似性,而SARS冠状病毒疫苗又主要从上述两种蛋白研制而来,因此建议在短期内,可以将目前正在研制的SARS冠状病毒疫苗作为新冠病毒特效疫苗的替代物来使用。     

非典病毒的特点及防治对策

传统的冠状病毒是引发上呼吸道感染的“不起眼”的病原,隐性感染率之高表明它对人类没有太大的危害。然而,冠状病毒新的变种——SARS病毒表现出许多不同于原有冠状病毒的特性,它属于冠状病毒核苷酸同源性低而自动形成     

现有病毒疫苗用于防治新冠肺炎的可行性分析

新冠肺炎的爆发严重危害人类健康和公共卫生安全,已引起全球范围内的高度关注。预防病毒性疾病最有效的措施是接种疫苗,但是目前还没有专门针对新型冠状病毒的疫苗。考虑到疫情的严重性,对同为RNA病毒的流感病毒、其他冠状病毒相关疫苗的研究进行了综述,并通过对这些病毒氨基酸水平的序列比对发现,新冠病毒的棘突糖蛋白与H1N1、H3N2、B型Victoria系和B型Yamagata系流感病毒的血凝素糖蛋白之间具有一定的相似性。由于血凝素糖蛋白是目前商用流感疫苗的主要作用靶点,因此推测,现有季节性商用流感疫苗在新冠肺炎的防控方面可能也具有一定的应用潜能。除此之外,由于新冠病毒与SARS冠状病毒的棘突糖蛋白和核蛋白之间均具有高度的相似性,而SARS冠状病毒疫苗又主要从上述两种蛋白研制而来,因此建议在短期内,可以将目前正在研制的SARS冠状病毒疫苗作为新冠病毒特效疫苗的替代物来使用。     

加强防护，共战疫情

正冠状病毒是一个大型病毒家族,已知可引起感冒以及中东呼吸综合征(MERS)和严重急性呼吸综合征(SARS)等较严重疾病。新型冠状病毒是以前从未在人体中发现的冠状病毒新毒株。主要传播方式是经飞沫传播、接触传播(包括手污染导致的自我接种)以及不同大小的呼吸道气溶胶近距离传播。目前近距离飞沫传播应是主要途径。(一)飞沫的产生1.咳嗽、打喷嚏或说话。     

冠状病毒主蛋白酶及其化学抑制剂研究进展

一个新的冠状病毒已经被鉴定为急性呼吸道综合症(SARS)的病原体,控制该病毒复制复合体活性的主蛋白酶(Mpro或3CLpro)将很可能成为开发针对SARS特效治疗药物的靶位点.综述了人冠状病毒株229E(HCoV 229E)和一种在猪体内引发传染性胃肠炎的病毒(TGEV)的Mpro的晶体结构以及以此为基础构建的SARS冠状病毒(SARS-CoV)同源蛋白酶的空间结构模型.通过对这些同源蛋白酶的结构及其与已知的蛋白酶化学抑制剂的结合特征进行分析后发现Mpro的底物结合位点具有惊人的保守性,这种保守性也被重组SARS-CoV Mpro能介导的TGEV Mpro的底物剪切实验所进一步证实.分子模型表明已有的鼻病毒3Cpro抑制剂经过改进后或许能用于SARS的治疗.     

SARS与环境

SARS与冠状病毒最近“非典”成为全国上下关注的头等大事，因为它具有极强的传染力和致命性。这个病在半年左右的时间内，传播到全世界20多个国家，成为了世界卫生组织（WHO）和多个国家开始全力着手研究、预防和寻找治疗方法的新型传染病。世界卫生组织将这次出现的“非典”正式命名为SARS（中文译音：萨斯），是英文Severe Acute Res-piratory Syndrome的缩写，译文为：严重急性呼吸系统综合症。什么是SARS的致病原因？世界卫生组织已公布：SARS是病毒，而不是细菌或衣原体。这就是为什么各种抗菌素对此病无效的原因。病毒是世…     

科学助我们远离非典——著名呼吸科专家谈彬庸教授谈非典预防

SARS病毒从何而来 2003年4月16日世界卫生组织宣布经过全球科研人员的通力合作，正式确认冠状病毒的一个变种是引起传染性非典型肺炎的病原体。由于在3月15日世界卫生组织已将这种病称为严重急性呼吸道综合症(Severe Acute Respiratory Syndrome简称SARS)，所以,科学家将该病原体正式命名为SARS病毒，国际病毒分类学委员会将其命名为SARS冠状病毒。